G265802


Basic Information

Item Value
gene id G265802
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000063
NCBI id null
chromosome length 7808773
location 6138691 ~ 6151199 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU301696
GCACCGCTTGCGTCTGTTGTAGACACGTTGTTTTGGTAGTTGTAATGTTTGAAGTAGATTCACCGTCTGCTTTAAGTTTACATGGCACTGTCAGTCCTTTCACAGACTTGTCCATGCTTAGTGCAGAACCATGTATCGTTCATTTATATTTTTACGCAGCAGCTTCCTGCAATACACAATTCTGATTTTTCAATCATGCCATCTAGCAGTATGTTATTTCACAACAACAACTGCTACAACCAAGTGTGCAGCACACACCCTGAAACGTGAAGCCAAAATGTTACGATCGCCCCCAGGTGGCTGGTCCCAGTATAGGTCATAAACCCCGCCCTCTCCATGTAGTCTAATGGGACCTGAGGCAAACTAAACAATTAAATTACACTTCAAACTATTTTTTTCCAAAGATGGCTTCTGTCATTTTAGGTAGTTTTTATCACGCTGATGTAAGTTTAAGTGTTCGTTTTTATAAAAAAAGAAAAAAAAGAAAAAAAGTTTGGTTTTAGTTAGATATATGATGCTATAAAAACGGGAGTGTGACGTCAACTGAGATTGACAGCTTCTATGAGCGAAGTAGTCACTGAGGCAACTGACTTTTTGGGGGGATTTTCGGGAGGAGATTGGAGCTTTAGATTTAATTTCTACATTTTCATAACTGTTCATTTCACACCAACATAATGAGTTGTTCTGCAGTAAATTGTACTAACTGATTCTGCGGGAGTGAGGGCGGGGCCTTGATACCGCGGCTCTACTTCAAACATTACTGTGCAGACTGCGGCTTCACTTTCTACAATGGAAGAGAGTGAAGGTGCGTCATCCATCTTTTTTTTGTTTTTGTTACAGTCTATGGCTACAAATACCACTTGAGCGAGTACTGTGAGTTATCTTGAGGAAAAAAAATATGCAAAATTAATATTTTCTGTTTAAGTAGGGTCTTGTATCACCCTGAAGAGGTGTAATCTGCTTACCTGTATACTATTCCTTAGCCTTGCCCCCCCCCCTAAAATAAAAAATCTACCTAAAACCATTCTGTTCAATGCATTATATGGACATAGTAAAGGATGAGCAATGGAAGTCTTATCACCACCTAGAGTGTTTTTCTTATCTTCACCCCCTGTGTATAAAGAACCTCTGCTAAAAACGAAAAGCTATATTTTTCATTTCTTTAATCTTACCAGCTTTACCTTCACATCCAATCCCATCATCCCTATATTGCATCTATAATAGGCAACAACCTGCAATATCTCCTGATTGATCCAAAAGACATGGCAGTCTCTTTTCGCACAGAAACAGCTCCTAAAGAGTATCAACACACCTTCAGCCGTCACCGTTCCATTTTCAACATTTGCAGCCCTGTTGCATCAGAAAGTGAAATTACAGCTAGAAATAATGCATCCTCATTTAATGCTTTCAGCCCTTATCACATCAAAACAATGCTAAGAAGATAATGATGAATATGCTGTATACTTTTATCAGCTCAAAGGCTCGCATGGCCTTATGAATACAGCTCTTATGCCGGCGAGCGGCTGCACTGATAAGGTGATCTATCAAAGTGATGTATGAAATGTCAGGGATGCTGGGAGGCAGCGTGAGATCTCTGTTCTCTGAGGTTCTGAGGAGCTCTGCAGGGTTTGATGCGTTATGATTTGAGGGGGTACTCGTAATGCGTCTCTATCCAAGGCTCCCTGGAGATCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCCTTGTCCATCTGAACTCCCTGGAGAAGTAGCATGTTAGGTCATACTATGAGTGTGTTTATTAGTCAGATTGTGAAAGGCTTTCTGCCACAGCGACCGTCAACACTGGTAAACATCTAGAAAGATATGATGGGGCGAAAAGTGTAGCCTTTGCGAAAAACAGAAAAAAATGCTGCATTGGTCATTTATACCCTGTATGAAGAAATGTATGGTCTGTGTTTTATTAATGTATCACTTTGTGATGTATCACAGCCTCTCGTACACAAAATATAATAAAACAAGATGCTGTCACCCCAATTAAAATGTTTCTTAAGGGTCTATGTGATCTGTTAGGAAGCATTAAACATGCTTGTGTGTGTTGGCTTGACATGTGATGATGAATATGTTTAAGTGGTGTTTAGTAAACTGTTTGTTTCTGCTCTCCAGCTCCATATGTTTGCCTCAGGTCCCCACAGATTTCCTCTGATGTCATCTGTCCATGTGTTAAATGGCATCCCGGGAATTTCTCACCTCGACTAGTAATAATTATCCTGGGGTCCCGTGCGAGGTTGAGGGGATGTCATTGCAACATTTCCTTTGTAAAACTGCCCTAATGTGAACCAGATTTGGTTTCATGCTCTCGCTCTACGTGATCTGGACATTTTTTTAAGCTGTGAGCATTCACCTCTGCTGGTGCTGTCAGACTCCCCCACCCCTGCTGTCCGTCTGCACCTGGTACCTGATGGTATCAGAGCTACCCACTCTATATTTCAGCCAATCACAGTGCAAGGAGTGGTATCCCTCCTGTATTTGCAGTACACAGTATTTGGCCTTGCCAAGTTTACCTGATAGTTACCTGATACTGAACTGGGGTTAGACATCAAGAGCAAATAAATGTCTTGTGTAATAATTTTGTTCTGTGCCTTGAACCGATTGGTGGTTAATATCTTGGCATTCTACTTGAAACTGAAATGACATTTGCAATCTATTTTACTTCTATAATGTTATGTATTTCTGAGTGAAATATAATAATTAATGACAAAAAGTTAATATTATTTATCAGGAATTGATTGAATTGAGTCAGAGCAATTTATTGCATTTTGACTGAAGATTACAAATATATATTTTTTAATTTAGAATGACACACAACAATGAATCATGCATTATAAGACCAGTAAATTCACTAAAACCTTGATGGTTGATTTTAAGGATGGTCTCGTGTTTTTGGTCACTTTTAGTGGAACTGATTTCACCCAGCAGATGCTACAGCATTCAGGTGCTAATGTGTTTTTTGTTCGTTGTGTGCTTTAGCTGTGTTGGCGATGATGCTCTCTGTCCAAACTGGCAGATTAAAGTCCACCTGTCCTGATTCAGGTGTTTGCAGTCAAAACAAACGCTGACCTTGCTATGTTCACCTGTGTGCTCTGTTTACCTGGTTACAACACTGACAAGAAGTAATGACTGAACTTGAGTCCAAACGTCGGCAAAAAATAGGAAAGTTACTCGTCGGTTTATTTTTATTTTTTTGATGTTTACACTTCATGTGAAGTGCATGTTTACCTATTAGCGTTTAATATTTATTTATTACTAGTTTTGGAAACATTTTACAATATGGTTCAATTATGAATAGCACATTTTCAGTATTTATTAATCAAGGTTAGTTTCTACATATGCTAATACATTTTAACATTTCAAGTTGTAGTATGAATTAACATTGAATATTTTATGAACAAAAATGAACAATCAACAATAGTGTTTTTGTAAAAATTAACTTTGCATTAAACAATTTTAACAAATTGAACCTTAAAGTATTATCTTTATTAATTTAATTGTCTTTCTTTATTCTTTAGCTCAGCTACACACTGTACACCCTAACACTCAAAATAATTAATTGGTTTGAGTAGGACAAAATTAAATTAAGCAAATTAACAATTAGTTCAGTCAAATGAACTTTTATGAGTATTTAGCACTTTTTCTTTCAAGTTCACAGAACTGATATATTTTAAGTAAACTGAACTTTTTCATTGTTTTGAGTTTTATGAACTTGTTTCTTTTAGAATTTAGATGAACTTAAGTTTAACTGAAAATGGCACTCGAAATGGAGAGTAAATGCTAAAATTAAGTGTTATATAATGTTTTTTTGTGCAAGATTAATGTTGAGTGGGAGATTTAGTCATGATTAATGTTTTGTTAGGCTAATTTAGAAGACTTTCTGTTAATGTGGGTTTTTGGAGAGTTACCATAATGGTGATAAGTGGTGCATGCGGCTTGGTTTGAGAGCAAGCATGTTAAATGATTTATATTGCTGTACTTATTCAGCAAGCTCTATACCATGCTATTGTTAACATGTTAGCAAATTAGCAAGTTAGCATTTTTTTAATTAGCTTCTTATAGCTAGCTAATTTTACACTAATAAAAAAGTTTACATTGGGGTTATATAATAATTTAAAGTTAAATGTATGAGTGTACTCAAATGTTTCAAGTTAAGAACAATTAAAATGTATGAGTACAAAATAAAAATCTGTCAGTTCTGCTTACTTAAACTTTGAATTGCCTAAAATGCTTTGAGTTTTGCCAACTAATTTGGGTTTACAGTGCATGCTTTATTCTTAAAAACTCCCAGGATCCACTTAACATTTTGGGCACACTTTCATAATGTGTTTGAAAACGTTGTTAGATCTTTTTGTTCTCACAAAGCTTTCACAGTTCTTCTGCAGCTTCCAGCTTCCCTGAACAAATCCACAACACTTTTTCAATGTCCTTTAATGTTCCCGGTCTCCCTTAACACTTAAATAACATAATCACAGTGCTTTCACAACATTTTCTCTGCTCTTACAGAGTACGGCAGCTGCCGCTCGGCTCCCCGTCCAACTATAGCAGGTGCTGCAGGCTCCCAGGAATTCCGCTACACATCTCATAAATAACACCTGACAAAAGAGAGAGAGAGAGGAGACATGGTACCTTTGATGAGTTAGACTGAAAGACTTCAGCAGACATGGATTCTGTATTACTTTGCTTTTAAAATACAGGGAAAAGAAACAGGTCAGTGAGGCAGAGGAAAGGAAAGAGACTGTTAAAACTGCACCAAATGGAATGATGCATGAGGGTGTGTCAGTATAGAGACAATGCAGGACATTGGCTGCATCCAAAATGTAGGCAGCTGTCCTGCTCTCCAGTTAGCCAGTAATTTCACTGGCAGCGCCTTTCTATGAACGCACCTTCTAAGTAAACTCATAGCATCATGTCAAATGATAGAGATAGCCAAGCACTACTTATTTCTCAGAAGAAATTTAATCAGAAGT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Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU301696 True 12270 lncRNA 0.38 2 6138691 6151199

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000063_06110909_06118565 NA coding downstream 18772 6110909 ~ 6119919 (-)
CI01000063_06018383_06022776 NA coding downstream 115204 6018083 ~ 6023487 (-)
CI01000063_06011344_06017382 KCTD2 coding downstream 121309 6010663 ~ 6017382 (-)
CI01000063_05992697_06005239 SLC16A5A, SLC16A5 coding downstream 133332 5992579 ~ 6005359 (-)
CI01000063_05983940_05990611 NA coding downstream 148080 5983455 ~ 5990611 (-)
CI01000063_06271330_06273137 CHM2A, CHMP2A, BRAFLDRAFT_115689, BC2, CHMP2A.L coding upstream 119564 6270763 ~ 6273137 (-)
CI01000063_06291489_06291799 NA coding upstream 140015 6291214 ~ 6291799 (-)
CI01000063_06332215_06332433 NA coding upstream 180950 6332149 ~ 6332433 (-)
CI01000063_06404520_06407506 PSME3 coding upstream 252625 6403824 ~ 6407676 (-)
CI01000063_06652744_06663333 DHX8 coding upstream 500937 6652136 ~ 6663590 (-)
CI01000063_05950749_05954473 NA non-coding downstream 184133 5949613 ~ 5954558 (-)
G265889 NA non-coding downstream 206887 5928742 ~ 5931804 (-)
G265890 NA non-coding downstream 212656 5922517 ~ 5926035 (-)
G265793 NA non-coding downstream 572315 5559531 ~ 5566376 (-)
G265742 NA non-coding downstream 689313 5449092 ~ 5449378 (-)
G265789 NA non-coding upstream 24478 6175677 ~ 6177315 (-)
G265776 NA non-coding upstream 34735 6185934 ~ 6188664 (-)
G265960 NA non-coding upstream 51766 6202965 ~ 6235379 (-)
G266002 NA non-coding upstream 103825 6255024 ~ 6255223 (-)
G266003 NA non-coding upstream 104378 6255577 ~ 6256715 (-)
CI01000063_05616519_05617045 NA other downstream 521579 5615806 ~ 5617112 (-)
G265567 NA other downstream 884751 5183279 ~ 5183287 (-)
CI01000063_05189361_05189645 CRIPT other downstream 948074 5188403 ~ 5189645 (-)
CI01000063_02725759_02726399 NA other downstream 3412156 2725759 ~ 2726535 (-)
CI01000063_02326799_02327290 CBY1 other downstream 3810972 2326741 ~ 2327309 (-)
G265976 NA other upstream 136959 6283058 ~ 6290946 (-)
G266797 NA other upstream 1138296 7289495 ~ 7290224 (-)
G266660 NA other upstream 1287886 7439085 ~ 7441435 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
zebrafish (Danio rerio) XLOC_004752 NA non-coding NC_007123.7 CM002896.2 26737431 ~ 26834192 (+)