RNA id: TCONS_00001562


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00001562
length 88
RNA type snoRNA
GC content 0.40
exon number 1
gene id XLOC_000984
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 7908282 ~ 7920702 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AGCCGCTGATGACTTCCATTAACTTTTTCTGACACCTCGTATGAAAGCTGTATTTCAGCATCTGATTATAAACTTAAGTCTGAGGCTC

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000185682

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00001555 lncRNA downstream 74433 7771557 ~ 7844362 (-) True XLOC_000981
TCONS_00001554 lncRNA downstream 216939 7700023 ~ 7701856 (-) True XLOC_000980
TCONS_00001553 lncRNA downstream 250240 7662638 ~ 7668555 (-) True XLOC_000979
TCONS_00002907 lncRNA downstream 259038 7659201 ~ 7659757 (-) True XLOC_000978
TCONS_00001551 lncRNA downstream 281115 7634813 ~ 7637680 (-) False XLOC_000978
TCONS_00002915 lncRNA upstream 56 7918938 ~ 7920638 (-) False XLOC_000984
TCONS_00002916 lncRNA upstream 437 7919319 ~ 7920694 (-) False XLOC_000984
TCONS_00003331 lncRNA upstream 283508 8202390 ~ 8205228 (-) True XLOC_000996
TCONS_00003332 lncRNA upstream 586095 8504977 ~ 8507689 (-) False XLOC_000998
TCONS_00001581 lncRNA upstream 587540 8506422 ~ 8510066 (-) True XLOC_000998
TCONS_00001561 mRNA downstream 1733 7908282 ~ 7917062 (-) False XLOC_000984
TCONS_00001560 mRNA downstream 5863 7908282 ~ 7912932 (-) False XLOC_000984
TCONS_00001557 mRNA downstream 24540 7847787 ~ 7894255 (-) False XLOC_000983
TCONS_00001559 mRNA downstream 24540 7889110 ~ 7894255 (-) True XLOC_000983
TCONS_00001558 mRNA downstream 24987 7847820 ~ 7893808 (-) False XLOC_000983
TCONS_00001565 mRNA upstream 6074 7924956 ~ 7930679 (-) True XLOC_000986
TCONS_00001566 mRNA upstream 17388 7936270 ~ 7939514 (-) True XLOC_000987
TCONS_00001567 mRNA upstream 27960 7946842 ~ 7951002 (-) True XLOC_000988
TCONS_00001568 mRNA upstream 45394 7964276 ~ 7970653 (-) False XLOC_000989
TCONS_00001569 mRNA upstream 49210 7968092 ~ 7975755 (-) False XLOC_000989
TCONS_00001556 other downstream 117149 7801531 ~ 7801646 (-) True XLOC_000982
TCONS_00001549 other downstream 268723 7632119 ~ 7650072 (-) False XLOC_000978
TCONS_00001545 other downstream 315222 7574351 ~ 7603573 (-) False XLOC_000977
TCONS_00001543 other downstream 776652 7142039 ~ 7142143 (-) True XLOC_000974
TCONS_00001542 other downstream 1465276 6453404 ~ 6453519 (-) True XLOC_000973
TCONS_00001563 other upstream 598 7919480 ~ 7919567 (-) True XLOC_000984
TCONS_00001564 other upstream 1237 7920119 ~ 7920206 (-) True XLOC_000985
TCONS_00001570 other upstream 51524 7970406 ~ 7975769 (-) True XLOC_000989
TCONS_00001587 other upstream 633868 8552750 ~ 8553298 (-) True XLOC_000999
TCONS_00001595 other upstream 731227 8650109 ~ 8652655 (-) False XLOC_001004