RNA id: TCONS_00009555


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00009555
length 399
RNA type mRNA
GC content 0.34
exon number 18
gene id XLOC_004838
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 32020121 ~ 32069756 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ctcaatgtcagttttttccatcgtgcagccctaaCTTGTAATTTTTCCATTCCAAGTGAATATACagtactatTACGCATTCTCATAATAAGGACAGGCTTTATCAGAGTCTGGTttcctaatGACATTTTAAATCAAGATGATCTATGTATAATTTGCATAATTAGCAtttatatgatTAATTTAGTTGATGCGATATacactcctatacagcttaaagcacatATAGAGAGTTTGCATATGTTAAAAAgttttaccaacacaaatcgattaagATACAGAACCTTCTCTTTTATCCCGAAGTTGTTCAAACAAACAAGTGGCTCGAAAGTTCCCAAAATTATTTATCCGGCACTGTCTCCAACCAAGCACTTTACTAGAAAcTCATGTAAATTAGcg

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000191430

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00009553 lncRNA upstream 201516 31795031 ~ 31818605 (+) True XLOC_004836
TCONS_00009551 lncRNA upstream 233726 31783128 ~ 31786395 (+) False XLOC_004835
TCONS_00009552 lncRNA upstream 235973 31783129 ~ 31784148 (+) True XLOC_004835
TCONS_00009536 lncRNA upstream 390514 31625561 ~ 31629607 (+) True XLOC_004830
TCONS_00009535 lncRNA upstream 397620 31616524 ~ 31622501 (+) False XLOC_004830
TCONS_00009559 lncRNA downstream 8312 32078068 ~ 32082143 (+) True XLOC_004839
TCONS_00010957 lncRNA downstream 100712 32170468 ~ 32186567 (+) True XLOC_004841
TCONS_00009566 lncRNA downstream 332328 32402084 ~ 32416844 (+) True XLOC_004845
TCONS_00009567 lncRNA downstream 361858 32431614 ~ 32495365 (+) False XLOC_004846
TCONS_00010958 lncRNA downstream 361886 32431642 ~ 32501829 (+) False XLOC_004846
TCONS_00009549 mRNA upstream 207935 31775182 ~ 31812186 (+) False XLOC_004835
TCONS_00009550 mRNA upstream 232260 31783066 ~ 31787861 (+) False XLOC_004835
TCONS_00009548 mRNA upstream 240943 31773435 ~ 31779178 (+) True XLOC_004834
TCONS_00009547 mRNA upstream 260438 31744217 ~ 31759683 (+) True XLOC_004833
TCONS_00009545 mRNA upstream 263626 31729498 ~ 31756495 (+) False XLOC_004833
TCONS_00009556 mRNA downstream 3904 32073660 ~ 32145981 (+) False XLOC_004839
TCONS_00009557 mRNA downstream 3914 32073670 ~ 32085605 (+) False XLOC_004839
TCONS_00009558 mRNA downstream 8300 32078056 ~ 32090336 (+) False XLOC_004839
TCONS_00009560 mRNA downstream 89516 32159272 ~ 32165227 (+) True XLOC_004840
TCONS_00009561 mRNA downstream 129895 32199651 ~ 32265169 (+) True XLOC_004842
TCONS_00009554 other upstream 103069 31916943 ~ 31917052 (+) True XLOC_004837
TCONS_00009527 other upstream 811570 31208436 ~ 31208551 (+) True XLOC_004822
TCONS_00009526 other upstream 824171 31195826 ~ 31195950 (+) True XLOC_004821
TCONS_00009521 other upstream 1263536 30726424 ~ 30756585 (+) False XLOC_004818
TCONS_00009507 other upstream 1510722 30509283 ~ 30509399 (+) True XLOC_004810
TCONS_00009570 other downstream 882026 32951782 ~ 32951896 (+) True XLOC_004848
TCONS_00009582 other downstream 1391066 33460822 ~ 33467729 (+) False XLOC_004852
TCONS_00009593 other downstream 1905386 33975142 ~ 33980080 (+) True XLOC_004859
TCONS_00009609 other downstream 2812021 34881777 ~ 34881895 (+) True XLOC_004869
TCONS_00009621 other downstream 3036819 35106575 ~ 35107998 (+) True XLOC_004876