G250223



Basic Information


Item Value
gene id G250223
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000058
NCBI id null
chromosome length 5213219
location 3852442 ~ 3898562 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence


>TU283975
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>TU283976
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>TU283977
CTTATTCACTTACACAATTGAAACCTGGTCTAAATAGAAAGAGTGTGACTATTTCAGCCTGTGGACAAAATTGCATTACACAAATATGCTGCAGAAAGGTAAAGGAACAAACTCTATTAAACTTTGCTGTGCTAGAACTATGACTCTGACATCCTGCTTAACAAACTCAATGCAATGCCATGACAGTAGGAGCTTCGGGATGCCAAACTAGGATGTGTTTGAAAAGTGCATTTCATGTAAATACAATATAATTGTGCAACAATAAAACACGACAAGGCTAAACAAATCCATCTTCTGATGAATATAATTTTGATTGGATATAAACTTGTCAAGATTCACTGGAATTTGTAAATATGGACTTTTCTATTTAGTTTTGCACAACTCAAAACAACATACAGAGCCAATTAACATAACTTATTCTGGAAGTCGCATTCCTTCCTTTGGCATTCCATTCCTTTTCTGCTATGACAGCTATGAAGGAAGATGGCTGTCCAAAAGGGCACACTGTTTTTATCCAATTAAAAACTGGGAAAGACTCCAGACATACTGGCACCACCATCAGTGCTTTTGGTAAATATTCTGTTTCCATTTTTTTTTTTTAAATATATATTCCATTTACAAAACCTTTACTTTTTTCTTTGCTTTGCCAAAAACACACCCTAAAAAGAAAAGATTAAACATGTTAAATGTTGAGACAAAAGAAGTTCAATCCATATTTATTATAGTCTTTTTGTCATTCAAAATATTACTTTTGTAAAATCAAAAAATGCAACAGGAACGCTAAAACTTCAAGACAAATTTTATCATTCAAACTACCATTAAAGAGTATTTACACAACAGAATAGATGCTATTTAAGTATAATGATCATCACTTCATATTAATATACAGTCTTATTAGTTAAAAAAAAGAGGTAGGGTCAACAGCTTCATTTCAGATGTCTGGAACGAATCAGAAATAAGTCATTTCCATTATTGAACACTAAGATGATGACACAATAGTCAGTGTACACTGTAATTAAACCCACTGCACATCTCATTCTGCATCAGCATATAGATGTCAAATGTGACAGAAGCTTGACAGCAAAAAACATAAGGCAACAGGAAAAAAAATATCTGAACATCATTCATATGTGAGTCACATAGAATGAGAACATAGGGAAGGATGAGCGTGATGGACAATATTAAAGGGATAATCACATAAAAAAGAAAATTCTGTCATCATTTACTCAACCTCAAGTTGTTCCAAACCAGTATGAATTTCTTTCTTCTGCTGAACACAAAAGAAGATATTTTAAAGAATGTGGGTAACCAAACAGTTGATGGTCCCCATTGACTTCCATAGTTTGTGTTCAGCAGAAAAAAGAAATTCATACAGGTTTGGAACATCTTGAGAGTGAGCAAATGACAGAATTTTAATTTTTGGGTGAACTATCCCTTTAAGTGTGAAAAACAATGGGAGGAAAAGACAAAGCAAGAAAGAGGGACCGGCATTGAGGTCCGAGTGGCTTTTAAGGCACCATCAGCAGCTGTATGGAGACAGAACACTGGGAAGTGTTCTTATGATGTATTCCGTGCATCTCAGATGGAAGTCTAAAACCAACTCCACATAAATCACTCTATAAGTATTAGCAGGGAAACTTTTCTATGCAGCATGTACTCCATTAAGGTAGTAATTATAACATCAAGATCAATTTACCGTCCTATAAAACTCCAGAGAAGACATTTGTCCATCTCTAAACAAAAATATTATTCTGATAGGTCAGGAAGCAACTATAAGGGAGTTATGTAACAGCAAGAAGGTAGGCAAGAAGGTGGGTAATCTTCAAGTCTGTATCTATGTAAAATATATTTTTTTAAAGTAAAAAATGCATCATTGCTATCTTGGCATTATGGGCATCTACAAAAAATGATTAAAAGAACACCCAAAATCCTTTAAAAAAGTTAAACAGATAGTGATTTTTAAATCTAATTTTTGCAATTTTAGTGTACATCACATCAGAAACCAGAATCATGTGCAGAAGCGCTGGTACAGAAGCCCAGATACGATCATTAGATCACCTCAAATGAAGTTTCCTTCATTTATCAATGTACTGCCAGGTGATGCTTTAACAACATTACAATCAACTGAAAGCAAACCCTGCCGTCAGTATACTGCTGTAACATATTCATGCTAAAGCACCAACAAAGACATTTGGCACCTCAAAGAGTGGTGAAAATAAAGGAGGAACCAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCAAAATTTACGGGTTGCCTCAAAAGTCTAAAAGTCAGATGTGATATGTAATTGTATAGTGTATTGGCAGCACTGCGTTCTGCTATACTCGAGTACATCAGTGGTTGGTCTGTGAGCGGCAGTGTTGAGAACAGCGTGCATACTGTGTTTATTAACGCACACCATTCATTATGTGCTTCTGGTGGATGTCCAGAGTAGTGCCGTCTTCTTTGTTGTGTTGGGAAGGGCTCAAGTCTTCCTCCCAAAGCTGAGCAGCTTTACGGATCTCATCCAGAGTGTATTCCTGCAGGATGGTCCCATTTTCAAACACAGTCACCAACATGTCCTACAAAAGAAGACCATATTAATAAGGATCACCAAAAAAGTTGGGGGTCAGTAAGTATTTATGTTTTTTATTTTTAATTGTAATATTACTGTCACATGATCACGTCACATGAACTCTGTTTGTTTTTCTGTCATGTGTTCCTTTGTTTGACATCAGGAACACATCGGCTCTTCCCGCCACTATCAGTTACCATGGACATTAATCACATTCATCACAGCTGTTCGTTATTTGTCTTAATCAGTCAGTGTGTTTAAGTTCCTGTTTGTCTTCAGTTCTTTGTCGGGTCTCGTTTATGGATGTAATGTGTTGGTGTTTGTTCTGCTCTGGATTCTGTGTTTCTCCCTTTCTTTGTCGGGTCTCGTTTATGGATGTAATGTGTTGGTGTTTGTTCTGCTCTGGATTCTGTGTTTCTCCCTGTGGATTATCAAGTAAAGACTTATCTTACTTTACTCTACCTCGTCGTGTGTTTGCTCAGCCACCATTACGTAACAATTACACAGTGTTTTTACTGTATTTTTGATCAAATAAATTCAGCACTTCCATAGAAGTAAATGCAATTTTCTACATAAAGTGTGTCCACAATTTACCAAAGTAATCATATTTAAATCATCATATG
>TU283978
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Function


GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU283975 False 3808 lncRNA 0.36 2 3852442 3858296
TU283976 False 2953 lncRNA 0.35 3 3853728 3898562
TU283977 False 3196 lncRNA 0.36 2 3853728 3858984
TU283978 True 2561 lncRNA 0.35 2 3856058 3898562

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
CI01000058_03684461_03827727 CADPS, CADPSA coding downstream 24715 3684461 ~ 3827727 (-)
CI01000058_03668662_03671701 FEZF2 coding downstream 180257 3668546 ~ 3672185 (-)
CI01000058_03239666_03330001 CDH4 coding downstream 522441 3239666 ~ 3330003 (-)
CI01000058_03154548_03160071 NA coding downstream 692371 3154539 ~ 3160071 (-)
CI01000058_03136045_03137264 PRELP coding downstream 715178 3135699 ~ 3137264 (-)
CI01000058_03904018_03906800 THOC7 coding upstream 5335 3903897 ~ 3908108 (-)
CI01000058_03950901_03956376 PSMD6 coding upstream 52339 3950901 ~ 3956376 (-)
CI01000058_03977379_03991942 PRICKLE2, PRICKLE2B coding upstream 78302 3976864 ~ 3991942 (-)
CI01000058_04100253_04135812 ADAMTS9 coding upstream 201151 4099713 ~ 4136508 (-)
CI01000058_04178879_04179912 NA coding upstream 279725 4178287 ~ 4181797 (-)
G250227 NA non-coding downstream 1113 3839079 ~ 3851329 (-)
G250231 NA non-coding downstream 13510 3835057 ~ 3838932 (-)
G250268 NA non-coding downstream 178476 3673736 ~ 3673966 (-)
G250260 NA non-coding downstream 197866 3654062 ~ 3654576 (-)
G250395 NA non-coding upstream 269250 4167812 ~ 4168126 (-)
G250326 NA non-coding upstream 409595 4308157 ~ 4310100 (-)
G250409 NA non-coding upstream 438298 4336860 ~ 4337089 (-)
G250410 NA non-coding upstream 443948 4342510 ~ 4342853 (-)
G250308 NA non-coding upstream 448167 4346729 ~ 4348920 (-)
G250230 NA other downstream 155731 3688643 ~ 3696711 (-)
CI01000058_02859435_02860658 FAM72A other downstream 991249 2858483 ~ 2861491 (-)
G247592 NA other downstream 3197493 646443 ~ 654949 (-)

Expression



Co-expression Network