RNA id: TCONS_00001523


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00001523
length 118
RNA type rRNA
GC content 0.46
exon number 1
gene id XLOC_000959
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 5078371 ~ 5078488 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TTAAACAGCGATATAACCCTGCAGTCCAAAGACTGGTTACTtactgaaactaagcagggctgagcctggtaagtacctggatgggagaccacatgaaaacactaggttgctgttggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000117908

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00002903 lncRNA downstream 292911 4783785 ~ 4785460 (-) False XLOC_000958
TCONS_00002904 lncRNA downstream 292911 4783864 ~ 4785460 (-) False XLOC_000958
TCONS_00002905 lncRNA downstream 292911 4784735 ~ 4785460 (-) True XLOC_000958
TCONS_00003309 lncRNA downstream 827929 4084178 ~ 4250442 (-) False XLOC_000956
TCONS_00003310 lncRNA downstream 827929 4182970 ~ 4250442 (-) False XLOC_000956
TCONS_00003312 lncRNA upstream 70105 5148593 ~ 5153828 (-) True XLOC_000960
TCONS_00003313 lncRNA upstream 116590 5195078 ~ 5196609 (-) False XLOC_000961
TCONS_00003314 lncRNA upstream 117210 5195698 ~ 5196721 (-) True XLOC_000961
TCONS_00003315 lncRNA upstream 272384 5350872 ~ 5352442 (-) True XLOC_000962
TCONS_00001530 lncRNA upstream 428036 5506524 ~ 5509585 (-) False XLOC_000965
TCONS_00001512 mRNA downstream 1783326 3100244 ~ 3295045 (-) True XLOC_000951
TCONS_00001510 mRNA downstream 2620825 2454094 ~ 2457546 (-) True XLOC_000948
TCONS_00001508 mRNA downstream 2625186 2448051 ~ 2453185 (-) False XLOC_000947
TCONS_00001509 mRNA downstream 2625197 2450140 ~ 2453174 (-) True XLOC_000947
TCONS_00001507 mRNA downstream 2629779 2447025 ~ 2448592 (-) False XLOC_000947
TCONS_00001524 mRNA upstream 276001 5354489 ~ 5394752 (-) False XLOC_000963
TCONS_00001525 mRNA upstream 285081 5363569 ~ 5394791 (-) True XLOC_000963
TCONS_00001526 mRNA upstream 371289 5449777 ~ 5455502 (-) False XLOC_000964
TCONS_00001527 mRNA upstream 371382 5449870 ~ 5455498 (-) True XLOC_000964
TCONS_00001528 mRNA upstream 425640 5504128 ~ 5542565 (-) False XLOC_000965
TCONS_00001521 other downstream 867719 4210498 ~ 4210652 (-) True XLOC_000957
TCONS_00001518 other downstream 1780122 3298112 ~ 3298249 (-) True XLOC_000952
TCONS_00001517 other downstream 1780283 3298006 ~ 3298088 (-) False XLOC_000952
TCONS_00001516 other downstream 1780435 3297848 ~ 3297936 (-) False XLOC_000952
TCONS_00001515 other downstream 1780616 3297603 ~ 3297755 (-) False XLOC_000952
TCONS_00001538 other upstream 1142393 6220881 ~ 6222249 (-) False XLOC_000970
TCONS_00001542 other upstream 1374916 6453404 ~ 6453519 (-) True XLOC_000973
TCONS_00001543 other upstream 2063551 7142039 ~ 7142143 (-) True XLOC_000974
TCONS_00001545 other upstream 2495863 7574351 ~ 7603573 (-) False XLOC_000977
TCONS_00001549 other upstream 2553631 7632119 ~ 7650072 (-) False XLOC_000978