RNA id: TCONS_00031031


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00031031
length 200
lncRNA type antisense
GC content 0.53
exon number 2
gene id XLOC_015518
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 30126414 ~ 30126936 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AGGAAATGGCCccgaaattgggaaaaaaactaGATAATTTGTAACATTTACAGCGCCCCCTTGCGCAGGAGCAACTCGACAACTTTAACGTGTCCCTCGCGAGAGGCCAGATGAAGCGGCGTCAGACCCTTCTCATCCCCCTCATTCAGCAACCTGGTGTCCGTCACCATCTCCAGGAGCCTGTGGCACGTGTTGATTCT

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000154487

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00033553 lncRNA upstream 36425 30072679 ~ 30089989 (+) True XLOC_015516
TCONS_00031013 lncRNA upstream 398957 29712210 ~ 29727457 (+) True XLOC_015511
TCONS_00033552 lncRNA upstream 1702927 28393943 ~ 28423487 (+) True XLOC_015503
TCONS_00033267 lncRNA upstream 1775967 28245460 ~ 28350447 (+) True XLOC_015502
TCONS_00033266 lncRNA upstream 1778093 28245460 ~ 28348321 (+) False XLOC_015502
TCONS_00033268 lncRNA downstream 70434 30197370 ~ 30197741 (+) True XLOC_015521
TCONS_00031040 lncRNA downstream 150398 30277334 ~ 30280504 (+) True XLOC_015525
TCONS_00033554 lncRNA downstream 202469 30329405 ~ 30334513 (+) True XLOC_015527
TCONS_00033269 lncRNA downstream 238865 30365801 ~ 31460329 (+) True XLOC_015528
TCONS_00031057 lncRNA downstream 594135 30721071 ~ 30724156 (+) False XLOC_015536
TCONS_00031030 mRNA upstream 9947 30103285 ~ 30116467 (+) True XLOC_015517
TCONS_00031029 mRNA upstream 10221 30103131 ~ 30116193 (+) False XLOC_015517
TCONS_00031028 mRNA upstream 78777 30032303 ~ 30047637 (+) True XLOC_015515
TCONS_00031024 mRNA upstream 78782 29996650 ~ 30047632 (+) False XLOC_015515
TCONS_00031032 mRNA downstream 18043 30144979 ~ 30177469 (+) False XLOC_015519
TCONS_00031033 mRNA downstream 18074 30145010 ~ 30147810 (+) False XLOC_015519
TCONS_00031034 mRNA downstream 20568 30147504 ~ 30175615 (+) True XLOC_015519
TCONS_00031035 mRNA downstream 55495 30182431 ~ 30186307 (+) True XLOC_015520
TCONS_00031036 mRNA downstream 123041 30249977 ~ 30252347 (+) False XLOC_015522
TCONS_00031016 other upstream 262074 29846392 ~ 29864340 (+) False XLOC_015512
TCONS_00030997 other upstream 2267580 27857688 ~ 27858834 (+) True XLOC_015497
TCONS_00030985 other upstream 2725497 27394840 ~ 27400917 (+) False XLOC_015492
TCONS_00030980 other upstream 2802233 27321014 ~ 27324181 (+) True XLOC_015489
TCONS_00030976 other upstream 3116069 27000542 ~ 27010345 (+) True XLOC_015486
TCONS_00031038 other downstream 142370 30269306 ~ 30270163 (+) True XLOC_015523
TCONS_00031039 other downstream 149281 30276217 ~ 30277062 (+) True XLOC_015524
TCONS_00031062 other downstream 659847 30786783 ~ 30832975 (+) False XLOC_015538
TCONS_00031070 other downstream 789252 30916188 ~ 30921476 (+) False XLOC_015542
TCONS_00031072 other downstream 789264 30916200 ~ 30926304 (+) False XLOC_015542

Expression Profile

//