XLOC_010052


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010052
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 32278999 ~ 32365571 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00021971
ctttgGTGACTGACTGACAAAATGGAGTCTGAACAAAAACCTTTGACTTCGCATTTTTACGATAAATTTGAAACGAATACAATTAACTACAGGTCAATAGTTTCATATTTCTTTAACTTTACACTGCTTCTAAATCAGGCTCAGTGTCAGAAAGGGAATAAGAGCCGCCACTGTGAAGGGGTGAAGGACGGCTACAACTTCTAGAACATTATACACTTGCTGATCGTATACGCCTTCATTCTCATCCACAAAGGCCCTGGGAACGGGAAAAAGCAGAATGTTGTGACAGCGCTGACGTTTGGACCCCACATCAAGCTGAGACTGAGGCAGCAATGGACAACCACTCGTATCTGCTCTTCTTGTGCGGCTTTCTGAAATGAGACCATATCAATATTTACATTTCAGAAGACAAAGACTGCGTCTGTAACTGCCTAcgactcagtagGTGCAGGATCTCTAGAACAGACCAGTGGATGTCCAGGTGCAGATGCAATAGTTGCCAGGATGGAGGAAAGAGCTGTACATGGGGTGACACTGCCGAGCAGCTTAAGTGGGAAAACGTCCAGCTTTACCGGAAGATTGACTGGCCGATTTTGAGGAGCAGGGAAACTCCATCCATATTGAAGCACATCTGGGCATGGATTGGAGAGGCCTGCTGTGCTGCTGCCCACACACCGCTGCAGTGACGCGCTTTGGCCGCCGGAGGGCAGCGCGGGACTGGAACCCACTGCCTGTGGAGGAAGGGAAGGTGCCGAGGAGCGAGGCGGTTGTGTGAGATCGCCGGACTACAGTTCATCTCACGGGTCAGCGCATATTTTAAACAGCCTTTATTACCCTAACCCAGACCCCCGTTCCCCCCCCCCATCCCATTTCTAAATCCGTTTACTGAGGGTCTTTTATAAGCAGAAATGTGAAAAGTGCTGACTGCTATTCCCATTTTGAGGATATCTGACTTCATCAAATTACAGTTGGGTTTTTGAATATTTCATATTTGATCAAAAGCCCTTTACAAGCGctgcacacacactctcgggcccACATGGGGCATGATCAATTTTTAAAACTCCAATCATTATGCACACATTGACCCACAATGCCCACTTTAATtcggctatttattaagaaaccTTCGCACCATTTTCACTTGTATTATTTCAAAGGTGCCTTTAATGAACGCCTGGAGTGTAGCATTAGCCTACTGTGCTATAAGTTTGGGGCTTGCTTGTAAGCGCTCTTGTTGCTATCGAACCGCACAGCACTGCCGTTCCCCTTTTAACCCCCCatctaaaacactttaaaattgcCAGCCTAGGACGGAGGCCAATATTGGCCTTGGCTGTACCTTGAATAATGAATAATTCATCTCTTTGACCTTTAGCTGAAGTTTATTGGAGGGTGAAGGCGTCCTGCTGGCCTGCCTGCTGCCTGGCCCAGCTTGAGCTCTGTTTCCCCTCTCAGTCATGTCCCCTTCCATATCCTCGCCTTCCCTTGCTGTCGCCAACTGAGGTGTGAGGACACAAAATGTCTTGACCATCAAAGTTCCTCGCCGTGTCTCGGTCTTATGTTTTGACTTGTTTTGAAGGTCAGGTTTGTTACGTCCACTTATATTAAACATAACCCCTGACCCGCTTGGTATCGTGGGATCTTCCACCTGCTGTATGTCTACACGCTGAAACATATTGTATGGAAAAGCATAGTGCCGAGTGACAGTGAGTGATTGCTCTGAATTGGTTGCGCGCTTGTAGAACTACTCCGTTTTCAATTAATCCTCTATCCCGGCATCCCATCGGTCCCACGAGCTCTTTCGTAAAGAAATGGCTGACTGGACTGTTTTACCTGTCGCCTTAGGCTGGTGCTAAATGTCATTGACATTAAATTCCCTTTGTTAAGTCTGATTTAATTGTGTCACTGGTGATTTTTGTCCTCAACTGGCCAAATATGTCAAGATCTGCTCGTTCTATTTCCCTTAGCTTATGCTCTCGAATGGGTTGTGTCTGCTTTGCAATATTAACATGTCCTTCACGAGTAAGACTGTGGGATTGGGTGCTTATCAAATGGATACTTTTCAAAATGTCTGTATATTGAtcatttgtttgaaaacatttgcaTCTGAAAGGTTTGTCCCACAAAAATCCCCAAGGGCACCATCAAGGATAATTTGTTTCGTTCTGAAAGAAATGTTTCTCTATTTTGCAGAATTACCCATCCACGTATTCAGAAAAGTTAAAGATTTATAGATGGAGAAGAAGATGTAGATAGGATATAAATGTGCCAATGGCTCACTTGAATACTATTTTTTTAGCTCAGATTTTAGTTGCAGACTTGCTTTCTATAACAATCAGGTTGGAACAAGAATCTCATTCATTCTCCTAATAGGGgcatgaaattattatttaaataagttgtaTTCACAGAATATGCACAGAATAAATATGTTA
>TCONS_00019989
CTggaactgtaataataatatccTCACTGCAAACAGTTATGATTGAGAAGCTCGGGTAGTTAATGTGCGTCCGTTTGTCACTCTTCGCAGTAAAGCATATTAAGAGACACACAACTATAAATTGACAATGAATTCAAGAAATGCGATTGAATCGTCGCATGCGTTATGCACTAATATGTTTTTTATCTTCACTACAGTCTGATTAAAAACTAGTGCATCTCCGTTAAATAAAACTAGATCCAGAGTTACCCTGATTTCCATTTGCAGATCTCTATCCGCCGGCTGCAGCTTTGGTCATCGCCTTGCAtacatttaaaagcatatttcCCAGTCCTCGCATCTGCCGAATGCCGAAAAGTCGATTTGATCATCTTTTATTCGACGCTCGTGTCTCATCGGTTAGTTTTATGAACGAAATTAGATGTCGGGACGTTTTGTTAAAAGCGGCATATGTCGTCGCATACcgcttttttttttggcaattgCACATAATACAATGAGCAACGCTATAGCCTATTCGGTTCATCAAAATGCGCTTTTTACCCTATACATGGATGTGTACAGCTCAGCGCGCAGTCGGACAGAAGGCCGAGCAGCTTAAGTGGGAAAACGTCCAGCTTTACCGGAAGATTGACTGGCCGATTTTGAGGAGCAGGGAAACTCCATCCATATTGAAGCACATCTGGGCATGGATTGGAGAGGCCTGCTGTGCTGCTGCCCACACACCGCTGCAGTGACGCGCTTTGGCCGCCGGAGGGCAGCGCGGGACTGGAACCCACTGCCTGTGGAGGAAGGGAAGGTGCCGAGGAGCGAGGCGGTTGTGTGAGATCGCCGGACTACAGTTCATCTCACGGaggGCTATGATTACTCACGTAGCTCTGCGGCGAGCAGACGAGAACGTGCCTGAATCAGCCTGGCGGCGCCTCCACTTCGCTCTGCCAGTGAGGGAGAAACACAGAGTGAcgtggagagagagaaaaagagagcaaAAATGACAGAGAAACAGTAAAAAAGGTGAAGGGGGACGTGAGTCTCTTGATGAGGCGATACCTTGTCCGTACACACCAACACAAACTGTGCTGAGGTAATGATATGCTAATGAGATGCAAATGATATGCAAATCCAGCAGCAGTATTCCATATCAGCGGTGTGAGAGGATTTCAGTGAGGCCCTTCACCAGTGGGTGGAAAGGAAAGACCTCCTGATctcactgtacacacacacacacaccgaatgGATGCACTCACACTCATTTTCCCATCTGATTGTGAAGTTTGGTGAATCTAGGCTGAAAAAAGAAGTGTTGAAAAGTACTATTCCTCCCGTCTGCCTATTTCTGTTATTCTGATTCATGCAGTACTGGAATTTCTATCTTATACAATACCTTATTGGCATAAAACGTTAACACTAATCAAAACAAGTTGCtatgatattatatattattgtttatacaTATGAATAATACAGATTAACTTTAGTGGACAACATTTTTTATATGTGACaatgattaattaaaatttattaataaaacagtttACTGATTTTAACAATAAATACTTCAAATGTTTATAGTGGTGTAAAACATTAACACTATACTAAACACACTACTATAAAATGATGTATATAGGAACAGTACAGATAAACTGTTCCCTGCTTCAAATGTTGGTATTAgtataaaacaaaatgacatcACATTTGGATTGTGCTAAAGCTCTCTTGAGGATGAGGTACCAATCCTCAAAAGCTCATGTACTGCAGAAACAATACCTGTCGTACTTCTGTGCAGGAAAAAAtgacaacagactgggtcatagGTCCAATCACTGCATATTTGCGTCACGTAAAGAAAGGGCTTGGGAATAAGTCGCTGGGATGATTCATAGGGGAGTCATTGGGAAAAggaggtaaaaataaatatataagacaCTGAAAGTGTTTTTTAACCTTGCATACATATCATCCTATTGTTGGGCACTTCAACTAGCAAAATATAACCTTTCGTAacccaaaataggggctctttaaaactaTTACAACAGCATTAATATTACTAAAGACATATTACAACAGCATTAATTATAGTTAACATTTGCCAGAATAAACCGCAAGTATGGCTCAGTGTTGAGAATTTTTACTACTCCTATATTTTTACTACTGCTATATTTATTGTTttccttgtttgttttttgcaatgcTCTTCCAATTTTAgtcataaaaaagtaaatatgtgccttatatattaacttatataAAGGTAAATTAAGACAAATAAATAGttataaacaaataagcaaattaaaaacaaaaataaattcaaaagatGAAACATACAGATGAAACGCttcttaaaatgatttaagtaGGTCTAGGGATGATTTTTGCTGTATTAGAAATCACTCCCTATATACTTTCATGcactattccctacattagtTCACAAATTTAGACCACTTAAAGGAGTGAATGAAAACGAGTGAGTCAATTTGAGCACTGAGTTCAATGGAAGGTATGTAGTTTAGTTTGTTCTTTTCTGCCCCTCAGATTTTCAACTGCAGTGACGTCATTTAACGTTCTGAGAGCTGACTAGTAATGGAAAGGGTGTTGATTTCTGTCACATATACAATTtttagcaattattttttttatttagaaattttaCACGTTTGATTTCACTGTGgatgccatcttgtggtcagatgCAGAAATTCATTTTTGTATAAACAAATTTTCACCGTGCATCATAGGTATTTTCTTGCTGTTGAATGAACATCAGTTGTACACTTGTTTTtgtggtgcattgtgggattgattgagcATACTTTAGAACGTCCATTGGGTTTTCTAACAACACTACAAATGGCTGCTTCCATAAACagtgacagcacacatgctgcaaatcctcaaaACGCAAACACattgcgc
>TCONS_00019988
CACTCTTCGCAGTAAAGCATATTAAGAGACACACAACTATAAATTGACAATGAATTCAAGAAATGCGATTGAATCGTCGCATGCGTTATGCACTAATATGTTTTTTATCTTCACTACAGTCTGATTAAAAACTAGTGCATCTCCGTTAAATAAAACTAGATCCAGAGTTACCCTGATTTCCATTTGCAGATCTCTATCCGCCGGCTGCAGCTTTGGTCATCGCCTTGCAtacatttaaaagcatatttcCCAGTCCTCGCATCTGCCGAATGCCGAAAAGTCGATTTGATCATCTTTTATTCGACGCTCGTGTCTCATCGGTTAGTTTTATGAACGAAATTAGATGTCGGGACGTTTTGTTAAAAGCGGCATATGTCGTCGCATACcgcttttttttttggcaattgCACATAATACAATGAGCAACGCTATAGCCTATTCGGTTCATCAAAATGCGCTTTTTACCCTATACATGGATGTGTACAGCTCAGCGCGCAGTCGGACAGAAGGCCGAGCAGCTTAAGTGGGAAAACGTCCAGCTTTACCGGAAGATTGACTGGCCGATTTTGAGGAGCAGGGAAACTCCATCCATATTGAAGCACATCTGGGCATGGATTGGAGAGGCCTGCTGTGCTGCTGCCCACACACCGCTGCAGTGACGCGCTTTGGCCGCCGGAGGGCAGCGCGGGACTGGAACCCACTGCCTGTGGAGGAAGGGAAGGTGCCGAGGAGCGAGGCGGTTGTGTGAGATCGCCGGACTACAGTTCATCTCACGGGTCAGCGCATATTTTAAACAGCCTTTATTACCCTAACCCAGACCCCCGTTCCCCCCCCCCATCCCATTTCTAAATCCGTTTACTGAGGGTCTTTTATAAGCAGAAATGTGAAAAGTGCTGACTGCTATTCCCATTTTGAGGATATCTGACTTCATCAAATTACAGTTGGGTTTTTGAATATTTCATATTTGATCAAAAGCCCTTTACAAGCGctgcacacacactctcgggcccACATGGGGCATGATCAATTTTTAAAACTCCAATCATTATGCACACATTGACCCACAATGCCCACTTTAATtcggctatttattaagaaaccTTCGCACCATTTTCACTTGTATTATTTCAAAGGTGCCTTTAATGAACGCCTGGAGTGTAGCATTAGCCTACTGTGCTATAAGTTTGGGGCTTGCTTGTAAGCGCTCTTGTTGCTATCGAACCGCACAGCACTGCCGTTCCCCTTTTAACCCCCCatctaaaacactttaaaattgcCAGCCTAGGACGGAGGCCAATATTGGCCTTGGCTGTACCTTGAATAATGAATAATTCATCTCTTTGACCTTTAGCTGAAGTTTATTGGAGGGTGAAGGCGTCCTGCTGGCCTGCCTGCTGCCTGGCCCAGCTTGAGCTCTGTTTCCCCTCTCAGTCATGTCCCCTTCCATATCCTCGCCTTCCCTTGCTGTCGCCAACTGAGGTGTGAGGACACAAAATGTCTTGACCATCAAAGTTCCTCGCCGTGTCTCGGTCTTATGTTTTGACTTGTTTTGAAGGTCAGGTTTGTTACGTCCACTTATATTAAACATAACCCCTGACCCGCTTGGTATCGTGGGATCTTCCACCTGCTGTATGTCTACACGCTGAAACATATTGTATGGAAAAGCATAGTGCCGAGTGACAGTGAGTGATTGCTCTGAATTGGTTGCGCGCTTGTAGAACTACTCCGTTTTCAATTAATCCTCTATCCCGGCATCCCATCGGTCCCACGAGCTCTTTCGTAAAGAAATGGCTGACTGGACTGTTTTACCTGTCGCCTTAGGCTGGTGCTAAATGTCATTGACATTAAATTCCCTTTGTTAAGTCTGATTTAATTGTGTCACTGGTGATTTTTGTCCTCAACTGGCCAAATATGTCAAGATCTGCTCGTTCTATTTCCCTTAGCTTATGCTCTCGAATGGGTTGTGTCTGCTTTGCAATATTAACATGTCCTTCACGAGTAAGACTGTGGGATTGGGTGCTTATCAAATGGATACTTTTCAAAATGTCTGTATATTGAtcatttgtttgaaaacatttgcaTCTGAAAGGTTTGTCCCACAAAAATCCCCAAGGGCACCATCAAGGATAATTTGTTTCGTTCTGAAAGAAATGTTTCTCTATTTTGCAGAATTACCCATCCACGTATTCAGAAAAGTTAAAGATTTATAGATGGAGAAGAAGATGTAGATAGGATATAAATGTGCCAATGGCTCACTTGAATACTATTTTTTTAGCTCAGATTTTAGTTGCAGACTTGCTTTCTATAACAATCAGGTTGGAACAAGAATCTCATTCATTCTCCTAATAGGGgcatgaaattattatttaaataagttgtaTTCACAGAATATGCACAGAATAAATATGTTA
>TCONS_00021972
GTCGATTTGATCATCTTTTATTCGACGCTCGTGTCTCATCGGTTAGTTTTATGAACGAAATTAGATGTCGGGACGTTTTGTTAAAAGCGGCATATGTCGTCGCATACcgcttttttttttggcaattgCACATAATACAATGAGCAACGCTATAGCCTATTCGGTTCATCAAAATGCGCTTTTTACCCTATACATGGATGTGTACAGCTCAGCGCGCAGTCGGACAGAAGGGCATGGATTGGAGAGGCCTGCTGTGCTGCTGCCCACACACCGCTGCAGTGACGCGCTTTGGCCGCCGGAGGGCAGCGCGGGACTGGAACCCACTGCCTGTGGAGGAAGGGAAGGTGCCGAGGAGCGAGGCGGTTGTGTGAGATCGCCGGACTACAGTTCATCTCACGGCTGAAGTTTATTGGAGGGTGAAGGCGTCCTGCTGGCCTGCCTGCTGCCTGGCCCAGCTTGAGCTCTGTTTCCCCTCTCAGTCATGTCCCCTTCCATATCCTCGCCTTCCCTTGCTGTCGCCAACTGAGGTGTGAGGACACAAAATGTCTTGACCATCAAAGTTCCTCGCCGTGTCTCGGTCTTATGTTTTGACTTGTTTTGAAGGTCAGGTTTGTTACGTCCACTTATATTAAACATAACCCCTGACCCGCTTGGTATCGTGGGATCTTCCACCTGCTGTATGTCTACACGCTGAAACATATTGTATGGAAAAGCATAGTGCCGAGTGACAGTGAGTGATTGCTCTGAATTGGTTGCGCGCTTGTAGAACTACTCCGTTTTCAATTAATCCTCTATCCCGGCATCCCATCGGTCCCACGAGCTCTTTCGTAAAGAAATGGCTGACTGGACTGTTTTACCTGTCGCCTTAGGCTGGTGCTAAATGTCATTGACATTAAATTCCCTTTGTTAAGTCTGATTTAATTGTGTCACTGGTGATTTTTGTCCTCAACTGGCCAAATATGTCAAGATCTGCTCGTTCTATTTCCCTTAGCTTATGCTCTCGAATGGGTTGTGTCTGCTTTGCAATATTAACATGTCCTTCACGAGTAAGACTGTGGGATTGGGTGCTTATCAAATGGATACTTTTCAAAATGTCTGTATATTGAtcatttgtttgaaaacatttgcaTCTGAAAGGTTTGTCCCACAAAAATCCCCAAGGGCACCATCAAGGATAATTTGTTTCGTTCTGAAAGAAATGTTTCTCTATTTTGCAGAATTACCCATCCACGTATTCAGAAAAGTTAAAGATTTATAGATGGAGAAGAAGATGTAGATAGGATATAAATGTGCCAATGGCTCACTTGAATACTATTTTTTTAGCTCAGATTTTAGTTGCAGACTTGCTTTCTATAACAATCAGGTTGGAACAAGAATCTCATTCATTCTCCTAATAGGGgcatgaaattattatttaaataagttgtaTTCACAGAATATGCACAGAATAAATATGTTA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00021971 False 2438 lncRNA 0.44 6 32278999 32314568
TCONS_00019989 False 2922 lncRNA 0.39 4 32304854 32365571
TCONS_00019988 False 2411 lncRNA 0.43 3 32304932 32314568
TCONS_00021972 True 1459 lncRNA 0.44 3 32305211 32314568

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010051 klhl32 coding upstream 2969 32238020 ~ 32276030 (+)
XLOC_010050 zufsp coding upstream 82228 32184485 ~ 32196771 (+)
XLOC_010049 gprc6a coding upstream 119966 32152612 ~ 32159033 (+)
XLOC_010048 sphk2 coding upstream 131817 32131568 ~ 32147182 (+)
XLOC_010047 NA coding upstream 183315 32092712 ~ 32095684 (+)
XLOC_010053 CR533571.1 coding downstream 31936 32397507 ~ 32509458 (+)
XLOC_010054 pou3f2b coding downstream 194250 32559821 ~ 32563092 (+)
XLOC_010055 CR848729.4 coding downstream 307249 32672820 ~ 32672936 (+)
XLOC_010056 si:dkey-165n16.1 coding downstream 363652 32729223 ~ 32734765 (+)
XLOC_010057 zgc:172323 coding downstream 371017 32736588 ~ 32744258 (+)
XLOC_010041 NA non-coding upstream 293940 31960908 ~ 31985059 (+)
XLOC_010035 CR855311.5 non-coding upstream 644404 31634470 ~ 31634595 (+)
XLOC_010031 NA non-coding upstream 1143568 31121756 ~ 31135431 (+)
XLOC_010030 NA non-coding upstream 1184419 31090998 ~ 31094580 (+)
XLOC_010060 NA non-coding downstream 693328 33058899 ~ 33063159 (+)
XLOC_010065 NA non-coding downstream 814535 33180106 ~ 33214537 (+)
XLOC_010066 NA non-coding downstream 884919 33250490 ~ 33293780 (+)

Expression


Co-expression Network