RNA id: TU446054


Basic Information

Item Value
RNA id TU446054
length 2362
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 2
gene id G323917
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NW_019172900.1
NCBI id APWO02000129.1
chromosome length 294554
location 195401 ~ 210415 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

TCTGAGTCTGAATTCAGTCACGCTGTCAGCTCTCTACTGACAACCAATTACAAACCCATCAGTCCTCACTACACTCTCCCACACTGCAGCTTCACATCCAGAGCTTCACAATTACACTTCTTATTCAATAActcttattaaaatgatttctgGATTCTTTACATATTCAAGGCCGATTCAGAGGCTATATCTTACACAGATTTATGTGAAGTATTGCACAGTTCTAATAAGAAAACACTGTCTGAAGCCCTCTGCTTACCAGAGCTTTATCTTAACATGTTTCTTTAATATCCAATGTTGATATATATCCATCTTGATCATGTTATTACAGTTACTACAGAAATTATAATCCTTAACAATCCTTTAACATCAAGTTAATGTTAGCAGCCATTTAAAAAGATGTGCTGGAGCTTCTTTTCATCCCTAAAGACACTTTAACATGTGCTACTAGCGCTGCACAATATTGGTCTTTTGCGACAATATACATTGCGATATTAAACTATACAGCCCCTCCCCCACTTGTGTGCTTGTTTGTGCGTCTTGTTTCAGCCAATGactcaaaacccgagaaaaacagcaaaactacaGTAATTGGCCCTTTGatcagcatttaaatgtctttttaaaaggtaaataagattaaaaataagtttttctgggattaaaagtgtgaattcagctgtaactggaaatatctgcgctgctaaactgtgctggactgaagagcacagctttccacatgtGCTCACgcttacaagcacgtgcccaaccatgtggatggaggctaTGGTTACCTTGggtttagaaaaatataaaaagacatTGAGTTTAAGGATTCTTTCATCAGTTTTTAACTTCATGTATCCAGTGCAGTCATGCATTCAGAAACACCATATTAAACTACACAGCTCCAAACTCACAGTTCAGCTCAGAGATCTGTGAAATCTCTCACTGAGTTCTGGAGTTCTGGTCTGTCTAATATAATTCAATCTTAGTGTTGGAGCACATTCTGTCCAAAAGGTCTAATGGTGTCTGCCAGGGTTCTGGTTTTGGACCTCTAGCTTTCTTTAAGGGAaagcacagagacacacagaaaacacaggttcaCAAAGACAATTCTAAACTCAACACTCAAATCTCCATCTGTAACTCAGGCCTGGAACCCACCCAGCCTGAATCCACATCCATCATCCTGCTAACCATGAGCCGACCACTCCAGCAGAGTCAGAGCACTGAAAGACGAGGAACAACTGCAGTCAAACCCCCACAGATCCTGAACTCCTCCAGATTAAACCAACGaccaaacacagaaacactgatcAGCTTCAGGAACTGAGAAACTCCTCACCCTCTATAAACAACCTGATAACAGGAGTGGAAAAGTACAAACGGTGACTGTGAAGTGCTGATTTTAGCACTAGCTATGGAAAAAGAGGGTTATACACGCCAcgttaaaacagaaataaacattttattcaataacaaaacaaaccacAGAAACAGTCTCTCAAAACCACATTTATACAAATTTAccccaaaatataaatatatgaaaacgTCTCTCACACAGCTCACGAACAGCCAAATCACTGAGCCAGTAAATCTCAATTAAACTCAATCACAAACTCTGACTTTAAATCAGCATATATATACTGGAATATTTATGCTTTTTTGCTTATTGATCCAAATTAAGGCAGCATGACAACACCACAATTTCAGAATTAGCCAGAGTTTATAACTATGATTAATGCATTTCAGTCCATACcatcaataaatcaattataGCTCCGTGATTTGGTCAGGAGTATACTTTTTTATGCTGACACTGTAGCCACAATCTACTAAGTAAACAACTTGTTATCTGGGGCATTTGGTGCCATAAACCACATCTAAATAAgtctattaatatttagtgaaCAGCATTACACAGTTTGATGAGTGTGTATCACATTCTGTACACATACCTacattggtaccactttaaaataagtctccttttatatagtttataaaggagtttttttaatgaggttataaaccattaataagcagttataacacagatagaaagggcaacagtggcctgtcATTTACCAAATATAGTGATTGTAGTGAATgttcatttatactgtttaacctcagatcttactagattcttatcttattttgtctttttatcagTCAACGTTAACttaatttctgttaataactttattaatttaactataaaaacatatcaaatGGCTAAACTGACTTAAATTATtctctatattattattagatatgttaaagTTAAGTTAATTGTCACTGCTGTTCTCTCTATGTGTTGTaagtgattattattaatgtttttttttttttt

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU446039 lncRNA downstream 30826 163909 ~ 164575 (-) True G323909
TU446036 lncRNA downstream 47827 140332 ~ 147574 (-) True G323906
TU446031 lncRNA downstream 56027 136000 ~ 139374 (-) False G323904
XM_022667270.1 mRNA downstream 16124 174998 ~ 179277 (-) False nms
XM_022667279.1 mRNA downstream 27965 141909 ~ 167436 (-) True tbc1d8
XM_007235500.3 mRNA downstream 60374 128837 ~ 135027 (-) True cnot11
XM_022667275.1 mRNA downstream 83364 103958 ~ 112037 (-) True lrrc63
XM_022667267.1 mRNA upstream 6938 217353 ~ 271612 (-) True edar
TU446046 other downstream 16076 174974 ~ 179325 (-) True nms
trnal-caa_87 other downstream 59950 135342 ~ 135451 (-) True trnal-caa_87
XR_002649601.1 other downstream 83365 104213 ~ 112036 (-) False lrrc63

Expression Profile