RNA id: TU440274


Basic Information

Item Value
RNA id TU440274
length 9504
lncRNA type intronic
GC content 0.40
exon number 2
gene id G371634
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047620.1
NCBI id CM018566.1
chromosome length 19313417
location 6891766 ~ 6901343 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

aaccgctgatctcctgggaatttcacacacaacagtctctagagtttacacagaatggtgtgaaaaacaaaaaaacattgagtgagcaacaaTTCTGTGGGTGAAAACGAAGATAAGATATACCAGAGGAAAATTGGTTCGAACTtccaggaaggatataataacttatcactctgtacaaccatGGCAAGCAGAACAGCATCTCAGCATGTACAAGACATTGAACATTGAAGTGGaggggctacaacagcagtagACTACACTGGGTATAAAActatccagtttcagtgaatctgtgcccatgatagcttcagatttctgttcttggcagacaagagtggaacctgatgtgggcttctgctgttgtagcccacccacctgaaggtttgatgtgttgtgtgttctgagatgctttttttgctcaccatagttgtaaagagtgcttatttgagttactatagacttctggtcagctcagaccagtctggtctttctcctctgatctctctcatcaacaaggtgtttcagcctgcagaccctccactcacaggatgttttatgttttttgcactcttctgtgtaaactctggagactgttttgtgtgaaaatcccataTGATAAGCAGtgtttgaaatactcaaactagcccatcCGACACTGACAATGATGCCACGGTGAAAGtaacagagatcacactttttccccattctggtgtttgatgtgaacattaactgaagctcttgacttgtatctgcatgattttttgcattgtgctgctgccacatgattagctaaTAGATTTCAAATATTCGGTGTATATAGAGTCTGCACACCCTTATTGAAATTGCAGGTTTTATGATGTAAAGCCAGAAACCAAAATAGCATTTTCAGAAagttttccatatttaatatgatcttaaacaaataaaagagaagGCAAAAAGATAATTGTTAGGGAAACTGAAATTAATGCCCCGGAACACACCATTCCCTAATACATTTTGGTAGGACTCTtgtaaaatgcatttacattgcatttatagcatttggcatATGCCCTCATCCATAGTGAGTTACAGAAGTGTTTTGTAGTTTAtcaaaacacatcctcatgctagttcactaggtcaaggactaagagtaccatcagtcAAAAAACCTATTGGGGAGGTTAgtaaagaatggaaaaaaaaacacaagatttttttttttttttaaatagcaaagtgctaatttaagtgcttggtaaagaggtaggtctttagccAGAGACTCTGCTGTTGGGGCAGCCTGGGAAAGTTCTTACCGCCACCTGGGTGCCATGACAGAGAAGAGACTCGATGCATGTTGTCCATGTTCCGAGAGATGGTGGGtccagtcaagcagtgctagaggCTTGGAGGGAGTGTGGTGCAGAGCAGGGGGTGAGGAGTTCCTTatggttttaaatctgatgcaggcagctacagtaAGCCAGTGAAGGGAGCATAGCAATGGGATAATGTGGGAGAACTtggtgcagctgcattctgtaTTTGCTGCAGAGGTTGGATAGTGCATGGGGCAGACCTGTGAGGACCGTCGCATTAGTCCGGCCTCCAGGTAAGAAGCAAACTATTGCCATGCTGTGTCATGAGTTCCGAGACTCATGaggatggacaagagagtcttgtgatCGAGTCTGTTGAAGGCTGCTGAAAGGTCGAGGACGGTGAGGAatgatgacagtttggctgatctagcaacATGTAATTTCTCACTATTGGCCACAAGGACAGTTTTTGTGGACcattgaagccagactggttaggagATTATTCTGGGGGATAGAGAGCCTGTTAATTGTAGACAGTGCGTTCAAGGATTTTagaatgaaaagagagaagtgataatGTCTGGTAGTTGCTGATAATGAGAACTTGGACAGTAAAGAGCAGTACGAGAGGAGTTTGGAATTGTCCACTTTCTCTCGGCtgctattaattatttttgattgCTGCACAACATAGCTGACAGTCCAGGAACAGGGTCAGAAGACTTCCTAGGTATGGAAGACAGAGGGCAGAGAAGGTCCATGGATGAATAATGTGAAGAAGGGAAAGTGTTGGAGGCTTATTTAAGCAGtagagaggaaaaggagtcagggtcaGGAAGGGTTGATAGGGTACTGAAAGCTATGAAGGAAGGAGCAAGAGTGTGGAGTTTGCAGCGAGTAGGGGAGAGGTATGAATAGTTGGTGACAGGTAGGACAGGGAGGGTGAGGGTGCAGGATACAAAGTAATGATCTGAGAGGGGGAGCGTTTGCGTTTATTACGGCAGTAAGTCTTTGTGAATAAGACCAAGTTTGTCATTTTATCTCTCCATTCCTTGCAAAAACGTTCCTTCACACTGACAGATTCCTGTGCGCTGCCCTCTTTGAATCATTCCATGGGTTTTCTTTGGGAAAGAGATCtaggctctgactgggccatttcACGACTTTGATCTTCCTTTTCCAAAGCTATTGTTGGCTTCAGTGTTAgctttgggtcgttatcatTCTGGAAGGTGAAATTCCCTGTCTTAAGCTGTCTACCATTAGCCAGCAAATTTTGTACCAAAATAGCTTGATATTTGGAGCTAGTTATTATTTTAGCTATATTTACTAGAGCCCCAAAGCTTGATGCTGCCACCCTGATCATAATTATGCTGTTCTTTGGatgatgtgttgtttttgtgccaaacatatccGGTCTTAGTATTAAGGCCAAAAACTTCAACCTTTGGCTCATTAGTCCATAAGACATGATGTAAGATGAttttaatatgataataataataatacaatttctatttatttaggCAAAATTTAGACAGGCTTGGATGTTCTTGGCTTTTTCTTGTCAGAATATTGCAGAATATGGGAGACTGTCGTATGCATGGAGTGACTACTATCTGCCGGAAGATTTTGCAGATTCTTTAGTGTTGCTGTAATGCAGCTTATTTAATGTTGCTCTTGGAAGCCTCCCTGATAATTTTTCTCCTTGTCCTGTCATCAAATTTTGAAGGTCAGCTTGATCCTAGCAATGTTCCTGTGGTTctacattttctccacttttgtTGATCTTCACGGCACTCAATGATGTATACATTGCCATTGATATTGTTTTATACCCTTCTCTTGATTGGTAACTTTCAACAATGAGTCCCCAGGTGTTTGTCAGCTCCTCATGGACCATGGCAATCCAGGTAATGCAACCACAAACAGTTGatttttatttggggttaaCCAGACTCACTTTCATTAATGGCAGCTACATGTTACTTATCTTGATTTTGACATGACTTTGAATGTGTTGGGTCAACTCTGAATGTAGGTGCACCCTCATTATAAAAGGGAttgtacacttatgcaaccagtgtcttttattttcacttattttctCTAATAATTGATATGTTTTCTCATGTATTTTGTTGGGATCAAGATCATTAAAGATGGAAAGGTTTCTGACTTCATTTTGGCTTAATTTTTGTAGTAGTTACTGTTTTGTGTTATAGGGCCCACACAGTAAGGAAATTACCACTAAAGCAAGTGCCAATTTGATGATAACGAACAGATAATATTGGTCCATATGGTAAAGCTAGTATCGAGTAGTTTACTTGATTACCTTACTTTATCAAGCCTTTACTGACATAATTCAGTTTTCATACTCTCATTAAACTGTAGAAATTCAATGTCTTAAAGCCtgtcaaaaattttttttgactAAATGTCCATAACTGCCCCAGCAccttgtgtgtttgttaattaaaatatatggcAAGTATAGCTATACACGTGACATTCTTCATATACTCACCTGTGAGCCTTTTTACATCTGGAGGCTTAAAAGCCCTGTCCACTAGGGAGCAGGTCAGAGCCAACATACACCTTCCAGTCAGAATATCTTTTGTGGCTACTTCCAGTGAGGATGGTGGGATTTGGGGAGGCAgtgatattgtgtatattgAGATTACTGCAGAAACGTCTCATCATGATGCTTGAGagcatatttcatatttcttttgtctAGCCCAATGGCTGCCATGCATTGTTTGGAGGGTTGCATTCCCCACAATTTATGTAGGTGATGTAACACTTTTCAGGGTAATTTTCAGGGTAAATTTTcagggtaattttttttctgcactctATGAATGCAGAATATCTTGTGTATCCATACTTAATAGCAAGTATAATAACAGCATTAGACTAAGCATAGTGATGATTCACATGTAGCCACTGCTGCCAGCCTCACACACAGATGACAGCAGTACTATTTTTGTTTAGGTAAATTAAAAACCCTGAGACGTATCAAAGTTATAAACATCATGCAACATCAAGTTTAGGCATAAGTTCCCAGTGACTGTAACAAATCAAGTCAGTTTTTCTGGAATGCCTGTAAACACACTAATGATGGGAGATAGTGATagttaggggtgtaatgatataaaaatgttaCGATTTGATATGTATTGTCATTTTTGCACCATAATGCAATACATTTTCAGTACAGAAGTAAATAATGGTTTTCCtacattcaaattttgttttcGTCATATTGCCAAATCATGAACACAGTATCTGTGATTTACAATTGATTTTAAGTGCTTCTCTTCTTATCTAaagtttatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtacacaggtgtgtgtacacaggTGTTCATGTAGATGAACACCTGCAcatctactcattcatgcaattatctaatcagccaattgtgtggcagcagtgcaatgcataaaatcgtgcacatacaggccagcagcttcagtgaatgttcacatcaaccatcagaacggggggaaaaatgtgacctCAGTGATTTGGACCGTGGCGtttttgttggtgccagacaggcgtgtttgagtatttctataacttctGGTCTCCTGGGATTTACACCCACAACAGTGTTTTTAGGCACACTTTGCAGAGTGGTACAGTAA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU440265 lncRNA downstream 9986 6879870 ~ 6881780 (-) True G371625
TU440266 lncRNA downstream 17346 6870572 ~ 6874420 (-) True pspc1
TU440272 lncRNA downstream 23806 6867744 ~ 6867960 (-) True G371632
TU440232 lncRNA downstream 76695 6808493 ~ 6815071 (-) True G371595
TU440098 lncRNA downstream 324821 6563849 ~ 6566945 (-) True G371487
TU440449 lncRNA upstream 250095 7151438 ~ 7153159 (-) True G371787
TU440456 lncRNA upstream 281833 7183176 ~ 7183386 (-) True G371793
TU440604 lncRNA upstream 455968 7357311 ~ 7378538 (-) False LOC113537388
TU440608 lncRNA upstream 509638 7410981 ~ 7415018 (-) True G371929
TU440643 lncRNA upstream 566446 7467789 ~ 7468460 (-) True G371964
XM_026932365.2 mRNA downstream 29663 6835427 ~ 6862103 (-) True arhgap20
XM_034300425.1 mRNA downstream 95627 6791160 ~ 6796139 (-) True mxh
XM_034299998.1 mRNA downstream 112476 6772355 ~ 6779290 (-) True LOC117595692
XM_034299997.1 mRNA downstream 121048 6748385 ~ 6770718 (-) False LOC113537509
XM_026932018.2 mRNA downstream 135868 6742587 ~ 6755898 (-) False LOC113537509
XM_026932381.2 mRNA upstream 56677 6958020 ~ 7025006 (-) True LOC113537750
XM_026932383.2 mRNA upstream 56677 6958020 ~ 7023760 (-) False LOC113537750
XM_026932382.2 mRNA upstream 56677 6958020 ~ 6985385 (-) False LOC113537750
XM_034299966.1 mRNA upstream 157492 7058835 ~ 7068469 (-) False LOC113537271
XM_034299965.1 mRNA upstream 157492 7058835 ~ 7068466 (-) False LOC113537271
XR_004577329.1 other downstream 528563 6358639 ~ 6363203 (-) False LOC113537742
XR_004577328.1 other downstream 858373 6019687 ~ 6033393 (-) False tpp2
XR_003403780.2 other downstream 939453 5942429 ~ 5952313 (-) False LOC113537623
XR_004577339.1 other downstream 1344734 5534472 ~ 5547032 (-) False LOC113537235
XR_004577289.1 other upstream 157492 7058835 ~ 7068467 (-) False LOC113537271
TU440391 other upstream 157492 7058835 ~ 7068531 (-) True LOC113537271
TU440780 other upstream 816920 7718263 ~ 7724795 (-) True G372086
TU440974 other upstream 1011123 7912466 ~ 7916321 (-) False fam155a
TU441267 other upstream 1419641 8320984 ~ 8329026 (-) False timmdc1

Expression Profile