XLOC_010063 (rhbdl2)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010063
gene name rhbdl2
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 33142734 ~ 33154518 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00020002
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>TCONS_00020003
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>TCONS_00020004
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>TCONS_00020005
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>TCONS_00020006
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Function

symbol description
rhbdl2 Predicted to enable serine-type endopeptidase activity. Predicted to act upstream of or within proteolysis. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Is expressed in epidermis; otic vesicle; pectoral fin; pharyngeal arch; and sensory system. Orthologous to human RHBDL2 (rhomboid like 2).

GO:

id name namespace
GO:0006508 proteolysis biological_process
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0004252 serine-type endopeptidase activity molecular_function
GO:0016787 hydrolase activity molecular_function
GO:0008233 peptidase activity molecular_function
GO:0008236 serine-type peptidase activity molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040426-732 Predicted to enable serine-type endopeptidase activity. Predicted to act upstream of or within proteolysis. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Is expressed in epidermis; otic vesicle; pectoral fin; pharyngeal arch; and sensory system. Orthologous to human RHBDL2 (rhomboid like 2).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000069833

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00020002 False 2240 mRNA 0.37 8 33142734 33152582
TCONS_00020003 False 996 mRNA 0.46 6 33143503 33149234
TCONS_00020004 False 1118 mRNA 0.46 8 33143630 33151289
TCONS_00020005 False 4180 mRNA 0.34 8 33144112 33154518
TCONS_00020006 True 2185 mRNA 0.37 7 33144306 33152578

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010062 akirin1 coding upstream 800 33121106 ~ 33141934 (+)
XLOC_010061 cnr2 coding upstream 23108 33109496 ~ 33119626 (+)
XLOC_010060 NA coding upstream 79575 33058899 ~ 33063159 (+)
XLOC_010059 prss35 coding upstream 137882 32995882 ~ 33004852 (+)
XLOC_010058 prdm13 coding upstream 386834 32749591 ~ 32755900 (+)
XLOC_010064 rragca coding downstream 9340 33163858 ~ 33179119 (+)
XLOC_010065 NA coding downstream 25588 33180106 ~ 33214537 (+)
XLOC_010066 NA coding downstream 95972 33250490 ~ 33293780 (+)
XLOC_010067 AL954832.1 coding downstream 188633 33343151 ~ 33343265 (+)
XLOC_010068 pou3f1 coding downstream 438598 33593116 ~ 33595985 (+)
XLOC_010055 CR848729.4 non-coding upstream 469798 32672820 ~ 32672936 (+)
XLOC_010053 CR533571.1 non-coding upstream 633276 32397507 ~ 32509458 (+)
XLOC_010052 NA non-coding upstream 777163 32278999 ~ 32365571 (+)
XLOC_010047 NA non-coding upstream 1047050 32092712 ~ 32095684 (+)
XLOC_010070 BX530064.2 non-coding downstream 597584 33752102 ~ 33756379 (+)
XLOC_010080 NA non-coding downstream 1161244 34315762 ~ 34321379 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000027_10072946_10084310 RHBDL2 coding CI01000027 null 10072437 ~ 10084566 (+)