XLOC_010357


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010357
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 173564 ~ 177863 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00022065
GACAAGCACAACATAGTGTGTTGTTTTCAGGAataaatgaagagagtttttccttaaacaagcagaataatccaGTTCTAGCTTTGACAACATTACtctgtcagattattctgcttgttttaaggtgaaactctcttcattttgattaattatttctgaaaacaagactagaatgttttgcttgtctgcttaatgcttcttgatttaacagtttgtagatatttagactagaaacaaggcagACACTCGTAATGCTTAATGAACAATCACACAAGACTCCAGTCACACATGAAGGTCAGGATAGGATGCCAGAACTCTATTCCAGGTCATGAAGGGACATGCATCTTCAGCAGGAGCGGTGTTATGTCCAGAAACAGTCGTCTAAAAATGGTGTTTCTCCAATCAAACGTCCTTCCAGCAGCCATCCGCAGGGTGTTATGGTGTTTTACTCCAGCGTCCCGGACACGACTGATCACATCCATCACAGTGTTCCTCCAATCACCATTTGTTTTCAGACGGAGAGGCTCACAGTTTAGTTTCAGGACAGCAGATTTTCACTGTAGAGCACACTATACCTGCTGCTCTAAACGGGAAGCAGACATCACAGCAGGACTGTACATCAggtaatagagACAGCAGGATGGCTGATAGTGTCCTGTATTGAATATGTGTGAGCACAGCTTCTGAAGGAGTCGAAGCTTTCAGCGGAGCGTCTGCAGATCCACAGGAGCTCCAGCAGATTGGCAGGTTATTGTGTGTGAGTCAAGGCTGCGCCACACGCTTCACACAATACCCATTCACGCTGCAGATCCGCCAttgacacgcagacacacacatttgGACCGGCTTTTTCTTCCCTGCCGGTTTTGTCCGCCGCTGATTGGATTTATGAAATAGCGCAGCACATCAAAGCATGCACATATTTTAGCTTCCAGTGACAAAAGATCTCCGCTCGGGGACATAAAGGCAGCGAATCAGACGTGCCGCCGCATCTGTTGTTTCCCATACACTCCTACATTTGAGCAGATCATTTTGTGCACTCAAGGTTTGCTTTTTACCACTTGACGCATTCACCGAGAGCTGAACCGCTGACCTTGGAGCCTCTGCCTCGCTCTATTGTTGGAACAAATCCATGCTCAGGTGCTTTCAAAAGCCCGTTCACCTAAGAGATTTGGAAATGTGGCTTTGCATCAAATCCTTCAGACTGCAGCCATTCTCTAATAAATGCACAACACAGACGCACGAATGGATTAAAATGCAGCTGATCAGTCAGTTCAGACAGAAGCATGCTGTATGGATGTGTTTGTAGATGATGTTAGGCTCTATTTAAACACATTCCACTGAAGTTTGAAACACTAATGTTTCTGTACAACAAGCTGACATTAGTTTATCCATGACATGAACTAgcaaacacattcatacactgcaataaatgctgtttttacttTATCATGTCTGATCCAAATACCTACTGTCTCTGAAATCAAGACGCATTTTCCAGACCGAGCATAGAGACCCTTTTCACACTTGCGGGTTTTCCAGTAGTGGACATTGTCTGAGGGAAAATTTGGAGAGTAGTGAATGGGGGagtacaacaaatactttttaaaattttttttaatctttttgctaaaataatgacagaaaatctCCCCGATGATGTTATAAAGACTGTCAGGAAAAGGAAAGACATTGTGTGAGattgatgacggcagccagacgGAAGAATAACGCCAAATTTGCTGTCCTGTCCCACAGACGCTGTAGAAACCCCTCA
>TCONS_00022067
GACAAGCACAACATAGTGTGTTGTTTTCAGGAataaatgaagagagtttttccttaaacaagcagaataatccaGTTCTAGCTTTGACAACATTACtctgtcagattattctgcttgttttaaggtgaaactctcttcattttgattaattatttctgaaaacaagactagaatgttttgcttgtctgcttaatgcttcttgatttaacagtttgtagatatttagactagaaacaaggcagACACTCGTAATGCTTAATGAACAATCACACAAGACTCCAGTCACACATGAAGGTCAGGATAGGATGCCAGAACTCTATTCCAGGTCATGAAGGGACATGCATCTTCAGCAGGAGCGGTGTTATGTCCAGAAACAGTCGTCTAAAAATGGTGTTTCTCCAATCAAACGTCCTTCCAGCAGCCATCCGCAGGGTGTTATGGTGTTTTACTCCAGCGTCCCGGACACGACTGATCACATCCATCACAGTGTTCCTCCAATCACCATTTGTTTTCAGACGGAGAGGCTCACAGTTTAGTTTCAGGACAGCAGATTTTCACTGTAGAGCACACTATACCTGCTGCTCTAAACGGGAAGCAGACATCACAGCAGGACTGTACATCAggtaatagagAGATTTCAACCTCCTCAGATGGTCTGAATGATGGATTAAGACTTTCTGTAAAATCCCTATGAGAACATGAATGGAAGCAGCACATCTGTCGGCACTAATGTTCTCCATAAACACAATTACGCTGCACAGAAGTAAATATGCATGTAAATATTTCTATGTATTTCATATGTAAGCAATATTTAAAACCAGCTGTTTTTTGTAAATGGTTTTAATCTAAACATTGCATATTTTTAGTCAATTCTCTGTcattaatgtaatgttttaatgcaGTAAATTGTCGTCGAATCTCATCAGGAGCTGGTTTCAAGCACACATAATTGTCCCTTTATTAAAAC
>TCONS_00022066
GACAAGCACAACATAGTGTGTTGTTTTCAGGAataaatgaagagagtttttccttaaacaagcagaataatccaGTTCTAGCTTTGACAACATTACtctgtcagattattctgcttgttttaaggtgaaactctcttcattttgattaattatttctgaaaacaagactagaatgttttgcttgtctgcttaatgcttcttgatttaacagtttgtagatatttagactagaaacaaggcagACACTCGTAATGCTTAATGAACAATCACACAAGACTCCAGTCACACATGAAGGTCAGGATAGGATGCCAGAACTCTATTCCAGGTCATGAAGGGACATGCATCTTCAGCAGGAGCGGTGTTATGTCCAGAAACAGTCGTCTAAAAATGGTGTTTCTCCAATCAAACGTCCTTCCAGCAGCCATCCGCAGGGTGTTATGGTGTTTTACTCCAGCGTCCCGGACACGACTGATCACATCCATCACAGTGTTCCTCCAATCACCATTTGTTTTCAGACGGAGAGGCTCACAGTTTAGTTTCAGGACAGCAGATTTTCACTGTAGAGCACACTATACCTGCTGCTCTAAACGGGAAGCAGACATCACAGCAGGACTGTACATCAggtaatagagATGGTCTGAATGATGGATTAAGACTTTCTGTAAAATCCCTATGAGAACATGAATGGAAGCAGCACATCTGTCGGCACTAATGTTCTCCATAAACACAATTACGCTGCACAGAAGTAAATATGCATGTAAATATTTCTATGTATTTCATATGTAAGCAATATTTAAAACCAGCTGTTTTTTGTAAATGGTTTTAATCTAAACATTGCATATTTTTAGTCAATTCTCTGTcattaatgtaatgttttaatgcaGTAAATTGTCGTCGAATCTCATCAGGAGCTGGTTTCAAGCACACATAATTGTCCCTTTATTAAAAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00022065 False 1777 lncRNA 0.43 3 173564 177863
TCONS_00022067 False 967 lncRNA 0.38 3 176394 177863
TCONS_00022066 True 949 lncRNA 0.38 3 176394 177863

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010356 NA coding downstream 105857 66537 ~ 67707 (-)
XLOC_010358 NA coding upstream 26262 204125 ~ 206259 (-)
XLOC_010359 NA coding upstream 49957 227820 ~ 239273 (-)
XLOC_010360 slc6a3 coding upstream 70376 248239 ~ 263658 (-)
XLOC_010361 LO017917.1 coding upstream 99926 277789 ~ 280835 (-)
XLOC_010362 NA coding upstream 124892 302755 ~ 313553 (-)
XLOC_010626 CR392024.2 misc upstream 20717249 20895112 ~ 20895175 (-)
XLOC_010363 NA non-coding upstream 168400 346263 ~ 353780 (-)
XLOC_010364 NA non-coding upstream 176983 354846 ~ 367144 (-)

Expression


Co-expression Network