RNA id: XM_039817229.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_039817229.1
length 7206
RNA type mRNA
GC content 0.42
exon number 5
gene id LOC120569357
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053123.1
NCBI id CM020920.1
chromosome length 39440604
location 19968360 ~ 19993324 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

TCTCAGCTCCATGCGGTTTACTTGGCAAAGGCGCAGCATTGCGCCGcgctccttctctctcctgctgCGCACCGATCCATAATTAACGCGTGTAATGCCAAGTGAGACACATCTACAGCAAAGGTGGAAAAATAAACGAAAAAGAAGTAAACgacagttttttgtttgttctagaGGTTGGAAAGCGACAATTTGCCTCGGTCTCAAGTGTGATGGACTATGGATTGCCGAGTGTAGGGGTTTTACTACTTTAGAGGCTCAGACGAAAATTGACGAAACGTCTAAGTCGAACTTTGTGTAACCTTAGAGACaacattaaatgtaaaaaaaaaaaaaaaaacatggatctCTATGCACGAAATGAGACATTTACATCCCCTGAGTGCGTCGGATCGCAGACTGATGCAGTGCAGAACGGAGCCGGTAACGGGAGCGAGACATCAAACATCACCTGCGGCAACGTTTCCACACTGTTCATACCTCAGCTTGTGAGGTACAAAGATGACGACCACACACTGCGGATCCTTCTCTACTCACTCATCTTCTTCCTGAGCGTGTTTGGAAACCTGCTAATCATTGTGGTGCTGACGGTCAATAAGCGCATGCGCACTGTGACCAACACCTTCCTGCTGTCGCTCGCCATCAGTGACCTGATGATGGCTGTCTTCTGCATGCCCTTCACACTCATCCCCAGCATCCTCAAGGACTTCATCTTTGGAGCCGCCATGTGCAAGATTGTGTCCTACTTCATGGGAATATCAGTGAGCATCTCCACATTTAGCCTGGTTGCCATAGCGATAGAGCGCTACAGTGCCATCTGTAACCCCCTGAAGTCACGGGTGTGGCAGACCCGTTCCCATGCCTATCGGGTGATTGCTGCTACGTGGGTGCTAGCCTTCGTCATCATGATCCCCTATCCAATTATCAGTCACTTGGAGTCTTTTCCGCGTCCTGACAACACCACTGCTCACCAGTGTCGCCACATGTGGCCCCTCGCAACAGCAGAACAGGCCTGGTACATTCTGCTTCTGCTCGTGCTGTTTGCAGTCCCAGGGTTGGTGATGATTGCGGCCTATGGACTCATCTCCAGGGAACTTTATAGAGGCATCCAGTTTGAGATGGGCCACAAAAAAGACTCTACCGATGTGAAGAATGGACTGACCTCCACTGTGTCTACTGGCAGTGATGATGGCGATGGTTGCTATGTTAATGTTGTCCAGCGGCCGCACTCAATGGAGATGACCAACGTGGCTGCATCCAGCAGGGCAATCAAGGCGGAAAGACCACGCAGCAACACATCTGAGGCCAAGCTGGAGGCCAAGAAGCGAGTCATCCGCATGCTGGTGGTCATTGTTGTCCTATTCTTTCTCTGCTGGATGCCACTGTATTGTGCCAACACCTGGCGGGCTTTTGACGACCTCTCTGCCAAACACGCCCTCTCAGGGGCACCCATCGCTTTCATCCATTTGTTGTGCTACACCTCTGCCTGCGTCAACCCGATTATTTACTGCTTCATGAACACACGTTTTCGCAAAGCTCTGCTAGCCACCTTCTCGTGCTGTGCTGCACCTTGCCATCATCGCCGCCATCGTGGGCTACGGGACAACGAAGAGGATGTAATGGCAACAGGAGCGTCCATGTCCAAGTTCAGTTACACTACAGTCAGCACCATGGGAACCTGCTAAGGCAGATGGATGCAGGCACAGTCCAGAAGAGACAGTTACTACGGCAACACAGCACCCCACATCCTTTGTTTTTAGGCCAATTCTATACTCATAGTGACAATAATGTGGAGTGGAAAAAACAGGCCATAGATTGTAGCAGAATAGAAGCTTCACCCTGTGCGTAAAGTTATGTAGAGATCATTTAATGAAACACAGTCTTACAGTGTAAATACCTCCataacattattgaaaaaagcaaGTACATTTATCGCTTGTCACAGTGGACCAAGGCATATTGTTTGCTTCGATGTTTACGGCGGggcaggtatgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtagtggtggGCTGTATGATATGTGAGGGATgaattttaataatttagtaGTCATTATGTAGCTATAAAAATAGGAAGACCGCAATCTGTTAATCTGTGTTAATGACGCTAATTGCAATTGCCTTGTGGACTAAGTGCCTGGTTCTACATACTATGTTATGTTTGTCAACTGTTGATTTGTCTCATTCATAACAGGCACCATAAACACAGACAAATTGTAAACTGAAGGGTTGTGAAAGTGGAGTTTAAAGACTCAACAAACTGAAAATCCTCAGAAGATAGGAATGTCCTATAGAAGATAGGAGTAGGTTGTGAGTTCTACATGGCTCCACGGTTCACAGAAAACCCGTAAGTGGTATAAACAGTTTAGACGGGAAGTGGTGATGCCTTGTGTTGTGGTTGTAAATTGTAATGCAAGCTGCGTTTGTGTTTTTGAGCTTTTAGACACAGAATTGTCTGTATGTTGTAAACATTGTATACTGcaatgtttgtttgtattttgtccTTGCAGGTGAACACAGTAGCAAATGTGAGAAGGGTGAATTGACactttgtattgtgtttttttctcatattaGGGCTCTAGTTTGAGGGCATTACAAAATTGGTGGATAAGTATCCATCACTTTGTGGAGAACATCTGGATAGGAATCAGGGTTATTTAAGAGACTATTTAACAGTTTCTACATTATTATATTTCTGATACCATATTAGAACACAGGAGAAACTATATAATGAACTTTGATGAAAACATCAGGAGTATACAAATAGTAAATGCTACTAATATGTTATATGTGTTacaatatatttactgtatggcAGCATGAAagggtgattttttttatgaacaatAAGTCCACTGCAGCCTTACAGTAAAGGAGGTAAACCAAGGATAAATtaactataatatatacacatttatgAGTTCAGTGATTAAGTGACTTGCAGTCCCTGTTGAGCTCACCTGCAGGCTACAACATGGCAGCCAGGTTTCAGAGGTCTCTGTTTGTCAGGCCCTGTCAAGCGTGCCTGACTCTGGCTCCCCCGTTCACCTCGCACTAATTGTGTTACAACCTCAACCCTGCCAGGTTGAACGCCTGAGCATATTTCACTGAGTGCACCAAAGCACAATGCTGTCAGCCTCTCATCTAATAGATGTATGGCCTGCCTTTGTGAGCATTTTTTGGAAGATTGGCCTGCAGCTTTAGCAGTTTATCGTGTACACCGTTCCCTTTGTGTTTAAAATATGAATCTAGTGAAGCATTTCTGTGAGACTAAactacagaaagaaagagaatatTTCTCTACACTGACTAAGACAACCTTACCTTCACGTGTGTCCAGTTAATGTCAAGAAGAGGTCAAATTGACTGCTAGAACATTACCTTGACCTTCCCCTTGTCTCACTGTACAGACTCAGGCCCCATCAACTTTGAAACACATTCATCAAGCTGATGACATTCGTCTATGGCCTTGATGGCCCTGTGCTGATTACCGCAGGGGCATCAGGCCTCTGTATGTATGGCTGTGATCTTATACAATGAAGTCAAAGTGATATCATAGTAGATAAAGTGTGTTCTCAAATGAAAATGCCCATCTGatctaaaaaaagaagaaaatcctGTTGAAACCTTGGAAAAGCAGTAAACAGTAGACAGGAGGTATTTACGTGTCTGCTAGTAgcatttccaagatagaaaaaTACTGTAACgccaccgtctgtgttgttgtttatgtgACACTTGGaaagtgttttgttttcatgtaGAGGCTGAATTCCCTGCAGTGTCATAGAGGACGTTATGATTTGTTCCCCAATCCACCCCACCTCATCCAGTCgccacaagtacacacacacttaatctGGTTATGATGCACTTGCTCACAACTAATTACAGGCAGATGCCAATAAATAGTTATTTCCTTCTTTTACAAAATTAATACTGGCCatgaaaattaaagctcagtaTGAAAGTAACTGTGATGACAAATATGCAGTGGGTAGAGATTAGATCTCTAATTAGCATATTTCACTTATgcataagtaaaagtaaatatgCGAATAAGTACTAAAGGTTACTGTAAATGCAGTCCTGTAAATGCAGTCCTTCAGTCCTCTGTTTAACAATGTTGGTGATCTTATTTTCAAGCTTCTTATTATTTGTAGCATGTATTCTTCAATCAGAAATGGTAATGGTAAATCTATCCTGCACAATATCTACAGACAGGTGTTGCCCACAGgctaaagctgcactaattaacatgttttatataACCAACAGATCAAACTCCGATGTGTAATGTAAAAGGGGTCGGACATAatgatgaacacacacataattGCCACCCATCATTGCAGTTCCCCCTGGCTTCACAGTGTTTTTGCCTATTTTGgatcttttttgtttgtttttccagcccaTAACTCTGTTCTCATCAATCAGCCACAGCAATCAGCTGTTTTGAGAGGAGAACCTGCTCTAAGACCCAGAtttttccctcaggagttggtgaagaccaaaacagagctaaagtgaatattggacttaaatACATTGGGTGACCACAAACATAACTCCAAGTGTTTCTGCTTTATGTGTAAATCGACAGGTTGTTAACATGTTAGCCATAATAACTTTATAAGGTGGTactatgtcagtgttgtgtttcaaGCTTGTTCCGCTGCCCCCAAGAGGTCAAAACATAAATTACTGAAGATTTAGGGTTAGGGATGAAATATGAGCTGAGAATATCAATCTTGCAGAAGTTTAAATGAGGTAAATGATAAGTTCAGGTAAGAGTACAGATATGCCAATTTAAATGTCTCCTATTATCATGAATACTATTGAGTGTTAATATACAACAAGAGGGGTACACCTGTTCACTGATTACTATCAGGGATCcttttcacattcacacaagTAATCAATCATGTTCAGTCAAGACAATGAGGTGCCCTTTATAA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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K04194 CCKAR; cholecystokinin A receptor

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU168793 lncRNA upstream 25513 19942230 ~ 19942847 (+) True G125482
TU168790 lncRNA upstream 31112 19930932 ~ 19937248 (+) False G125480
TU168789 lncRNA upstream 32079 19930932 ~ 19936281 (+) True G125480
TU168758 lncRNA upstream 60538 19907587 ~ 19907822 (+) True G125465
TU168671 lncRNA upstream 68923 19899234 ~ 19899437 (+) True G125397
TU168814 lncRNA downstream 22697 20016021 ~ 20016254 (+) True G125501
TU168817 lncRNA downstream 30939 20024263 ~ 20027981 (+) False G125504
TU168818 lncRNA downstream 30939 20024263 ~ 20027981 (+) True G125504
TU168867 lncRNA downstream 235404 20228728 ~ 20269128 (+) True G125547
TU168897 lncRNA downstream 337063 20330387 ~ 20330659 (+) True G125577
XM_039817228.1 mRNA upstream 15162 19944868 ~ 19953198 (+) True si:ch73-390b10.2
XM_039817407.1 mRNA upstream 39414 19924998 ~ 19928946 (+) True si:ch211-214p13.8
XM_039817408.1 mRNA upstream 39414 19924998 ~ 19928946 (+) False si:ch211-214p13.8
XM_039819005.1 mRNA upstream 47940 19916092 ~ 19920420 (+) True si:ch211-214p13.9
XM_039818622.1 mRNA downstream 143980 20137304 ~ 20142499 (+) False abhd13
XM_039818623.1 mRNA downstream 143980 20137304 ~ 20142499 (+) False abhd13
XM_039818624.1 mRNA downstream 144229 20137553 ~ 20142499 (+) True abhd13
XM_039819092.1 mRNA downstream 151759 20145083 ~ 20149050 (+) True tnfsf13b
XM_039817789.1 mRNA downstream 160531 20153855 ~ 20265590 (+) False myo16
TU168229 other upstream 1263832 18703028 ~ 18704528 (+) True G125079
XR_005640963.1 other upstream 1950947 18010757 ~ 18017413 (+) False hnrnpa3
XR_005640989.1 other upstream 2087634 17860160 ~ 17880726 (+) False hoxd10a
XR_005640959.1 other downstream 181504 20174828 ~ 20265238 (+) False myo16
XR_005640960.1 other downstream 181504 20174828 ~ 20265148 (+) False myo16
TU168970 other downstream 498854 20492178 ~ 20521274 (+) False G125627
TU169140 other downstream 859765 20853089 ~ 20858910 (+) True mpc2b
TU169142 other downstream 866828 20860152 ~ 20865442 (+) True G125757

Expression Profile