RNA id: TU163171


Basic Information

Item Value
RNA id TU163171
length 5934
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 2
gene id G130166
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030137.1
NCBI id CM030137.1
chromosome length 27060302
location 22799097 ~ 22805058 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

AAAAATTGATATTATACAGAAGATTTGTTGACaccatatttataaacaaagaaagaaagaggctGTTCATTCATggactttaattaaattaatagcaTGTGAAATAAAGATGGCACCTTATCCAAGttgcaaatatacaaaaagaaacaaaaaagagattatcttgaaatgaaaactaTACAGATGCTAACTCatatataatgttatgttaAACAAATccaatattaacaaaacaaagttgTACAACTCTATCTTAAATgtttagctttaaaaaaataattttgaagacttttgGTACTGTGCAGTTTCCTTTAGTCACCAAAGGTGagattacaaacacacaaacaaacaaaaagaccaCACAGAGACCAATAGGCAGTCAGTGTGTATTAGTACAAAAGCCATGACACTGAAGATACTTGAGTAGAAAGGGATGAGACGTGTTGTATCTggaatacagtatatttttttattcaatatacGTAAGTATTTAGTCTTTTGAATTTGAACACATCATATGgataaacttttttattttaaattaaaatattaacaaatacatatataaaacaaagtccTAAAACAGCTGAAAGTAACTGAGGTTTTGACTGTCTGCAGTGTAATACAACTTTAAAGCTCAAATGAAAATTTGATTACACtgaatatacatgtatatgttatACCAATTCACTATAGTATGGTCAGAAAATAGCATTAATAACTGTGTTATTAAGTAGTAGCAAGTGTCCTTTATGCCCATTGTCACTTTAAATGGTCTGTAATTGGGgcataacacacatacacagtcagACTCttcattaatgtataaaatatatatgaaacactGGAATCGACTGCATTGCCTAAAGAAATTGGAAAACTATTCCCTTTTaatcaatcattaaaacaataaataaataaatacaaaatcttgaTATACAGtagtattatattttaacattttattattacaaatattccataaacttttattttgttcataaacaTTGGGAATTTGAACTGGTAACTACTATATTCAGCGCACAAATTGATAGTATTGAGTATCCTTTtgatttatagaaaataataatattctattCGAGATGCCCAAATTGAATACGttcattcttgttttgtatggatcaaataaagaaaagtctcccaaaatgaatttgaattaaaattaattccacTGTTAATGTAGAAtataagagtgtgtgtgtttatacttcagagaacaaaaacaatcagctttttaaaaaacatttcttggCAAAACTGTCTCAGACTTCCAGTTTAGCGGGTAGACCATGGGTTACATGTTGGTTCCAGTTCAAGCAGTACTTATTTAGtgggttaatatatatatatatatatatatatttaataaCCCACTAAATACCTTTGTACTTCTCAGAGGGCTGCTCACATGAGAGAAAACCCATACTGGAATCTAATCctcatgaaaaaaatacataaatacacaaataatgataataataaatgtcgAGATTGAGATTATAGAAGTATCAACTATGGACAGCTaagaatattttcaattttatgaacatcaataataatgacTGTCTATGTAATTAAACATCTGTGTCCATAGTTGATACTTCTATAATCTCAATCTCGACTTTTATTCTTatcattatttgtgtatttatttattttttcgtgAGGATTAGATTCCAGTATGGGTTTTCTCTCATATGTGAGCAGGCTGTCTGAGCAGTACAAAGGGACTTTACAAATTTAAAGTCTTAGATTGCAGGAATATTCattgacaaatatttcaaatgggCGATGTTAAATTTGAGGGAAGCAACTTGAAAAAGGACCTGCAACCTGCAATATCTTCATCTAGACAatttgtagaaaaaataaaccaggaTATAAATCAAAAGTCAACAAGTAACATGTTGGATTTTGGCATTTCCCTATTAAACCCTAATTCAGATTATTGTAAACGCTTGTGCTCAACACACTACAAGAAGGACATGATGCCCTAGAAGGACAGAGTAATGCCTTGTTCCATATAATTGTCTTACATGGACAGGTACAGAGGATGGTTAGTCTCAAAGAGAAATTTGGTTATTCGAAATATTAATCACACTAAGAGTTTCAGGGGTCTGGAACAATCTCCCCAGCCATGCACATGAAGCTCACTTTAGGGTTCCTTCAAGAAACATCTTGATGATTTTCTATTGGGCTGTTGGATGTAACCTTACCATACCTAGCTGCTTAGTACTTGCAGGAACGATTCCTAGTCACAGTCTAAAATCAACTTGTTGATGTTGGTTCCCAGATTACTTTTTGTAGTAAAAAGAAGGCATTGTTTCAGTTGTTATACAACATTTTGGTATGCTATTACATTAAGGATAatgaaaccaaatacaaaaagatttttaaaatataatatatatatcaggcACACAACACAAAGTCCATAGCTGCCTCTGCTGTTAAATTGAAGACACATTCAACAGCAGTTACATATCTGAGACAGCTTGTTCAACAGAGGAGTCAGTTATCTTTTcatgtagaaaaatatattagcAATCCAGGGAGTAGACAATAGAGCCTGGTACAAGAAAAATGGTACAAGAAGCATGAAGCTGTTTGGTGTTCAAGAAGGCAATATGATGTGGGCTGGGATGATTCCCTATGCATGTGGACCAATTTCCATTGCCCTACAGTTTACCATTTGCATGATACAGTTATTTGAACATGTATTGTGTATACATGTGAATGGCTCAGCTGGTTTGAATGGTTCTAATAACATCAATCTCTGTCCATTCCTATATGCTCACCAGTCAGTGGATTGACAATGGCTGGAGGCGGAGatgcttataaaatataaatgtacactgTGTTCCAATTTGACTGCAATCTTCCTAAGAAAGTAGAACTATACATAAACCATCAGCTTATGCAAAAATTTATTGTCGATTTCAAAAGTAAACGTAACAGGGTATCTATCTAGGTCTAGAAAAAGGGTATGTTTTACTGGCATTTTAGCTATGTTACTcctattcaattattttccctTAGAAGTTATCACATAGAAATCTGATGATCATGTGTCTATTATCACCCTGTTATATTACATAGGTTGAAGATGGCAATGCAAGATCATTTTTTGAGTATCCATGCAAGAAAACTATGCGTCAAACTGCAGGGCTAGAACAGTGAGCTGCAGTTTGAtggtaaattgtattatttgattgattaattgaatagTACCTCCTTGCACTGTTGTCTTCCAAGGGACAGATTTCAGAACatgacacaaaacaaatctagaGCAGGAGACCCCCATACTggtcctggggggctgcagtatcttcaggttttcattccactaGAGAACTGTGCCTAATCTGTGCTTACTCTGTCCAGTTCTGAGAGTGAATTTTATGAAGACATGCAAACACCAGCTGGTCTGTAgcactccaggaccaggactgatCTAGAATGATCAGCTTTCCCATTTCTCTGGTATTTGAAAGTAATCCTCAGCATTGTTCAGTAATGTTGGCAATGTGCTGAAGACCCATTCAACTGGAAATGCATCCCCACAAAATCTGGTTCTAGTCCTTGGTCCTTTTGAGCCCCAATCCAACATGTTATATAGGTCACCCTTACATTATCAACTGAAATTCAGTCCTTTAGAGATAATGAGACCAATCTTGCTTTCTAAtcctaataataactaatagCATGACACACACGAAAGCTAAACCAAGTATGTGCTCCATTTCTACACTTCACAGATGACACTTGCTAATCTGCTTGaacctgattttttttcctcttcatgtAATCACATGAGTGGTTTGTTATCAGTTATCATGCTTTTCGTGAACTGGAAAATTCTAATAAGAATACCAGGAACATTTCATTAAAGTTTGAATTGTTATCTTTCTTTTACTGTTCAGACTTAAGATTGAATGATATTTTTGACAGATACACTTTTAAAAGATTATATTAGTTTCatagtattttgttattttttagcACCCCTTTTCTTTTGGATTGTCTTCAGAAATCCCTGCAAGCAATCTCCAAGATTTCTTCTGtgatttctttctatttcttctAAAGTTAAGAATTAAGTGGTGGCCCCTTGTGGGAAAATATGTCAActcaaccatttaaaataatgataacatTACATAATTCAACATAAACCTGTGTTAAAGCATGGGAGtctaaatacaaatttgaataaCCATGTATAGACGTAAACCACATGTTTCTGTAAATCAAGCAAAACTAGAAAGGGATCACTTCAGTATGATATTGATCTGAAGAAATTAGATTTTTCTTATGaattgttaattacatttattaagctgatttgtaaatatataaataaaatataccagCTACGAAAGCAGATGTGTCATGTCCCAGTCTAAAGCCAGGATTAAATCCTAAGTGCAAAACCCACCCACCAGACTCTGATACtctttttattgtctttttctgtTTACCAGAGGCTTCTACTCAATAAGATTACTATAATTAAGTATCTGagtttgtaatattatattgGCTGTTGATTTAATCCTcatcttaatgttttattttgtataaaaaataaacatattattgtttgaacaattttacataactggtgttattttaaattgctctgCAATTTTTTTAGTAAATTAATCAGCAGTCTAATTATTAATTGTGACCATTAACATGGACACATGGACATTTTATGTGTGGGTGGTCAGTGCTGCCAAAAAACTGCAACTTTTCCACCTTTGATCTTAACATCtccacaaatgtattttgttctgtacCAGTGCAAGATACATAATGTATCTGGAAATAATTCCATCTGattaataaattagttttttcaaCCCAATTTTTTATGAAACAATACAACTGAGAGGAAAGTAAGGAAATCAAACAATGAATACCAGAAACCACTCTTTTGTCAATATGATGGGCCTTATCTAATGTGACACAGT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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04976 Bile secretion
ko04974 Protein digestion and absorption
ko04975 Fat digestion and absorption

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU163165 lncRNA upstream 173894 22624958 ~ 22625203 (+) True G130160
TU163145 lncRNA upstream 182940 22615284 ~ 22616157 (+) True G130144
TU163154 lncRNA upstream 216133 22582698 ~ 22582964 (+) True G130153
TU163153 lncRNA upstream 216476 22582316 ~ 22582621 (+) True G130152
TU163149 lncRNA upstream 298305 22500035 ~ 22500792 (+) False AMCG00001278
TU163374 lncRNA downstream 409879 23214937 ~ 23217500 (+) True G130346
TU163376 lncRNA downstream 418974 23224032 ~ 23224597 (+) True G130348
TU163399 lncRNA downstream 475753 23280811 ~ 23281334 (+) True G130365
TU163484 lncRNA downstream 811322 23616380 ~ 23620977 (+) False AMCG00001292
TU163485 lncRNA downstream 811322 23616380 ~ 23620977 (+) False AMCG00001292
AMCG00001279 mRNA upstream 46241 22646113 ~ 22752856 (+) True AMCG00001279
AMCG00001276 mRNA upstream 191842 22584027 ~ 22607255 (+) True AMCG00001276
AMCG00001275 mRNA upstream 233477 22551140 ~ 22565620 (+) True AMCG00001275
AMCG00001277 mRNA upstream 256844 22540350 ~ 22542253 (+) True AMCG00001277
AMCG00001278 mRNA upstream 268261 22500165 ~ 22530836 (+) True AMCG00001278
AMCG00001284 mRNA downstream 226246 23031304 ~ 23033499 (+) True AMCG00001284
AMCG00001285 mRNA downstream 295849 23100907 ~ 23119955 (+) True AMCG00001285
AMCG00001292 mRNA downstream 760093 23565151 ~ 23685121 (+) False AMCG00001292
AMCG00001294 mRNA downstream 916765 23721823 ~ 23759069 (+) True AMCG00001294
AMCG00001300 mRNA downstream 1098270 23903328 ~ 23913809 (+) True AMCG00001300
TU162879 other upstream 1522218 21271384 ~ 21276879 (+) True G129913
TU162840 other upstream 1720227 21077135 ~ 21078870 (+) True G129877
TU162800 other upstream 1856700 20942072 ~ 20942397 (+) True G129843
TU162792 other upstream 1873857 20918558 ~ 20925240 (+) True AMCG00001241
TU162705 other upstream 2122240 20611272 ~ 20676857 (+) True AMCG00001236
TU163362 other downstream 361205 23166263 ~ 23166656 (+) True G130335
TU163702 other downstream 1628735 24433793 ~ 24454385 (+) True G130616
TU163730 other downstream 1779121 24584179 ~ 24591475 (+) False AMCG00001315
TU164194 other downstream 4051541 26856599 ~ 26863132 (+) False AMCG00001361
TU164234 other downstream 4146850 26951908 ~ 26954597 (+) True AMCG00001365

Expression Profile