RNA id: TU37396


Basic Information

Item Value
RNA id TU37396
length 5420
lncRNA type sense_over
GC content 0.37
exon number 6
gene id AMCG00008279
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030123.1
NCBI id CM030123.1
chromosome length 53548854
location 49839512 ~ 49858576 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CCCCAACTCTATACAAAATGCcgttataaaataaacaatatgattagcATAcgtatataatacaataatacaaaacgATCGTTTACGCAAACTATGAAAAGGTTTTTCAATAATTTACACACAGCATATACATCAGGGGCGCCTTCTTATATTTAGACatgggaaaaatacaaaacatttacatgtaaCACTGCATGCGTGTTATGACGACTGAGAGTACAGTACTACTAGCAAGGCCGTAAACTGTAGTTTCATGATACACAGGGCCTTTACACTGTTATTTAGCAGAATACATTATTCAtctttttaagatgcatttattttcgtACAACGTACATGCATATACGTACCCGCTTTTCTGCATCGAAGTATTGAGCGCACCTCTTGGACCGTCCTGCGATGAGTGAGTTTTTCATCCAGGGTCGGGTGTCGGTATTGCTTCGGGAACCTCTCCTTCATGACCGCCGCTTTGCCCAGGAATCGTCCCCGGTAAACCCGAGCTTCGGCGCCCTGCTTCAGCAACTCTTGCCGATCGAGAAACTGGCGGACTGCTTCTTTCCCTTTTTCAAGAGCCATGTATTAAGTCTTTGCTTTTGGCTGAAACATGCACGTTTTTAAcaagttaaaacaaatataaattgaaacTCTGAACAACACATGCGTAAACCCTTCCGCTGTTAAGTGCACCGCTGGCACGCATGCGCATTGTGGTTACTAGGGTCGCGTTTGTATATACCACAGCCTGCTATAATCCTACAATAATCGatgtaattgatttatattattttacagtttgtaattaaaaaattgaattttcAGTCATTTAggttacagttttattatgcataatacatttacagtatgtttgtaaaaataatgtatgcaataacaataaagcattgacaaaaAGCTTTGGCTCGAATCAATCTACAATTCTATATATATGGTGTTGTCAAAGCTGTTCACGGCTTAAGTGTGTTATGATACATTGACGTTCgcctccgctaacaaggggGTAGCAGTAGTTTTTGTCACAATTTCCATTCTGATAAACATGTCCCTCTTGATTGCTAGATCTTCTCTTTGTCTCACAACCACAGCTCGCCTCTCGCAGCAAGGCACCGTGCTGCTGTAGTACAGACTGACATTCTGTGTACAGaacctattttaaaagtattaatctGGATCGAtctgtgattaaaacaaaacatttgtatctgtaattaactacagcaccaaaaacaacaaatacgttgtttgtgtgtgttttgttaaattaatttaatgccTCCATGTAGATTCAATATAATGTAGCGATGGTAGCATAGATGTTTTTTACTTGTTACGAAGATTATACAAATAAGTAATGATAAGTGTTCTCAATGGCTATTTTCTcactatataataaataatgaatgtgtacttgtaatttagtctttcattccgtaagattgcacttatacaacgttttgtcatactcttgcctttgcatatagcaattgtattgtttattttgattccccctttgctccctctcccttagttcttaactttgacttaacatcttgtctgcacttatcagcttttacaatctagtaTGTAaaaccttatatattgcttactaaATCTCTtacacacttgtgtaaattctaaatttgtcaaatgtattatgcctgaactgcactgtattattattgtattactgtattgcactgcattattgcactttgtattgctctgatattttgtaagtcgccctggacaagggcgtctgctaagaaataaataaataaataaataaataaataaataatgatgagaAATGGTGTTGTCTGCaaggaaatgcaaaatgtttttttttatcaatataatttcaaagattttactgagttacagttcatttAAGCAAatcagtatatttaaatacattaattacgCCCTAATCTATGGAAGTCTCAAGTTTTGAAGGAGCATGCAGttggcctgctgactgcaggaatgttcaccagagctgcagtcaggtcaagaccctgaCCTGCACAAGGACGATGAGGACGACTAGCAGCAGAAgagcttccctgagacgctttctgagagtttgtgcagaaatgttTAGTTTGTTCAAACCCAGTTTCTCACATGATTCTGCAGGTCAAAAATGTGGATGcggaggtcctgggctggcgtTATTACACGTGGTCTGCGGTTGTCAGACTGGTTGGAtatactgccaaattctctaaaaagACATTGGAGATAACTTACGCATCGACTTCCTGAAGAAGTCCTGAACTGTTATCCGCTCCCGGGGATTATTCTTGAATGTGGCTCTGCAAGAACACGTCATTTCACTGCTCTGAAGACAAATCTTTCAGAAACTTCCCAAAATTAAGTGTCTAACAGGATGACCCTAGACCCCGATACCTCCCGAGTTTGTGCTTGAAATCCCTGTTTTAAAAGTTCCAAATTTCAGGAGCTCATAAACATGGTGACCTGGCTGGTTCTTAGCGAGATATTTCCTGCTGCAGTGAGAGGGAGAGCATTTGCCTTCACCAACTGCTTTAACTGGGCTGCACATTTAATCGTGACTTTTACCTTCCTGAATGTAATTGATACTTTAGGTCTGTCTTGGACATTCCTGCTCTATGGAATGACTGGAGTTCTTGCAGTGGTGTTTATTTACCTCCTGCTGCCTGAAACTAAAGGAAAGTCCCTTGAGGAAATAGATAAGGAGCTTTCTGGCAAAAGGTCATATCACAGAGGCAATTGCTGCCACGTGTGTTGCAGGAAAAGGATTTCTTCAGCCGGGTATCAAAGAGTTGAGCTCATGAAGTCAGGAGAGTAACAGTAATCAACTGCAGGCCAAAAAACTGTACAAAGTGCAATAGAAGAAATGTAATCCCAAGTGCTATAATACAAATGTCACAtgctttaagaaaaatacaaataaaagtctGCCCTACACTAAAACATAAAGGACACAAACATTTTGTTCTTTGCTCCAGGAATTTCTTAATGGCATACAGTGAAGCTCAGCCATCCCCAAATGTTTTGGtataacatatacatacacagtgacTGAAATCAGTCAGACCAAGACAATTCACCAATGGAATGAACTGAATACCACAATAGTGGAGAGGGGCTTTCACAAAGTTTGAATTGTGCTGGCTTTTCCacgaaagggaaaaaaatgacaacaaatataataatgactAATGAGAGTAAATGTACCAGAATCTAGGTAAGATCAAGAGCAGATGAAGACTGAGGGGAGTTTGGAAGAGTAGGGAAATGAGAGCAGGAAACACAGACTCAAAAGTACAAGTTAGAAAATAAACTGGTCTGGAGCTTGGCATTCACTTGAGACCTGGAATCAAAGAAGTAATGTTGCACAGAGAAGGATAGCAGATTAAGTTAATCCAAAGATCTGGTGGTTGGAATAGCTTCTCGTGTGTGTTAGGGTTTCATAATCCTTTTAGCTGTTGTAAAAGGCATGTTTGTAGTGTGTACTTTGCATGTTTTCAATATTGGAAAAGTTCTAGAAATGATTATTCAGATGAATAGCATTATTTATCAGTAATATAATATTCTATACTCCTCTTTAGTTCTGTTCAGTATGGGTTTTCTTCTATTACTTTTGATAATAGAAGTTTCCAGAGCTCTCCAGAAATTATCCAGCAAGTGGGTTTGCCTTTAATTCCattgatttttaaacaaaaatctttATTGACATATGGGTGTGATGTAACGGAGTGGAGGTTCCCAGGCCAGCTCATAAAGCTATATTTATACTAGAACTACTGCCTGTGTAGAGATTAGTTGATGTTAAGCTGCTGAAATTAATTATAGTTGAAGGCCACTGTAAAGGAAATTAGTATCTGCCAAGACAGCAGTTGAAAGAATCATCAGTAATACCTGGGCTAGAGAAGATGTTGAATACTGCTACAGAAATAATTCTATTTTggaagttatttttattttgggctACTGTGATGATGTGGTTTAGACTGAAAGTTTCTGTGGGCATGTATTGTGAAATGAGCCTCTCTGATGTAAGCAGTTAAATGCTAGAATTACACAGTCAAAAAAGGAAAGTTAAAGGAAAGTATTTCCTACCTTGCAGTGTAAGCTTTGTAGAGGGTACAGTGtaaaggtatatatttttttgtgtttttgatgtttGATGGTTTTACTTAAGGGGAGCATACAAGTgttgtgcatttgcatttaaatcaatttttttttaattattatttttttttgttgatgatTCCTGCAACCTCTTAATAACTACAAGCGCAGAGctggtcaatttgaccgatttggttattaaaatttgaattactctgtgttcctaaatacactgtgcatacccgttcgtgacttttactaaatatatgtattaaacatgcctacagcgttttagctgcataaatggagtcagtctggcgctccagTGTTGATCTCTGCCTGTCTACAgactttcatgtgcttgaaaaactcacgcattgtacagcattacaggtgttttcttacaactgtactcagattgagctgatacagtgattacccgcaaataaacatggattggaaacggagattgaagagagcgcattttggacatgccgtgtatatgaacatgactgattcaggggcatcagtgatactggcaatgacagatcattcgtgggtttgtgccagtgttgtgaaaacactgcgagtgaaacgcaggtccaaatggcaccgagtgcttttactctactgatcaatacgcgattgctactgcacagtacatccaccaaaataatgattcacggacattatcagcagaggagcatttattgtgatgctatatattcgtggagtaaaagttttgacctggagaggctgtcaaaatgcagtgtgaggtacgagctcatgcagggaaagcggagaaactgtcctgtgtggactgtacaagctgtcaggtatgcaggctataTATAGTcaataattta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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU37395 lncRNA upstream 188 49838005 ~ 49839324 (+) True G29883
TU37386 lncRNA upstream 41529 49796444 ~ 49797983 (+) True G29877
TU37362 lncRNA upstream 294781 49544362 ~ 49544731 (+) True G29853
TU37320 lncRNA upstream 460138 49368645 ~ 49379374 (+) False G29823
TU37321 lncRNA upstream 460138 49368645 ~ 49379374 (+) True G29823
TU37507 lncRNA downstream 195719 50053713 ~ 50053971 (+) True G29973
TU37513 lncRNA downstream 237044 50095038 ~ 50095273 (+) True G29979
TU37521 lncRNA downstream 267696 50125690 ~ 50126131 (+) True G29986
TU37525 lncRNA downstream 289655 50147649 ~ 50148723 (+) True G29990
TU37526 lncRNA downstream 297710 50155704 ~ 50156262 (+) True G29991
AMCG00008281 mRNA upstream 242719 49587067 ~ 49596793 (+) True AMCG00008281
AMCG00008280 mRNA upstream 279432 49549906 ~ 49560080 (+) True AMCG00008280
AMCG00008272 mRNA upstream 367897 49469289 ~ 49471615 (+) True AMCG00008272
AMCG00008271 mRNA upstream 432439 49404931 ~ 49407073 (+) False AMCG00008271
AMCG00008270 mRNA upstream 547457 49289241 ~ 49292055 (+) False AMCG00008270
AMCG00008283 mRNA downstream 21985 49879979 ~ 49881352 (+) True AMCG00008283
AMCG00008288 mRNA downstream 464719 50322713 ~ 50356404 (+) True AMCG00008288
AMCG00008291 mRNA downstream 500993 50358987 ~ 50359865 (+) True AMCG00008291
AMCG00008292 mRNA downstream 508450 50366444 ~ 50403958 (+) True AMCG00008292
AMCG00008294 mRNA downstream 593316 50451310 ~ 50460054 (+) True AMCG00008294
TU37330 other upstream 420766 49404856 ~ 49418746 (+) True AMCG00008271
TU37226 other upstream 668495 49163816 ~ 49171017 (+) True AMCG00008263
TU36912 other upstream 1923255 47913868 ~ 47916257 (+) False AMCG00008241
TU36905 other upstream 1948829 47863569 ~ 47890683 (+) False AMCG00008242
TU37559 other downstream 493533 50351527 ~ 50352794 (+) False AMCG00008288
TU37728 other downstream 1568587 51426581 ~ 51428055 (+) True G30166
TU37800 other downstream 2242768 52100762 ~ 52101524 (+) True G30232
TU37873 other downstream 2520335 52378329 ~ 52378776 (+) True G30299
TU37877 other downstream 2523347 52381341 ~ 52382418 (+) True G30300

Expression Profile