RNA id: AMCG00014350


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00014350
length 7597
RNA type mRNA
GC content 0.37
exon number 5
gene id AMCG00014350
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030128.1
NCBI id CM030128.1
chromosome length 42883965
location 10352845 ~ 10380421 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

ccacttCCAGCCCCCCGCCGcctccaggagagagagtggCCGAGGCTCTGACTTCAGACAGGCGGGGAGGCGCTGAGGGGCTTCCAGAGGCACCGTCCCCATCACATCAGACACTCAGTCCGCTGCGGTTACAGTCAAGGGCAGCATCCCCACATCATAGGATGCTGATTCCTACAAACAAAGCCGAAACTTAACCAGAAACAGAGTAAACGGCACTGCGCGGCACAGTGAAGCTGCTCAACTGAAAGTGTGTTAAGTTGACTGGAGCACGGTGCCAATATTAAACTGGGCAAACAACTTTATTCGGGgttgaaaataaaagtgatcTAAACAAGTGATCGTGATAACGTGTAGGCAGTGAAGTTGAGGGCAGATTAGGTCCGACACTCACGATGGATTTACGCAAGGTGGATAATGCATCTGCCGCTGTTCTGGAATGCATCAGGTTCCAGAGCAACATGTCCAACTACAGCAACTTCACCCTGGAGGGGAGCAATGTCACCTGTGGAAACAGCTCCTCCGTCCCGAAACAGGTACCGCAGCGGCCAAAAGATTTGGACTACTCTGTGAGAATTCTGCTCTACTCAGTGATTTTCCTGCTCAGCGTCTTTGGCAACATGCtgataataattgtattgattgtgaACAAGCGTATGCGGACAGTTACCAACTCCTTCCTGCTGTCCTTGGCAGTCAGTGACCTGATGGTGGCCCTGTTCTGCATGCCTTTCACCCTCATTCCTAACCTATTGGAAGACTTCATCTTCGGAGCGGCGATGTGCAAAATAGCTTCCTACTTCATGGGAATCTCTGTCAGTGTTTCCACATTTAGCCTGGTGGCCATAGCAATAGAGCGGTACAGTGCCATCTGTAACCCTCTCAAATCCAGGGCTTGGCAGACCCGCTCTCACGCCTACCGTGTAATCGCGgccacttggatcctttccctCATTATCATGATCCCATATGCAGCCTTCAGCATCCTTAAGGAGTACCCCAAGGCAGACAAATCCATCGCACACACCTGTCGCCTCCTATGGCCCAAAGATGAGGTGCAGCAGACTTGGTACATCTTGTTGCTGtttattctcttttttattCCTGGGATTGTCATGATTATCGCCTATGGACTAATCTCCAGGGAACTCTACCGTGGAATACAGTTTGAACTTGaccagaaaaagaaagcaagcgGCCTCAAGAATGGTCTAAATGGCCTAGGAAGTGCATCTGGAAGTTGTGATGAAGGGGACGGCTGCTATATCCAGGTGACAAAACGTCCCAATGCAATGGAGATGTCCACTCTGACACCATGTGGAGGAGCAAAGCTGGATCGCCCACGTAGCAACACCTCGGAGGCCAAGCTAATGGCAAAGAAGCGTGTAATCCGCATGCTGATCGTAATCGTGGCCATGTTCTTCATCTGCTGGATGCCTCTCTACTCTGTCAACACCTGGAAGGCCTTTGACAGTGTATCTGCCAGTAAGGCACTGTCAGGAGCCCCCATCTCTTTCATTCACCTGTTGACGTACACCTCATCATGCATCAACCCCATTATCTACTGCTTCATGAACAAGCGTTTCCGCAAAGCCTTTCTGGCCACTTTCGCTTGCTGCTGGAAGCCCTGCCGCCGTCTCCGTGAGACCGAGGATGACATCGTAGCCACTGGAGCATCACTGTCCAAATTCAGCTACACCACTGTCAGCACACTGGGACCCTCCTaatctgaaagagagagagagtgtagcTTGTCACGCCAAGATGGAGCCAATCCGTATGCCAATCCTATTTATTGGAtttgtcttgtcttgttttGATATCATCCTTAAcatgttgttttggtttgtttgtttatgtgtgtgtatttgtttgtgatttCGGCGTATGGTTTTGTGACTTGTTTTGTGGATTGGCATAAGGAAACATGGCTTGTCTGTCAGAATTTGAATTTTAGTAGAACATCTGTACTTTAACGTTCCTTTTAATAGACAAAGTTCACTTATAGCGGTAGTATCTGTCTTCATATCTGGTACTGGCAGAATAAGTACAATTTCAGATTCAAGGGAAAAGTGAAGGAGAGGGAATTTGAACATTCCAGACTAATAAAAAGATTGTTATCATTACTGATAGGCTAAAGTTACAGCTAGTTTAGTGTTAGTGTTACAATTTTAGCTTTGATGCCTGAAGGTGGTGGAGCTAATTCCTGTTTGCAGGAAATACCCATATTATATGTAATCACTGGCAGTGAATGAATTTACATAAGTTTTAGTTGTGTACAGTTCtctattttgattgttttttctttctttcttctcatGTCATCCTCTCTCAAACAGATGCTGCCAGTGCAACACATGCTgtcattttgttgtatttctttagTTCTGGCTACAAATGGTACAAATTAATTGTGTTCTCAATGTTACCCTTCATGCTTGATTTTCATTACATCCCTGAATGTCATTCTTGGACAAATTTAGCTAAATTTATGTATGGTATGCTAAACCTCAGGTATACAATGCTATCTGTATGAAGTACCAGACTTAGAGATTCTTTAGCGTTTCTCTAGATTTGCTGTTGCTTGATAGAATTGCAATCCAGAGTCACAGAAAGGGGCCATTCCttcatcatttataaatatctgtgtttaaaatgtgtttaaaaatagaacACAATTACTTCCATTGTTTCAACTATTGTTTGGCATGACACCATAtgttaaatggaaatattacCTATTATAACATACTATACTGACATCCATATCCATATAAACAAAGCAAGAACATGTACAATAAATTGCCTTAACTTGTAAAACTCAAAGAGCATTCCAATGATAACCAAAGGCTGCAGATGTAGGCCAGTGTTTGACGAGTACTCCTCAGATCTATATCTCAGAGATAAAGGATCATCAGGACATGTTTTGAGTTTTATGGTGTAAAACAAGATCCACTGCCCCCTCTTTGTTCAGTATTGTGTACAGtttgtctgaaaatgttttcattagttttcattttattcttttCGTTTTTTGTTCTCCATTAATTTGCAGGTATTGAAATACAACATTatgatatatgaatataaatgtatgacGAATAACTACACTGAATTGTAACCAATCACAAAACAAGCTTTTCAGAAAATCTCTTAATGGCAGATTATTTACAGTAGGGTGCAAAGAAGAACTGGAGAATCTAGTATTGACCTGATAAATGCACAGTCCTGTTACTGTACAGCTACAGCCTGACTTGTGCAGAGTATCTGCTTGTAACACTGGGTTGAAATGTAATGCAAGTGGTTGGTGTTAATTTatagaaccaaggataactctCAGTGAAGCATTAgcacattgtgtgtgttatttaagGAAAGCCACATATCTGAGACCTTGTTGATTGAGGCAATGGCTGTGACGAATTGCTTTGGCTAGAGAGCGAAACAGATTGAATAACTTGGCAacttattttgatttgtttccacAGGTGTTAAAAGTATCtggtcagaaaaaaaacagcagaaaagcTTTGCACTAAACTATAAAttcttattgtattatttattatgtttcagtattttatagtttatgaaatagattaaaaaaaaaaaaaacatgtttatacttCTTCagtgctgaaataaataaaataccagaCATATCCTCTTTTGGGGAGATCAGGTTTCACTTCCTTTACCTTGACCTTCACCTTTCTATTATAGAAAAAATGCAATGGAAGGGATAATAAAGTATATTGGTCTACAGGCTTATTCATTCCAGACATGTTGTTGAGGATGGTCCTAGATTTCAAATGAATATGTTGACCAACAGTCATCAAGAGATGAAAAGATTAAGGATAAATAGATTAATGCACTAATGCACGTCATCCTGTGGCACACCTGTGCTCTCATAATCCCACCCTTAGGTGCCAGTTTAGCTATGTTTAAAAAGGCTTTTAATTAATGTAGCAGCAGTTGTTATGGCATGGATAAGCTGTTGCTGACAAATGAGTAACAGGTAAAAGGCACAATAAAGGCACATGCTcaaccaaaaaaggaaaaattgaaCAGAAAGCTTAGTGTACCGATTTCTGCAGTGTATAAGGAAATGTTGCAAGAAGATATTACTTTGAAAAGGATGCAAAAAGTCTGCAATTGATTTACCAATGGTACTaagttaatgttttgttttttactttacaaaagTGCCTTGTTCACCACGTcactacaaaataataattaaaaagcggTAAGTCAAGAATTTCAATAACACCAATGATTTAAATGAGGtaaagttttaatatatttttcccatctatctctAGTCTATTGGTCTCATGTGCAGACTGTCTGGGGCAAAACTCCAGAACAATACTGAACAGATATTACTTTTCCCCTCTTGACACTTaccatgtttatgtatttatgtatttatttcaacttaAGGGACACTTATGTCAAGTATAGAAGTGGTTCTCCAACATGAATGTGATATTTCTTGCATTGCTCTTTAACAAAGTATTTTGATTTCACTGTTCACAAAGTAACATATCAATCATATTTATTGAACGAAATATATGTTGCACATTCCATTGTTCCCAGTTGTCattggatatttaaaataagctgcattatacatttttctcctGTGAAGATTATTTGTTTGTACTTTACTGAAATAAATTGTTAAAGCCGGAGGCTCTTTATAAATTACACTGAATGAagggatatatttatatatggatGAAGAGCACACAACCTAGAACAGTCACCTCACTATGTACTGAGGTGCACTCATTcttgtgtattattttctgtaatggaTGTTTTTCACTTAATATTAGCCTAATCCTGTGCCTATTTTGATCATTGTCTTTAATGTGCTTGGCAGCAGTGGCATAactagagagagaaagggggtgaAGCAATTGCCCCTATGTAAAAAGCTTTTGCACCCTTCCAACAACCACAAATAGACCCTAATTTCTGCAACATCACTGCTA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Function

GO:

id name namespace
GO:0007186 G protein-coupled receptor signaling pathway biological_process
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0015054 gastrin receptor activity molecular_function

KEGG:

id description
K04194 CCKAR; cholecystokinin A receptor

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU86759 lncRNA upstream 128810 10223671 ~ 10224035 (+) True G69457
TU86745 lncRNA upstream 200932 10147979 ~ 10151913 (+) True AMCG00014345
TU86731 lncRNA upstream 297112 10055377 ~ 10055733 (+) True G69431
TU86728 lncRNA upstream 298134 10054491 ~ 10054711 (+) True G69428
TU86698 lncRNA upstream 324494 9974424 ~ 10028351 (+) True G69400
TU86811 lncRNA downstream 112726 10493147 ~ 10493396 (+) True G69499
TU86857 lncRNA downstream 456783 10837204 ~ 10838230 (+) True G69540
TU86875 lncRNA downstream 578905 10959326 ~ 10961929 (+) True G69556
TU86944 lncRNA downstream 840649 11221070 ~ 11221274 (+) True G69610
TU87041 lncRNA downstream 1260662 11641083 ~ 11641452 (+) True G69681
AMCG00014351 mRNA upstream 34843 10308422 ~ 10318002 (+) True AMCG00014351
AMCG00014352 mRNA upstream 110584 10229000 ~ 10242261 (+) True AMCG00014352
AMCG00014344 mRNA upstream 190680 10156465 ~ 10162165 (+) True AMCG00014344
AMCG00014345 mRNA upstream 201815 10148452 ~ 10151030 (+) False AMCG00014345
AMCG00014342 mRNA upstream 207143 10125154 ~ 10145702 (+) True AMCG00014342
AMCG00014357 mRNA downstream 284972 10665393 ~ 10671738 (+) True AMCG00014357
AMCG00014356 mRNA downstream 340663 10721084 ~ 10754147 (+) True AMCG00014356
AMCG00014355 mRNA downstream 386215 10766636 ~ 10801310 (+) True AMCG00014355
AMCG00014362 mRNA downstream 681174 11061595 ~ 11086602 (+) True AMCG00014362
AMCG00014363 mRNA downstream 717146 11097567 ~ 11105850 (+) True AMCG00014363
TU86705 other upstream 344197 10003058 ~ 10008648 (+) True G69406
TU86046 other upstream 2936251 7413640 ~ 7416594 (+) True G68848
TU86015 other upstream 3003378 7346195 ~ 7349467 (+) True G68830
TU85565 other upstream 5700881 4649200 ~ 4651964 (+) True G68475
TU87778 other downstream 3956437 14336858 ~ 14356868 (+) False AMCG00014461
TU88057 other downstream 5295210 15675631 ~ 15679788 (+) True AMCG00014490
TU88058 other downstream 5295210 15675631 ~ 15679788 (+) False AMCG00014490
TU88218 other downstream 5749104 16129525 ~ 16132802 (+) False AMCG00014508
TU88385 other downstream 6085260 16465681 ~ 16469113 (+) False AMCG00014525

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
zebrafish (Danio rerio) TCONS_00073861 True 1182 mRNA 0.51 5 NC_007120.7 5776359 ~ 5805229 (-)
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000037_02755842_02769590.mRNA True 2745 mRNA 0.44 4 CI01000037 2755842 ~ 2771166 (+)