RNA id: TCONS_00033532


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00033532
length 630
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 1
gene id XLOC_015420
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 23450772 ~ 23451401 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TACCATTTATACAACCATTTATCCAAACCAAGTGATACAGGATCAAGCGATTGGCCATCACGAAAGTTTGCTTTATGGCGACTGGTGAGTCTccttattttagtttaatttaggcaaagctaaattaattaaaactttttataaatCCAATATATATCTTTCAGGCCTCTCTGTTGTCCTGGATGTGATGAAATGCTGGGACTTCCTTTGTCTTTATTGAATGATTTGTGAGCAGTATCCAGCCGTACGGGCAGCACTAAGAGTCAGGTAATCTACAGAGTTGAACTTGATTACTGATAGCTGAGTGAATACCTTTAGGACAGTGTTTTTCATTCCTGGTCCTGAGATTCACAGCTATGTACATTCTGCATGTCTTATTTTACAAACATGCTAAGTTTAGTTCATAGAGCTGATGAGTCTCTGTGTTTAGTAATAGAGAAATACAACTGTGCTTTGTGTCCTCATTACTCATCACTGAATTAAATCACTGAAGTTAAGTAAAAGTCAGTTGTATAGTACACTCACTGGCTGTTTTATTAGGTATACGCACACGGACCCTTACTAGTACctgattggacccccttttgcctttcggactgccttaatcctttgtggcatagattaaacaag

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00033528 lncRNA upstream 8244 23406453 ~ 23442528 (+) False XLOC_015418
TCONS_00033527 lncRNA upstream 8244 23406453 ~ 23442528 (+) False XLOC_015418
TCONS_00033530 lncRNA upstream 29725 23414883 ~ 23421047 (+) True XLOC_015419
TCONS_00033529 lncRNA upstream 34417 23414883 ~ 23416355 (+) False XLOC_015419
TCONS_00033526 lncRNA upstream 39924 23406453 ~ 23410848 (+) False XLOC_015418
TCONS_00033262 lncRNA downstream 90326 23541727 ~ 23545091 (+) False XLOC_015422
TCONS_00033533 lncRNA downstream 90326 23541727 ~ 23609276 (+) False XLOC_015422
TCONS_00033534 lncRNA downstream 92872 23544273 ~ 23609276 (+) False XLOC_015422
TCONS_00033535 lncRNA downstream 98785 23550186 ~ 23557515 (+) True XLOC_015423
TCONS_00033536 lncRNA downstream 124600 23576001 ~ 23609276 (+) True XLOC_015422
TCONS_00030857 mRNA upstream 88839 23351454 ~ 23361933 (+) False XLOC_015417
TCONS_00030859 mRNA upstream 89763 23352302 ~ 23361009 (+) True XLOC_015417
TCONS_00030858 mRNA upstream 95067 23351533 ~ 23355705 (+) False XLOC_015417
TCONS_00030854 mRNA upstream 157271 23222939 ~ 23293501 (+) False XLOC_015415
TCONS_00030852 mRNA upstream 318638 23130389 ~ 23132134 (+) True XLOC_015413
TCONS_00030860 mRNA downstream 31397 23482798 ~ 23484348 (+) True XLOC_015421
TCONS_00030861 mRNA downstream 161639 23613040 ~ 23620219 (+) False XLOC_015424
TCONS_00030863 mRNA downstream 225778 23677179 ~ 23713760 (+) False XLOC_015425
TCONS_00030865 mRNA downstream 250212 23701613 ~ 23726605 (+) True XLOC_015425
TCONS_00030866 mRNA downstream 279793 23731194 ~ 23745290 (+) True XLOC_015427
TCONS_00030856 other upstream 175991 23274332 ~ 23274781 (+) True XLOC_015415
TCONS_00030855 other upstream 192875 23257777 ~ 23257897 (+) True XLOC_015416
TCONS_00030841 other upstream 459251 22986282 ~ 22991521 (+) True XLOC_015408
TCONS_00030832 other upstream 784072 22660071 ~ 22666700 (+) True XLOC_015401
TCONS_00030805 other upstream 2075178 21375467 ~ 21375594 (+) True XLOC_015384
TCONS_00030864 other downstream 228472 23679873 ~ 23679989 (+) True XLOC_015426
TCONS_00030870 other downstream 561849 24013250 ~ 24014943 (+) True XLOC_015433
TCONS_00030885 other downstream 897188 24348589 ~ 24351040 (+) True XLOC_015440
TCONS_00030891 other downstream 1032888 24484289 ~ 24497841 (+) True XLOC_015443
TCONS_00030897 other downstream 1088646 24540047 ~ 24540765 (+) False XLOC_015445