XLOC_010107


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010107
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 36548027 ~ 36557880 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00021987
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>TCONS_00021986
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>TCONS_00021988
ttattaattgtAGCTCTTTCATTTCTTTCTATGAATGTAGCTGTGTTATGCCAATGTATGTTATATAGTTGTGTCATGTTTATGTATGTAATTTAGCTGTGTCATGTTCATGTATGTACGTCAAGAGGGGCCAGGGTCTGTGGTGCCAAGGCCAGATAATACAGAACGTAAAGGACCACACCCGGCCAATTCCTAGAACACCAGTTGTTTACACATGTATATAAAAGTGGTTGGAAGGAAAGAGTTGTTGTTGAAGATGGCCTGAACATACGTGAGGGACACCTCCAACCCGGAGCTCTGTATCTATTGAATTATTCAATTGTATTCATTAAATGGCTAATACTTTTGCATTGAAGAAAACCTCTCCTGACTCTCATTGAACACGCAGGGAAATGGTTAATGACATCAAAAAACTCCAACAATTGGTGACCTCCGACGTGGAGTGGGAGAGAACATTGATCTGTCGTGTTGCATTGACATCAAGGCATGCCAAAGCATAAGATTCACCAAACTGGCAGCTGAGGAGTACAAATGGCGGCCATGAGTAAAATCAAGGCCGAGAGGGGGAGTGCGTAGCAAAgaacaacataaacaaatgattgACCCGCTGCCCTCATGCCAAGAGGGGACGTCTGACTAAATAGGGAGTGCAAGCATGTattagggtaggagctaaacaCGCAGTAACCTCAATACATGGGAGCAACCTGATAGTAGTGCAGGCCTACGGATGACAACGAGGAAGTGTGCTATCACAAAAGAGGGACAAAGAACAGTGTTCTGTTTGATCACTAAAGAAATAGTCACTGATTTACCAACAGATGACAATTTGACCAGAACGTTTGAGGTTTTGATTTTCATGTTAATCAATGTCTTGATTCTAACCATAatgctacagtttttaatttcattgttaAAAGTTTGGACCTTAGATCTCAATGATATAATGGTACTTTTGAATTTTTCATTGGAGCATATTTTTTACGGGTTTGGATTCCCTTTTTGATTGTAATCAAATTTCTAAAGTTTgaaaattttaatttgaattatattgataactaataataactgaataatataaataaataatcataccTCTTATGATAAAGTGCAGAAGGTAGGAAAATGAAATTGTGAAATAATTGGAAGTTAATGGAAGTGTTTGGCAAAACAAGCCTGAATATAGTGGGCATAATTTTTATGATAAGAAATGATTAGAATGAAGCCATGGAGTAGAGAGACTCCACCACTCAAGAAGAGAACTAGGGGTGAACAGATTGTTGAGTGAATCCAACAGATAGGGAATTGAGTTAAAAGGGTTTATGGGCATTTTCTAATATAATGAAAGAGTACAATGTAAACAACAAGGTGTAAGCAACCATTTTGGAAAAATGGGTAAAGGATTGTATTCGgcaaatatttgtaataatgttaattgatttttattttttttctttacgttTAGATTTTGGTTATCTGTGGTTGTGAGCTCCTTTAGAGGAGCTCAAAAGAGGGATTTTGTAATTTTGGaaatttattacttattaattgtAGCTCTTTCATTTCTTTCTATGAATGTAGCTGTGTTATGCCAATGTATGTTATATAGTTGTGTCATGTTTATGTATGTAATTTAGCTGTGTCATGTTCATGTATGTACGTCAAGAGGGGCCAGGGTCTGTGGTGCCAAGGCCAGATAATACAGAACGTAAAGGACCACACCCAGCCAATTCCTAGAACACCAGTTGTTTACACATGTATATAAAAGTGGTTGGAAGGAAAGAGTTGTTGTTGAAGATGGCCTGAACATACGTGAGGGACACCTCCAACCCGGAGCTCTGTATCTATTGAATTATTCAATTGTATTCATTAAATGGCTAATACTTTTGCATTGAAGAAAACCTCTCCTGACTCTCATTGAACACGCAGGGAAATGGTTAATGACAT

Function

GO:

id name namespace
GO:0030182 neuron differentiation biological_process
GO:0009449 gamma-aminobutyric acid biosynthetic process biological_process
GO:0048666 neuron development biological_process
GO:0007399 nervous system development biological_process
GO:0022008 neurogenesis biological_process
GO:0048699 generation of neurons biological_process
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GO:0099081 supramolecular polymer cellular_component
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GO:0042995 cell projection cellular_component
GO:0043005 neuron projection cellular_component
GO:0120025 plasma membrane bounded cell projection cellular_component
GO:0005882 intermediate filament cellular_component
GO:0045202 synapse cellular_component
GO:0099512 supramolecular fiber cellular_component
GO:0099513 polymeric cytoskeletal fiber cellular_component
GO:0097458 obsolete neuron part cellular_component
GO:0008427 calcium-dependent protein kinase inhibitor activity molecular_function
GO:0004351 glutamate decarboxylase activity molecular_function
GO:0010858 calcium-dependent protein kinase regulator activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00021987 False 2172 lncRNA 0.38 3 36548027 36557880
TCONS_00021986 False 2143 lncRNA 0.38 3 36548027 36557880
TCONS_00021988 True 1947 lncRNA 0.37 2 36548041 36557880

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010105 NA coding upstream 190925 36282260 ~ 36357102 (+)
XLOC_010106 NA coding upstream 199452 36345983 ~ 36348575 (+)
XLOC_010104 NA coding upstream 208118 36238471 ~ 36339909 (+)
XLOC_010103 NA coding upstream 330023 36211780 ~ 36218004 (+)
XLOC_010102 sh3bp5b coding upstream 384519 36126310 ~ 36163508 (+)
XLOC_010108 NA coding downstream 2812 36560692 ~ 36591341 (+)
XLOC_010109 NA coding downstream 21120 36579000 ~ 36613851 (+)
XLOC_010110 NA coding downstream 48162 36606042 ~ 36608974 (+)
XLOC_010111 col6a4a coding downstream 93104 36650984 ~ 36719705 (+)
XLOC_010112 decr1 coding downstream 190658 36748538 ~ 36760156 (+)
XLOC_010101 NA non-coding upstream 509633 36033418 ~ 36038394 (+)
XLOC_010114 NA non-coding downstream 397208 36955088 ~ 36958828 (+)
XLOC_010116 NA non-coding downstream 1075567 37633447 ~ 37641863 (+)

Expression


Co-expression Network