G263260


Basic Information

Item Value
gene id G263260
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000063
NCBI id null
chromosome length 7808773
location 1949847 ~ 1988854 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU298831
CCACCTTTCCTGCAGAAACGCATGAGTTTTACAGAAAAGCAGTTAAGGTTTTCAATCTGCGGTCAGTGTAAGTACAGCCTGTCGCGTCCCTCTGGGAGATGTGTCCTTTAACCAGGTGATTCATGTTTATAAGAGGATCATTACTCTTAGAGTACCAGGCATCCTAGTGTGACTTCCTCTGTCTACTTTTGATGGTCGGCTGCTTTGACGACCTTGAAGATAAACTTTTCATGCTTAAAACGAGTTTGGTCTGCGGTGTGATGATAAATCTTATTTATCGCACATCTGCCCCTGTGGGAGAAGACGGAGACGTTAGCACGGTGGACATTTTTTCACAGTTGCTCTGCTCCCTGTATCAGATACACGGATCATCACAACAGACGGGTGAATCAATTACAGTGCTCAACAGTGCAATCAAGATGAATCGTGTTTTTGTAACTAGTGCCCCGAGACAGAGTTCAAATATCTATCGGCTCGCAACTCCGTGACTCCACGCATGGAGTTAGTGTCATCAGGATCTCAAAGGGTTTTGGTGGGAGGATATTCTGGTACAGGCCTTTATTAGAAGCTCCACTTCTTTATCGGGTGGAAATCCAATTCTGTGACCTTAGAGATGTATTTGGGGACTGAGAGAGAAGAATTGATTTGTAGAATTGGGGCTTATCAGCTCTAACAATTTTGCACCTTTGGGAATTTTCATGGAGGAGGCAATTAAATAAGAAAAAATAACTATGATGCCAGAGGGTCAGTTTTTCTCTGCTCGATGATTTCATAGTATATATCATCCATGATAAGGTGAAATCAAAACATTTGGCTTGTCTGGTAGGGGCAGGAAGGAAGCTTGAGGTGACTTCACAGTATAAATGACATGCATCAGTGAGACTGAGTCACATTGATTGAGAAATCCTCAGGTGATCATTTGGAGAAACAATAGTAGCAATACAGTTAAACTATGGCATTACTTTTATGCGTTTAGCAGACACTTTTATCAATAGCAACTTCAACACAGGGTTATTTACTCGTTTTTATTTTTATTTTTTTTATTTTGTCTTCAATTTAGTGTTCACTATCATTGTTGGTTTTAGTTTAGTTATATATTTTATTTAGTTTTTATTTTAAATGTCTTAAAAAAAAACATTTGAAAAGTTTAAGATCTTTAGAATTACAGTCTAGAGTTATTACTATTACTATCTAGTCTAGTGGCATTTTCATATTTAATGCAAGTGGGTTGTAAAGATTTCAAGTTTTCTAAAATGCCATGTCATATTATAACATTTTTTGATTTGATTTAGTTTTAAAGTCATGCAAATTTATTGTAGTTTAGTTTCGGTTTTCCCAGTTATGTTAGATTTTTATTTTAAATTCAGTATATACACTCACCGGCCATTTTATTAGGTACACCTGGGGCCCATTTCAGAAAGGAGGTTAAGTAAAAACTTTGAGTATGTAACCCTGAAATGAGGGAAACTCTGGTTTTTCCATTTCAGAAATGGAGGTATATCCATTGGTAACTTACTCTGTGAACCTAACCTGGTCAAGAGCAGGTTTTCTTAGGTAAACCCAGCATTTCTTTCGGTCTCCTCCCCCTTTTTAAAGGGCAAGCGATGTTTAAATACTTCATTCATTCATTCACGCTGCAAAATTGCTTTTCTTACTTGAGTATTTTTGTCTTAAAGTACAAATATCTAAAAATTCTTAAATCAAGATGCATTTTCTATATAAGAAAATTATATAAGATATTTAGTCTTGTTTTCTGGGGGGGAATCTAAATTAAGTACCTTTTACTTAAGTAAAATTATTTGCCAGTGTGGTAATAAAAATAATCAAAAACAAGATTATTCAGAGTGTCTATTACTCAGTGCAAATTTACACTAACTCCACCCACCAATGTCACACAATATTAAAAACGACGTGCATGATTCAACGGCTTCAGTGGTGTTAGCAGTAGTGCGTAAGGTGCGTAGAATTGGCTTGTGAAGCGACTGATCCGGGTTTGAGTCCACCTTTTGCCGAGCTCGCTCTTTCCCTTTTCCCATCACATATCACACCAGAAAGTGTGAAGAAGTGGAAGTAAAGTGCCTAATGTGTGAGTGCGAGTGTTTAATAATGATAAAAGTATTTATAATTTTAATAAATATAATCATTTACACTTTATTATTGCATCCTGTTAATGTACAACAATACTGAGGTGCACATAGTATGTATTTGCCAGTCTAAATTATAAATAGCATCTAATTACTATTTACACTTCTTGCAAAGAACTGCTACTTTTACATGGTAAATAGAACATATTACTATTTTCTATTTTTCTTGGCATCTACAGCTAATTGCACTTACTGTAAATAGCATCTATCGCTAAGAAAATATGCTATTTCCACTTAGTGTAAATAGCCGCTTCCTTATTTTCTAACCCCATTGACAGATAATTTGCAAAATAAAAAAATGACTTATGTTCTGTTTTCACCTCTGATATTATAACAGTGATAAGAATTAAACTTGTATTGACTCGGAAGTATGTGGGCATCTTTTTATCGGGTGCTGTTGCCTTGGTGAATCGTAATATCGGAGCTCCATTGATCATGTCTTTTCATAGTCATGGTGCACGCGCTTAACTCAGAGTCAACCTACTCAGAGTTGATTGACCTAACTCAATTCAACTGTTCTGAAACAGAAATCTCAGAGTTTCCCATTTCAGAGTAAGTCAACTCAGAGTTCAAGTTTTAACTCAGAGTTGGTTGAACCTCATTATTGAAACGGGCCCCTGTTCAACTCCTTTTTAACACAAATATCTAATCAGCCAATCACATGGCAACTCAATGCATTTAGCTATGTAGACATGGGGTACGTCTCAATCAGCTCGTGAATCAGTATATAGTGTACATGAATTCGGGCACTGGTAAGGACAGTAAGGACCCTGGGTCACTACATTGGGACACTGATAACTCTATTTCCAGCGACATGACAACGTCCTCATTGTACAACATCACTACTGATATTTATGAACAACAGCACAACTGTTATCTTTCTGACATTTTTTAAATGTTATTTAAAGTGCATTGTGATAAATACTTTGCTTGTTACATAAAAGTCCAACATTTCAGCCATAAATAAATTATAAATGTTATCTAGATTATGTTCATTACCTGTCTAGCGATGTATTTTTATGAAAGGTTTTTGTGATTGAGACAGCACTTAAAATGGCCGACTCCCAGATCAGTGCCCTGACAACTGAACTAGGGAGCTGACTGAGATGCAGTTCTGTGGGCAAAAATGCATTATTGATGCCAGAGGTCAGAGGAGAATGGCCAGATTGGTTCGAGCTGATAGAAAGGCAACAGTAACTCAAATAACCACTCGTTACAACTAAGGTCTGCAGAAGAGCATTTCTAAACGCACAACACGTCAAACATTGAAGCAGATGGGCTAAAGCAGCAGAAGACCACAGCGGGTGCCACTCCTGTCAGCTAAGAACAGGAAACTGAGACTACAATTCATATGTGCTAAACAAAATTGGACAATAAAAGATTGGAAAAAACGTTGTCTGGTCTGATAAGTCTCGATTTCTGCTGCTACATTCGGACATATCAATGGTTCAGGCTGTTGGTGGTGGTGTATGGTGTGGGGGATGTTTTCTTGGCACACTTAGTATTAAACTTAGTATTGTTTAAACGCCACAGCCTACCTGAGTATTGTTGTTGACCATATCCATCCCTTTATGACCACAGTGTACTCATCTTCTGATGGCTACTTCCAGCAGGATAATGTGCCATCTCACAAATTTCAAATAATCTCAAACTGGTTTATTGAACATGGTGCCATGGGGGCATGAGGGGGTGGATTTTAATGATGACATAGAATACATTTTTTAAAAAAAAATCACAATTGCCAAGTGCATAGGCTTTCTACCCTTAATATTAGGCTATTATAGCAATATTTTACTTAAGGACAGTTTCACAAAATTATATTTTGACTGGCACATTTGACAAATTCCCGTGCCACAAAGAATGCAGCTCTATACTGAGTACACTAAAGGTACTGTAGGATGAAATATTTTTTTCATGTTTAGAGGGCTAGATAATTGGTCGTAGTTAGTTGATTACTTCACTGTATTGTTACTGTTTATCACCACGCAATGAGCATGTTTTATAGTAAAGCAGACACAATTAATTACTTTTGGTAGTGGTAGTATCACGGTAACCTATCTGTATTCATGGCAAAACCACTGAAATTGTGTAACCTATCTAAGACTCTGGGAGTTGAAATTTATAATATGTTGTCCTAGGCAATTTTCCTTTTTGTTTTATCTAGTGATATTATTCAATGCTCTGCCATCTGTATTTTTCAGAAGATTTTAGTTTCATAGTTGTACATGAATGGGCCATTTATGTTTTTCTATCTGGGGAAACTTTGTGTTATGTCACCGCCCCCTTTCATTACTTCATACGCCCAGTGGGGGTTCTAGACTCCTGGGGGCCCTAAGCAAAACTTTTAGGGGCCCCTGTCAGTGTGTTCATAAAACCCCCCAAAATGACCCTAACCCTTTAATCTGTTCTTTCAGAGAGTTGAAACAGTAATGCAATAAAAAGAATTACAAACAATAGGACAAATACAACAGAAAAAAATAAAATTTAGCCTTCTAAAAATAAAAGCCTATATAGAAACTGAATAAAGTAATCAAATGTAAAAATAAAACACTTTCTTCACCGTATGAAATAAATATGCATTGATTCTTATGTTAAAGTTAATAAAGTTATTCAGTGAAGAGCAGTGAATTATTCTTTTGTATTCGTTTTCTTTTGTTGTTTGATTAACATGTTTCCACAGAAATTAACCGGAACAATTTGTCCCACATAAGAACTTTTTTCCCAGGAAGTTTTTCCCCCCCAGACCTGTTGCTGTCTGCGTTTTCATCGCAGTCTAAAGTGAGAAGGTACTCACTGCAGAGTAAATTGGTGGAGCTTGCGTTAGCTCCCCCTCACTGGACGTCTAGTGGGGGGGGG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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU298831 True 7995 lncRNA 0.39 3 1949847 1988854

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000063_01915989_01944590 CPPED1 coding downstream 5257 1915423 ~ 1944590 (-)
CI01000063_01890725_01899483 ERCC4 coding downstream 50301 1890392 ~ 1899546 (-)
CI01000063_01856270_01877031 MKL2A, MKL2 coding downstream 72752 1856245 ~ 1877095 (-)
CI01000063_01809470_01817028 MGRN1A coding downstream 132819 1809395 ~ 1817028 (-)
CI01000063_01802070_01805063 FOXJ1B coding downstream 144372 1801702 ~ 1805475 (-)
CI01000063_02032344_02033792 NA coding upstream 42674 2031528 ~ 2033999 (-)
CI01000063_02041246_02172429 SNX29 coding upstream 52392 2041246 ~ 2172429 (-)
CI01000063_02174216_02175916 TNFRSF17 coding upstream 185059 2173913 ~ 2176162 (-)
CI01000063_02177769_02178239 NA coding upstream 188893 2177747 ~ 2178395 (-)
CI01000063_02180702_02195010 GSPT1, GSPT1L coding upstream 191830 2180684 ~ 2195350 (-)
G263356 NA non-coding downstream 39477 1910148 ~ 1910370 (-)
G263350 NA non-coding downstream 48306 1901329 ~ 1901541 (-)
G263256 NA non-coding downstream 94461 1855014 ~ 1855386 (-)
G263218 NA non-coding downstream 95725 1849945 ~ 1854122 (-)
G263345 NA non-coding downstream 106312 1843298 ~ 1843535 (-)
G263394 NA non-coding upstream 6912 1995766 ~ 1996104 (-)
G263405 NA non-coding upstream 31509 2020363 ~ 2020602 (-)
G263201 NA non-coding upstream 364328 2353182 ~ 2356169 (-)
G263207 NA non-coding upstream 378167 2367021 ~ 2369202 (-)
G263430 NA non-coding upstream 391558 2380412 ~ 2381248 (-)
CI01000063_01669384_01670016 HBAE1 other downstream 279771 1669317 ~ 1672019 (-)
CI01000063_02326799_02327290 CBY1 other upstream 336258 2326741 ~ 2327309 (-)
CI01000063_02725759_02726399 NA other upstream 736905 2725759 ~ 2726535 (-)
G265567 NA other upstream 3173640 5183279 ~ 5183287 (-)
CI01000063_05189361_05189645 CRIPT other upstream 3199549 5188403 ~ 5189645 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location