RNA id: TCONS_00027135


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00027135
length 281
lncRNA type inter_gene
GC content 0.55
exon number 2
gene id XLOC_012937
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 35075415 ~ 35075774 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ttgAGGCAGTGGGAGACGTGACATTGTGGCCATCTGTGAACCCTCACGGTTTCCGTCTGCGCCTGCCTGCCTGCTTCTACCTGCCTGCCTCTCTGATTGTCGCCTTCAATCCCTGTCTCATCTCCTCTGCTTGATGGGGCATGCTGGGTTATGGCCTGACTCTCTCCCTCAACCAGGCTATCCTCTGGCTCTAAACCGATGGAGGACTGGTCAGAAGATGTGCTGGGTAAAGGGGCTTGAGACCTGTGGACATTGCTGGATGTCTCACGATCAGTGATAAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00027134 lncRNA upstream 778 35072976 ~ 35074637 (+) True XLOC_012936
TCONS_00027131 lncRNA upstream 37006 34942728 ~ 35038409 (+) False XLOC_012935
TCONS_00027132 lncRNA upstream 37006 35018332 ~ 35038409 (+) False XLOC_012935
TCONS_00027133 lncRNA upstream 37006 35033770 ~ 35038409 (+) True XLOC_012935
TCONS_00026916 lncRNA upstream 881041 34187082 ~ 34194374 (+) False XLOC_012929
TCONS_00025774 lncRNA downstream 52977 35128751 ~ 35132688 (+) False XLOC_012938
TCONS_00025778 lncRNA downstream 98088 35173862 ~ 35182693 (+) False XLOC_012939
TCONS_00027136 lncRNA downstream 355232 35431006 ~ 35431848 (+) True XLOC_012942
TCONS_00027137 lncRNA downstream 1065442 36141216 ~ 36409181 (+) False XLOC_012949
TCONS_00026918 lncRNA downstream 1323350 36399124 ~ 36409313 (+) True XLOC_012949
TCONS_00025771 mRNA upstream 140237 34861568 ~ 34935178 (+) True XLOC_012934
TCONS_00025770 mRNA upstream 238607 34667486 ~ 34836808 (+) True XLOC_012933
TCONS_00025769 mRNA upstream 433329 34601023 ~ 34642086 (+) True XLOC_012932
TCONS_00025767 mRNA upstream 433352 34599315 ~ 34642063 (+) False XLOC_012932
TCONS_00025773 mRNA downstream 52911 35128685 ~ 35143264 (+) False XLOC_012938
TCONS_00025775 mRNA downstream 54642 35130416 ~ 35148310 (+) True XLOC_012938
TCONS_00025776 mRNA downstream 97909 35173683 ~ 35197599 (+) False XLOC_012939
TCONS_00025777 mRNA downstream 98085 35173859 ~ 35182693 (+) False XLOC_012939
TCONS_00025780 mRNA downstream 153341 35229115 ~ 35251377 (+) True XLOC_012940
TCONS_00025772 other upstream 792 35072976 ~ 35074623 (+) False XLOC_012936
TCONS_00025746 other upstream 1448565 33622917 ~ 33626850 (+) False XLOC_012918
TCONS_00025732 other upstream 1631158 33443264 ~ 33444257 (+) True XLOC_012909
TCONS_00025687 other upstream 2986471 32084939 ~ 32088944 (+) True XLOC_012873
TCONS_00025679 other upstream 3228859 31845504 ~ 31846556 (+) True XLOC_012868
TCONS_00025779 other downstream 98098 35173872 ~ 35176134 (+) True XLOC_012939
TCONS_00025784 other downstream 731074 35806848 ~ 35806966 (+) True XLOC_012944
TCONS_00025785 other downstream 743675 35819449 ~ 35819563 (+) True XLOC_012945
TCONS_00025791 other downstream 1065459 36141233 ~ 36142754 (+) False XLOC_012949
TCONS_00025796 other downstream 1554046 36629820 ~ 36631294 (+) False XLOC_012951

Expression Profile

//