RNA id: TU188905


Basic Information

Item Value
RNA id TU188905
length 6341
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 1
gene id G150106
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030141.1
NCBI id CM030141.1
chromosome length 22147039
location 13739776 ~ 13746116 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TGGCTGAGAGAGTGAATAGTGAATAAACAAGCGCAATACACTTCACTGAGCTGTGCAAGTCACTTTCCTGGCTTCCTGTGCGATAGAAGTGATAGGACGTTACCCTCCTTTAGGTCACTGACTTTAATCTCCAGTTTAACCAATTTAATTGTAAAGAAGCTTCTACATTTCAGTTTCTAAACAATTCTTCACATTTGTCCCAACATTTCCCGTAGTTTTACACGTATGGAATATGAACGATGTAATCCTTCACGCATAGCCACTGCAGACGGATTTTGTAAATGATACTCTATCTGGTGCTATCATAGGATTCAGGATAAAGCTGTTAACGATGTCTTTGTTGTAGTGTAACGTTCCTCAGTGCATGAATTACTTTAACTGTTTcttagttgttttttatatgtatttattttgtgtgtgtgtttttatttattttgtgcctGTGAGTCCCCCGCTTCCCTCATTTACCAATTTATTTCCATGACTGAATTTGtatcattataaaaatatataagtagGTTGATAAGCTGGCTCCATGCAATAAATCGCTGTGCCTTAGTAGGCCTGCATCCCTTAGTACTGTTGTTGCCACCTAAAACCCCAGAGAGACTGTAAACAGGCCTCAGTCAAGTCATGTCGTAGTTATCCTCTCCTTTCTCTGGTGTACTTGGTTACTGAACGCGCATCCCTGTGTGAGTTGGGTTGGTGTCTTGGGAGTGCTGGAGATGGATTTCTGCTTGTGGTTTTACCCTCCTGCATAAGGAAGCAGCAACCCACGTTAAAAGTGccaaaaatgaatgaacagaTGCCACATGTGTAACTGGTCCCTGTGAGCAAATTCGTGCCACTCCTGGGTTCTGCTGCAGCTACAGGTGCCGTTAATGCAACAGACATACGCATAACTATACAAACTCAGCCATTTGGGGACAGTTGATACATGTTAAGCATGATGGCTCAGCTCAGCGTTCACAAACATACGGATGCTGCTGATGGAGTTGAGACTGCTGTGAGGTCTTTGAAGTGTGTTGGTAATtcctatttttttcctttaaaaagcTGTACATGAATAGATATGAAAGGCAATTAAAAGTAGCTTTAGTATGATGTTGGTTGAGAGGGCTGGCTGAACCCCCTGGTTTTGTCATCCCCTTATCCCATCTTTCCTGAGCAGAACAGTGTACTAAAGCACACCAGAGAAAAGAAGGTAACTCCACAGATCTCAGCCCTGTTGTGAATCCCACAGAGTGGCAGGGAGGGCACCCGTGTCATATAGCTGAGGTGGCAAGTGAGGCGCAGTGAGACTTCTGTTGCAGTCAGGGTGTTTGCAGGACTAAGGGACTCTGCAGATCTACACTGGGGTCAGGGGTTAACTGCGGGAAAAATGATTCTTTATGTACTTTGGGCCATATGGAAACGGAAAATATAGAGAGTGATTATAATATTTGCATGTCAGAAAACTATAGAGAACTGCATTGCACTTACCAACTAATCTAGTGGATATTGcccatattgttttaaattgaggTCCGtagcattgttttgttttttgtttgcttttttaagaATGCAAtaagacttttttattttttatttattatgaatattatttttgaaattgtttgtgcgtgtgtttgtgtcttttgtatACCGTAATTATGTGTAGTTCCCCTTGAGCTGAGGTTTCTCTGACATTGCATtgatggaaatgtaaaacatgtaaacaatgtCAGTACAACTTTGTGAGTGTGTTGAGAGAGGCAGACACATGGCAGTGCTGGAGATGCTGTAATGAGCGctgttctttccttttcttgtctttttttgaCCACTTAGTCAAGAGAAATGATATCCTTCCGAACTCATCTGTTACTCTTCTTGTCTGTGTTTGCCTTCAGAAACCAACCACATTGTTgtgaatttctctctctctctcgctcgctctctctctggatgtatgtatgttatgtttatttatataaacataacatgcatacatatatgtgtgtgtgtatgtaatatacatatacatacacatgcagACAAGCCAGGTGATTATAAAGTTGATCCTATTTAACATGTACCTTTAAAACACAGGTATACCAAAGTTAACATCTGTCACTGGGAGCAGTTATTGATAGTTGTTTGATCTTGGCCCTGCCTTGTGCAGGTACTTGAATAATATCTCTAAGTTTGTGGCCATTTTGGAACCCAACAGCATTCTTCTCAACTGATATTGGGAATGTGAATCCACTCTTAATAaatgactgtactgtatattacagtGTTGACATTCGCCATAATTGCACCTCTCTTATAGTTACAAACTGTAAAAAGGGACCACCAATATTATAATCACCTTGGTTTTATCGGTGTACACCGTGTTGCTCGGTAGTATCGGACCTCCCTACAAAAGTTAAGctattgtttatttcaatagAGATTATTAAGAGCAAAAGATTAGTTGGATTACAATTAAAACCTTGGCTCTGGTTTGACTTCACTGCAGTAAATCTCTTCTAGATTGAATCCAAAGTGTGAAATTGAGCCATTTGCATTGACAACGCATAATAGATTTGTTTGGTAGTTAAGATAGTATTGGTGTTACTCAACACTATAAATtccatatttgaaatattaccCTCTGTTGGAATTAAGTTTAATCAAATAATACTGCAGTGTAGGTAAGGTCTCCCACACTTCTGAGCCACACTGTGTGCAGGTACGGTTACTACAGAGGCCCGGGAAGAGGGATCGGTGAATAGCAGAGATGGAATTTGTGTTAACCAACGAGTTGCCTTGAAGTAGCATTCTCAGCAAATGATCTTGGGAGTGGTACCGTGTTTTTATACAAGCTGTGTATGTAGTAGAGAGAGACTAAACTCCTGTCGGTTTACtttgtgtattgatttaattcccTACCATTTATCGGTCGTTGCTCCTTGGAAGGAGCTAAGAGACTGATCTCCTCTGCTGGATTGCAGCTGTGCAGCCAGGGGTGTGCCATGTGATTGGAGGGCAGGTCAGCCAATCTCTGTGCTGCTCCGTGCCAACACAGTGACCTGGGAGCTGTCAGGCCAGCCAAACTACCCTCCTGCTGGTTTCAGCATGCACTGAGCCCTGGGCCTCCTGATAGGGTTTTACTGCCCTTCTCAAATTTTGTCCCAGGGTAGAGGGGCAACAGTAGAACTGTGGATGGTGAAAACATGGCAAATTGTCCTTAATGTCATTTGAAACTGTGTGAAAAGAATTAAAGGACAACAACAATGCCTGTGGATttcttttgcagttttatttttaaattggtagCAAGAGCACTTAGCCATTCTAACCATGTAGTCTTGGTTTTACCCtgggataaaaaaatatataatggcaGTTGCATTTCATTAAGGAAAGTGTATTTCCAATCCCAAACTCTGTGTCCAGTTCAGTGAAGATTTGGGAAGACCTTAGTGGAGATACAGGGGATAAGCCTGCCAGCTTAAACCAGCTGCTGGTACCAGAGGAACCAGGTAACCTCTCAAGCCATTCGAATACAAGTCTTATTCAATCCAGTTATTTCAAGACTATAGTTTAGTTTGTGTTCCCACTTCTTGTTTTCTAACCTCCGCTTTGGCCCTGACCAAAACCTATACTAAGAAACCATCATTTCATGGAACTTTTGATGTCAAGAGtctaatatacatgtatataggTATTATACGATATAGTGCAATAATATTTTGTACAGGTTTTTTCTATTagccatttatttatatgtaagtGAATCAAATGCATAGACCTATTGTTGTACGTATCTGTTATGGTTTATTTGTATCTCTTGGTGATGCGTGTCGGTAGCTCGGTAGATGTTCTTCCATGTTCAATCATGATAGCTCTTCACTGGAAAGAAATACAATCTCAAACTCGTTATGACATTCAGTTCACATAAGATCAGCCTCTTTATCCccctttcattcatttattgattgtatttttggCTTTGCAAGATTCATTAATGTCAAGGGAAGCCTACCTAAATGAACATCTTCAGGCtgttattagtttgtttgtttggcctTTAGCAATAAGTGTGATGCATTTGAGGACCCTCGAGTGTTGATACTGGTGGTGAGCACACATGGTCACAGACCTGCTCTGGGGGGACCGAACTCTCCCTGCAGGGAACTGGGACAGAGGATTGTGGATGTGAAAGAAGTTGCTGTCATCAAACTTCGTATTCACTCTGTGACATCCACTTGGAATTGTACAGCAgcgtttcttatttttttgtgtttggaCAAATCTGTCGAGTTTacacaattcacatttcaaTGAGAACAGCCACACAAGTGCTGAGCTGTGTTACCACTCTGATACTACTGGACTGTGGGATGTTTGTGGGCCCCTTGAAAAGGTTTGAGGCTGTAAAATCAGTAGAGGTTAAGCGGTCTAAGGTTTATTGCTTTTATCTGGCAGATCATTGCgttgattttatttaactttttgtttccAAGATGCATGGTGGATCTGTTGCGTTAACAAATGGAAATATTCCATAAAACAATTGGGAGTGTTCATAAGCGTAGGGAAACCTTGAATTTTTTCATTGCCTGGCTTCATTCCTGCTTGCCATCATTTTCACCGAAGTGCTCGTTTCTAAAGAAGGATCGGAATGGAAGACGAGTAAGCCGCTAAGAATTGTTTTAAGTCGGATTTGTAACTTGTTCTgctctaaaaaacaaaaccaatcttTTCAAACTGATGTCATGTTAGCCAAATTTTCGTTCACCCAGTTCCTCTTGTTgagcccgtgtgtgtgtgcctgaaTCCCAGGTGTAGAACTGCGTTTTCTACCCACCCCTCATCCCCAGTACAGTGTCTCATTACTGGAATAGATGCATAACTATGGAGTGTGTATCAAtactgatatttttatttgtatttattttctatgttttttttttttttcttgtgtagtTTGGATACATACCCCTAAAGTTCTGTATGGCTGCCCAGCA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU188855 lncRNA upstream 89725 13649403 ~ 13650051 (+) True G150066
TU188827 lncRNA upstream 326712 13412865 ~ 13413064 (+) True G150042
TU188779 lncRNA upstream 771634 12966975 ~ 12968142 (+) False AMCG00000381
TU188614 lncRNA upstream 898103 12833539 ~ 12841673 (+) True G149869
TU188432 lncRNA upstream 1641404 12092387 ~ 12098372 (+) True G149747
TU189157 lncRNA downstream 718776 14464892 ~ 14465302 (+) True G150303
TU189234 lncRNA downstream 987116 14733232 ~ 14733440 (+) True G150364
TU189295 lncRNA downstream 1185662 14931778 ~ 14939473 (+) True AMCG00000443
TU189297 lncRNA downstream 1185662 14931778 ~ 14944400 (+) False AMCG00000443
TU189346 lncRNA downstream 1378594 15124710 ~ 15125951 (+) True G150455
AMCG00000394 mRNA upstream 154 13731513 ~ 13739622 (+) True AMCG00000394
AMCG00000395 mRNA upstream 49378 13687967 ~ 13690398 (+) True AMCG00000395
AMCG00000388 mRNA upstream 59847 13667889 ~ 13679929 (+) True AMCG00000388
AMCG00000387 mRNA upstream 113020 13618488 ~ 13626756 (+) True AMCG00000387
AMCG00000386 mRNA upstream 122151 13608753 ~ 13617625 (+) True AMCG00000386
AMCG00000396 mRNA downstream 8692 13754808 ~ 13759231 (+) True AMCG00000396
AMCG00000401 mRNA downstream 13191 13759307 ~ 13759834 (+) True AMCG00000401
AMCG00000404 mRNA downstream 47142 13793258 ~ 13805747 (+) True AMCG00000404
AMCG00000403 mRNA downstream 66949 13813065 ~ 13837190 (+) True AMCG00000403
AMCG00000402 mRNA downstream 110522 13856638 ~ 13870201 (+) True AMCG00000402
TU188861 other upstream 47187 13690839 ~ 13692589 (+) True G150069
TU188603 other upstream 1011873 12679670 ~ 12727903 (+) True G149859
TU188404 other upstream 1754061 11982460 ~ 11985715 (+) False AMCG00000352
TU188165 other upstream 3204639 10534590 ~ 10535137 (+) True G149525
TU188032 other upstream 3768975 9969324 ~ 9970801 (+) True G149424
TU189044 other downstream 387022 14133138 ~ 14153840 (+) True AMCG00000412
TU189714 other downstream 3189877 16935993 ~ 16938282 (+) True G150750
TU189794 other downstream 3799338 17545454 ~ 17548508 (+) True G150811
TU190029 other downstream 4407748 18153864 ~ 18159321 (+) True G150976
TU190161 other downstream 4671064 18417180 ~ 18419471 (+) False AMCG00000550

Expression Profile