RNA id: TU80015


Basic Information

Item Value
RNA id TU80015
length 4700
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 2
gene id G63951
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030127.1
NCBI id CM030127.1
chromosome length 42978078
location 24088514 ~ 24093237 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TAAAactttaaatctattttattgaTATAGATAGCAGCAAGtttacagaaatataattgcaaGAGTATACAAATGCcccaacaaaagcaaaatacatttcgttttttaaatttaatatttaacaagtTGTTCACATGGTAGCTAAAACACATATGCAAACTGTACTCCCCAGACCCACCTATGTCAGTGCTATATGTCAACTACTGAAGCCATATACAGAGACAAAAGACTTCtacaggtaattaaaaaaacaaaacaaaaaaaaaaaaacactttcacatCAAACAATAGCCAGACAGGCAAAAGGGACACTCACTGAAAATAGTGTGCAAATTGACTGACTTgataatacttaaaataataataataataataataataaaagaaaaaattggTGACATTCACagatgtctgttttgtttgcaaTATCTGAGCCCTTCCATGTCATGGCACCGTTCTCACAATGAAACTACTTCCtgccaaagaaataaaaataaaaatgaaaaagccttaagttaattaaataattgcaataattaCAGAACTTAAAGTCATTGTTTCCCCCTTTTCCTCTGACTTAAGAATCACAAGAGGCGAAATagaaaaatagtttatttaaaaaagtaacagATTTAGTTATATCTAGTCAAGCTGCATAGCAGTTGGACTGGAAAAAAGGCTTCAATTGCACTTGTTCTTGCCAACATAAATGCAAAGAAGtgcttgttaaaataaatttggATGTATGGTGAAAGGTCTACATTAACAGCGTTTTAGACATTGATCTGTTGGAGGGGAGGTTTTCTTTGTAGCAAACCTACTAAACCAATGGCTTGATAATGGCAATTTGTCATTTcccaaactaaaataaaaaaacgaacaaGCCAACAATCATTATagttatacatataaataaattaaacactttgACCAATTCATTGCTGTGCTTTGGGGAAATTGAAATAACAGGCAGCAACAGGGCcacatgggggaaaaaaaattgttGTCATCATAAATACACGGTTCATCAAAGTACACTGGGTTTCCCCCAAAAACAGGGTATCATTGCTACCTGCAAAATTCCAATGACAGcaaatttatataatgtatcaaTTCATTTACAAAGGAAATATGTTTCCATATTAAATTCAGAATTACAGCAAAATTCTAAGTTTATTGTGGCCTTTAGGTAGAATTTGtgccctttaaaaacaaaacattgtattatatgtaggcatgtatgtatgtataattggCCCCTCAAATATAGCAAACTCAATGTTAAAACAGAAAGTGAACATTTGAaaaggggccctgctggcatgCTGGAGTCCAGCATCAGAATGTCTGTTGTGTATGTTTGTCTTTATATCATGTTCAGAGATTATACTACCATATTCCATTGCCAAAGCAACAAAATAGGTCTGTTTTATCTGAATTGGTCCCGTCTCTGATGTAGCAGCATTGTCTTGGACAAATGCAATTCACACCATTTACGAGGTATTGCCtgtattctatattttaaaaaataataattttgatgtGTATttgattatctttttttatacattacatGTTGGTATGGCTTTATATTTGCCTTCTGCCCCTCCCTCATCTCTTCCAGTGCTTATTATTCCAGTGTTGGTCTGGTGCAGAAGAGGACATTCTAGCCATGGCTTTTATGGGTCAACAGTCTACAAAAAGCTGCATTATTGTTGTTACACACGTCTCAaggacaaatacaaaataaaccagaaaAATACTTCACTGTTTGGTTAGATTGACCTAATCAGCTatataacacaatttaaaagcaattttaacATCAAAGATACTTGTTGCCTGAGAGATTTCTCCAATATGCCTTCATAACACCTATTGAAATGACAGTGTCAGCGGCGTAATTTCAACTAAGGGTTACACTGATCAAGTGAAAGCTGTACTGAACGCTGACATGTTAGCTTGAGTCACTTTATATGGATCTGTCTCCATGGGAACACCACAGGCAATAacagttatattaaaaaagcaaatataacaaggtggagagaaaaaaagggaaatggagAATACACATACTGCTGTCAAGACACTTATCACAACACTGAGTGAGCAGAATGCTGacactgttttaaatgtgaataaattagATATGATGGTGGAAAAGAGGTATTAGCTGAAAACATGACaagtaaaacattatatatgtatgggAAATACcaatttcttaaattaaaaaaaacacattgatgataaatggaaatgaaaacaagagtTGAATTGACAAGAGTTAAAGAAAGCTAATTACAGACAGGTCTCTTCTCCCATGCACTTGCAGTTGCAGTTTCCTTATCTGCAGTAGGTCCCTTAAAAAATGATCTAAAAGCAAAGGTCTGAAACACTGTGCAGGGGAGTACAGTGAACAGGTGTGTTCACAGACATCTTGGCCCTCACTGATCACCTTGAATGAAACATCAATGTAAAGTCTAGAACAGTTGTGtgttcttattaaaaatgatttgttgCAGTAATAGTAATTCTAAtggcaagaaaaagaaaagaacgaCCAACAGCAACAAcgagaacaagaacaagaattacaaaaaacaaaaatgctgagCTCCCCTTGCTGGCCTCACAGACAGAAACGAAGGGCCACCCCCTGCTTCAGAAGACACCTGCCCGCAGccttcaatgaaaacaaaacggCACCACGCCAGCCTGCCACGACAAACAGGTTACCCAAACACATcgagagggggggagaaaaacgTTTGTCTGCTTCAGAATAATGTGACATGAAATGCACAgctatgtacaaaataaatttaTTCCAAACAACCTATACTTTAGGTGACTTTACTCACCCCTCCACCATCCACCCCTTCCCACCGTGTAACAAGTGAAAATCGAACCTACCCCCCTCAGCCATAAAACTGGCATTCAGGGGGTGGAATTGAAACACGGTAGCGTCAGAAAGACCCAAAGTGCCAGTGGGGTCAAACATCTTCACCCATTGCCACATGCCTCTTCCTACTCTGCTCACCATGCAGGCAGCTGGTAAAGCACAAGGATTCATCTCCACCCCATGATATTCATATAAACCCAAATTATAGTGTACAGAGAACGCAAAAAGGTCTTAACCCACCTGTCTGCAAGTCTTTATTTCACCAAATAGCACCATCTAGCGCtgtggaaacaaatacaaacaaaaccaaaaacccaaaaaaaaaaaaaaaaaaactaaaactaaaaaaaacaccagctgCAGAATAGCTGCAGTTTTGTAACACGGCTGCAAAGCAAAATGTCCTACTGAATACAGAGgcctttttctttgtattattctttcCTTGTATGATCTGAAACAAATCTGTATGATCCAATTCTTGGCAAAAAGGTGCCAAAAGCTGAGAACATGTCACAAAAATTACAACGGAGAAGacataaccaaaacaaaaaaaagtatattacagTCGTACTTCTGTAGTACAAATAACAATATACTCTATATTATtcacttaaaacacacacacacacacacacatatatatttatacatgtatgtgtacatgtacccacacacatacaaccacaaacacacattcacaccaAAAAAAGAATTATGCATCtgtaatataaatgaatgaCCTAAATGCTGGTCTATTTATCTCTTTCTCTGTACCTTCCTTGACTTCATCTCCCTTCATATTGACTGAGGGGGGTAAAAATGTTGGAATTTCAGGGGCAGGATAGGTGTGGATGGGATAGGGTGGGCAAAATACGAACCAGCTGTTTATAAAACTTTCGTCATGGCTCAAAAACATGCATGAGTAAGAaaatagtataaatatatacagtaaacaattgGAGAGATATCCATATAACAATTAAAAGACTTACAAATAATCTCTAAAAATATGGACATAAATAGCTGACTAACAAATTTATGAAGAGGGTAGATAGGGAATAGCTGGTCACAaagtaaagcattttaaagtgcTGAAGGTATAATAatgtcaaaatattatttttaaatgttttttgtttttttttgtttacctcAAAAGGgtattttcttgaaaataaagagaaaagctTTACAAGCCGTTTTACCGCACACAAAGTCCTTAATAACTCAGAACTTTTTGTATGCTTGATTGTTGCAcacctttaaaaatgttaaatcggCGACTTCTGTGCTGAGAAGTTTAACAAACATTCCATCATGTGATATGATGCTTCTACAGCTGTAGCTAAAGAGCCAAGCTAAACCAGAATCGCCCTGACAGCTGTGGGGAACCTTTTTTTAGACCTTCTATTCCTAGGCATATCACAAGTTAGCCAAACTGCTCTCCCAGCCCACCCCTCGTCCCAAATCCAGTTCATTCCTGGCTGCTCCTCAGTGCCAGTCAAGCGGGTGTTGAGATATAAAACCGCATCTAAATGAAAAGTGGGTTTTAGAGTGATGCGCAGCTGAAGTCTTGATGGGTCATATTCTTCAGACAGGACCCTGGCAGTTAGCACGTTCCACTTTCTCTCCCACACTCTCTTCACAATCTTAACTGGGGTCCTGTTGGATCCTAGGGGtgcaaaggagagagagaagacagaaaGAGGGTGTGAACATGTGCTGAATGGAAGCAGTTTGTTTATGACAATCATTTAGAATAGAAGTGGTACTGACCAATAAGACCAAG

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU80011 lncRNA upstream 12039 24075049 ~ 24076475 (+) True G63948
TU80010 lncRNA upstream 16354 24070716 ~ 24072160 (+) True G63947
TU79992 lncRNA upstream 23177 24033037 ~ 24065337 (+) True AMCG00020529
TU79949 lncRNA upstream 188760 23898507 ~ 23899754 (+) True G63898
TU79937 lncRNA upstream 190759 23850350 ~ 23897755 (+) True G63890
TU80086 lncRNA downstream 139502 24232739 ~ 24242677 (+) True G64009
TU80136 lncRNA downstream 395667 24488904 ~ 24540707 (+) False G64048
TU80133 lncRNA downstream 427599 24520836 ~ 24525575 (+) True G64048
TU80134 lncRNA downstream 427599 24520836 ~ 24565492 (+) False G64048
TU80159 lncRNA downstream 500893 24594130 ~ 24597787 (+) True G64069
AMCG00020529 mRNA upstream 20057 24062753 ~ 24068457 (+) False AMCG00020529
AMCG00020528 mRNA upstream 25839 24057094 ~ 24062675 (+) True AMCG00020528
AMCG00020522 mRNA upstream 116940 23925180 ~ 23971574 (+) True AMCG00020522
AMCG00020520 mRNA upstream 230711 23813512 ~ 23857803 (+) True AMCG00020520
AMCG00020517 mRNA upstream 406212 23657711 ~ 23682302 (+) True AMCG00020517
AMCG00020530 mRNA downstream 67040 24160277 ~ 24163714 (+) True AMCG00020530
AMCG00020535 mRNA downstream 109077 24202314 ~ 24210374 (+) True AMCG00020535
AMCG00020536 mRNA downstream 122834 24216071 ~ 24225069 (+) True AMCG00020536
AMCG00020534 mRNA downstream 132764 24226001 ~ 24232399 (+) True AMCG00020534
AMCG00020532 mRNA downstream 152304 24245541 ~ 24249251 (+) True AMCG00020532
TU79996 other upstream 32922 24051989 ~ 24055592 (+) True G63939
TU79994 other upstream 34637 24051989 ~ 24053877 (+) False G63939
TU79808 other upstream 1013569 23070411 ~ 23074945 (+) True G63786
TU79558 other upstream 1715754 22358828 ~ 22372760 (+) False AMCG00020487
TU79495 other upstream 1946357 22135368 ~ 22142157 (+) True AMCG00020470
TU80130 other downstream 385598 24478835 ~ 24482114 (+) True G64046
TU80333 other downstream 980820 25074057 ~ 25076690 (+) True AMCG00020572
TU80336 other downstream 984905 25078142 ~ 25084754 (+) False AMCG00020573
TU80525 other downstream 1457674 25550911 ~ 25553320 (+) True G64372
TU80958 other downstream 3322759 27415996 ~ 27418520 (+) True G64730

Expression Profile