RNA id: TCONS_00003327


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00003327
length 3648
lncRNA type sense_over
GC content 0.35
exon number 5
gene id XLOC_000984
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 7908282 ~ 7920702 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AGACCGCTTATAAAAGCCAGGCCACAAGGTTGTTTCTCCCTCTTTGTACGGCGATGTTGGTGTTGTGGGATAAGATGATTCTCTTATCGGAACGGCGCTTTTTGTGTGCAAACATTCCGTCTCATGATGGAGGAAGCGCATGGAAACATGGCCCTGGATGATTTTCGCCATTGTAGTTTGTCCAACATTGAACGCGACGAGCTTTCGTTCTCATTGATGCAAGTGCAGAAAAATGCCTTGGAGGATTTGCACCATTGTCATTTGCACATGTTCAACATCTGCATTTGCATCTCTTAAATCAAACAGGACATGAAGGGTTGGCGCAGTTCTCATTGATAAAAGTGCAGAATTTCTTGAAGGATTTGCTCCATTGTCATTTGTACTTGTTCAACGCTTGCTTATGCATGTCACAAATCAAATTGAACACGAGTTGATGGTAAGTGAACTGAGCTTGGACCACAAATCTGGTCTTGTGATGAAATAAATGTGTGAGCCGCTGATGACTTCCATTAACTTTTTCTGACACCTCGTATGAAAGCTGTATTTCAGCATCTGATTATAAACTTAAGTCTGAGGCTCTTTAGATTAATGCTTGGTTTAGAGTTCTCACATTTTGGGCTTGGAATGATTTTGGAGATGCCTTAATAAATTTAACCATTTTGTTGCTGTAAACCTTTATGATGTCTTggttaatttgttatttattgacCACAGTTCAGGTTTTACCAATTAAACTATGGTGAtaacattttgtattattattattaatattgggaATATCTGTAAGGTAGTTGCCTATGATTGTAACTTGGAGAAAGCTTATGTGGTTTGTAGAGTTTTAGTATTTCCAAGGGAGAAACTTATATCAACATGCAAGTAAAGccctccccacagtccaaaattGTCAAGTGACTACAAAGTTAATTAACTTAAGTGAAATGTGAGAACTAGTGttcggatgtttttttttttttttttccctccccaATATTAATATGGGCTTTATAACCAATATAATACTTTTTCCAGCAGTTTTCATGGATTAATCTGAAGTTCCCAACTGGAAAGTGTTTTGCAAGAGATGTGGGAAGACCAAAAAGTCAGTCTGGAGGTCTGCAGTTTGGAATATGAAGTCCTGTTTTTCCACAAATGCCAATGttggaaaatatttattcatttttaaccaCATGTTGTTTGAGTTGATGCTTGTTAATAGAAGCTGTTGCCAAATATGCATCGTATTTCTATAAAGCAGTTGAGTATCTGGTGGTTTGTATGATATATTGAGCTGTAGGCCATGTcataattttgtaaaatatgATGTGATCCTTAATTATTGTCTGATCCTGGAAAAAGTAATCTATAGCTATTCCCTATCCTCAACTTAAATAAGTGTAAGAAACTTCCAAAACCAAAGGTGAATAATAGTTGGATTAAGCATATGTGCGTAAATCAAACCTAGCCTTAACTTAAACCCTAAATGTATCTTCTAATTCTGATTGGATTGTTAAAGTATGAACATGGATGCTACTCTAGGAATATGTCCTACTTGTTGAAATCAGGTTGGTGGCAAGTAAACCTGAAAATATCACTAGTTTGTGCCCAAGTGATAACTGGTGGTTTAATATCATTACAAATTCATTTTTCTATAGTGTTAAGCAGTCGATTTTTAAAATGGAAGCTCTAGCAAATTGAATCCGCGTTTGTCCTGATTTCAGAATTGGAGTTAAGTCTAGTTTAGTAGAAGTCTTATTTAATACCTCAGTTTGCATATGTCTAGTGCCTGCTGTTTTTAAAGCATAATATAAACCGTCCTCCATCCTACACGGATGATCCACTCCAGACGTTTCTGACTGCAGGGAGACCCGTTACATGCGCTCCACTTCCGGATTATTGCTCGTAATGATCGCTCCGCTGTGTGGTTCATCACTCGGATGATGTTCCAGAGCTTGTGCATTTAATACATCAGTCAGTCGCTCATAGACGACTACAATAAGCTCCAAAAGCTGCATTTTCCCGACGTTTTCATCTAGACTCGTCGAACTGTTTTATTGCACGCGTTTAAATGAAACTTGTAAGGTAAGTAAATGTGGGAGATAAACCGGGGGGAGATGTGTTGATGTAAATTGAGTTTTGAATGGAGCCAGTAAGGCGTTATAAACAATGTCGCTTTTGTGACACCCACGCAACACAGAATGGCGTTAATGTGTTTGCGTCGTGCATTTAAATCTTTAATGTTCAAACTGTCAACTCTATTCAGTGTTTATGAGGGGGATTTTCCTTTATAAACGAGTGTTCGTTATAAAAACCGCGATGTTTCCTTGACGGATTTACGCGCTGGCTGACTGATGTTGATGGGAGTGGTGGTGTTTTTGTAAAAGCTGAATTTATTGCTCGAATTCGATTGAAATCTACACTGGGAACATGCTGTAGATATCTCAGGGGCTCGGTAGATGCATTAACGCACGAACAGCTGACATCTGGATCAGATTGGGTTATCCATGGATCCGTGCGGATGTGCTTGATAGCAAGTGCTAATGGGAAGAGACATTCTGAGTGATGCTGATGTCTGGCTGCCTCTTATTAGGCTTTTAAGTTAACATCGTTATGCTTCTTTGGCCTTTTTTATCTGAATATTTGATTTAAATTCTATAAACATTGGTTTATGGTTGCAATTAAATTTGTATATTGTGTAAACTTCAATTTCTAAAAGGTTTAGATTGTGTTTGTGTTAAAATAGAATGTGAATACAATGTTTGTGattgtgttcatttaaataaCCGAGGTCTGACttattaaattattgtattaGGCTATATATTCAATTTTACACTACAGTGTTCCATATAAAATAGATATCCATACAAaaagattaatttattttagGGGGATTTGTAGTAAaccgtcaccttagaattataaggttctatctgacgtTTGTCAAAATGGagttattgacattattattaattggcaactttttacattgtttttttttaaataaatttacattttaacactttttattcatttttttatataaaataataatgttacactcatactgtttgctatggaatacaaaaactttaaagctcataaTCTCAAAATCATTGAGAGTGCAGATGGAACcttaattccaaggtgatgatgtCTGAACCAGTGACTAATATAGAGAATACCACAGATTTAGGCCATGTTATTTAGGCTACTAACTATAGAAATTGGGACAGATGTGGGTTATAGCCAGGGGTGGACTTAGTGAATAGGGGGCTGTAACATTTTAACTCCAAACATTTTCTCTATAGAATTTTTTTCCTCTATATTAGTttatgtaaataaactgcatgttaaagatatattttaagtggaagcttttatctttttaatgtaaataaaataaatttacaaaaaaaaaagtacacaaacTATACAGTTAATTAGCCATTTGTGTTAGACTTcaatatgtttatgttcagtacGGAAGGAACGTTCCACTATTCATGGGGGCCTCTAggttttgaaaagaagtaataGTGTTAATTTtaatggttatagacagatttaACAACATAGAATATTTATATAAGAGCTACTGTATATGATTAATGTAGGATTCTTGGCGTTCGGGGCATCCCTAATTTCCTG

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00001555 lncRNA downstream 71118 7771557 ~ 7844362 (-) True XLOC_000981
TCONS_00001554 lncRNA downstream 213624 7700023 ~ 7701856 (-) True XLOC_000980
TCONS_00001553 lncRNA downstream 246925 7662638 ~ 7668555 (-) True XLOC_000979
TCONS_00002907 lncRNA downstream 255723 7659201 ~ 7659757 (-) True XLOC_000978
TCONS_00001551 lncRNA downstream 277800 7634813 ~ 7637680 (-) False XLOC_000978
TCONS_00003331 lncRNA upstream 281713 8202390 ~ 8205228 (-) True XLOC_000996
TCONS_00003332 lncRNA upstream 584300 8504977 ~ 8507689 (-) False XLOC_000998
TCONS_00001581 lncRNA upstream 585745 8506422 ~ 8510066 (-) True XLOC_000998
TCONS_00001583 lncRNA upstream 622475 8543152 ~ 8543611 (-) False XLOC_000999
TCONS_00001584 lncRNA upstream 623010 8543687 ~ 8545359 (-) False XLOC_000999
TCONS_00001560 mRNA downstream 2548 7908282 ~ 7912932 (-) False XLOC_000984
TCONS_00001557 mRNA downstream 21225 7847787 ~ 7894255 (-) False XLOC_000983
TCONS_00001559 mRNA downstream 21225 7889110 ~ 7894255 (-) True XLOC_000983
TCONS_00001558 mRNA downstream 21672 7847820 ~ 7893808 (-) False XLOC_000983
TCONS_00001552 mRNA downstream 242104 7662091 ~ 7673376 (-) False XLOC_000979
TCONS_00001565 mRNA upstream 4279 7924956 ~ 7930679 (-) True XLOC_000986
TCONS_00001566 mRNA upstream 15593 7936270 ~ 7939514 (-) True XLOC_000987
TCONS_00001567 mRNA upstream 26165 7946842 ~ 7951002 (-) True XLOC_000988
TCONS_00001568 mRNA upstream 43599 7964276 ~ 7970653 (-) False XLOC_000989
TCONS_00001569 mRNA upstream 47415 7968092 ~ 7975755 (-) False XLOC_000989
TCONS_00001556 other downstream 113834 7801531 ~ 7801646 (-) True XLOC_000982
TCONS_00001549 other downstream 265408 7632119 ~ 7650072 (-) False XLOC_000978
TCONS_00001545 other downstream 311907 7574351 ~ 7603573 (-) False XLOC_000977
TCONS_00001543 other downstream 773337 7142039 ~ 7142143 (-) True XLOC_000974
TCONS_00001542 other downstream 1461961 6453404 ~ 6453519 (-) True XLOC_000973
TCONS_00001570 other upstream 49729 7970406 ~ 7975769 (-) True XLOC_000989
TCONS_00001587 other upstream 632073 8552750 ~ 8553298 (-) True XLOC_000999
TCONS_00001595 other upstream 729432 8650109 ~ 8652655 (-) False XLOC_001004
TCONS_00001610 other upstream 1197423 9118100 ~ 9118671 (-) False XLOC_001012
TCONS_00001617 other upstream 1277182 9197859 ~ 9197966 (-) True XLOC_001018

Expression Profile

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