RNA id: XR_005038662.1


Basic Information

Item Value
RNA id XR_005038662.1
length 2503
RNA type mRNA
GC content 0.38
exon number 7
gene id LOC118942959
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048585.1
NCBI id CM023239.2
chromosome length 64935962
location 58195260 ~ 58198250 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

ATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCCCAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGGTATAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCCCAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGGTATAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGGTGTAATTAGGTGTAATTAGAACACCGCAGCTCAGATAGGTGTAATTAGAACATAACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTGGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTATGTGTAATTAGGTGTAATTAGGTGTAATTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTGGAACATCGCAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAAATAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCCCAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGATAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTATGTGTAATTAGGTGTAATTAGGTGTAATTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGATAGGTGTAATTAGGTGTAATTGGAACATAACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTGGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCGCAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCGCAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTTGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGATAGGTGTAATTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTTGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGCTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCGCAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGGTGTAATTAGAACTTTACAGCTCAGTTAGATGTAATTAGGTGTAAGTATGTGTAATTAGAACATCACAGGTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGATAGGTGTAATTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGATGTAATTAGAACATCATACCCCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACACCCCAGTTAGGTGTAATTAGAATATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACACCCCAGTTAGGTGTAATTAGAATATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGATCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGATAGGTGTAATTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCTCAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTTAGGTGTAATTAGAACATCACAGCTCAGTGAGTCTGCCAaatacacg

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2011969 lncRNA downstream 14805 58179911 ~ 58180455 (-) True G1757139
TU2012001 lncRNA downstream 84234 58110315 ~ 58111026 (-) True G1757169
TU2011994 lncRNA downstream 90455 58103826 ~ 58104805 (-) True G1757162
TU2011958 lncRNA downstream 152203 58042650 ~ 58043057 (-) True G1757130
TU2011854 lncRNA downstream 162846 58029260 ~ 58032414 (-) False LOC118942957
TU2012057 lncRNA upstream 52507 58250689 ~ 58254043 (-) False G1757217
TU2012056 lncRNA upstream 54221 58252403 ~ 58254043 (-) True G1757217
TU2012076 lncRNA upstream 94803 58292985 ~ 58293391 (-) True G1757235
TU2012089 lncRNA upstream 123292 58321474 ~ 58322027 (-) True G1757246
TU2012103 lncRNA upstream 125534 58323716 ~ 58325219 (-) False G1757249
XM_036956527.1 mRNA downstream 126927 58056547 ~ 58068333 (-) True LOC110500946
XM_021578452.2 mRNA downstream 139177 58053125 ~ 58056083 (-) True LOC110500947
XM_036958278.1 mRNA downstream 142276 58043656 ~ 58052984 (-) True LOC110500948
XM_021578294.2 mRNA downstream 154897 58036498 ~ 58040363 (-) True paqr9
XM_036958277.1 mRNA downstream 159317 58031011 ~ 58035943 (-) False LOC118942957
XM_036958285.1 mRNA upstream 173968 58372150 ~ 58378475 (-) True LOC118942958
XM_021578317.2 mRNA upstream 242985 58441167 ~ 58443946 (-) True LOC110500784
XM_021578312.2 mRNA upstream 301077 58499259 ~ 58508480 (-) False LOC110500779
XM_036958287.1 mRNA upstream 301077 58499259 ~ 58508480 (-) False LOC110500779
XM_021578313.2 mRNA upstream 301677 58499859 ~ 58508480 (-) True LOC110500779
TU2011956 other downstream 152203 58042650 ~ 58043057 (-) False G1757130
TU2011873 other downstream 286126 57908139 ~ 57909134 (-) True G1757074
TU2011872 other downstream 292667 57902086 ~ 57902593 (-) True G1757073
TU2009892 other downstream 1787942 56406582 ~ 56407318 (-) True G1755322
TU2009879 other downstream 1804694 56390057 ~ 56390566 (-) True G1755310
TU2012593 other upstream 601992 58800174 ~ 58805825 (-) True G1757692
TU2013080 other upstream 994250 59192432 ~ 59195490 (-) True G1758095
TU2014036 other upstream 1825585 60023767 ~ 60024903 (-) True G1758845
TU2014093 other upstream 1924360 60122542 ~ 60123364 (-) True G1758890
TU2014124 other upstream 1990228 60188410 ~ 60225587 (-) True G1758915

Expression Profile