XLOC_000989 (si:dkey-79f11.7)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000989
gene name si:dkey-79f11.7
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 7964276 ~ 7975769 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00001568
ATATGCTGTGTCAGCAAATGAGCCACTATATGATGAGAGTAGTCTTGATGAGAGACGAACACAAAGCAGTTCTTCCAGGGAACGTCCTGACCTAGGTGATAAAACAAACCACATTCACAGAAAGCAAATATAACTTAAACAATTTCTGTTCAGTTACCTAAataatttgtatgttttgtttattacaGTATATCAACAGGATTTGGATATGTCTACACTCAGATTGTCACAAAGGTCTTCAGGAAAAACACTTCCATACCTGGATGATCACAGTCAATCACAGAAAACACGGCCAACCCAAGGTGAGCACACACCACACTCACTAATAAAAGTACCTCTCCATTTGTTGTCCAGCTGAATAATATGATGGCTACATGTGGAGCTGAATTTCatgatgttttattttcttaGATTTGGAAAAACCATGGAGAAAATTTGATTGGGGGTAAGTTCATTACAATAAATACACTTTAGATATTTgtgtgtaatttaatttagttgaattccatttacagtattttctgCCACAAACTTGGTATAGAGAGGGGTTATGGAagttacatttttacatatttacatggTGATATATCCACAAAACTAATGAAAGATTAGATAATATCTTTAATAGAGTAACTCAagccaaacacacacattgcCCACCATAAGCATGCCAGAAGACCTTTTAAAGCCAGTCAGGCTTTTAAACTAcacttaggcccaatcctaaATCTATGTTTGTACCCCTACCCATTCCCCTAGGCCCTTACAACCGAGTAGTTAAAGGGAAGGGCTTTGAAATTtgcccctaagaattgggacaccactaaagcacctgcacacgtcatcatatgtcatcgccatCTCTTGCTTCATTAATATCATCACCACAATTAATGGCAGATATTATAATTGCGATTGTGCATAATTTTAAGTCCATATCGCCCATCCCAATGGGAAAATGtggtttaaaagtatttattattgAGCGTGAAAAgaaatttgtcttgttttttgacAGACAGAAACAAGAGCTATTGAGACGCTTAGAACAATTTTCTCCAAGTAATCCAACAGTTACAAACATAAAGGTTCTGGTAGCTGGACAAGTTGGAGCTGGAAAATCCAGCTTTATTAACTCTGTGAATAGTGCCTTTCAAGGAGAGATTGCTCGTGATGCATTAGCTGATGCAACTACAGGTGGAAGTTTCACACGAAAGTTGGAATCATACCGCATAAGAAGTGCAGATGGAGATTTGCCTTTTGAAATCTGTGACGTCATGGGGTTAGAACCTGAAATACTGTCTGGGTGTCATCCAGCAGACATTATCAGCACCATATATGGCCATGTAAATGATGGATATAAGTATAAAGACAAGAACCCTCTCTTTCCTGAGGATGAACATTACAAAAGAAAACCATCAATGTCCGACAAGGCTTTCTGTCTGGTCTATGTCATAGATGCAAGTACTATCCAATTCACAGATGACAGACTTATTGAGAAGTTAAGAATTATTCGTAATAAAATCAGCGAAGAAGGTAAAacttcagatttttaaaattactttgttGACCAAAATATACAGATTACCAACTACTGCAGCTGTATGGTTTCGtagttaaattataattttttctgctgtaaaaaaaataaaatcactgcaAATGTGTACACAGGATAATTGAAATGTGAAGTTTTACTAAGTGAAGACTTGGATTTTGGAGTTAATTAAACTGCACATTGTAGTGGAGCAGAAACgcttaaattgatttttttttttttttttttttttttttttttacacaaacacagacaagtaaatattaaatcattttgacattttgcaggCATTCCTCAAGTGGTTGTCATGACCAAAGTGGATGAAGCTTGTCCGCTGGTCAGAGATGATTTGAGGAAAATCTACACGAGCAAGAAGATCAAAGAGAAGGTAGATGATTTACCGTCTGTTATCTGtgcatgtttaaatatatataattgctattaatgtttttcataattttatatatttgcattcTGATCCTGTGCAGATGGAGTTTTGCAGTGGAAGTGTGGGGGTGCCAATGAACAGTATCTTCCCAGTGAAGAACTACAGTGACGAAATTGACAcagatgatgatgttgatgttcTGATTTTAAAGGCATTTGATCAGATTGTCCGTTGGGCTAATTCAAGACTGAGGAGagccaagtgaaaaaaaaaaaagtatatgctAAATGCAATACTAGGTACAACTGATCTATACTTTGGTATAACTAAATGAATTTGTGGCAATGCTATATATTATACTTTAAGTCTGCAAAATTGGAAGAACTGATTAAGTACTTAATGCACTTAAGTTGTCTGAAAATACCCAGGTGGAAAGTGTATTTGAGTGCACTAAAAATACATGtactaaataaaatctaaatgaatGTACACTACAAATATACTAATCAAATACCCAGACTTTTACTTATTCCACTGATGTTAGTAGTGTAGTAGTTAAAACTGGAATTTTTCAATGTGTCTTAAGTacacctaaaataaaaaactaattactaTACccaaaaagtgcactaaaatacattttcCATTACACTTACATTATGTTCTTAAAGCGCTCTATTTTCACGCAACGACTTTGTAGTTTGTATATTCAAAGTTAGTCTTTAGTATTTCTTAGATAAACTTAAGGTTGTCTGTATACTTAACTGTGCTATCCCAGatgaaaaatatgcaaataaaaatatgtatcaaACAATGGAATTATTACAGCCTATTAGAGtaaatcagaaataaataaaaaaaatcaactgcATTACAATTGttgatgttaattttttttaattaattaatttcttgcatctgataaaaatgtaattattgccTAATAAACTGTTAAATGTTTCAGTAGGTCATTACAAACCTTCAtgcttttaattacttttaaagaATAGATtgttgataaatatttttttttttgtaattgaacagttcagtttaagtttatttctaCAGCCATTTTAACAAACTGGACCAAACGTATGTTGAACAAATCCTGCAGGAGTAACCCTGCACACTCCCGTgatgcactggggcagtttggAGTTGATAACATATCTGTGTGAGGGTCGTCATAAAGACAGCTCTGCTATTAACAGTGTCtaatcatcaaaataaagagaaTACATCTTATAACAAATTTTCCCTGGAAGAGATTGAGGACTTCAGAAAATGAGGATTTTAAAATCAGACAGGACATAGGACCAACCTTTCGGGTAACAAAattgcatttactatttaaaaacatCACTGTGGATATTAGCCGGTTGGCCTATCGTTCAATGTTTGCATGTTTATCTTCTTTTAAACGCACAACTTAAGCAAGCTAGAAGATTGTTTAAGACAAGTATAAATATCTCCAATTTTATAAAGTACAACAACATAAAAGTGTGCTGGAAATCGTTCTCTTTGTTTTGGTTTCCAAGAATATTGACTGACTGGACTCAGCAGCTGAAGTAAGGTTCTGTTCCATTCCTATTATCCAGAGTGCAACTGGATAGCCTAAAATAATCACACATCAAGTGAGCAATAAACTGGCCATATGAGCATACAATGGATGCGTAAATTCAGTTTATCTAACTCGTTTCTCAATCTCATGTCAAAGAGACACTGATCATGACATCTGTGTGGAGCCCATGAGGATAGAGAAGCAGTTGTGGCTTATATACAGATGTATGTAGATGATCTGATATTCTTAAATTGTGTCAGATTTACCTAGCGTGTGAAACGTTTGGTGTcaaattaataaagtgactacaATTAAGcatattatacatacatacagaacacacacgcacgcaataACGAAGTAGCTGTGTGTTTGAACTTAGCTTAAACCACGTAACAGTTAGGGTCAGCTCATAATGGAATGTTAATTTCACTTTCCATTTACTAGAAATGAGCAGAACAGGATACGGGAAGCATAGAAATACAGTGGGTACTGAatgtattcagacccccttaaattttcactctgttatattgcagccatttgctaaaatcatttaagttcattttttcttcattaatgtacacacagcaccccatattgacagaaaaacataaaatttttgacatttattttaaaaaagctgaAATATCACGTTTCGAAATATTCAGATTCTGCTCAGTATTTGATAGAAGCACTCTTTGTTCTAAAacagccatgagtctttttgggaaagatgcaacaagtttttcacacctAGGGATCCTCcgccattcctccttgcagatacTCTCCAGTTCTGTCTGGTTAGATGGTAAACATTGGAGGACAGCCAtctttaggtctctccagagatgctcaattgggtttaagtcagggctctggctgggccattcaggaacagtcacagagttgttgtgaagccactttgCAAAattgtcaacaattctgtgttttttttttttttttgtttttttttgtcaatgtggggtgctgtgtgtacattcgTGAGGAAAaaattaactcaaatggttttagTAAATTGCTGCAATACAACAAAAAGTGAAaaatttaagggggtctgaatactttccatacCCGCTGTATTGCTgttgttcattttattattatgtatttattattatgtatttttctaCATATTTTACAAAGAGGCATAATTTTCATTATAGTAAggtattccagcctgatctcacgagaaaacgtaagtattttacgttttggcagtttagtggctaattcgtacaaattcgtacgagttcagtcgtaagaaattgtacgattttaaaaaggaggcgtggcacctaaccccacccctaaacccaaccgtcattgggggatacgcaaatcgtactaaaatgtacgaattagatcgtacgaatttgtacgaattagccactaaatgaaaaagttatgaattgccgtgagattgtgttgggtattTGAGACTTGATGCCTAGGACCTgactttt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>TCONS_00001569
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>TCONS_00001570
GTTATTTGATCATATTTAGGTGGggggaaaaagagaaaaaatgggACCACCACaatcaaaatatgaaaaaaagcatCTGCAGCCAAGTGGTCAGatGGGTAACAAAAGAGATGGGAGTCAATCACAGACTGGTGATCGACGACATACAAAAGACCATGTTGATATTAAAACTGAATCACAAAGAAAACCAAAAAAAGcaatgtcAACATGCAGCTATGATTCTGGATATGCTGTGTCAACAAATGAGCCACTATATGATGAGAGTAATCTTGATGAAAGACGTACACAAAGCAGTTCTTCCTGGGAACGCCCTAACCTAGTATATCGACAGGATTTGGATATGTCTACACTCAGATATGCTGTGTCAGCAAATGAGCCACTATATGATGAGAGTAGTCTTGATGAGAGACGAACACAAAGCAGTTCTTCCAGGGAACGTCCTGACCTAGTATATCAACAGGATTTGGATATGTCTACACTCAGGTACAAATTAATGTGATGTTAAAAGT

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000092361

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00001568 False 5092 mRNA 0.35 4 7964276 7970653
TCONS_00001569 False 800 mRNA 0.41 9 7968092 7975755
TCONS_00001570 True 509 processed_transcript 0.39 7 7970406 7975769

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_000988 si:dkey-79f11.8 coding downstream 13274 7946842 ~ 7951002 (-)
XLOC_000987 si:dkey-79f11.9 coding downstream 24762 7936270 ~ 7939514 (-)
XLOC_000986 si:dkey-79f11.10 coding downstream 33597 7924956 ~ 7930679 (-)
XLOC_000984 mmd2b coding downstream 43574 7908282 ~ 7920702 (-)
XLOC_000985 CR855320.6 coding downstream 44070 7920119 ~ 7920206 (-)
XLOC_000990 si:dkey-79f11.5 coding upstream 17863 7993632 ~ 8000428 (-)
XLOC_000991 CR855320.3 coding upstream 25666 8001435 ~ 8012476 (-)
XLOC_000992 si:dkeyp-9d4.2 coding upstream 41300 8017069 ~ 8020589 (-)
XLOC_000993 si:dkeyp-9d4.3 coding upstream 46551 8022320 ~ 8101495 (-)
XLOC_000994 FAM83G coding upstream 151906 8127675 ~ 8141135 (-)
XLOC_000981 BX908756.3 non-coding downstream 119914 7771557 ~ 7844362 (-)
XLOC_000982 BX908756.2 non-coding downstream 162630 7801531 ~ 7801646 (-)
XLOC_000980 NA non-coding downstream 262420 7700023 ~ 7701856 (-)
XLOC_000975 NA non-coding downstream 409937 7545049 ~ 7554339 (-)
XLOC_000996 NA non-coding upstream 226621 8202390 ~ 8205228 (-)
XLOC_000998 NA non-coding upstream 529208 8504977 ~ 8510066 (-)
XLOC_001001 NA non-coding upstream 603386 8579155 ~ 8587359 (-)
XLOC_001002 NA non-coding upstream 636806 8612575 ~ 8625266 (-)
XLOC_001008 NA non-coding upstream 998731 8974500 ~ 8977963 (-)

Expression


Co-expression Network