RNA id: TU73603


Basic Information

Item Value
RNA id TU73603
length 5450
RNA type TUCP
GC content 0.36
exon number 11
gene id LOC103042298
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035902.1
NCBI id CM008305.1
chromosome length 52532229
location 26558406 ~ 26569939 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

AAGTGTGGGGCTCAGGCTAACTTCCTGCACACAGCAGTACCGTGTTTaccagtgttaaataaaccctCTCAGGGTTCAGTAACCGCCGGGCTCAGCTTCCTGAAACACGGGGGGGATGTATCTCTGTACACCCGCTCTTCAGCAGGACAGAACCAGCGGAACAGCTGCGCTCTGTACACAACATTAACCCGAGCTACAGGTTACCGGAAGAGCCGCGCTGTAGATCCAGGagcaccatgtccagaagaacCTCTTCCTTCACTTCTTCTCCTCcgtctccctctccctctccttctgTCTCCTTTCCTTTATTCAGTCCTGCTCACAGAGACGGGAGACTGCTGAAGCtcgtttctgctgttttttatgcTGTCAGTTCATTTCTAATCATCGTTATCAACAAGACTGTTCTCACCAACTACAGATTTCCTTCATACACATTCCTTGGGATTGGACAGATGGCATTCACCATCATCATTCTCTATTTAGCTAAATCATTCAAAGCTGTCAGTTTTCAGGACTTTGACAAAAGCATACCTGTAAAGATGTTTCCTTTACCGTTACTCTACGTTGGAAATCATGTCACAGGTCTGGGAAGCACAAAGAAATTAagCTTACCCATGTTCACCGTGCTCAGAAAATTCACTATTCTCCTCACAATGATAATGGAGACCAAAATATTAAGGCTAGATCTGTAAAACCTGTTTAACCTTACAGAAAGACGTTTTCACCTCAGCTGGTGTGCAGTGTACTGGCCATTGTGTTCGGGGCTCTGATCGCTGCAAGCTCTGACCTTGCTTTTGATGCAGAGGGATACACTTTTGTTCTCCTCAATGATGTCTTTACAGCTGCCAGCGGCGTTTATACGAAGAAGAAATTAGGAATAGAGGTATGTGCCTAATAAGGATATATGGATAAATTAAATTGGTTGACCTAGAGTTGCAAACATGTTGAATTGTTTATGGAGACCatgttctgtttcaaagatacatgtaaaaaaaaaatttaacttacaaaatttttgttttagtttagggTAAATCTAGTTTAATACATTGTTGCACTGTGTTTTTgtgaaatttaaacaactacactgcaaaaaactaaatcttagcaagtgattttttttatttaaggcagtaaatcttattttcttctctgataagactttttgtcttactaagtgattattttgcttattttagggataattatcttaatcattcttactcagaatttgtaccttattttaagtaatttgaactcaaaaaatGGGCACAATCAAGCAggaatcaagttattctgattcttgtgtccaaaaacagtgacttttttttgcttgatttaggtgttgcttcactcattttgagactttgtcattgctttttgtaagaaatcttactaagaaaattttgcttaccccattggcagatttattttacttaatatacatatatttgtcttaatttgcctgtattttgtctagtttttgccaattgattttttgcagtgtatgctgtggacacaaaaggcacattatattaatattaatctatataaTAATTCATCCTGAGTATTCAGCATCATCCTTCGAAATCATTAACTGTTTACATAATATGAGCTAATTCCCAATACATGGGCCTGTAGGAACAGTCCAAAGGACCTTTAAATAGAACATTGTTAGATTAATGTACACATAAGATGAGGTTAAACTActatttgtactatttttactgtatctTAGGCCAATCTGATTGGCTCTATTCTGCAGATATTTCCATGTCcttgttttattgtaaatttatttattatggttGAATATTGCAAAGCATATTGTTTTCCAATTTATGTTCTTCTTCTTTCGTTTTCTGATTCTTcttgttcttatttttcttctggATTTTCGACACGTAACTCAAAACACAGCTCACGAGGTACTGACACTATTCCAACTCAAGATTTTTCTATTTGAGTGTGTGATTTGGGCTTATACTCATTCACCTGCAGCATTCATTTTCACCCCTTCATAGCATCACTTTTTTATGGCCATCTCCTGTAATTGTGCTGGTACTTTTTACTTTCATTCGCCCCCATtccacaaccccccccccagTGCCGACGGCCTAGAGATTTATTTGCCAAGCAGACACCAAACTGCATATACTCCTTCAGGATAAGTCTCTAAGCTTTAATTCTCAGCTGTACTTACCTGCACTCCTCTGTTTATCATTTCTCTTGTTTGGTCTatgttgtgtaattttttttttaaatatatggaaGAAATATAAAAGTAGGAAAAGTCAGGAAACGCACAGATGTACAAAAAACTTGGCAGTGATCATATATTCAATCAGCCACTTAAAGACCAAATTTAATTGGTGGAAACATTTTATATGTAGATGGTTCTCtttgaaacttaaaaaaaaaagattctttaTAACACTAAAACAGATTTCACTATCGCTACGAGGTAAACAGCGCCATTTGCTGGGAATGTAAAAACCAGTGGAAACAGGTCCTGAAAGCATGTAGGGCCTTTCCCATTAAGTAAACACTGGATTTATCTGTCACCTATTAACTCTGCCGTTACATCGGGTTGATGTATTTCTCTGCTTTCAATAGGGCCTTGGCAAGTACGGGCTTTTGTTCTATAATGCGTTCATCATCATTATACCCACTATTTTGGCAAGTGCCTACACCGGAGACTTGGAAAAGGCCATCATGTTTAAAGGCTGGATGTCTCTgagttttattgtatattttatgatGTCTTGTGCCATGGGGTTTGTATTGATGTACTCCATTGTTCTGTGTAGTCATTACAACAGTGCCTTAACCACCACAGTCATTGGGGCAATTAAGAATGTTGCTGTAGCCTACATCGGGATGTTCATTGGTGGAGACTACGTCTTCTCATGGCCAAACTTTGTTGGACTGAATATATGTATCTCTGGTGGCTTGGTGTACTCATATCTGACCTTTCATGGTGGGTCTTCTGCACAAACAGCAACCCAGGAAGAGAGCAGACTGAGAGTTCATGTGGTAGAAGAAAACACAGAAGAGAAAAGCCAGTTCTCAGATATACTAACACTACAGTCTGTTAAACCTCCAATCTGAGAGTGGATCATTACAGGGTATGAAGTTACTATCAGGGATTGTATTGTTTACAGTAAATGTGTAGTTTTTCCCCTGTGTAGATGAAGAATTTCTGCTCACTTATTTTGAACCAAATGCAATATTGTTAAGCTTCAGAAAATTGATATACGAATATTCGATATATGAAGGTAAAGTGTTAACTTATTAGTTTAAGTTTATTGTGTCCAATCCATGTGACCAATCTAGCAATAACAGACATTTTTATACACAGTAGCTTCATTACGGGGACGAACAgaaaagtacagtatattttactgtacattaaGGGACAGTTCCCCTGACAGAGATTATGCCTAGTCTTGGACTGTACTGTATTTCTAATGTAGATTtctactgaaaataaaatataatctagATTAGATTAGCCCTAGTTTTTGTCCAGGAACCTGACTCAAAGTGAAGTaaaattgagcaaaaaaatgCACAAGCGAAAATGGAAGGACCTTGACACTGaaacatatttaagtttttaaggTGCTATATTTGGTAATATGGTAATTAATTGGTTGTACTGATCCTAACAGAAAGATTAAGTTGCTTAattgttggtgatattattttaatcctcctgttatgttctgggtcaaattgacctgttttaagatcagtttaaagatctagtaaaaacagttaaaagtatttgttctgtatgaaacttcttctgtttgccttaattagtgtaatcaacatatagtAGGAATATGGTTCATCTCATATTCGCAaccaactaaaacaaaattgcaatgttatgtttcattgttatgtaaaactattgatttttatatgttggtcttttaaaagtaaaaacgtAGTGAAAtgtcaaaaaacattttaaaaagtattgtttttatgaaaaacaagttaaaaatcCTAACTGAactattacctgttagaggtaagaaacTCCAAATAATGATTaacaatatttacactgcttggtGCTGGTTTCACACACcactgctgttcctgacaaatgaatgTACAAGTAGGGTTAAATAGTATAAATTTAAATTGGCGTTATTATAGTTATAATTAATCTAACTTGTAACTTATTGGCAGGAGAAAAGAAACATCTCCTGGTACTTTGAATGTTTAAATGAAggtcaataaaagtatttaattttaataatactttgttttaatattatagaAACAAAGGTATAAATAATTCTATTAGTAGTTACATGGTTCTTGGTTGGTTGTGTGTTGCAGAATTAGTGATCCTATTTTTGACGTCTGCTGTTGTCTCTCAATCACACCTTTAACATTTGTTTAACATTGTTGGCTTGTATTTTAACCTAGCATGGGCATGTGGATCAGGCCTCGCTCCAGCTCATATCATTGATATCACCTTGATAGTAatacactggccagtgttcagcctcactctgAATGTAAACACTCACACATCAGGTGTGAATTTACATGCTgcttttggcatatcagtgtgcTTGTGTCAGatactacataaaataaaatgcctTTACTAAATAACTACATGTTTATATGTTAACTGCTTAGATTTATAAAAATGGCCGGTCCATTAGCTTATAGCACAATCACCGCTAACAATACTAAAGCAAATATACAGAATTTTAAAGCCAAAAATGGAATGCTTTTGTATGGTTAAGTCTATATGGATGTTCTTGGACTCCCACATTTCTGTTACACTGGATTTGATgaggttgttgttttgttgtcaGTGCCGCCAAAGATGCGTTGCAGATTTTATTGAACTTGCACTTAAAACCTCCAAATGTGATTATCGTCATTTCAGTTCAACCTggaaacaatgtaaatataccaaaaatcagatttggtctGGCAGTGTGAACATAGCCAAA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU73597 lncRNA downstream 6870 26546072 ~ 26551536 (-) True G54592
TU73585 lncRNA downstream 237913 26314592 ~ 26320493 (-) True G54580
TU73579 lncRNA downstream 381259 26139316 ~ 26177147 (-) True G54574
TU73574 lncRNA downstream 535302 26022850 ~ 26023104 (-) True G54572
TU73505 lncRNA downstream 563733 25939702 ~ 25994673 (-) True G54524
TU73609 lncRNA upstream 3469 26573400 ~ 26576425 (-) False ccl28
TU73630 lncRNA upstream 101977 26671908 ~ 26676623 (-) True G54613
TU73640 lncRNA upstream 130665 26700596 ~ 26701882 (-) True G54623
XR_002650059.1 lncRNA upstream 156720 26726651 ~ 26734830 (-) True LOC111192648
TU73674 lncRNA upstream 179145 26749076 ~ 26749279 (-) True G54651
XM_007254053.3 mRNA downstream 29202 26095111 ~ 26529204 (-) True fbxl17
XM_022670403.1 mRNA downstream 29202 26188106 ~ 26529204 (-) False fbxl17
XM_007254052.3 mRNA downstream 592341 25780429 ~ 25966065 (-) True efna5
XM_015607074.2 mRNA downstream 937141 25612122 ~ 25621265 (-) True lrrc2
XM_007254050.3 mRNA downstream 938749 25612122 ~ 25619657 (-) False lrrc2
XM_022670413.1 mRNA upstream 3751 26573682 ~ 26575743 (-) False ccl28
XM_007254071.3 mRNA upstream 24409 26594340 ~ 26599322 (-) False ubox5
XM_007254070.3 mRNA upstream 24409 26594340 ~ 26599322 (-) False ubox5
XM_022670408.1 mRNA upstream 24409 26594340 ~ 26598125 (-) True ubox5
XM_007254076.3 mRNA upstream 31532 26601463 ~ 26614549 (-) True lzts3
trnak-uuu_38 other downstream 962409 25595925 ~ 25595997 (-) True trnak-uuu_38
trnak-uuu_37 other downstream 963242 25595092 ~ 25595164 (-) True trnak-uuu_37
trnak-uuu_36 other downstream 964075 25594259 ~ 25594331 (-) True trnak-uuu_36
trnak-uuu_35 other downstream 965489 25592845 ~ 25592917 (-) True trnak-uuu_35
trnak-uuu_34 other downstream 966901 25591433 ~ 25591505 (-) True trnak-uuu_34
TU73608 other upstream 3469 26573400 ~ 26575743 (-) True ccl28
TU73957 other upstream 596755 27166686 ~ 27168510 (-) True G54854
TU73985 other upstream 899287 27469218 ~ 27473347 (-) True G54873
TU74086 other upstream 1158780 27728711 ~ 27731079 (-) True G54947
TU74195 other upstream 1583490 28153421 ~ 28157449 (-) True G55023

Expression Profile