RNA id: TCONS_00033292


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00033292
length 534
lncRNA type intronic
GC content 0.40
exon number 3
gene id XLOC_015774
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 40983293 ~ 40985305 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ggcgtgactcctttttcattgcccgggatttagcaggcagacgcagcttctgcaatggtcgacattaactgctcccagcagcggatctgattaacacgataccaaagtgattttgttacctgtggatcttcaaacttcacatccagagttgtgaggaatcagaggtgcatgcaGCTGCCCACAAGAAAATtttgccatcagcccaacacagtttggattatcataggactgtcagaggtttgccaaacctgtcaaaagcatgatggctcctgtttggacttaccgatgtcctcgacttcaagtatccatcaaaactgtatacatttgagatatattagagactctttgtgggactggacattatgcatcctaaatcttcatcaaaatatgcaaatctcctcacttAGTTGCCTTagatgatttctcaataggatctggtattattaatgtttttatttatgtattgtgtacgtgtagccacattaatggcctattttgtagtcactattaaaaggaacatcgattgatattgaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00033622 lncRNA upstream 211242 40770072 ~ 40772051 (+) True XLOC_015773
TCONS_00033290 lncRNA upstream 708781 40264792 ~ 40274512 (+) True XLOC_015771
TCONS_00033621 lncRNA upstream 708783 40264625 ~ 40274510 (+) False XLOC_015771
TCONS_00033291 lncRNA upstream 708783 40264625 ~ 40274510 (+) False XLOC_015771
TCONS_00033620 lncRNA upstream 761287 40218564 ~ 40222006 (+) True XLOC_015770
TCONS_00031378 lncRNA downstream 245636 41230916 ~ 41249001 (+) True XLOC_015776
TCONS_00031381 lncRNA downstream 538970 41524250 ~ 41527150 (+) False XLOC_015777
TCONS_00033623 lncRNA downstream 592788 41578068 ~ 41583029 (+) False XLOC_015778
TCONS_00033626 lncRNA downstream 592795 41578075 ~ 41583029 (+) False XLOC_015778
TCONS_00033625 lncRNA downstream 592795 41578075 ~ 41583029 (+) False XLOC_015778
TCONS_00031376 mRNA upstream 469142 40294313 ~ 40514151 (+) True XLOC_015772
TCONS_00031375 mRNA upstream 798606 40181633 ~ 40184687 (+) True XLOC_015769
TCONS_00031373 mRNA upstream 1362190 39618951 ~ 39621103 (+) True XLOC_015766
TCONS_00031372 mRNA upstream 1427626 39108339 ~ 39555667 (+) True XLOC_015765
TCONS_00031369 mRNA upstream 1955241 39021282 ~ 39028052 (+) True XLOC_015761
TCONS_00031379 mRNA downstream 538958 41524238 ~ 41530598 (+) False XLOC_015777
TCONS_00031380 mRNA downstream 538958 41524238 ~ 41543762 (+) False XLOC_015777
TCONS_00031382 mRNA downstream 541624 41526904 ~ 41542043 (+) True XLOC_015777
TCONS_00031383 mRNA downstream 891315 41876595 ~ 41920632 (+) False XLOC_015780
TCONS_00031385 mRNA downstream 941427 41926707 ~ 41934019 (+) True XLOC_015781
TCONS_00031374 other upstream 926277 40056899 ~ 40057016 (+) True XLOC_015768
TCONS_00031335 other upstream 3104989 37874771 ~ 37878304 (+) False XLOC_015735
TCONS_00031331 other upstream 3146373 37836619 ~ 37836920 (+) False XLOC_015734
TCONS_00031312 other upstream 3781706 37192441 ~ 37201587 (+) True XLOC_015720
TCONS_00031307 other upstream 3839676 37140474 ~ 37143617 (+) True XLOC_015719
TCONS_00031377 other downstream 50796 41036076 ~ 41036191 (+) True XLOC_015775
TCONS_00031413 other downstream 1438404 42423684 ~ 42423799 (+) True XLOC_015799
TCONS_00031414 other downstream 1601458 42586738 ~ 42587035 (+) True XLOC_015800
TCONS_00031429 other downstream 2013522 42998802 ~ 42998919 (+) True XLOC_015810
TCONS_00031434 other downstream 2294321 43279601 ~ 43303082 (+) True XLOC_015812

Expression Profile

//