RNA id: TCONS_00065151


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00065151
length 261
lncRNA type antisense_over
GC content 0.30
exon number 2
gene id XLOC_032872
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 25267951 ~ 25268308 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tattaatattctaaaccacctcatactaaaattggagtcagatatgagttaaatttaagCTAATATGTTTAAGCAGCTGTCACTGCACACAAatatgtgaaatagcctactCTGAGCTCTGTGCTATTTAATCCAAAATGGTGcatgaaacaatattttttggAATATTTTCAAACATGTTGTGATTGACTGACCAAGTAAACTAAGCACTACAATATATTggtcaaactttacaataaggtttcattagttaaaccttaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00063881 lncRNA downstream 102286 25161976 ~ 25165665 (-) True XLOC_032868
TCONS_00065150 lncRNA downstream 398805 24850093 ~ 24869146 (-) True XLOC_032866
TCONS_00063875 lncRNA downstream 883366 24381611 ~ 24384585 (-) True XLOC_032863
TCONS_00064744 lncRNA downstream 1048774 24217928 ~ 24219177 (-) True XLOC_032859
TCONS_00064743 lncRNA downstream 1846213 23420169 ~ 23421738 (-) True XLOC_032850
TCONS_00065152 lncRNA upstream 1022475 26290783 ~ 26309847 (-) True XLOC_032876
TCONS_00065154 lncRNA upstream 1293673 26561981 ~ 26674943 (-) False XLOC_032878
TCONS_00065153 lncRNA upstream 1293673 26561981 ~ 26674943 (-) False XLOC_032878
TCONS_00065155 lncRNA upstream 1392708 26661016 ~ 26662668 (-) False XLOC_032878
TCONS_00065156 lncRNA upstream 1392708 26661016 ~ 26674943 (-) True XLOC_032878
TCONS_00063886 mRNA downstream 66141 25189837 ~ 25201810 (-) True XLOC_032871
TCONS_00063882 mRNA downstream 78212 25167250 ~ 25189739 (-) False XLOC_032869
TCONS_00063883 mRNA downstream 86939 25171308 ~ 25181012 (-) False XLOC_032869
TCONS_00063884 mRNA downstream 87513 25173671 ~ 25180438 (-) True XLOC_032869
TCONS_00063880 mRNA downstream 102258 25157708 ~ 25165693 (-) False XLOC_032868
TCONS_00063887 mRNA upstream 44079 25312387 ~ 25369295 (-) False XLOC_032873
TCONS_00063888 mRNA upstream 44079 25312387 ~ 25371196 (-) False XLOC_032873
TCONS_00063889 mRNA upstream 44079 25312387 ~ 25384792 (-) False XLOC_032873
TCONS_00063890 mRNA upstream 71117 25339425 ~ 25384526 (-) True XLOC_032873
TCONS_00063891 mRNA upstream 665428 25933736 ~ 25952848 (-) False XLOC_032874
TCONS_00063885 other downstream 79168 25188023 ~ 25188783 (-) True XLOC_032870
TCONS_00063877 other downstream 425665 24842170 ~ 24842286 (-) True XLOC_032865
TCONS_00063876 other downstream 482008 24785827 ~ 24785943 (-) True XLOC_032864
TCONS_00063859 other downstream 1214335 23955374 ~ 24053616 (-) False XLOC_032853
TCONS_00063855 other downstream 1873052 23394843 ~ 23394899 (-) True XLOC_032849
TCONS_00063901 other upstream 1773439 27041747 ~ 27048982 (-) False XLOC_032882
TCONS_00063903 other upstream 1783034 27051342 ~ 27055863 (-) True XLOC_032882
TCONS_00063923 other upstream 3743603 29011911 ~ 29084554 (-) False XLOC_032900
TCONS_00063930 other upstream 3776689 29044997 ~ 29052872 (-) False XLOC_032900
TCONS_00063931 other upstream 3793342 29061650 ~ 29084651 (-) True XLOC_032900