XLOC_000960


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000960
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 5148593 ~ 5153828 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00003312
GGCAGATGGCCAATTTAAAACATCAGATGAAACAGAAATAAGATTGATGCCTTTAATAAAGAACATccctttttaaaatacatttccatATAACACGGCTCATATATCTTCAAGTGCAGCTTTTTACTTTTCTTGCGTGCCGTAGTTCCAGGCGCCGTTTCGGATCCGGCCTGAGTGGATAATTCAAAATATTTTGGaggctattattttctatttgtcatttttacctAGGTTTGAAGTACCGGCGAAGCTTATTCGCTTTCCAGCTGTCAGCTGCATTGAGACCGCTTTTAGCGAGCTTAAGAGAATGTTCTCTGTCAGCCATTGAATACTGCAACCCTCCATATTTAGATTTGCCATTCAAAATGATAGAGGTGTCACATAAAGAGAGGTCTGACTGTGTCAGTGCATCTATAAAAGGTGTCAAACATGCTGGTTTGAATCCAGCGTTTAAGTGCTTTTCCTTTCTCTGCCTTCAATGCCCGCCAGCTGGAGAAGGAGAATAAAAAGAGCGAGAAAACATTAAATGCCACCGCAGCATCTGTCAAGCACATCATAGACAACATCAAGATCCTCCTCGCTGCAGTTTGACCCGCTGAACGGTCATctgaagctgatagaaatgcgATTCTCTCTCTGCTTATCCTTTGTGTTTTGGTTGGATTGTTTGTTTCTCTCTTCCTGTGTTTTCAGGGCCACTTCTGAGACTCAGAGACGGAAAGCAGAGACGTTTAGAGAGTGATGCTGCCAACCTCTCAACAGGGGGCAATCGCTTTACCTGTCAACCCCTCTGCATGTCGCCTTTCATTTTCCGGCTCGAGGGACAAGAGAAAGCGAATAACCGCATTCACAGACACCCAGATGTTCCATTGGTGAGTCTCCAGCACGTCGCTGAACTGCCTTTTTATTTCCTGCTTCTGAATGATGGCTGACTTGTGTAGGAGTTGACAAAAaagaaacaggaaaaaaaaaagattatgaaAAAAACGGCAAGCATTTAGCATTTTGCTGCGGCGGCAAATAAAGGATGAATTATTCATCTGAGCTGTCAATGATACTCTTATTCTGCATGCAAAGTGGAAACTACTGTGCTTAAAGGAATCGACTTGAACTCTGTGGATTGCTTTGCTAACGGAATATAGCTCATCCTAATGGCAACCGGCCAACTGAGTAGCGTTATATGAGATATGagccttaataaaataaaatattagcttaaaaataataaaataaaataaaataaaattaataaaagattattttttttattttctgctaagtctctttattaatctggggtcgccacagtggaatgaaccaccaacttattcagcacatgttttatgcagcggatgcctgtccagctgcaaaccatcactgggaaacacccatacactttcattcacacacatatggacAATTTCAGCCtaaccaatttacctatagcacatttctttggactgtgggggaaaccagagcacccacaggaaacccacgcgaacacggggagaacatgcagactccacacagaaatgtcaacagacccagccgaggcttgaatcagcgcccttcttgctgtgaggcaacagcactacctactgcaccacagcGTCGcccaataaaatattacatttagataaaataaaacaaatgaaacaaaataaaaatattcagatataaaataaatatgtttagatatgttcaattttcattttattttaagttttagtaGTTTTATGTCCTTTCGTCaatttaatttcttaaacatatttatattagtctttATTCCTCTCtaatctttttttcttatttagtaATTTTGGCATTTGAAGGAacattagaaataataaaaaaacattttttttaaccttatagttaaaattatatttattaaggtTATACcagtagtatttttatttactaacaacaacaacaacaactctatGATGTGGAAAACAATCAAAAAGAAAGattggaaaaaatatttaaactttctttctttctttctttcttcatttatttatttatttatgtattttcaaaTTGAGTAGAGTTATATAACTTTTACAAGATATAATAATTTTgcccattttatttttaaaaaacatttctgttagCCTTTATacctctcaatttttttttttcatgtttgatAATTTTGGTATTTTTAAGAACATTAGAAAGATTTGAAAGAAACCTTTTGAGTTTTTttcacataatatttatatttattttaattatacaaaaCTTTATAATTGAGTTTAGTTAATAACAACAACTCTGTTCTATGATGTGTAAAACAATCAAGATTATAAAGAGTGGAAAAATATCACAGGAAAagtcatattatttatttgtttatttttttacaattgagTTATATGAAATATGaaccttaataaaaataaataaacaaataaaataaatattcaaatatattttgatatgctaaattttcattttaacaaaacatgaaAGGAGATATGAaccttattaaataaaaaaatgaaacaaaacaaaacaagtaattttatttttttattttttatttaaattatttatttaattgtttacatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtttatctatttatttatttacttactggcttttttatttatatacttatttatttatttactgactcgtttattttttacttactcatttttcaatttatttgtttacttactgactcatttatttatttatttatttactgacttatttacttatttatatttatttacttactggtttatttatttacttacagacacatttatttatttatttacttactggtttatttatttactcaccgactcatttatttatttatttacttactgacttatttatatatttacttacttactgacttatttaaaatttattcaaatattattcaAACCAAAAGGGTGGTTCTTTAAACTATACATTGAAAAGTTAATTGTAGAACCAGAAATAGTTCTTCTATGTACTCACTACaaactacaaacaaacaaacaaaactcttTTAGAATCTTCATTTTAAAGAGAGTATTTCTACATTCTTGTCCCCAAAACATGTGTGTTGCTGAACCCTTGCTTCATGTCCTTGCTCTGACCCGACAAAATGGCATGGAATGACAAAAAGGAGTCTGGTCACAGGCCAGAAAGATAAATCTACCGCTGAAACATCTGAATCTTCACGGCAGGAATCAGTGAAGGCCTGTGTCTGAAATAGGAGCACGGGCTCAGATGAGGCTTATGtcacacaacacaacactttCTTCCATTGATTCTGAAATACCCAGCACTCATACGTTGTTTTGCTGAAGCGCAGAGTTCCACTTGATCTAGCAACACCACAATACTGTTGATTGTGTCACAGTGATGAAACCGCTCTCCACGGAGCATCATTCTTCCTCTCAGGGAAGATGGAGAGATGGATCAGGTTTGGCCTGAGGGCAAAAGTCGAATGACAACACCATTACACTTCCAATCTCCATTCTAGAATTAGTCCGCCTGTGTTTCTCTTTCTGAAAGCACACTGGAAGACTTCCTTTGAGCTCTTCTCAATCTCCTCCTCCACTCAggctacataaacacacatgcggAGGTAAGATTTATGTGGCTGGTAGATATTTAATGGCTGTGTGGGTAAAAGCTCTCGGTCTGTTAATTTAGTTCAGTGATAAAAGCGCTTCTTGATGCAGTGCAGCAGTGCATCCATTGCAATCCATTTGATGCTCATTTCATTGATGCTCCATTGGTTCTCTGTTAGTGACAAGAGGTGCTTAATATGTTCAGAAAATACTGATGGCCAAGCTTAAGAGGCCAAGCTAAATTTTTGAAATACAATTTTTGAAGGAAATATCTATGAATTGAGAGGGACAAAGATACAGGTACTAGTTACAGATAAAGttatattttctttaatttaaagTTGCTATTGTGGTTAATGCTAAAATAAATCTAACGATACAGAAAGAATAGCAAACGAAGAGCAAagaacagcaaaaaataaaataaaaactgaaaataaaaataaaataaatttttaaacaaatgaagtgaatgcatgataataatattactatatataaattattatgtaATAGTATCTTAttatgtaataattaataattaatgaattagttGGTTGATTATTTAGATTACTGttattatggatttatttacttactATATATATTTGGTTAAAGTGAATTCTAAAATGAATTCTTAATgacattaagtaaataaaataaataaaaataaataaataaataaataaataaatatctagataaatgaaacaataaataaataaacaaatatacatatatatgtaaagataaagataaattatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatacatacacacacacacacacacacatacatatacacacacacacacacacacacacacaaatatatatatatatatatgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgaataaataaataaacagataaatgaatagtaaataaaataaatatatacatatctagataaatgaaaaaaataaataaactgataaacataaaaataaagacaaatgaataatatattagaatataaataaataaataaataaaacaaacattatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataaattaagtgGATtgcacataaaacatttaagttgtttaaaaaaaacctcgagaattgtgttgattcagttcatgttaaataaataaattaaacaagcagcaaaagtgttTTTTGAGTGCAAGAATTGTGCTTGTTTtacctaattttaaataaaaacagcagagTATTTTTGGAGggtatattttattatgtaaaa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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00003312 True 5236 lncRNA 0.30 1 5148593 5153828

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_000959 FQ790365.1 coding downstream 70105 5078371 ~ 5078488 (-)
XLOC_000958 NA coding downstream 363133 4783785 ~ 4785460 (-)
XLOC_000956 NA coding downstream 898151 4084178 ~ 4250442 (-)
XLOC_000957 FP009765.2 coding downstream 937941 4210498 ~ 4210652 (-)
XLOC_000955 NA coding downstream 1074445 4029769 ~ 4074148 (-)
XLOC_000961 NA coding upstream 41250 5195078 ~ 5196721 (-)
XLOC_000962 NA coding upstream 197044 5350872 ~ 5352442 (-)
XLOC_000963 ndfip2 coding upstream 200661 5354489 ~ 5394791 (-)
XLOC_000964 mnx2b coding upstream 295949 5449777 ~ 5455502 (-)
XLOC_000965 fn1b coding upstream 350300 5504128 ~ 5543065 (-)
XLOC_000968 NA non-coding upstream 906198 6060026 ~ 6085752 (-)
XLOC_000969 NA non-coding upstream 1005803 6159631 ~ 6173701 (-)
XLOC_000971 NA non-coding upstream 1244371 6398199 ~ 6400326 (-)

Expression


Co-expression Network