RNA id: TCONS_00000111


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00000111
length 111
RNA type rRNA
GC content 0.54
exon number 1
gene id XLOC_000054
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 3759924 ~ 3760034 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

Gcaggcagctagctctctgcaactctcacatggtcacaatctgaagctaagcagggctgcggtcagtacctgaatgggagaccacatgggaaagctaggttgctgccagaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000121234

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003016 lncRNA upstream 39321 3718666 ~ 3720603 (+) True XLOC_000053
TCONS_00000101 lncRNA upstream 1460378 2296591 ~ 2299546 (+) True XLOC_000048
TCONS_00002808 lncRNA upstream 1736279 2023409 ~ 2023645 (+) True XLOC_000044
TCONS_00003015 lncRNA upstream 1754292 2001716 ~ 2005632 (+) True XLOC_000043
TCONS_00000077 lncRNA upstream 1860081 1898909 ~ 1899843 (+) True XLOC_000039
TCONS_00000113 lncRNA downstream 838026 4598060 ~ 4680477 (+) True XLOC_000056
TCONS_00002809 lncRNA downstream 1141426 4901460 ~ 5030155 (+) True XLOC_000057
TCONS_00003018 lncRNA downstream 1551445 5311479 ~ 5313595 (+) False XLOC_000059
TCONS_00003017 lncRNA downstream 1551445 5311479 ~ 5313595 (+) True XLOC_000059
TCONS_00003019 lncRNA downstream 1946936 5706970 ~ 5728684 (+) True XLOC_000064
TCONS_00000110 mRNA upstream 723905 2712956 ~ 3036019 (+) True XLOC_000052
TCONS_00000106 mRNA upstream 1315714 2301974 ~ 2444210 (+) False XLOC_000050
TCONS_00000109 mRNA upstream 1316152 2431956 ~ 2443772 (+) True XLOC_000050
TCONS_00000105 mRNA upstream 1350798 2301974 ~ 2409126 (+) False XLOC_000050
TCONS_00000103 mRNA upstream 1364951 2301961 ~ 2394973 (+) False XLOC_000050
TCONS_00000112 mRNA downstream 341707 4101741 ~ 4154332 (+) True XLOC_000055
TCONS_00000114 mRNA downstream 1513447 5273481 ~ 5277583 (+) False XLOC_000058
TCONS_00000115 mRNA downstream 1515777 5275811 ~ 5277577 (+) True XLOC_000058
TCONS_00000116 mRNA downstream 1642442 5402476 ~ 5419116 (+) False XLOC_000060
TCONS_00000118 mRNA downstream 1662405 5422439 ~ 5434261 (+) False XLOC_000061
TCONS_00000104 other upstream 1318241 2301972 ~ 2441683 (+) False XLOC_000050
TCONS_00000108 other upstream 1356700 2403103 ~ 2403224 (+) True XLOC_000051
TCONS_00000102 other upstream 1457301 2301958 ~ 2302623 (+) False XLOC_000050
TCONS_00000100 other upstream 1460378 2286849 ~ 2299546 (+) False XLOC_000048
TCONS_00000098 other upstream 1471151 2272261 ~ 2288773 (+) False XLOC_000048
TCONS_00000117 other downstream 1642500 5402534 ~ 5418507 (+) True XLOC_000060
TCONS_00000120 other downstream 1677356 5437390 ~ 5487162 (+) False XLOC_000062
TCONS_00000121 other downstream 1678709 5438743 ~ 5450444 (+) False XLOC_000062
TCONS_00000123 other downstream 1737251 5497285 ~ 5502084 (+) True XLOC_000062
TCONS_00000134 other downstream 2422308 6182342 ~ 6185532 (+) False XLOC_000067