RNA id: TCONS_00043731


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00043731
length 5256
RNA type mRNA
GC content 0.35
exon number 4
gene id XLOC_022135
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 6754910 ~ 6765653 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATGATGCTGGCTGCATTCGCTTTACTGCTGCTCCTGCTTGGCATCGGTGCCATGCCCAACGGACACTGGGAACATCAAGGAACCTCTCGTTGTGTGCCAATACCAGCCAACATGGCCTTGTGCCAGGGTCTGGGCTACAGCAGCATGCGGATGCCCAACTTGCTGGGACACGAATCTCCAGCTGAAGCAGTGCAGCAGAGTACCAGCTGGCTGCCACTCCTCGCCCGAGAGTGCCACCCTCACGCCCGCATCTTCCTCTGCTCACTCTTCGCCCCCGTGTGTCTCGAGAGGATCATTTCACCATGTAGGAGTTTGTGTGTTTCGGTTCGGGACAGCTGTGCCCCCATCATGAACTGCTATGGTTACCCTTGGCCGAGAATACTACAATGTGACCAATTTCCCAAAGATCACCTAATGTGCATCTCCTCGGTTGCCAATCTGCAAAACGGCACCAGCAATGAAGGAAGAGTGGTGCCGCGTGCTAGTTGCACAGACTGTGAACTAGAAGAAGCCACGTCATCCAAAGAACTGCTCGACCTCTTCTGTAAAAGTGACTTTGTGGTTAAAGTGCGTCTATCTAAACTGAACTCCAGCAGTTCTGTCTTGACCATGTTCTTTTTGGGGTCTCGGTTGGAGGTGCTAAAACACGGCCCGCTGCTGGGAGGAGAAATGAGGAGCCGTTTGACATTGTGGCTGGAGCGAGATGCCACTTGTGTGGGCAACCTGACCCGCAACCACCCCAACGGAGGAACCTTCCTGTTGACAGGCACTGTGACGGGCAAGAGGCTGCTGGTCAATAAAGCTTTTAGCTGGGGAAAACGACAGCGCCACCTCAACCAAGCAGCACGCAAGTGGAAAAGCCATCGGTGTAGAGGGTAGAGATGCAGACGACCAGACTTATATTCTTATCTCAGAGTGTtcataatgttgtaaataatagaGGAttcttttctatattttttaagCCTTAAGATATTAAATGATTTCAAATGCTTGTTTTGAAACTGTGTCTCAATGTTTTCATTTTGGTCACATTTTAGGGTcatttttaaaaggatagttgaaaattctctcattatttattcttcctctgcttgttccaaactttgactttctttcttctgttggacacaaaagaggacattttaaaaaagtcagaaaactgttactattgacttctgtagtatttattttgtttgtttttctactGTAGAAGtcaagtttccagctttcttcaaagtatcttctttattgttcaacaaaataaactcataaaggtttggaatcatttgagagaaaataaataatgagtacattttggTTTTGGagtaaactatgcctttaattaCACCTGTAAGAAACGAGTCTAATGCGAAATTTGAAGACTAGGAGAAAACAGTATTgacaaaaaaatcctaatattatcTATAACAggagtggccaaccctgttcctggacagCCAtgttcctgcacatttcagttgcaacccatatcaaacacacctgcctgtaattatcacgtggtgttcaggtcctaattaattggttcaggtgtgtttgatatgggtagcaactgaaatctgcaggaagatggctctccagaaacagggttggccacccctgatctataaTAATAACTTTTGATAAAAGTGCaataatttaataagttatttaatgacaatcacatcatattttattcggCCTGTCATGGATAAATGTAACACAAAAAAAGTAGTGCTGGCAAAAAATAATCAcacccaaaataaaagtttgacaaTTTAATAgctaaatttaatatataaatacacaaagacatgcatatatttaagaacatgtttaattacatttagatataaaatataagtgTATTTAGTACAAATTATATATCAATTTAAACATCTATGCAACAAAATTGATATGTATAATTtgtgtaataataaatacataaaatacacacacatacagttgaagtcagaattattagaataataataaaagttagattttttaaaatatttcccaaatgatgtttaacagagcaaggaaattttcaaagtatgtctgataatattttgttcttctggagaaagtcttattggttttatttcggctagaataaaagcagttattaattttttttaaaaccattttaaggtcaaaattaatagccccttaagctattgttttttttcgacagtctacagaacaaaccattattgtacaataacttgcctaattacaataacctgcctagttaaccaaattaacatagtgaaacctttaaatgtcacgttaagctgtatagaagtgtcctgaaaaatatgtagtaaaatattacttactgtcatcatgacaaagataaaataaatcagattttagaaatgagctattaaaactattatgtttagaaacgtgttgaaaaaaaatcttctgtccgttaaacagagactggggaaaaaataaacagggggcgaataattcagggggcaaataattctgacttcaactttatatattatgtcaaaacaaactttcatTTTAGATCCGATTAACTAAGATCAATCTTTGCCCGACACTAAAAAAAAGTATGGTGCAGCAAGTTCCAGTCTAATTGAGTGTTTTACTGACCTGTTCATTCAAACAATTCATTCAAAgcataaattaaattgttaaattttattgtttatgttaaaTTGAAGCTACTGACTTTATGAATGGAGCAATTGATTATTGCCTCAATTGTTTAGTTCAGAAATTTCTACAATGAAACATTAGGGTGTTGCTCTGAGACTGTCAAATCTTCTGCTCCAACCTTGTTTGGAACTTATTTCATAAAGTAAACAGACAAAATTctgaaaataaatctaaaatgtaaatgaatcaaTATGAATTTCTTGCTTCAAAATAATAttaggtttgttttaaaaatgctcaTATTAAGGAAACAACACTCTTGTGTGTGATATAACTTAATACATAAACAACGTCCATTTCATAACCTTTCATAATCCATTTAAAGGTATTCTTGTTTTCATCATGTTGATAATAGGGTCTTTCTATCTGCACGCTTTTAGACTATAAAGATGCTTGAGAGATACTGGATGATTCCAGTTCACACACAATAAATGACAACAGATTCAATATTATTGTAGATTAGAAATTATCCACACCCATATCCTagagttaatatataaaaataatgaatctGTATGGCTCACCAAACAGCAGTGGTTTCAGGCTGAGGGTGCGCATGTTATGTGTCCGGTCAGGAACAATGGAAACTCTTTGCACATGCCCAACCTgagcaaagaaaataaaacacacaaattgCATTACTTCaatttgattacacacacatgaATAAAACTGACAGACTCACTAATAAACGAAGGAACGTTTTAAAGAGCTGATATAAACATTagctttaaaataaggtttcattcgtttatttatttactagcatGGACTAATTTTGAACAAAGCTCGAACAGCGTTTATTAATCAAcacttactaatgcattataaacatctaaattcatgcttgttaacattagttactgcagttaacatgaactaacaatcaaccttattgtaaagtgctacccCGTAACGTGCATCTCATCgctaaaataaattataacgTTGATTATTTGAATTCTAGATAGCAATAAACTGCTTTTCAATGAAGGTTTAAATGACATATATTGTTAACTAACACTAAAACAGAAGGGCCATTAACATAACACAATTTTCAACTAAAAGTTaactttattactttttattattgtttttggggGGCATGAAAATGCTAACTTTTGCAAATGAGCTTCAGAGTTCACGTTTTTAAAACAACATGTTTTAGGTATGTGGTCTTTAGATGAAACCAGAATTATTAAATCGTctttgaattttttatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatttcccaaataatgtttaacagagcaaggaaaatttcacaatatgtcagataatattttccttttggagaaagtcttatttgtttcattttggctagaataaaagcagttttaatttttttataaaccattttaaggtcaaaattaatagcccctcaAGCTATTGTTTTtttcaacagtctacagaacaaaccatcattatacaataacttccctaattacgctaacctgcctagttaatctaattgagccagttaagcctttaaatgtcactttaaatgtcATGCTGTACAGAAGTGTCCTAAAGAATATCTAgcgaaatattatttactgtcatcgttcattcattcattttcttgtcggcttagtttctttattaatccagggtcgccacagcggaatgaaccgccaacttatccagtaagtttttacgcagcggatgcccttccagccgcaacccatctctgggaaacatccacacacacattcacacacacactcatacactacggacaatttagcctacccaattcacctgtactgcatgtctttggactgtgggggaaaccggagcacccggaggaaacccacacgaaggcagggagaacatgcaaactccacacagaaacgccaactgagctgaggctcgaattagcgacccagcgaccttcttgctgtgaggcgacagcactacctactgcgccactgcctcgcctactgtcatcatggcaaagataaaataaatcagttattagaaattatttattaaaattattactacttctctccgttaaacagaaatggggggggggggggttaatatCCTTCAACTGTATGAGCCCTTGAAAAGTAAAACAGTGATTCAAAACTTCAAATTTTCAACACAAATATCACCAATTATTGGCATGCCATGACGATTAGagttttagtgattttttttaatggatgtATGCCAATGTGGACCATTACAGCATAATTGTTGTCTgtattcaaactttta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Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000192310

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00043728 lncRNA downstream 67724 6680809 ~ 6687186 (-) False XLOC_022133
TCONS_00044714 lncRNA downstream 335060 6409743 ~ 6419850 (-) True XLOC_022129
TCONS_00043721 lncRNA downstream 344158 6403207 ~ 6410752 (-) False XLOC_022129
TCONS_00043720 lncRNA downstream 351374 6399839 ~ 6403536 (-) False XLOC_022129
TCONS_00044946 lncRNA downstream 407590 6328231 ~ 6347320 (-) False XLOC_022128
TCONS_00043734 lncRNA upstream 90816 6856469 ~ 6865962 (-) True XLOC_022137
TCONS_00043742 lncRNA upstream 219019 6984672 ~ 6997683 (-) True XLOC_022141
TCONS_00044947 lncRNA upstream 405213 7170866 ~ 7217483 (-) False XLOC_022144
TCONS_00043746 lncRNA upstream 405213 7170866 ~ 7217488 (-) False XLOC_022144
TCONS_00044948 lncRNA upstream 405213 7170866 ~ 7217574 (-) False XLOC_022144
TCONS_00043730 mRNA downstream 5090 6736116 ~ 6749820 (-) True XLOC_022134
TCONS_00043727 mRNA downstream 32809 6673446 ~ 6722101 (-) False XLOC_022133
TCONS_00043729 mRNA downstream 62769 6683982 ~ 6692141 (-) True XLOC_022133
TCONS_00043726 mRNA downstream 93925 6649071 ~ 6660985 (-) True XLOC_022132
TCONS_00043725 mRNA downstream 113687 6637611 ~ 6641223 (-) True XLOC_022131
TCONS_00043732 mRNA upstream 79982 6845635 ~ 6852296 (-) True XLOC_022136
TCONS_00043733 mRNA upstream 90816 6856469 ~ 6865946 (-) False XLOC_022137
TCONS_00043735 mRNA upstream 106820 6872473 ~ 6879731 (-) True XLOC_022138
TCONS_00043736 mRNA upstream 116757 6882410 ~ 6920107 (-) False XLOC_022139
TCONS_00043737 mRNA upstream 116956 6882609 ~ 6920107 (-) True XLOC_022139
TCONS_00043708 other downstream 1323393 5431418 ~ 5431517 (-) True XLOC_022121
TCONS_00043707 other downstream 1323591 5431196 ~ 5431319 (-) True XLOC_022120
TCONS_00043706 other downstream 1389565 5300279 ~ 5365345 (-) True XLOC_022119
TCONS_00043705 other downstream 1389726 5211021 ~ 5365184 (-) False XLOC_022119
TCONS_00043690 other downstream 1829287 4916955 ~ 4925623 (-) False XLOC_022113
TCONS_00043740 other upstream 195867 6961520 ~ 6982874 (-) False XLOC_022140
TCONS_00043741 other upstream 200679 6966332 ~ 6982916 (-) True XLOC_022140
TCONS_00043747 other upstream 406467 7172120 ~ 7172203 (-) True XLOC_022144
TCONS_00043748 other upstream 444504 7210157 ~ 7210262 (-) True XLOC_022146
TCONS_00043749 other upstream 815533 7581186 ~ 7581302 (-) True XLOC_022149

Expression Profile

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