RNA id: TCONS_00008619


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00008619
length 4913
lncRNA type antisense_over
GC content 0.39
exon number 2
gene id XLOC_003497
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 26702957 ~ 26709080 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tttattttgAAATTTGATggtatattgttttatttcatgttCTCAACATGGTCACAGTTATAGTTAAACATCAATAGGGTCTCGTCATCTACTTAGAAACAGAATGCATATTAAAACCATAGTTCTCCTCTCCTCGtttggtaataaaaaaaaaatgaaatgaatgtttgAGTGGAAGGCGGTGAGAGTCATGTAACAGTCGGCTTATTAAAGAAGATCCTATGACAAATTCAAAGTACATTTGGTAGCAGAAGCAGTGTTATTATGAGTCTCTTGAAAGTGGAAAAGGACTACACCGTCGATGCGATGACTgagtgaaaaacaaaaaagtataatACAGGCTATGTACACGCTAAACCCCCTTAGACTTTCCCTTTATCATCCATATTAGATTTATATATGATATGCTTTCTAATTTCTCACATTGGTTTGTGAtatatacagtgattttacatgAGGGAAGAAAGAAATGATCTGTTTTAGGAGGGCAAACAACAAGTGATATACATGCCGAAAATGCTGTGGCACGGTGTAAAATGTAACAGCAAgcttaaatgaaataataaaaccaaccaatcaaacaaacaaacaaacaaacataatattagaaaaaaaataataattaaaagaaagCACATTTCTTCATTtcgtttttttaaataagcttacATTTCAACCAGAGGTGCTAGGCATCAGCTGCATGCAAAAGCTTTGTGACATTTTGACTTGTCCGATACAGTACAAAGCTGAAGCACcacattacatttacaaaaacactgcactgaaatccttaaaaaaaaaaaaaaacaatcaacacaaagttgagaaaaaaaatgtagaaagagACGTACTCATTTGGTTGTTTAGTCAGAAATGGCTTCAGATGATCATACACAGTCTGATTAATGGTGTTCTGTACAAATTACTGGCCTCGGTGTATCTTGGGAACAAGCCAGGTGTTATGAAGTCTGATATAGACACAGATTTATGCTCTAATATCCATAAGCTTCTATTATTATACTAATGTTCTCTGGTGGCGCTTGATTACGATTAGGCTAACGTTGGTTTAAACACTATTTGACGATCGGTATTTGATTTTTAAGCCCAGGTAAACAAACAGATGTGTCCTAATTGAATCTATTTCAGTACGAAACAGGATACAGACGTCTTGAATGAAGAGAAGTctacagattttaatatgatcatcatcatcgtcatcatcactCATTTAACAACGGTCAACTGTAACACTGATAATATCTCTGGAAGTATGCAATATCTAGAGATTATTTTGTACACTATACATGCAAAGAGTACTTTAGTTGACATTCCTGACTGTAGGTTGCAGGTAAAACAGAGACCAACAAAGATGGCGATGGGGGCGAgaaacataaaatgttttttttttatgcatgatattagaaattattaaaaaCGACAAACGAACAAACAGGTTGGTCGCAATTCTGAATTTACAAAACTGAAACATACATATTGCAcatgattaatttaaaaaacgaaacaaaaaggAATCAGAAACAAGAGAAACATCGCACAGCAAATGCCACAAGGGTCTCGTATTAGAGAACGAGCTCATTTCAGCCGTGGTTTCTGTACATTAAGTGAATATTTACAAAGACAAGTGCTGTTCAGAAGCTCTGTGCTTGAGTTAAAAGAGAGCGTCGACACACAAAACTATTACATCGAATCACAGCTCTGTCACCATTGATTTACTTACAGTATAAAACAAGTCAAAAATTGAACCGAGAAAGGGGGatatgtgtgaaaaaaaaaagaacatgtcCAAATCCGTTCCGAGCGAGAACACATCCATCCGACCCACTGCTGCATATTATATGCAGttacattacattagattacattacattagctGTGTTTCTGAGCAAGTGAAAGGCATTCTCACAGGAGGACCGAAGAAAAATGTATCAAATCTACATCATTTCCACGCAGGAGAGGGCACACACGCTCAGCCTGCTGAGAAAAATCAACATCTCTGCACAAACTAACTCTTGAAATATGGGGAGAGAATTCCATCAGATTTCTCCGGACACAAACGCTACGTCAAAATAGCCTTCTCCGCCGCGCGCGCCGGCTTTACCATAAACATCTTCAAATGTACAATTATttcatattgttttattcatctctaaaaaaatagttaaaaaaataaaaccatgtTGCAGCAGTGGCCCGACGAGTCGAGGCCGTGGAGGATCCATCAATGACTTCCTACAGTCCCTGTGATTGGTTTGCGCTACGTGGATCCCCAAAAAGGAGGCGGAGCGAACACAAGCTGGAGATTCGGGAAGAATCTTCCAGCTCCAAAGGCAAccaataatttccatattaatcAATCGGCCACCTACTGAGTGGAAAACTACGTCGAGAGTACACAGAGAATACTgagagttgttttttttctttttctttttttaattctgaggcttcggatcatttttgttctataacaataataataatagctgctaatattattatcattattttacaaaatactaTATGCACGACATACACAAAgcaaatcttttcttttttgaataacTCACTCAACTGCTTTTTAATAATTGGCACGTTATAGTCCCCTAATCTCTATCACAGAAATGTGTGGTCTACAGCTACATTAAATACTGGAACACCACTCGTTGTGACCGAATCCGACAGACCCTGTCGTCTCTGCAAACTAATAAGCAGGCTACTTTTGATAATGCATTTTAGGTAATTAAGTACAAGAAAACAGTTGCCACGGTCTTTTTGCGCATGCTCTTTGCTTCACCGCCAACGTCGAAAGGGTCCAAAGTCTCTAAAATCGAGCCTAAAAGAAGCAGCAGCCGCAGTTTTTGTCTGGGGCTCTACAGCTTGAGCGATGACTTGGTAAGAACTGATGATTTGAGTTCTAGCCGTCCCCCCTGAAGGCCGGTGCTACACAGTGTGGCTCCCCTTCCAGTGGGAAACGGGCGCTGGATGGGTTGAAACGTGAGTCAAGGTGCCCTTTTGTTCGCAGCAACGATCTAAAACAGTCCCATTCCCGAGTGGAAAGAGTTCGTGGAGTGGCTCAAACCACAGTGCTGATGCCGCTGTGTTTGGGCTTGGTGCTGCTGGCCGCGGGTGGAGGCGCTGGAGGCTGGCTGTGGTGGTgtggtgcatgctgggagtgggaCGGGTGGGATGAGTGGGACGGATGCGGACCGTGGCCGTGTTGGCTGTGTGAGTGGCTGTGAGAGGATGAGGGGCCGGGTGGAGGGTGGTACTGGTGGGGTGGGTGTTGGATGTGCGCTGGAGGGTGGTAGTGATGGTGGTGGTGGTACGGAGGGGGATTCTGCATGTGGCAGAATTGAGCGTGGTGCGGGTGCATCTGGGCTTGGGTTTCGGTGACGGTGACGCCGTCGCGGGCCGTGTGGTGCAGGTTAGAAGGGTGAGGGGTGTGAGAGATGAGTGTTGGATGGGAAGGGTGGGACGACTGGGATGGCAGGGAGGGAGATTTGCCTCGTTTGGTGCCGAATAGAGAACCCAGCAGAGAGGAGGAATTGGGGATAGACTGCTGGCGGGAGGGACAGTCGCGGCTGGAAGTGGCTCTTCGCCGTATGTGGGGGCTGCTAATGATGGACCCCTATAAGAggataagagagagagaaaacagtgAAGTTAAACACAAGATATTTACAGCATGCTCAGTGATTCTAGAGCCTTTTCACATTGttcatttaaatgtgatttaaatgttaaaggtttcatgtaaatgtttaatatttaggcTTGGGAAACAATAATTCAGAAAACTACTGGGaaaaaaactatacaaatttttttctaccatattttttgttaattgaCCAGCAAAGTCTAATTTATTACCAAATCACCCTTATAAGCCAGTTTTTTAGTGTATCCTTAAAAGGATTAGTCCTGGACTCAAGAGTTGTTGATTTGAATCAGTCTAATGGCTAACTCAGTCAATTTTATTTTTGACTGAATTAATAATTTTTGTCACGTTTCAATCCACCTTACTGACTAGTTATTCTTAAGATTTGAGTAGTTATATACACAAATTtagaactatttatttaaaataaacaggaaccttaaaatgttagaaaagtccaacatttttaaaggtaaatataaattatttaaaaagaatttaaaggtgctgtatgtaagtttttgactcttctaaagcataaaaatgccaatatgtttgcagatatttaagaaacatgcgaAGTGAACATTCATCTTAAAAACAATGCTGAGGTCAGATATTCAGctctgaaaatgtgttttccgtgccGGAATGCTGTCTttattttggttcttttaacccccccattgccagtttagccaaatatatttcagcaccccaggttgccttgttggaaaacgttgtatttcattaattcagtcaTAAAGGCTCTCAACGCATTGCGTCCATGACCAAAATGCAACcttcggtggacagtagcagactcccgAAAAGAGATGcagatttagagttccacatgaaactattaattagtaaataatataaatattacgtatgtaaacattaggtgagcaggttatattgtaaccgtgtgtcctaacaacacgctacataaaacaatttgcagtgataagcaaatTGGGTGTTTGCACaagacaaaacatgacagaaatttaaatacagctattTAGAAGCATAGAATAGTTCACTTACTGCAAGCGAAAACACGAAACTTGTTAGGTTTAAAATCTAATTAgtacacattaaacctctttaatattattaagtgcacatgctgaatcactgatctGTGTTGGCTTGCAATGATTCGCAGTTCTAAAGATCAATTTCAAAcggtatattttattttcaatatctgagataaactatc

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00006846 lncRNA upstream 304470 26396639 ~ 26398487 (+) True XLOC_003492
TCONS_00006845 lncRNA upstream 304927 26395913 ~ 26398030 (+) False XLOC_003492
TCONS_00008618 lncRNA upstream 468888 26226082 ~ 26234069 (+) True XLOC_003490
TCONS_00008617 lncRNA upstream 506812 26188517 ~ 26196145 (+) True XLOC_003489
TCONS_00008616 lncRNA upstream 872620 25829370 ~ 25830337 (+) True XLOC_003487
TCONS_00008620 lncRNA downstream 498116 27207196 ~ 27208386 (+) True XLOC_003499
TCONS_00006860 lncRNA downstream 654910 27363990 ~ 27364956 (+) False XLOC_003500
TCONS_00006863 lncRNA downstream 694791 27403871 ~ 27414474 (+) True XLOC_003501
TCONS_00008621 lncRNA downstream 804780 27513860 ~ 27526561 (+) False XLOC_003502
TCONS_00006864 lncRNA downstream 804794 27513874 ~ 27526561 (+) True XLOC_003502
TCONS_00006855 mRNA upstream 19245 26669724 ~ 26683712 (+) True XLOC_003496
TCONS_00006854 mRNA upstream 87349 26609110 ~ 26615608 (+) True XLOC_003495
TCONS_00006850 mRNA upstream 94321 26604224 ~ 26608636 (+) False XLOC_003495
TCONS_00006851 mRNA upstream 94324 26604293 ~ 26608633 (+) False XLOC_003495
TCONS_00006852 mRNA upstream 94347 26604303 ~ 26608610 (+) False XLOC_003495
TCONS_00006856 mRNA downstream 424480 27133560 ~ 27197452 (+) False XLOC_003498
TCONS_00006857 mRNA downstream 425036 27134116 ~ 27197381 (+) True XLOC_003498
TCONS_00006858 mRNA downstream 565275 27274355 ~ 27383732 (+) False XLOC_003500
TCONS_00006859 mRNA downstream 637996 27347076 ~ 27374532 (+) False XLOC_003500
TCONS_00006861 mRNA downstream 654979 27364059 ~ 27372368 (+) False XLOC_003500
TCONS_00006853 other upstream 88370 26604611 ~ 26614587 (+) False XLOC_003495
TCONS_00006838 other upstream 624896 26077947 ~ 26078061 (+) True XLOC_003488
TCONS_00006817 other upstream 1219987 25481107 ~ 25482970 (+) False XLOC_003476
TCONS_00006814 other upstream 1224539 25477743 ~ 25478418 (+) True XLOC_003475
TCONS_00006802 other upstream 1400400 25296376 ~ 25302557 (+) False XLOC_003469
TCONS_00006865 other downstream 811376 27520456 ~ 27520573 (+) True XLOC_003503
TCONS_00006890 other downstream 2643021 29352101 ~ 29352221 (+) True XLOC_003521
TCONS_00006893 other downstream 2857667 29566747 ~ 29571528 (+) True XLOC_003523
TCONS_00006949 other downstream 4262954 30972034 ~ 30997832 (+) False XLOC_003549
TCONS_00006950 other downstream 4265691 30974771 ~ 30974892 (+) True XLOC_003550

Expression Profile

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