RNA id: TCONS_00048288


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00048288
length 116
RNA type rRNA
GC content 0.58
exon number 1
gene id XLOC_024429
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 4325616 ~ 4325731 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

actgGCAGCTAGCTCTATGCAACTCTCGCATGATCGCCCtcttgaagctaagcagggctgcgcccggtcagtgcctggatgggagaccacatggtaaagctaggttgctgccggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000127180

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00049324 lncRNA downstream 130273 4194792 ~ 4195343 (-) True XLOC_024427
TCONS_00049323 lncRNA downstream 153859 4168932 ~ 4171757 (-) True XLOC_024425
TCONS_00049322 lncRNA downstream 441186 3880722 ~ 3884430 (-) True XLOC_024421
TCONS_00048278 lncRNA downstream 441300 3880722 ~ 3884316 (-) False XLOC_024421
TCONS_00049075 lncRNA downstream 441320 3880722 ~ 3884296 (-) False XLOC_024421
TCONS_00049325 lncRNA upstream 244497 4570228 ~ 4578442 (-) False XLOC_024432
TCONS_00049326 lncRNA upstream 244497 4570228 ~ 4578464 (-) True XLOC_024432
TCONS_00049327 lncRNA upstream 604634 4930365 ~ 4931600 (-) True XLOC_024435
TCONS_00049328 lncRNA upstream 970701 5296432 ~ 5300492 (-) True XLOC_024437
TCONS_00049076 lncRNA upstream 1140762 5466493 ~ 5466809 (-) True XLOC_024439
TCONS_00048286 mRNA downstream 11917 4231238 ~ 4313699 (-) False XLOC_024428
TCONS_00048287 mRNA downstream 90579 4231364 ~ 4235037 (-) True XLOC_024428
TCONS_00048285 mRNA downstream 132979 4180301 ~ 4192637 (-) True XLOC_024426
TCONS_00048284 mRNA downstream 176897 4133489 ~ 4148719 (-) False XLOC_024424
TCONS_00048283 mRNA downstream 176897 4133489 ~ 4148719 (-) True XLOC_024424
TCONS_00048289 mRNA upstream 134308 4460039 ~ 4482506 (-) False XLOC_024430
TCONS_00048290 mRNA upstream 134720 4460451 ~ 4482449 (-) True XLOC_024430
TCONS_00048291 mRNA upstream 181557 4507288 ~ 4530085 (-) False XLOC_024431
TCONS_00048292 mRNA upstream 181575 4507306 ~ 4525081 (-) True XLOC_024431
TCONS_00048293 mRNA upstream 381442 4707173 ~ 4717462 (-) False XLOC_024433
TCONS_00048237 other downstream 1290948 3016170 ~ 3034668 (-) False XLOC_024397
TCONS_00048212 other downstream 2695867 1629655 ~ 1629749 (-) True XLOC_024382
TCONS_00048188 other downstream 3834831 488821 ~ 490785 (-) True XLOC_024368
TCONS_00048296 other upstream 565036 4890767 ~ 4904432 (-) True XLOC_024434
TCONS_00048299 other upstream 1015231 5340962 ~ 5341102 (-) True XLOC_024438
TCONS_00048304 other upstream 1602440 5928171 ~ 5928286 (-) True XLOC_024444
TCONS_00048310 other upstream 1745864 6071595 ~ 6079431 (-) True XLOC_024448
TCONS_00048311 other upstream 1748201 6073932 ~ 6074050 (-) True XLOC_024449