XLOC_010070 (BX530064.2)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010070
gene name BX530064.2
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 33752102 ~ 33756379 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00020014
atacccagccggcacacgaccgaccttcaacgttgaaatatggttgaaataaggtcagttgtgttttgaacgttgaaataatgttgatagaacgtttaatgttgaatggttgaaaaacagcctgcatatgacaaggcttcaacgttgaaatgtggttgaaaatatgtcagttgttgctttaatgttgaaacaatgttgaatgataaatggttgaaaaaagttacagaaatccttgtacaaatcaacgttgacatttttttatcatgatctgtatgttgaattaacgtcatggcttcacccaacattcaacatgtttggttaccatggtatTGGAGGACTCCGCGCACGCGGCCACGCGCAGCGCTTTACTTCACGtaattacgaacacctgacctgcagtgcagcagaattcagagacatgtaacttactccagagacgcactaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtccagttgagggcatcaagaacacgcagatggcctaaacctgtgtcagcctggacagactgcCGTTCTGCTACTCCACACCAAGGCTTTTGTATAGATGTCTTGACTGctactgtgttctctaaaggttttctggaagctccatttgagggcatcaaggacatactgatggcctaaaccagtgtcagcctagacagacagacatctattgcagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtacggtgttctctaaaggtgtaactggagcaaaacaacagcacccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagTGATATATCAGGTGTAgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgcctttgccacaacaggtcatggtGTGTACTTACTGCTCGTAATAAACACACACGCTGATCTGATGCGGGAGAGATATATGCAAACACATtagtatttactgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaattactgaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtgccttattatgacaatgaccatcttgggaccattgctgtctgtagaggatgaggcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaagtctctgggatgacacaagtaattaataacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaatagtgaaatagtggtcctacattcacaaatgtgagccattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatactaataataataatggaataacaaattgcttttactgttgtgtttgatttactgaaatatttgtctacatgttccactgtcacaggtgctcagttttgctgcagtaatgctaaaca
>TCONS_00021975
tatcatgatctgtatgttgaattaacgtcatggcttcacccaacattcaacatgtttggttaccatggtatTGGAGGACTCCGCGCACGCGGCCACGCGCAGCGCTTTACTTCACGtaattacgaacacctgacctgcagtgcagcagaattcagaggtaagcgtgtttttagatgctttaacgttttatttaccccccgatTTTGTCAGTGTATCTTAAACGTGACTTTTGAggtgtagtgtttcgaattttgaagcatttaaaactttccagcTTGTTTTTAGTCTTGTTTGCACTCCGGTGACGCGCAGCTAACCTCgaggtaatgtcacatgtttaacgttagtctaaatgagcgtttttatggcaaattcaaagcgataaactccaaacgtatggaacaaaatcaatgcctaaagtcttgaattaaaaagcttgttgaatatcacaaactgaaaaaaataatacaccgtattaacaagttcttgcgttttaatgacttgaattccagggtttgtatttttaggtcctgaaatttaacatatctgtttatttaagctgtgaatatttcaacgaaaaatatttcaaacacgttttcatacttaaaaattcaataattcatattcaattttcagatttcacttacaaaatattcaataccctttaaaaatacgatgtataatattcaaaaggtcattttcagttcattttatttcagttcaaatattcgcttccataaattcagtggatcaaattcgactgttaaaattcaacattacatccgggaactgcaggagaagcaatagattgccgattgaagatcgccagctgctctagctttcaccagcaggtggagatggaataatgtaagatttttaacccagtaaacaggcgagaaaaaggctaataaaggcacaaaagtagcattcaattttaatatcaatgccttggacattataaataataaaaagtatgagtaaaatgagtaaatgagggttTAGTCgtttatatttgcccttatgtaacggaagccagctggtgatcgcgtaaagctcacccctcggatccagggacagacgttgttctgcaatcttatcggagcttgtctcccatgctggctcgttacctgctcggaccggtgcggttacttgcacataaaccgtcttttgatgaatatgatgttacacattgtctatctttattgactctttcttccatagacgcgaagtattatattgacagctaaagaatataaacgtaagtgaaacaggagaggaaatataataataataatacaaaatagataaacattgacagggctaagaacaattacgaacaaagatattcaaaaccagagagattttatgagaatgtcacaaaacagtttacttggaaatgttaaacagagagttcaggtatgatttaaggttggttatggatggggcgtctgatttaaaataatttaacatgcgaatgcattaaaggggcgtcttcagttattcacacagaaccgtctaatatggcataactataaggagtaatgtttgcgctgtttaaacgcagctatgtcaggattgggataggttataatttaattatttaaattatgattgttattattattttaaagttactgagcaacgttataaaacaatatccaTTTTATACGCtgcattattagtgttattattacaaagttaactgctgtcgtttcactgttgttgttgtttttgcttttagacatgtaacttactccagagacgcactaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtaagtttactttacctttaactatctgttaaatcttcttggtgctttggttggtgatattctctttctaatctgtttgtttattgattgttaggctatgttgtgatattatattgttatattgatattattattgtgaaatcatgttgtgatgttatactatgtgacagtattggggaacaaatctgtatttagtgagaaattaatgcttaaattacactttgtatagtaCCAGATAaaaggtgtaatgggttttaactttctgagttttctggaaggtccagttgagggcatcaagaacacgcagatggcctaaacctgtgtcagcctggacagactgcCGTTCTGCTACTCCACACCAAGGCTTTTGTATAGATGTCTTGACTGctactgtgttctctaaaggtattactggagcaaaacaacagcacctgttacagtgaaatttgtattcaaaaaaatagtgatacatgtgtagcaggtccagtacatgtgatgtcattgagaagttgtatttattaaatgtcattaaaacaaataaataaacatgctattcaaataaatctaaatattaaaaacttgaggattaagaagaaattaaatgcatcatctgtcttgcgaaaagggtctacttaagaattctggtgttttccaactgaaagggatagttcacccaagaatgaaaatgtactcacattttactccccaaatggttttaaaccattatgagtttattttgttgaacacaaaagaggctattctgaaaaaaaactaaaaacctgtaaacattgacctccatagtagaaaaaaatactatagaagtcaatggttaaatagatttgcagctttcttcaaaatatcttcttttgtgttcaatgtggtcagtaaatgacaacagaatacaaatttttaaCTATCCCTTTTATTCTCTGTCCTACATGCAGACTTTTACAGAAGTGCTACTCTttctagagtttttctcaaccatgtctaaaaagctttaaacagcttttacagtacatgtaatggtttacgacaacttgtaattattagatgtgttgaatgtttcatgattctttactgcagccttggttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagcaattttttcgagaatctgaaattagaattctggaaatgctggcaccggtggtggcgaagggcttcctgacgacatcacacctaattcttcacttctcttagttaggaatattcggatggatgagtcaaaattattgagtgtggcgatattataggacaaatttggattcaataaaaaataaatatttgaatttcactttgtataatagctgataccaacttagttgtaacctcgtatttcatttattgcaggttttctggaagctccatttgagggcatcaaggacatactgatggcctaaaccagtgtcagcctagacagacagacatctattgcagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtacggtgttctctaaaggtgtaactggagcaaaacaacagcacccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagTGATATATCAGGTGTAgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgcctttgccacaacaggtcatggtGTGTACTTACTGCTCGTAATAAACACACACGCTGATCTGATGCGGGAGAGATATATGCAAACACATtagtatttactgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaattactgaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtgccttattatgacaatgaccatcttgggaccattgctgtctgtagaggatgaggcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaagtctctgggatgacacaagtaattaataacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaatagtgaaatagtggtcctacattcacaaatgtgagccattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatactaataataataatggaataacaaattgcttttactgttgtgtttgatttactgaaatatttgtctacatgttccactgtcacaggtgctcagttttgctgcagtaatgctaaaca

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000093958

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00020014 False 1453 processed_transcript 0.39 4 33752102 33756379
TCONS_00021975 True 4019 lncRNA 0.35 1 33752361 33756379

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010069 fhl3a coding upstream 15271 33655890 ~ 33736831 (+)
XLOC_010068 pou3f1 coding upstream 156117 33593116 ~ 33595985 (+)
XLOC_010067 AL954832.1 coding upstream 408837 33343151 ~ 33343265 (+)
XLOC_010066 NA coding upstream 458322 33250490 ~ 33293780 (+)
XLOC_010065 NA coding upstream 537565 33180106 ~ 33214537 (+)
XLOC_010071 gnl2 coding downstream 145627 33902006 ~ 33925877 (+)
XLOC_010072 snip1 coding downstream 174485 33930864 ~ 33937924 (+)
XLOC_010073 gpn2 coding downstream 181848 33938227 ~ 33943728 (+)
XLOC_010074 arid1aa coding downstream 197265 33953644 ~ 33986796 (+)
XLOC_010075 pigv coding downstream 231513 33987892 ~ 33990724 (+)
XLOC_010060 NA non-coding upstream 688943 33058899 ~ 33063159 (+)
XLOC_010055 CR848729.4 non-coding upstream 1079166 32672820 ~ 32672936 (+)
XLOC_010080 NA non-coding downstream 559383 34315762 ~ 34321379 (+)
XLOC_010081 NA non-coding downstream 563510 34319889 ~ 34323007 (+)
XLOC_010082 NA non-coding downstream 722618 34478997 ~ 34502203 (+)
XLOC_010085 AL929184.1 non-coding downstream 968189 34724568 ~ 34724682 (+)
XLOC_010086 NA non-coding downstream 1156905 34913284 ~ 34916253 (+)

Expression


Co-expression Network