RNA id: TU95206


Basic Information

Item Value
RNA id TU95206
length 5801
lncRNA type sense_over
GC content 0.41
exon number 2
gene id G70572
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035904.1
NCBI id CM008307.1
chromosome length 27092187
location 2054736 ~ 2097968 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

ctccagttggCCACATCTTTATCCACTATACATATATGAAATTTTACATATACAATACAAAAGGAAAAGAGGGTGTGAAAAGCATTCATTTTGCACAAAGAGTTTGAGGGAGTGTGTTCTCAGAAAGGGGGGCAGGGGGGAGGGCGTTTGGGCAGAGTCCGGAGCAAGAAATTCAGCGTTATGACGAGAAGAACCGGAAATCAAAccaaataagaagaaaaaaaaattaaaaaaagaatgtttacAAGTGCATGAGTGAGTGCAAATGGATGCGTCTCCACAGAGCTGTGGATTGCTGTCACTTGAGAAGCTGATTGGTAAACAGTGATATGTCGTTCCGTGTCTGCCTGTTCTCGCCTCTGCAGAAGATaatgtattactgttttttttttttttttttcctcctgccctcgtctctctctatatctgtaCTCGCACGCTAGGAAAGAGGTCAATCACTTGTTGCTCAGATGGCGCCGAAATGACGAGATAAAATCCTTCGCTTTTCTTTAACACATGCAATACAACGCTTTGGGAGGTACACAAAGTGGAGAAAATttactttttccttttcttcccttttaattttttcatattttttggtAAATTTGAAACTATAAGAAAGAGGAAGTTGAAGTGGCTTGGCTTCGTTGATGTTCTTTTTAACAGGGTTGGTTAGTTCAGAAGCCCTAGGCCAGAAACATACTCAAATTAGCAAGTATGCTAACGCAGATGCCAGTGTTGCACGGCCAATGCTCTACAAACCTGAGCTTcttttatcatatattttaacagtttaaccgCCAAAGTACCGTAAAAATGCTCAGTTAGTTCTCAATGGGTTGTGATAGAGGACTATTCGCATTGTCTGTCATAGCTATAACCCTATCCTGTTTACAGTCAACTGGAATTAGCACAGCAACAGTGCTAGCTACATAACATTTTGGCTGTTGCTGTAGCCCACACTTGTTGCaacatgttaaaatgttttgctACAGAATCGTTAGTTTTGTGAACTCTTTTAATAATCGTATTGTCTGTAAAACAGGTTGGTGTTACCGCCGTGACAGTTGACCAACAACGTAGCACTGCTTGCGGCAATGCTTTAAATGCTACTCATACATTGCTTTGGTGCTTAAAACACCAAATTGAGGGCCATAGAGGACAACTTCCATGACTGTTGATTGGAAAAAGCACATCGCCAGCACTATAAGACAAAATTAACAAATGTTTTAGGTACTGTAGTTTTAGGAGGAAATTTCAAATGTCTTAAAGCAGCAATTACCTGTCACTGTAGTACTGTTTGCAGCTATGCTTTTAATGCTGCTGTACAAAATGTACgtgtttttatattactttGACGTTTAAAACACTCAGTACTTAAGGGAAAGAGGCAGTAGACCACAAATCGTATCTGTTAGCAGGATGGGTTAAACGCTATGACTGTTGATTGGGGGGGAACACAGATCCAGTGGTTCACTGAAATACAGAATCATTAGTTTTGTAGACTCTGGGCTAATCTTGTTGTCAACTCCAAAATACTAGCAACTTGATTGTTACTTTATCGCTGCTTGCCGCAATGCTTGATGTCCGTTTGTACATCACTTTGGTGCTTAAAACACCAAATATAGAGCGATGAGTGACTGTTGGCTGGAAAAAGCACATTGCCAGCACTAAAAGACAAAATGTCAcaaaagctgtgatttagaaaaGTTTGTTACTTTTCTAATCACAGCTTTTGTAAAGCAACAGGAAACCCGAAAAATGCATTGCATTTTGCGTCAGTGCTTTAAATTCTGCTGTGTAAATTGAACATTTGGGTTTTTTACAGTACTTtggcattttaaaatgatcGGTTTGTAAGAGGACAGTTTGAGGAGCAAATCACAGCATCTGTAAATGGATGGGATTGCAGCCATAGCTGTTTACTGGACGAAAAGCATGTAGTCAGTGCTACAACACAACTTGGATGTCACTGTAGTGTTGCTTGAGGCAACACAAGATGCAGTTATACAGAATTAACGTCTGTTCTTGCACTGTTTTCGGTGTTCGAATTCTCAGAGCTTAAGAGGGCGATAGAGCACCAGTTGTATTGTCTGTAAACTGGGTGCGATTACCGCCATGACGTTTCCCCTGGAAAAAGCGTATCAACTTTGTTGCTGATAGAGCCCCAGAATGGAGCTTGCAAAAGTAGTGCATTATGAAATGGGTtgctacatatatatttttaacgaAATTGCGTGGGAATCCCAGTCTTTGTAGCTTGAAGCATCTGCGTTTGCTATATTATGTGAAGTATGTTTCCGGCCTAGCTTTCACCACCTATTGACTCTATCATTGATGTGTGTGGGCTTTTTGTATGTAGATGTTGCAAAAAATCATTAAGTTTCTGGAAAAGGTTAGGCTACACATTGACTTAATGGCCTTTTAACATGGTTCATGTAATTCTGCTTTAGAATAAGGGTGAATTGTCTtgtcatttctttctttaaattgaCTTATGGTTGGTAAGGGTCTGAGGTGGAGATGGTTGTTACATTTCTATATAATTACGATGCATAACACTTTCTTAATTTGACTTGCAAAACCTTGCATCTTAATTTTTGTGGCTCTTCACTTTCgtacagattttttaaaatgccGCAGAAGGAATTGGACTCAAATCTTACATTTGAGCATTAAGAAAGtcttattcttattaaaaaaaagtcccttttttggtaaattttgagaaaatatatttgttttgccCCAATCATTCTAGTTGAGCCGAGCCATTTAACCCACCCACTTCAAACAGCAATGCTAATGCTCTTTAAAACtcgaagatttttttccaaGCTGCCCCTAGTAATACAGCGTTATTAGGTGGCAAACATTCCTGGAGGAAAGCGCCACATCCCAGCTATAATACAacagccaacagatgcctgtgtcCACCAGCATTACAGCATCCCCAGCGAGTGAGAGTGACAGGGTATCTGCTTAAAACCCATTAATACtatctctgactctggctgctgatgtcaAACAGGCAATCCCCTCTGGCTGTAGTCTGCAAACCACACTGAAGCCAtaaatttgccatttttttctAGAAAGTATTGCATCAAATCTACATAGAAATGTAACAATTGAATCAAACAACTACCAATCTCGTTTCATTTCTTATATCTTGCAAAATGCAATAATCCCCTcacactgccctctagtgggcTGTTCTTCTCTTCCTTCAGCCCACCAATCAGACTCCCTCTCGGCAGTCTGTGCTGTGGTGGGTAAttactccctccctcactcttcACTCCTCACGGCACGTTAGCTGTAATGCTTTCTCTATTTTAAGTTCTGCCAAAAATACCTCAGATATGAGCAGCAGAGCCTCagaagattttatttattttttttttctgggcacGCCACTCAAATCCTTTGCCTCAGTTTTGATGTGATGTGTAACTAGCGTGACTAGCGTAACTAGCATCTAGCTTTACCACCTTCCTTTTgctttattagttttaaaaccaCTGGGCTATTAACGGGTTACAGGTTCTTTTCCGGTCCTGGATGATCAGCCTTGTCTGTGACTCCGCTGTCGATTAGATCAGGTCTTGCGCCTAAAGTGTCGTCACTTACTGTTATGTGTTATCTCATATTCTCATCATAATCATAGCTGtcgtcttttttttattccaccCCCTCTCCTCCCCCTGTGCATGCCCTTACACAATGTCACTCTACTGCAGATTTTCAGATCCTCATCCTCGGCGAAGGTTAGACATTAGTTAGACTTGGCTCAGCTCAAACCCCTCCCTACCACGCTTTTTCCCTTTCCTTGTCCTCCGAGCTTATAAATGAAACGCAGCGAGCTGCTCCTGCTACCACCGACCGCTGTGCCGGCTTCTTCAGCAGTCTGATGCTAATGCACATCCTCTCCCTGCTGCATACAAATGTGTCCTGACCCAGCCCTCCCCCATCTCCCCCTCCTGTTGGTTTAGTGGAAAGACTTCAGACTATACGCTCTCCCAGGAGCCTCGCAActcttcactttctctctttccctctttctaaGTCTCTCGCGCCTTCTCTCGCGCCTTCTCCCTCACTCATTCATCTGTCTAACCCATTCATCTCCCTGCCACGCTGTCACGTCGTGCCAGTAATATGCCTAAGATAAAGAACCTCCTCCGCCGTTCAGCCATCCTGCATCAGGAATGTCAATAAAAGTGCTCtgtctttttccttttccttttcccCTCCCATCCTCCCTTCTCTCCTGTCCTTCCTTTCCCTTGTCTCGGAAGACGAGTGCAAGTGCGTCCTCCGACTGAACCTTTGTAAGTGCTCCTGCTAAATGTCCACCCGGTCTAAATCTTTCTTTTTGGAGCAGTGATGTAGGTGACAGAATATTAGATTCCTTCTGCCCGGCTCTAATTGGCTCAATCTTCAAGCTGTCAGGTGTGATTACACTCTCCGAGGCATTGAGCAAGGCTGTTGTAGAGCCAGTATGAATTTGATTTCTTTGGACTAGTGATTCTAGTGTTCTATCACTTGTTTTATCCCCTCCTCTTGCTCATTTTCCCTTTTATCCTCTCTTGCACGAAAGTCTCTGTCTGTTACTTTAATCTCTCTGTTTGGTGATTGCATTTAATTGTCCTCTACTATAAGTTGTTGTTGATCTCCTCCTAACGTCATTTATGACGCAGTGGTCAAAGCAGCAGCAAACCGTCACAGTGAGTATGTCGTTGAAGGGCTGGAGTATTTACCTCCAAGCCAtcgtcattttttttttccctctatcTCTCGCTTCCTCTCTGCTGGAAATAAGAAATGAATGAACATGTGTACGCTCAAAGATCAAGTAAGCGAATGTCTGTGCGTAACATTTATTAAATCCCTTCCAACGTCATTGTCAAGGGAGCAATCCAGACACTTGGCAAATGTAAAGCAAATGTAACGAGTCAGATTGAACATTAACCTTTCCGCACACAGTGGCCAGC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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU95153 lncRNA downstream 756707 1297709 ~ 1298029 (-) True G70528
TU95151 lncRNA downstream 765616 1288873 ~ 1289120 (-) True G70526
TU95146 lncRNA downstream 786294 1267968 ~ 1268442 (-) True G70521
TU95140 lncRNA downstream 890266 1164203 ~ 1164470 (-) True G70515
TU95137 lncRNA downstream 908722 1145783 ~ 1146014 (-) True G70512
TU95208 lncRNA upstream 86626 2184594 ~ 2185975 (-) True G70574
TU95212 lncRNA upstream 132523 2230491 ~ 2230944 (-) True G70578
TU95213 lncRNA upstream 139331 2237299 ~ 2237515 (-) True G70579
TU95238 lncRNA upstream 213317 2311285 ~ 2346852 (-) True G70597
TU95239 lncRNA upstream 215828 2313796 ~ 2322706 (-) True G70598
XM_022671899.1 mRNA downstream 1019720 1009886 ~ 1035016 (-) True LOC103042850
XM_022671898.1 mRNA downstream 1048859 988446 ~ 1005877 (-) True LOC103041113
XM_015603201.2 mRNA downstream 1072133 975095 ~ 982603 (-) True rps5
XM_015603200.2 mRNA downstream 1072155 975095 ~ 982581 (-) False rps5
XM_022671888.1 mRNA downstream 1116552 932017 ~ 938184 (-) True LOC111193040
XM_022671944.1 mRNA upstream 337712 2435680 ~ 2488996 (-) True LOC103026657
XM_022671945.1 mRNA upstream 403020 2500988 ~ 2535981 (-) True LOC103022920
XM_007257740.3 mRNA upstream 563543 2661511 ~ 2678905 (-) False dctn4
XM_007257739.3 mRNA upstream 563543 2661511 ~ 2678905 (-) True dctn4
XM_022671946.1 mRNA upstream 606227 2704195 ~ 2742373 (-) True tnip1
TU95334 other upstream 637900 2735868 ~ 2745072 (-) False tnip1
TU95670 other upstream 1249832 3347800 ~ 3353599 (-) True G70924
TU95798 other upstream 1671193 3769161 ~ 3807099 (-) False LOC103042226
TU96020 other upstream 2313980 4411948 ~ 4413011 (-) True G71175
TU96095 other upstream 2784202 4882170 ~ 4884488 (-) True G71235

Expression Profile