CI01000037_00633378_00678193 (ABI2, ABI2A)


Basic Information

Item Value
gene id CI01000037_00633378_00678193
gene name ABI2, ABI2A
gene type misc
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000037
NCBI id null
chromosome length 4612320
location 633338 ~ 679180 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>CI01000037_00633378_00678193.mRNA
ATGGCGGAGCTGCAGATGCTGCTGGAGGAGGAAATTCCAGCGGGTCGCAGAGCGTTACTGGACAGTTTCACCAACCTCGAAAGAGTCGCCGAATACTGCGAAAGTAACTACGTACAGCTTCATGGTGCAGTGCTGCCTAGGGCTGTGACGGTAATTTTTCACTACCGCGGTGGGAAATCACCAACAACCGCCGGTGTTGCGGTGTCTCCAGACAAGCACGTCGCTCTAGAGGAAACCAAGAACTACACCACTCAGTCCCTGGCCAGCGTAGCCTACCTGATCAACACGCTCGCCAACAATGTGCTCCAAATGCTCGACATCCAGGCGTCCCAGCTGCGCCGCATGGAATCCTCCATCAACCACATCTCACAGACGGTGGACATCCATAAAGAAAAAGTGGCGAGACGAGAGATCGGCATCCTCACCACCAATAAGAACACCTCCCGCACGCATAAAATCATTGCTCCAGCCAATCCCGAGAGGCCGGTGCGGTACATTCGCAAACCTATCGATTACAGCGCGCTGGACGATATTGGTCATGGAGTGAAGTGGTTGCTTAAGTTCAAGGTCAACACCCAGAACATGAAGATGGGCAGCCTTCTTCGCACCACGCCTCCCACACAGAAACCTCCCAGCCCGCCGATGCCAGGCAAAGGCACCATAGGGAGACACTCCCCCTACAGAACACTTGAGCCAGTGCGGCCTCCTGTGGTGCCTAATGACTATGTCCCAAGCCCCACACGCAATATGGCGCCCATCCTGCAGCAAAGCCCTGTACGCACGGCATCTGTTAATCAGAGGAACCGCACTTACAGTGCCAGCACGCCATCAGCTCCAACTAACTCCACTCAGCCTTCTTTCACTTCCTCTAATTTAACCCCCACACAACCCTCAGTCAACCCCACCTCAGTCCCTGAATCTCTCGACTCCACTGAGAGCTCTCTGACCCCAGATAAAGACTCTCCTACCTCCCAGCCACCCCTCACTACAGCTGCAGCTAGTGCTACATCCAACACCGACCCTGGGACAGGTGTCCCTCAGTTCTACAGCATGAACAGGCCCGTCCCCAGACAGATCACACCCACAGTGGGAGGTTCGTTGCCGTATCGCCGGCCACCCTCAATCACGGGTCAGACTTCCATGCCCTCCAGCCAGCAAAACGGAGGGCCACATTACAATCAGAACCAAGCCTCAGTGGCCCCCCCTCCCCCCTCCGTACTGCAGATCACACCCCAGCTTCCACTGACGGGTTTTGTGGCTCGCGTACAGGAAACCATTTCAGATGCACCTCCCCCACCTCCCCCTTCAGAAGAGCCGGTGTTTGAGGAGACACAAAATCCAGCTCCTCCTCCAGAAGAGTATGAGGAAGAGGAGTCTTCTGTGGTGGAGTACAGTGACCCTTACGCTGAAGAAGACCCACCATGGGCTCCACAAACTTACCTGGAGAAAGTGGTGGCAATCTATGACTACACGCAAGACAAGGAAGATGAATTGTCTTTCCAAGAGGGGGCCATCATCTATGTCATTAAAAAGAATGATGATGGCTGGTATGAAGGTGTGATGAGTGGTACTACAGGACTCTTCCCTGGAAACTACGTCGAGTCCATCATGCACTACACGGAGTGAGCGTGTCCTCTCTCTCCTCCACCCCCCAACGCCCACCAGCGCTAATCTTACACTGCAGAAGAGTGCATGTGTGCATACAAACCATGCTAATAACAGGTCCTGTTCAGAGACGAGTGGTGCGACTGAAAAGGGGAAGTGATATGAAGCTGAACATCTAGATGTTACAGACCAGACTTTTGCACCACGGACTGAGAAAACTATTATAGAAATAAAATTATATTAATAAAAGCCAACAATATGTTTACTTTACCTTGAATGAAGGATATGGTGTTTGAAGTTCAGGATATGCATAAGCTAGATTTGGAGTGGTTACATTGTCTGTTTTTCCATATTTCATAACCTGTCCTCATTCCACAGCATTGCAGTGTTTTGGAAGGCAGCACTGGGGCTGACTGATGTCTCTGAAACGGATTTATTTTTTGAATGGCCTGAGGTGGGTTTATGGTGTGTTTTACAGCGAGGTCACATTCAAAAAGGGAATTCATTACAATCATATTGTATTTTGAGGAAAAAGGAAAGTGTGAATATTGAGAAGTTGCTTTCTATTTATTTCATGTTTGACAGTTTAAGGTTATTTTTAATTTGAGTCTCTGTAAAATGTTTTTTTTTTTTTTTAATAATTGTTTGATTTATATCTTTACTCTCCCATCTAAGAGAATCTGTTTCAGCCAGTTTGCTGAAATAATAGTAAATATTTGTGAGACCAAAGTTAATTCATGGTGTCTTTGCAGAGTCTGACTCGTTTGCATAAAGGTCTCGCTTTACTTTAACTATCATTAAATATTTCATTCATTTATGGATCCACTTTAATACTTTTTCCCTTATGAGAATCAGTCAGCCCTGACACACATGCAGTACTAGACATATCTAATAACCCCATGAACTTTGGAACGGTTTTACTTTTTTGTTTTACATCTAAATATTGTGTAGTGATGCTAACCAATTGGTTATTTAAGTGTATGTAGTGCTTCATAGACTGCATGCTTA
>TU198294
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Function

symbol description
abi2a Predicted to enable SH3 domain binding activity. Predicted to act upstream of or within actin polymerization or depolymerization. Predicted to be located in cell junction; cytoskeleton; and filopodium. Predicted to be active in lamellipodium. Orthologous to human ABI2 (abl interactor 2).
abi2 Enables several functions, including SH3 domain binding activity; identical protein binding activity; and ubiquitin protein ligase binding activity. Contributes to small GTPase binding activity. Involved in Rac protein signal transduction; positive regulation of cellular component biogenesis; and zonula adherens assembly. Acts upstream of or within peptidyl-tyrosine phosphorylation. Located in several cellular components, including filopodium tip; lamellipodium; and nucleoplasm. Part of SCAR complex. Is active in adherens junction. Colocalizes with actin filament.

GO:

id name namespace
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG:

id description
K05751 ABI2; abl interactor 2

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
CI01000037_00633378_00678193.mRNA False 2613 mRNA 0.47 12 633378 679180
TU198294 True 13660 lncRNA 0.36 2 633338 647035

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000037_00625438_00630273 TMEM237A coding upstream 3068 625438 ~ 630310 (+)
CI01000037_00606067_00621968 MPP4A coding upstream 11410 606067 ~ 621968 (+)
CI01000037_00578227_00598603 NA coding upstream 34542 578227 ~ 598836 (+)
CI01000037_00406888_00413827 CARF coding upstream 219222 406888 ~ 414156 (+)
CI01000037_00348422_00394107 FAM117BB coding upstream 239271 348422 ~ 394107 (+)
CI01000037_00687367_00687808 NA coding downstream 8187 687367 ~ 687860 (+)
CI01000037_00729466_00733346 NA coding downstream 49837 729017 ~ 734110 (+)
CI01000037_00775538_00779866 NA coding downstream 96358 775538 ~ 780087 (+)
CI01000037_00784200_00785176 NA coding downstream 104405 783585 ~ 785176 (+)
CI01000037_00796721_00807196 NA coding downstream 116172 795352 ~ 807334 (+)
G174580 NA non-coding upstream 129400 503746 ~ 503978 (+)
G174576 NA non-coding upstream 136006 497079 ~ 497372 (+)
G174562 NA non-coding upstream 172830 457883 ~ 460548 (+)
G174551 NA non-coding upstream 210732 418482 ~ 422646 (+)
G174500 NA non-coding upstream 415530 217628 ~ 217848 (+)
G174633 NA non-coding downstream 25861 705041 ~ 709541 (+)
G174656 NA non-coding downstream 111677 790857 ~ 791140 (+)
G174662 NA non-coding downstream 134910 814090 ~ 814591 (+)
G174663 NA non-coding downstream 135602 814782 ~ 816038 (+)
G174666 NA non-coding downstream 141233 820413 ~ 820916 (+)
CI01000037_00228809_00230442 NA other upstream 402982 228809 ~ 230730 (+)
CI01000037_00987906_00988350 NA other downstream 308679 987859 ~ 989246 (+)
G174949 NA other downstream 934696 1613876 ~ 1614274 (+)
CI01000037_01965864_01966433 COA5, CB064 other downstream 1286562 1965603 ~ 1966435 (+)
G176346 NA other downstream 2160580 2839760 ~ 2840053 (+)

Expression


Co-expression Network