XLOC_010218 (dnase2)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010218
gene name dnase2
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 45337663 ~ 45357518 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00020222
TCATTTTTACTTCTACCTTTAAAACCAATGAACCTGCTTCATGTGACAACATGAGGGTTTTAAAGTTTCAGTCCGGATGAACTGATATTATTCCTTACAGTTTAGGCTCAGCAGAGTTCCTGCCCCTCGAAGTGTTTCAGGTTTTCGCGGATTTCCATCATGTTTCTTCATGTTCTGCTCCTCCTCCATGCCTCAAGAGGAGCCTTTTCCTCCATCTCATGTTATAATGATCAAGGGAAACCTGTTGACTgGTATTACTTGTACAAACTCCCACACGAGCATCATACACCTCTGGAGGAGGGACTGAAGTATCTTTTCATGGATGTAGAGAGCGAAGGATGGACAGATGGGACGACTTTAGTTAATGATACCCAAAGTGCTGTTGGCAGAACAGTAGGGCCTTTATATGAGGGAGGTGATGTTGGATACATCTTATATAATGACCAGCCACCAAAACAAAAGCAGGTTGAAGGTGCAAGCAGGAGTTGTGGCCACACTAAAGGAGTTGTCGTCTTTGATAAAGAGCAGGGCTTCTGGTTGGTCCACAGCACTCCTCATTTCCCTCCTCCTAAATCTGAGGGCCAGTTTTCTTACCCCACTTCAGGCATAAGTAATGGCCAGAACTTCATCTGTGTCACATATCCGTTCGAGCGCTTTCAGACCATAGGTGAGCAGCTGAAAATCAATCAGCCTCACATCTTCGACTGCAGCATCCCTGGTTCACTGGCCACTGCTGTTCCTGCCATGGCTCAGCTCTGTAAACACACACTGGACAGATGGGACAACACTTCCTCCTCCCCGTCCAATCGCAGCATCTCACTCCTCTCACTGGCTAAAACGGAGTTCATCAGCTTTGCAAAAGGTGCATCGTTTGCAAATGACTTGTATCACTCCTGGGTGGCTCCTACACTTCAGTCTAACCTGCTGGTTCAGTTCTGGCGTCGCTCCACCGGCATCCTGCCCTCGGACTGCTCTCCAAACTGGGAAGTCCTCAACATAGACCTCATTTCCCCAGGGCAGAAGGTCACATTTAAGGCCACAGAGGATCATTCGAAGTGGGCCGTCAGCTCCAGCTCTGGGACGTCTGGCGGCTGGGTCTGCGTTGGAGACATCAACAGGGACGAGGCAGAGGAGAAGAGAGGTGGAGGTACGGTGTGCCGTCGGGATGCTGTGGTGTGGAAGGCCTATCGTTCTGCCGCCCTGCAGTGTGAGAGCTGCAGTGGAGAAGTGCAGACGTGCGAACAAGCCCAGCGCTTTCGCTGAACAAGCTGGACTCAGCAGAAAGAACAACACAATCTCAGCAGTGCAGGTGTAGGTGTCAAACAGGTACGATTATGAGGTCAAACGCTTCTGCTAATATGTGAAGGAGTATACAGGGTAAATCCTTTTAAAGAACGCTCCAATTCAGAAtatcagaatatcttctttagtgtttaacttCTTTAGTGGAGCCTTCTTATAAAGGAATACAGCACAGAACAAATGAAAATCCTTTAAAAACTCTCCACTTTTGTTTTTGgacattttacaactcccctagagttttTGAATCAATTCAGCTGATCTCCGGTTCTGATGGGGTAAAGTATAGATTAGATATGCAGCCGtctggaagtgcgatatgcacattaatatagcagcattttttattgaccctatataatattaattaatatttttacagcactGTGACTGTAGGGTTTAGGGTTAAGGTGGGAGtaggcattaaaaaaatacaattaattggaTAATTTAATAGgtaatatatatttacaagtCTTTATGATTGAATTACACTTCAAAATGTAGTGTCATTaataactatcatgaactaatagtaattactatagtatatgtatatatatactatgGTAATTTCTATTAGTTCatgatatttattaatatatagctCATTAACATATAGCTTTAGCATCATGCTCATAAATGactaaagagttttgataattttattttaagcttCATCCTTCTGTAGTTACAATGTCTACCAAGAAGATTAACAGAAATTAAAAAGTTCCCATTGTGATAATCAAGTTATAATCGAGTAACTTTGCTTCCATATTGTTCCTGCAGCAGGCGCAAATATATTATCTACAGTAGTTTACCTACACTATgaaaaagctgggttccacacaattccttcatgttgtcccaacacagattgttaacttaatagttttaacaaaTGTTGGTTGCACATAAAACAcagaagaattgtgttgtttcaacccatttttaaataagtagtttaaacaagcagcaaaagtcattttttttgagtgtattaccTAGTTACCTAGCTAGGAGACTGCTAGGTGCTGCATAATATATCAAAATGATCAATTCTTTTTTGAAAGCCATTTTGAAGcaggatgctaatggtctaatccgatttaatagATTATGTTATGATTTAatagatttatgctaagctaagctaaaaatcgAGATTggctaaattgattaaaaaatgggATTAACTCACTTGTTTTACTCTAGAGGCACTTCACTTCGCGATCAAGCACCCCTACCCCCACCCTCCCTCTCTTTGTATTTCGCGATCATACCCCCCACACCTCCCGACCCCCGGCTCTACATTGAGCACCTCCCCTTGAAGGGTCTCTGCATGGCACTGTCTATGGGAGTAAATTCATGATTAatgatttcagtttattttatgtCTAATAACTTCAGGTACATTTGATGTTAATACAGCTCTGTTGCGTTTTTAAAAGAGGGTTTACTGAACTGTGCATTTTGTTCAACCTCAGGCTATTTAAGATACActgtaggttttatttttttgtattaaaatcaaTAAGAATATTTTCAGCTGAAAGCGTGGTCCTTGGGGATTTCATAAAATGTGAGTCAAGTCACTTTTGtactccaaaaaaaaataaataaataaaataaaaagaatacagGAAAAACTACAATTATACATGTGACTCCTGACAATTTTATGAAGCATAATTAtcggtctgtgcaagaaactgaagaTTATTAGCTTTAATTATACAAGATGTTCACTCTCCAGAGTATCATGAAGAGGACTGTTTACTGAGTCTGTGGtaataatgttataatttaaTGTTCAGTATCTTACACAGCTAATCATTTTTCTTCATAAGATCTTAATGTATATTCTGGAGGCCTGGGTATTCATTTAGTTCtgcctatatatattttttgttttttttctctcatagtGATGATTATGTTGATTTGATGAATGAATGCATTGATTTAAGTTCAAGATGAATCTTCAAGATGAAGGACTACAGCTTCAGCTAAAAATCTACTTTAATGTTCTTCTGAAGAACTGCtttagaaatgtgtatatatacgGTACACTTTTTTTCTTGCACTGATTAATTTTTTATCAACATGTCAATTGTGGAGTGTAACAAGGTGAAATGTGTAATTGCtgcagcaataaaacaaaaatgcaaaaa
>TCONS_00020223
TTTTAAAGTTTCAGTCCGGATGAACTGATATTATTCCTTACAGTTTAGGCTCAGCAGAGTTCCTGCCCCTCGAAGTGTTTCAGGTTTTCGCGGATTTCCATCATGTTTCTTCATGTTCTGCTCCTCCTCCATGCCTCAAGAGGAGCCTTTTCCTCCATCTCATGTTATAATGATCAAGGGAAACCTGTTGACTgGTATTACTTGTACAAACTCCCACACGAGCATCATACACCTCTGGAGGAGGGACTGAAGTATCTTTTCATGGATGTAGAGAGCGAAGGATGGACAGATGGGACGACTTTAGTTAATGATACCCAAAGTGCTGTTGGCAGAACAGTAGGGCCTTTATATGAGGGAGGTGATGTTGGATACATCTTATATAATGACCAGCCACCAAAACAAAAGCAGGTTGAAGGTGCAAGCAGGAGTTGTGGCCACACTAAAGGAGTTGTCGTCTTTGATAAAGAGCAGGGCTTCTGGTTGGTCCACAGCACTCCTCATTTCCCTCCTCCTAAATCTGAGGGCCAGTTTTCTTACCCCACTTCAGGCATAAGTAATGGCCAGAACTTCATCTGTGTCACATATCCGTTCGAGCGCTTTCAGACCATAGGTGAGCAGCTGAAAATCAATCAGCCTCACATCTTCGACTGCAGCATCCCTGGTTCACTGGCCACTGCTGTTCCTGCCATGGCTCAGCTCTGTAAACACACACTGGACAGATGGGACAACACTTCCTCCTCCCCGTCCAATCGCAGCATCTCACTCCTCTCACTGGCTAAAACGGAGTTCATCAGCTTTGCAAAAGGTGCATCGTTTGCAAATGACTTGTATCACTCCTGGGTGGCTCCTACACTTCAGTCTAACCTGCTGGTTCAGTTCTGGCGTCGCTCCACCGGCATCCTGCCCTCGGACTGCTCTCCAAACTGGGAAGTCCTCAACATAGACCTCATTTCCCCAGGGCAGAAGGTCACATTTAAGGCCACAGAGGATCATTCGAAGTGGGCCGTCAGCTCCAGCTCTGGGACGTCTGGCGGCTGGGTCTGCGTTGGAGACATCAACAGGGACGAGGCAGAGGAGAAGAGAGGTGGAGGTACGGTGTGCCGTCGGGATGCTGTGGTGTGGAAGGCCTATCGTTCTGCCGCCCTGCAGTGTGAGAGCTGCAGTGGAGAAGTGCAGACGTGCGAACAAGCCCAGCGCTTTCGCTGAACAAGCTGGACTCAGCAGAAAGAACAACACAATCTCAGCAGTGCAGGTGTAGGTGTCAAACAGGTACGATTATGAGGTCAAACGCTTCTGCTAATATGTGAAGGAGTATACAGGGTAAATCCTTTTAAAGAACGCTCCAATTCAGAAtatcagaatatcttctttagtgtttaacttCTTTAGTGGAGCCTTCTTATAAAGGAATACAGCACAGAACAAATGAAAATCCTTTAAAAACTCTCCACTTTTGTTTTTGgacattttacaactcccctagagttttTGAATCAATTCAGCTGATCTCCGGTTCTGATGGGGTAAAGTATAGATTAGATATGCAGCCGtctggaagtgcgatatgcacattaatatagcagcattttttattgaccctatataatattaattaatatttttacagcactGTGACTGTAGGGTTTAGGGTTAAGGTGGGAGtaggcattaaaaaaatacaattaattggaTAATTTAATAGgtaatatatatttacaagtCTTTATGATTGAATTACACTTCAAAATGTAGTGTCATTaataactatcatgaactaatagtaattactatagtatatgtatatatatactatgGTAATTTCTATTAGTTCatgatatttattaatatatagctCATTAACATATAGCTTTAGCATCATGCTCATAAATGactaaagagttttgataattttattttaagcttCATCCTTCTGTAGTTACAATGTCTACCAAGAAGATTAACAGAAATTAAAAAGTTCCCATTGTGATAATCAAGTTATAATCGAGTAACTTTGCTTCCATATTGTTCCTGCAGCAGGCGCAAATATATTATCTACAGTAGTTTACCTACACTATgaaaaagctgggttccacacaattccttcatgttgtcccaacacagattgttaacttaatagttttaacaaaTGTTGGTTGCACATAAAACAcagaagaattgtgttgtttcaacccatttttaaataagtagtttaaacaagcagcaaaagtcattttttttgagtgtattaccTAGTTACCTAGCTAGGAGACTGCTAGGTGCTGCATAATATATCAAAATGATCAATTCTTTTTTGAAAGCCATTTTGAAGcaggatgctaatgATTTAatagatttatgctaagctaagctaaaaatcgAGATTggctaaattgattaaaaaatgggATTAACTCACTTGTTTTACTCTAGAGGCACTTCACTTCGCGATCAAGCACCCCTACCCCCACCCTCCCTCTCTTTGTATTTCGCGATCATACCCCCCACACCTCCCGACCCCCGGCTCTACATTGAGCACCTCCCCTTGAAGGGTCTCTGCATGGCACTGTCTATGGGAGTAAATTCATGATTAatgatttcagtttattttatgtCTAATAACTTCAGGTACATTTGATGTTAATACAGCTCTGTTGCGTTTTTAAAAGAGGGTTTACTGAACTGTGCATTTTGTTCAACCTCAGGCTATTTAAGATACActgtaggttttatttttttgtattaaaatcaaTAAGAATATTTTCAGCTGAAAGCGTGGTCCTT

Function

symbol description
dnase2 Predicted to enable deoxyribonuclease II activity. Predicted to be involved in apoptotic DNA fragmentation. Predicted to act upstream of or within DNA metabolic process. Orthologous to human DNASE2 (deoxyribonuclease 2, lysosomal).

GO:

id name namespace
GO:0006309 apoptotic DNA fragmentation biological_process
GO:0006259 DNA metabolic process biological_process
GO:0004531 deoxyribonuclease II activity molecular_function

KEGG:

id description
ko04142 Lysosome

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-010724-16 Predicted to enable deoxyribonuclease II activity. Predicted to be involved in apoptotic DNA fragmentation. Predicted to act upstream of or within DNA metabolic process. Orthologous to human DNASE2 (deoxyribonuclease 2, lysosomal).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000073893

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00020222 False 3476 mRNA 0.39 7 45337663 45357518
TCONS_00020223 True 2781 mRNA 0.41 8 45337720 45356910

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010217 FP016247.1 coding upstream 63944 45217307 ~ 45273719 (+)
XLOC_010216 FP085399.1 coding upstream 131427 45203090 ~ 45206236 (+)
XLOC_010215 cd22 coding upstream 419915 44906324 ~ 44917748 (+)
XLOC_010214 upk1a coding upstream 556919 44768361 ~ 44780744 (+)
XLOC_010213 CR925804.1 coding upstream 632509 44704372 ~ 44705154 (+)
XLOC_010219 phf1 coding downstream 67389 45424907 ~ 45443805 (+)
XLOC_010220 NA coding downstream 98462 45455980 ~ 45691220 (+)
XLOC_010221 CU062666.1 coding downstream 230696 45588214 ~ 45588330 (+)
XLOC_010222 CU459129.1 coding downstream 309217 45666735 ~ 45666852 (+)
XLOC_010223 smg5 coding downstream 335895 45693413 ~ 45734213 (+)
XLOC_010211 CR925804.2 non-coding upstream 732223 44605326 ~ 44605440 (+)
XLOC_010209 NA non-coding upstream 1519098 43765979 ~ 43818565 (+)
XLOC_010225 NA non-coding downstream 429524 45787042 ~ 45812324 (+)
XLOC_010228 NA non-coding downstream 630913 45988431 ~ 45990842 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000027_01832797_01839912 DNASE2 coding CI01000027 null 1832496 ~ 1839912 (-)