AMCG00004208


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00004208
gene name NA
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 37570803 ~ 37607222 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00004208
ATGCGGATTGTTTTCTGTTCAAGTGACAGTGTAGGACACGCCCACTCTGCTCTGGCTCTGCTTGACCAGGAAGTCTGGACAGAAGTGCGGCGTACATCTATAACTGCACAGAGTGTAGGGGACATTGGGGTCATAGAAAGCATATCTTTGAAGAACTTTATGTGTCATAATTTGTTGGGACCATTTGAGTTTGGACCCAATGTGAACTTCATAGTTGGCAATAACGGAAgtggGAAAAGTGCTATTCTGACAGCCCTTATTGTTGGTCTTGGTGGTAAAGCAACAATTACAAGCAGGGGGTTATCTCTGAAAGGGTTTGTGAAACATGGAGAAAATTCAGCAGATGTAACAATAAAACTACGGAACAGAGGAACAGATGCATTCAAAGGTGACCTCTATGGTGACTGCATCATTATTGAACAGCGCATCTCAGCTGATGGAAGCCGGACATGTAAACTAAAGAGTAAATCGGGACAtgtaatttcaaacaaaaaagaagagcTAACTGCTATTTTGGATCATTTCAATATCCAGGTGGATAATCCTGTTTcagtattaaatcaagaaatgaGTAAACAGTTTTTGCATTCTAAAAGTGAAGCAGATAAATATAAgtttttcatgaAGGCTACTCTGCTTGAACAGATGAAGAGGGACTATATTCACATCAAGCAAACCAAAGCAATAACACGTGACCAAGTCGAAAGACAAGAAGAGtgccTAAAAGATCTCAGACAAGTATACCTACAGAAGAAGGAACGCTATGAAAATTTGTCATCATTAGATCAAATGAAGGCGACTTTGGAAGATCTGAAGCAACAAATGGCTTGGGCTCTAGTAAGAGAGGTagagaagcaaaaacaacagcttgAAGATCACATAGAGAGTGAAGAAACAAGAGACAGATACAATGAGAAACTTGAAGAGTACCAGGATAAAATTAACAAAGCAGAAAAGACATGCCATGAGATTCAAGAGCGGCTAGAGAATCTGAAGGAGGAGGAAAGCTACTTTGAGGGAGAGAGCCGAAGACTGAAAGAGCAAGCAAGGGAAAGGAGCAAAGCCCACAAAGAGCAGGAGatcgTCTTCTTCCGCACTCAGAATAAAttgaagcaaatggaaaaagaTTGCAGTCTTCTTCAAAGAAGGATTGAGAAACTAAAAAATAGTGGGAACCACAATCAGGAAGATGAGCACTTGAAACGTCAGAAGAAAATATCTTCACTAAATAATCAGTTGGCTGATCTAGACATTGAAGGCAAAGCACTGAGTCAGCACATTAAGGAGAAGCAACAGTCTctctttaaagaaaaagaggaatTTGACAAGCTAAGGctggaagagaagaaaatacaacTTTCTTTAGAATCAAAGAGGAAAATGTTAAACCAACTGAAGGCAAGCAGATCCAATAGGCTCAAAAGATTTGGTGACCATATGCCAGAACTACTTGACACAATAAACAGGGCATATGACCAGGGACGGTTTATAAAGAAACCAGTAGGCCCGATAGGTGCATGCATAATCCTGAGAGACCCTAGCCTTGCAGTTGCTGTTGAAAGCTGCCTGCGGAACTTCATGAAGACCTTCTGCTGTGACAATTACAAAGATGAAAAGGTCCTTCAGGGGCTTATGTCTCGATTTTATTCTAAAGGAAACCGACCGCAGATAATTGTCATCCCTTTTACAGATcatatgtataatatacaaGGACGCGGCGTTCACCACCCAGAATTTCCTTCGGTGCTTGAAACCTTACACATACCAAATTCTGTGGTTGCCAACTGTTTGATTGACATGAGAAACATTGAGGCTATATTGGTCATCAAAgACAATGACCGAGCCAGGCAAGTCATGCAGCAGGGTAGACCTCCTAAAAACTGCCGGGAGGCCTTTACTGGTGATGGGGATCAAGTTTACAACAACCGTTACTATTCTGCTGAGTACTGCAGAGCCAAATATCTTGGTGGGGATTTGGAGGCAGAAATTAGACTGGTGGAGTCAGAGGTGGAAAATGAAACAGCCCAGTTATCCAGGTTTCAGCAGCACTCTCATTCTGTCACCCAAGTTATTAAACAGATGGAAAATGACCTGCAGAGCATCATTATCAATGATAAAAGGAATCAGGCTAGTGTTAACCAGGTAAAGGCAGCTATTTCAGAACTGGAGAATGTGGAGGAACCTCAGACAGAGGACAACAACTCATTgGAAGAAGAAGTTCAGGATATCCTGCAAAAAATAGAAGCTGAGAAGCagaatgtgaaagaaaaaaagaaagagctgGACAAGCACAAACAACTTGTGTCTGAGGCTGATTCAAAATACCACTATGTAAAAAACAGAATGGAACTGTGTGTTGAAGAAACAGAGCCCATTAAGGAGGAGCTGGTGAAGGCTGAAGCTGAAGCAAATAAATTGGAGCGTATTCTCAAGGTCTGGGAGAGGAAACAGAAAGAGCACCAAGATAACATCCAGGCCATGAGAAGTGAGCTGGCTGTTAAACAGGAGGAACTACAGGAGACTGTGGCTAAAGCCAAGCAGATTTCCCCTCAACGGCTGCCTGTTGATAGAAGTGCCAAAAGTATTGACACCGAGATAACGCGCCTGAGACAGTGCatcagcacagagcagagccaACATGGAGACCAGGAGCAGGTCATAAAAGAGTATTCGGAAGCATTGATTAATTACAAGAACAATTCCAGTCAAGTGAAGGATCTGAAGAGGTTTATTGATCGGCTAGATAACATCATGAATGACAGACAGGCAAGATACAAGAAAATGCGCCGGTCCCTCTCTGTCAGATGCAAATTATACTtcaataatttcctttttgaGCTGAAATGCTGTGGATCGATGGCATTTGATCACAATAATGAGACGCTTGCGATTTCGGTGCAGCCTCCGGGTCGAGAGGATGATGACATGAGTGACATGAGGTCTCTGTCAGGGGGAGAGCGCTCCTTCTCCACTATCTGCTTCATACTGTCTCTGTGGGAGATCACAGAGTCTCCCTTCCGATGTCTGGATGAGTTCGATGTGTATATGGACATGCAGAACAGAAGAGTTTCAATGGACTTAATGCTCAAGCTGTCAGAAAGACAATGTCTGcgtcagtttatttttatcacaCCACAAAGTACAAGCACATTGCCAACAAGTGACCTTATTAAAATCCACCAGCTTCAGGACCCAGAAAGAGATGAGGAAGAGGGAAGCTAATAGTACCATGTGCTGGCCACATGCCACTTCAAAGGCCAGGAAGAACACCCTCATTGTGGGTCAAGGGTGGAAATCAGGGTTGACTTTGGGCATGCTGATGAAACCATCCCATGTGCTGGCTCAGTGCCACCAGCCCAAAGAAGACCAGCCTCCTGTTTCAATCTAGAAGAGGTCAAGTTTCTGAACTGTGAACAGTAATCCTGAAAAGATGCACTGGTTGGCACAATCCCAAATGGTCACCTTTAACCTGCTCTTTAGTATCTGCATATACTCTACGTATGCTCTTGAGAAAGTTGAGGCATTCTCCTAAATTAGAGATGCACCCCAAGACCGTCTGCAATAGATGTGAAAATGATGCAGTAAACTTGTCCTGATAAGGGTGATGTGGTATTGTTTTCCCCACCATTGCATCTAAGAGGAGACAGACACTCTATGTTGGGTATATCTGTTAATGGCATATCGATCAGTGAATCCCATCAAGCTGTAATGTGAAGGATCTTCCTGAATCATCATCCACGGCCAGGTTTGGCAGTGCTTTCCGTAATTCCGTGCTAATCTGAAATTAGTTGTTCTCACAATTccattacacacagacacatatacacacactgcaaGTGTAATGATATAAAATAGCCACCATGATACTTATCATGATTGTACTTGCAGTGCAATTGTACTTTGATACACTCAAAATCTGcagacaatgaaaataaaatagaaaacatttttcCCCCTTCCTCCACTTCAGTGCAGATGGTTTTGGAAAGATCAAACAAGAACTCTCTTCCAGGGGGGTATTAGAAAGCTGAAAAAGGTCCATTCAGCCTTGTCCCTTGTGCTTTCTGTATTGCACTACAGCAGAGGCAACCTGTCAAATCCATCCCAGACTGCTCTTACGGCTGAGTGTTgtgagaaaatgtgtttttataagtCTGTCCAAGGGCTAATAAAATGGAGTATGGGTGGAATTTGTAATACAGTCGGCCGTGCATTTTTGACATTAATGCTTTTGGTTTTACAATATTTCCAGACAGCCAATTCAAAAACTAGTTTCTGGGTACATTCATGGACACCCTGCTCCTTGTTTCTCTTGTGTACTTTGTGGTAGTGATGCAAGTACACATGGTTACATATAAATCAGGGCATTTCCTATACACGAGTGGCAAAGCTTACTGGCATTCCTACATGCGTTTAATTAACAAGCCTGCTATCAGCTCATGATACATTCAGTTGATGTTTCCACAGAACATTGGTGGTGTCTTTTCACTtccaatatatacacatactacaCATATATCATTACTCTTAACAGTTTACAGAGAGCGGAGAAAAAACTAAGAACTCCAGGATGTATTGAATTGCTGTAATattgctattttattattattctacttTTATGTATGATTCAGGCATTAAGAGTTTCGAACTAaacaccttttatttattactgtataCATGacagtattcatatattcacacactgcacttttttgttccttttactGTCTGTTTTGATTGCCCATCTTTTGCCATCTCATTTGAACACAAAGcatcttcaggtgttttttctttctttctgtatgaTGACTTGGCTGTTTCTTCCTTTAGTCCAGTTTAAAACAGGTGACCTTTTAAAACTTTTCATCCAGGAATACCTTATCCTTCCTGAGGTGATCTTTGGGtcattgtttgatttaaatagGAACCCGAAACATATATTTTCTCCTACTATAGATAACGACTAGTAAAAGTACAGCACCAGACTGCAGCAGTACCTC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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K22804 SMC6; structural maintenance of chromosomes protein 6

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00004208 True 8968 mRNA 0.39 27 37570803 37607222

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00004209 SF3B6,sf3b6,pm14 coding upstream 537 37567333 ~ 37570266 (+)
AMCG00004198 NA coding upstream 25015 37529762 ~ 37545788 (+)
AMCG00004205 NA coding upstream 85171 37478830 ~ 37485632 (+)
AMCG00004206 NA coding upstream 92116 37476289 ~ 37478687 (+)
AMCG00004199 NA coding upstream 125516 37427449 ~ 37445287 (+)
AMCG00004215 LOC106593169,LOC107726627,LOC107690899 coding downstream 481641 38088863 ~ 38186137 (+)
AMCG00004216 NA coding downstream 606160 38213382 ~ 38220095 (+)
AMCG00004214 NA coding downstream 618334 38225556 ~ 38226811 (+)
AMCG00004218 NA coding downstream 1124286 38731508 ~ 38743566 (+)
AMCG00004222 NA coding downstream 1218599 38825821 ~ 38833968 (+)
G6471 NA non-coding upstream 54305 37514882 ~ 37516498 (+)
G6428 NA non-coding upstream 226358 37344061 ~ 37344445 (+)
G6427 NA non-coding upstream 229789 37337526 ~ 37341014 (+)
G6421 NA non-coding upstream 252657 37315645 ~ 37318146 (+)
G6405 NA non-coding upstream 305299 37158176 ~ 37265504 (+)
G6573 NA non-coding downstream 648007 38255229 ~ 38255483 (+)
G6585 NA non-coding downstream 809376 38416598 ~ 38418776 (+)
G6586 NA non-coding downstream 859174 38466396 ~ 38466643 (+)
G6598 NA non-coding downstream 1009022 38616244 ~ 38616464 (+)
G6617 NA non-coding downstream 1142692 38749914 ~ 38756252 (+)
G6369 NA other upstream 570645 36999357 ~ 37000158 (+)
G6328 NA other upstream 679057 36861547 ~ 36891746 (+)
G6314 NA other upstream 796280 36774001 ~ 36774523 (+)
AMCG00004179 ptrhd1,LOC103399259 other upstream 872918 36687630 ~ 36697885 (+)
AMCG00004167 NA other upstream 1292569 36261788 ~ 36278234 (+)
AMCG00004210 fam49a,znf395,LOC108440968,LOC106571599,LOC107696187,LOC107553485,LOC106608122 other downstream 225401 37832623 ~ 37847720 (+)
AMCG00004257 dusp10,LOC106607590 other downstream 2719188 40326410 ~ 40341235 (+)
G7094 NA other downstream 3852354 41459576 ~ 41507231 (+)
AMCG00004304 NA other downstream 4603208 42210430 ~ 42216362 (+)
G7329 fabp7,LOC108247051,LOC104945778 other downstream 5081557 42688779 ~ 42691109 (+)

Expression


Co-expression Network