RNA id: TU81188


Basic Information

Item Value
RNA id TU81188
length 5242
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 1
gene id G64912
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030127.1
NCBI id CM030127.1
chromosome length 42978078
location 28996392 ~ 29001633 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

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TTCCAGAGGAGAATCGGGTGCATTTCATCAGCCGTGCATCTCCGAGGTTCTCTCTCATTACAGTTCTTTACATTGCAATGTAGCGTAACTTGAAAGTTGTGACTCGtactctgctctgctctgtcaATGGGATTTGTCACAGCGATGGCAGAAATGTTGACATGACAACAGTGTACAGACCTTTATGATTGTCTTAAAAGTGTCTTCTTGTgcctgcatttattaaaccttAGTTTCATTAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU81159 lncRNA downstream 138038 28857989 ~ 28858354 (-) True G64886
TU81115 lncRNA downstream 673228 28316769 ~ 28323164 (-) True G64847
TU81049 lncRNA downstream 757318 28185609 ~ 28239074 (-) False AMCG00020657
TU81054 lncRNA downstream 808961 28161602 ~ 28187431 (-) False AMCG00020657
TU81047 lncRNA downstream 808961 28185609 ~ 28187431 (-) False AMCG00020657
TU81290 lncRNA upstream 257924 29259557 ~ 29314059 (-) True G64991
TU81330 lncRNA upstream 883968 29885601 ~ 29885899 (-) True G65023
TU81342 lncRNA upstream 981480 29983113 ~ 29983365 (-) True G65033
TU81344 lncRNA upstream 1125056 30126689 ~ 30390868 (-) True G65035
TU81361 lncRNA upstream 1533659 30535292 ~ 30535896 (-) True G65050
AMCG00020669 mRNA downstream 191718 28804201 ~ 28804674 (-) True AMCG00020669
AMCG00020666 mRNA downstream 508521 28481482 ~ 28487871 (-) True AMCG00020666
AMCG00020664 mRNA downstream 546031 28431779 ~ 28450361 (-) True AMCG00020664
AMCG00020662 mRNA downstream 654215 28328985 ~ 28342177 (-) True AMCG00020662
AMCG00020661 mRNA downstream 668092 28325037 ~ 28328300 (-) True AMCG00020661
AMCG00020672 mRNA upstream 138 29001771 ~ 29013295 (-) True AMCG00020672
AMCG00020677 mRNA upstream 57782 29059415 ~ 29071096 (-) True AMCG00020677
AMCG00020676 mRNA upstream 70673 29072306 ~ 29096123 (-) True AMCG00020676
AMCG00020675 mRNA upstream 133696 29135329 ~ 29140819 (-) True AMCG00020675
AMCG00020678 mRNA upstream 219047 29220680 ~ 29221402 (-) True AMCG00020678
TU81155 other downstream 199436 28788580 ~ 28796956 (-) True G64882
TU81116 other downstream 668080 28325307 ~ 28328312 (-) False AMCG00020661
TU81066 other downstream 766745 28226535 ~ 28229647 (-) True G64811
TU80934 other downstream 1746716 27246014 ~ 27249676 (-) True AMCG00020639
TU80657 other downstream 3090781 25898428 ~ 25905611 (-) True G64470
TU81300 other upstream 379682 29381315 ~ 29405636 (-) True G65000
TU81316 other upstream 528286 29529919 ~ 29533117 (-) False AMCG00020685
TU81356 other upstream 1521353 30522986 ~ 30531136 (-) True AMCG00020694
TU81423 other upstream 1801601 30803234 ~ 30808846 (-) False AMCG00020702
TU81960 other upstream 3359602 32361235 ~ 32365142 (-) True G65549

Expression Profile