RNA id: TCONS_00001542


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00001542
length 116
RNA type rRNA
GC content 0.52
exon number 1
gene id XLOC_000973
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 6453404 ~ 6453519 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gctggcagctagctctctgcaactctcatatGGTCGCCCACtgtagctaagcagggctgcacctggtctttaccttgatgggagaccacatgataAAAGCTAGGTTGATGCTGGAa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000176163

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003323 lncRNA downstream 53078 6398199 ~ 6400326 (-) True XLOC_000971
TCONS_00003322 lncRNA downstream 228119 6220881 ~ 6225285 (-) False XLOC_000970
TCONS_00001540 lncRNA downstream 228119 6221701 ~ 6225285 (-) True XLOC_000970
TCONS_00003321 lncRNA downstream 228131 6220881 ~ 6225273 (-) False XLOC_000970
TCONS_00001539 lncRNA downstream 228131 6221552 ~ 6225273 (-) False XLOC_000970
TCONS_00003324 lncRNA upstream 1091530 7545049 ~ 7554163 (-) False XLOC_000975
TCONS_00002906 lncRNA upstream 1091530 7545049 ~ 7554339 (-) True XLOC_000975
TCONS_00001548 lncRNA upstream 1127650 7581169 ~ 7581987 (-) True XLOC_000977
TCONS_00001551 lncRNA upstream 1181294 7634813 ~ 7637680 (-) False XLOC_000978
TCONS_00002907 lncRNA upstream 1205682 7659201 ~ 7659757 (-) True XLOC_000978
TCONS_00001537 mRNA downstream 228119 6218632 ~ 6225285 (-) False XLOC_000970
TCONS_00001536 mRNA downstream 367654 6068436 ~ 6085750 (-) True XLOC_000968
TCONS_00001535 mRNA downstream 424528 5798548 ~ 6028876 (-) False XLOC_000967
TCONS_00001533 mRNA downstream 707374 5606460 ~ 5746030 (-) False XLOC_000966
TCONS_00001534 mRNA downstream 707984 5728350 ~ 5745420 (-) True XLOC_000966
TCONS_00001544 mRNA upstream 1108797 7562316 ~ 7570181 (-) True XLOC_000976
TCONS_00001546 mRNA upstream 1120832 7574351 ~ 7603734 (-) False XLOC_000977
TCONS_00001547 mRNA upstream 1120928 7574447 ~ 7582859 (-) False XLOC_000977
TCONS_00001550 mRNA upstream 1180939 7634458 ~ 7659870 (-) False XLOC_000978
TCONS_00001552 mRNA upstream 1208572 7662091 ~ 7673376 (-) False XLOC_000979
TCONS_00001538 other downstream 231155 6220881 ~ 6222249 (-) False XLOC_000970
TCONS_00001523 other downstream 1374916 5078371 ~ 5078488 (-) True XLOC_000959
TCONS_00001521 other downstream 2242752 4210498 ~ 4210652 (-) True XLOC_000957
TCONS_00001518 other downstream 3155155 3298112 ~ 3298249 (-) True XLOC_000952
TCONS_00001517 other downstream 3155316 3298006 ~ 3298088 (-) False XLOC_000952
TCONS_00001543 other upstream 688520 7142039 ~ 7142143 (-) True XLOC_000974
TCONS_00001545 other upstream 1120832 7574351 ~ 7603573 (-) False XLOC_000977
TCONS_00001549 other upstream 1178600 7632119 ~ 7650072 (-) False XLOC_000978
TCONS_00001556 other upstream 1348012 7801531 ~ 7801646 (-) True XLOC_000982
TCONS_00001562 other upstream 1465276 7918795 ~ 7918882 (-) False XLOC_000984