RNA id: TCONS_00019118


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00019118
length 3491
lncRNA type sense_over
GC content 0.29
exon number 2
gene id XLOC_008970
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 4163578 ~ 4174873 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TCTTCACCGCTAATAGTGCTAATTAGCTCTATGCTAAGATGAGATTTCTGAATGATGAATGTTTTACTGCCCTGAAATCCAACGATTTATTATTGTCGACAAACACTGTAGTATGTGgataaccaacacaatctcacggcaattcgtaactttttgatttagtggctaattcgtatgaattactgcgatctaattcgtacaatttagtaggatttgcttatcacccaatgacggttggggttaggggtgtggttaagtgccacgcctcctttttaaaaattgtacattttagtacgaccAAACTTGTACGAATTGGCTACTAAAgtgtcaaaacgtaaaatacttacgttttctcttaAGACCAGGCTGGGATAACACACGTTTAGTAAAGGTGTTTAAGGAATAGAACCCCAAAAATCAACACTTCTGTACTGTACTGCTTTGCAGTGTGTtttttgaaatggaaaacagCAGAATGGATATTTGTGTTGAATATCTTGTTTTGAAAAAGTCATGTGCTGGATGGAAGCTTATTTCTGTCACAGAACATAAATATTAAGATTATGATAATTACAACTTTTTTCTTCCATATTCACGTGTCTGAGAATTTCTGCTACCAAAAACGAaaagcctaataaaaatgttacgtttttttaaagaattgtgtTTTATcgtacagtttttatttttatttatttttttgctattgacaattttgtttcattattgtgacattttatgtaaaaaaaattgtgaatttaCGACTCAGTAGTTGTGAGTTTAATTAATAATTGCGAGTAACTGCAAGTAAACTTATTCCGACTTTAAGCATTTCAagtttttctcttgtttttttttcttcttgattgTATGCGATTGTGGGTTTATATTTCCCAATTCCAAATTTCTTCTCAAAATTTCAtcttatttgaaataaatatttcacaattcTAGTAATTACaactcaattttaacaaatttttttgtTAGTTTCTTTCAGCTGTTGCAAGTTTTTATCTCACAATTACAATTTTACATGTTTGAATTAGAAGTAATCAACTCTGAGGTTTCTTTTTAAAAGGATTTTgaattaaatcaatttattttccttttaattGAATCTCAGAATCTTtcgatatttattattttgctttgtgATGGAAATAAGCTTCTATGGtttcatttttgtgtatttttatggtATATTATTCATGTAAATgtttttcttcatgttgtccatCTCTTTGAATCTGTGTCGATTTAGTTTTTTCGAGTTTTAATCTTAAATTACATATGTACATCTGACTGAACGCCGCGTGGCTTCTGGTTTGTATATTTATCAAACACcgtgaatattttttatttgtgacgTTACAGTTAATGGGCAACGACAGGATTTGAGAGGCAGATGTCAGTCTGATGAGGCATTTGGTTTTGGCCTTAATTATTAACTGTAGACTTCTAGAAAGAATATGTACATAAATAGacataaatatatttcaatttaaaagaagaaaaaaatggaaaCTTGAAATGTTTCAAAGCCTTTAAATAGCCAGTAAATGCCATTTAAATGTGTTGTATTCTTGCTTTTTTTCTGATTTCTGTCTCAAACACCAAAATGCCAATCCAGAATTTttcatcttttcttttttgagACGTGAATGAAGTTTTGAATGAGCTTACTGTTTCTGCTGGATAAGAGAAATTTAttgatttcttctttttttttgtcttaaaaaaaaGGAGGAATCTATTAAATTCTGACTATTTCAGACGTTCAAAGAAGtttatatgctgtaaaaaaacatcaatatgaATTAGTGATTTTACAGGTTTTCCAgtttatttatggttatgaatTGCTTTAGAGGAACTCAATCGACTTaagatgttgaaaattcaactcacatttacacaaattTTGATCTTaattgatattttagtagtttgcaacaaaaaaaagtgtaggAAATAATATACACTGCAAAATGGCTGTGACTTCAAgggtttaaaaaattgtaaaaatgctaaATCTATAATCtggttaacagtaagtttccttaatatatacagtaaataaccgtaaattgactttcccagaattccctgcatgaaaCCCTGGCTATCTCAatagttatgtacattagagtttAATGTTAcatatacagtaatttactctagtGTCGTTTGTTACCATAAAATTTTTGGTTTATAAAACTATGAATAAAATACGGtagattactgtaaaaaatatttgacatttatttcatagttacatagtaattttaataaataatgtttgttgcgTGTTTATAAAGTTTATTGCTTTAGTGTTATCTGTTGCCATCAAAACATTggtgtaaaacactgtaaattaatgaaatacggtagtttactgtaagaaaattgtatatttattttacggttacatatacagtaattttcatgaTTAATGTTTATTGCGCTACTTCAGTGACTTTTGACAATCGTTAGTGTATAACATTAGAAATGAGTGAAATACAGTTGTTTACTGTACATTTCTTTTATGGCTACAAATTAATACGGtataaactaattaaatacagtagtttactgtaaaaaaatatttaaataatcttttatgtttacatatacagtcattttgataaataataataattgcgtTACTTTACTGTCATTTGTTACCATCAAATCATTGTTGTATAactctataaattaatgaaatatggtagtttacttaataagtaaattaatttaatatgataGTTTACcgtaataaaatgtacaatttaatttAGGGTTTCTACCACTTTTTGTGTTAAAATTCTGGCAACCaaatatacaattttttaaatgtaatttttagggatttttttacaaatacttgaaatgaagaaaaaaaaagtatttacagTTTATTACCAGATTTTTGTACTCAAATAATACAGGCAAAAttgcttcaaactattaaaaaaagtcaattaaagtcactttttccaagtTTTCAACATCGAGGAACGATTcaggtcctataatgcaattcaaagcaTGAATAATTGAAGCAATCAAAGTGAAGAATCACAAACTACAGAAAACTTATAGATATTTTTTACTCTGTATTATGAATCACTACTTTCAAGAATGTTGTTAAATGTGCCATATACACAGCTTTCCGTTCATCTTAAAGTACAGGACGGTACAGGGTGATATTGTCCCACCTTCTCATCTTCATGAAGACGTTGCCTTATTTAATTTATAGACAGAATTTCTTTAACTGTAGTTTGTTGTCATCTCTTCTGTGTACTGCTGGCATTGATGTTACACTGTCTTTGtggttatttttcttttctttctttttttaaagagacGGCATTCCCTGAAAATACTAGTTGACAGAGGAAAATGCTCTGCCCAGCGTGTAGTGCGACATTCCACCTAGAGAGCTGTCAATGAACATGAAATAAAggatatatattataaaaaaagac

Function

GO:

id name namespace
GO:0022610 biological adhesion biological_process
GO:0007155 cell adhesion biological_process
GO:0044421 obsolete extracellular region part cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00019117 lncRNA downstream 402621 3754566 ~ 3760957 (-) True XLOC_008957
TCONS_00019116 lncRNA downstream 1001119 3160438 ~ 3162459 (-) True XLOC_008952
TCONS_00019115 lncRNA downstream 1047316 3115337 ~ 3116262 (-) True XLOC_008951
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TCONS_00017701 lncRNA upstream 254145 4429018 ~ 4445598 (-) False XLOC_008974
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TCONS_00018811 lncRNA upstream 1040935 5215808 ~ 5217706 (-) True XLOC_008989
TCONS_00017690 mRNA downstream 10996 4128560 ~ 4152582 (-) True XLOC_008969
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TCONS_00017695 mRNA upstream 246924 4421797 ~ 4528387 (-) False XLOC_008974
TCONS_00017696 mRNA upstream 246925 4421798 ~ 4528387 (-) False XLOC_008974
TCONS_00017698 mRNA upstream 251250 4426123 ~ 4528326 (-) False XLOC_008974
TCONS_00017689 other downstream 59052 4104408 ~ 4104526 (-) True XLOC_008968
TCONS_00017655 other downstream 1427080 2736383 ~ 2736498 (-) True XLOC_008940
TCONS_00017647 other downstream 1537915 2625028 ~ 2625663 (-) True XLOC_008933
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TCONS_00017627 other downstream 2325695 1834971 ~ 1837883 (-) True XLOC_008922
TCONS_00017694 other upstream 190285 4365158 ~ 4365272 (-) True XLOC_008973
TCONS_00017700 other upstream 251621 4426494 ~ 4482147 (-) False XLOC_008974
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TCONS_00017735 other upstream 1208189 5383062 ~ 5383180 (-) True XLOC_008997
TCONS_00017752 other upstream 1614465 5789338 ~ 5795415 (-) False XLOC_009005

Expression Profile

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