XLOC_010409


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010409
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 5453180 ~ 5588620 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00022084
aaaagcaattaaataaaattttaggtcaatattataagccacCTTAaagtcattaaattattattttttgattggctacacaGCAAATTCACCAGTGTTAAATTCTCTGTGttaaagcatttcagagtaaagtgctGAAATTACAGAGTTAGATTTGGATAAATGAACACAATCAGAGTTCAGAGCTGATTTGATCCAGTGTAAACTCAAGGAGTTACAGGCAACCAACACTTGATGGTGGTATTTCCAACAAATACTTGACCAAAAATCTTAATGGAACATAAAAGTCATGCCATTTTTAAAATCCCTTAAAGTTTCAATTTATAATGCTGGCTGCAAGAGTTGACGTGTTTTGTTAATAGAAATGTTTTATAACATACTTgggattttttttctgtcatttttggaGAATTGTTCTATGTAAGTTATTTGAGTTGAAATAACCCTGCTATTTTTCCAGTGCAAAACagaccactgttgtccaataatttgcctaattgaGCCTTTAAATAGCTCAGTATTAACATCTTGCAAAaaacctagtaaaatattatgtagtttcaccatggcaaaataaataatttatgtaaaaaaaaaagataaaattctTAGGTTTAAATTTAGGTACTATtaggtttaaaaatgtgttgaaagtaGCTTTGTCTTCAATTTTGTCTCAAACTGTGCATCTTTTCAGCCACATTACTGTTATTTTATCATGTTTTCTTCATTCGATGactctcagacaaacacaaatgcGGTAATCCTTAACCCTCAAAACCCATTTCAGCTGATAGAAAATAAGAGAACCGAACTGCATAcgcacaaaaaataaaacacacacatatctgaTATGTATTGGAATCAAATGCTACATCCATAACACTTGGTACAGTGACATAAGAAGAAAAATCACCCAACAACGACAATCGCAGACAGCTTTAAGGCAAACGATGGAAACAGCAGATTTGCCCTGAGcggcacacactgtaaaaaaaaaagcagatcaCATCAATGCGCTTCTGATTTTGGCTCAAACAAAAGTGATCAAAAGAGCTTCTGTGTGACGTCAGCTAATCTCATTGAGACCTACACTTTCATATCCTCAAAGGAAGTTATTACAACCGGTGGATTTTTGATGACTGCTCAAAAATCAAgagaataaaaaatgaaagaaatactTTATATGTGACTCTACACTGGACATTACGCTATATTGTACATTTTACACACAGTAGGATGTAGTTGATACAGTAAACACGAACACTAAAGAACATTCTAAACTGTAAACCATCTCACAACGGAAGAATTCAAGTATTTAAAGACCCCATGAAAATAAAATGCCTTTTCTTATGTGCACCTCAGGTTGTGCTGGAATGATTGTATTCTACATCTCTGAATTTAGGGCTGCAATTCACAACACTTAtcagtttattaatatataatacacagCTCTGTGGATGTGGAATACATGGTATTCTCAAATTTAAACcaattaaacaaatgaaacagACTCGTCTGGGTTAGTCAATTCACTAACAGTCAAGATGATTAATAGAACCAGAGCTGTAGTAATcagtctggaatacttgattctgattggtcaggaacaacattccaaggtatgttattcccagataacaaccgctgaagATAATAACACAGGCTTCTCCGGGAAAAATCTTAACCATCAGTAAATACGTTCATGCCTATATTTCTATGTTTATctactgtttggcgccatcttgtgactgaataatgtgcaggttagtgtatgctccattcagccgtttttgtttctgtcagctttttgcatttaattaaaaaattgatacatttttacggctcagaacaatgttttgtgtcgaTTTGTTTTCGTGTTGTGACAACTGGCCATGAAaaagtgggataaagtacatccaggcggttgttttcacagaataaagcccttcgtCTTATACAACAGCTGCCGATAAACCTGTTGGACTTCATTCTGCAAAAATAACTGCTTTAATTCGCACTCTAATTCAAACATTGTGGTTTTccaaataaaaaccattataaACTGGTTTAATGTGGCCTAATGCACCTTAAAACCACCTTCAGGACACACTACGCACAGGCAAGCACATAAAGCCACAGTATAAATGCAACGTGTTTCTTTTAGGAAAACACCTATTCAATTTATACAAGTGCATTAATATTGTCAGCTCATTTGGATGACTTTAAGGGGgccctattatgcccctttttacaagaggTAAAATAAGTccctagtgtgtgtatgtgaagtttcagctcaaaataccacagaaATAATGTTTATAACTCTTTTAAATGACGCATTAtgatcctaattgtgtcattttggtgactgtcactttaaattcaaatgagattgtgcccCCAGCTCTCTTTTGAAAAAAAGGGTGGGGCTATAAATGCCTATGTCTCATtaagatcatcactaatgggcggggcttccccctctgatgacgcatataaaggaagaatgtcaatcaaagtgtttccgcAGACTGCTTTTATCAGactctgcttttattttagactCTTGCTTTCTCTCATATATTTGTGTTTCTTCTTCTCAGAGATGAtctaaacacactgtaaaaatgctgggttctacacaatcgatttgtgttgggacaacatgaaggaattaagttaacttactagtttttgctaatttaattggatttaaaatagaattattaAGTCGCACTCTCAAAAATCTCAAGAAatgtattgtttcagctcattttaaaaaactaCTTTGAACAAACATCATTTTTGATTGCATATCTGGCTAGAAACAGATGGTAAATTGACAGATCTGTGGATGTTTTGCCCTCCAAGACTAAAACCAATGAAGTAACTTCATTCACCGTCTTTAATCAACACGTACTACTTTCATGTGGTCTTTAAATTCATACTTAAAGGtgtagttcacttaaaaatgaacatttcttcatcatttac
>TCONS_00022085
cttatatattttttttttctggagaaagttttttttttttttcatttggctggaaaaagcaattaaataaaattttaggtcaatattataagccacCTTAaagtcattaaattattattttttgattggctacacaGCAAATTCACCAGTGTTAAATTCTCTGTGttaaagcatttcagagtaaagtgctGAAATTACAGAGTTAGATTTGGATAAATGAACACAATCAGAGTTCAGAGCTGATTTGATCCAGTGTAAACTCAAGGAGTTACAGGCAACCAACACTTGATGGTGGTATTTCCAACAAATACTTGACCAAAAATCTTAATGGAACATAAAAGTCATGCCATTTTTAAAATCCCTTAAAGTTTCAATTTATAATGCTGGCTGCAAGAGTTGACGTGTTTTGTTAATAGAAATGTTTTATAACATACTTgggattttttttctgtcatttttggaGAATTGTTCTATGTAAGTTATTTGAGTTGAAATAACCCTGCTATTTTTCCAGTGCAAAACagaccactgttgtccaataatttgcctaattgaGCCTTTAAATAGCTCAGTATTAACATCTTGCAAAaaacctagtaaaatattatgtagtttcaccatggcaaaataaataatttatgtaaaaaaaaaagataaaattctTAGGTTTAAATTTAGGTACTATtaggtttaaaaatgtgttgaaagtaGCTTTGTCTTCAATTTTGTCTCAAACTGTGCATCTTTTCAGCCACATTACTGTTATTTTATCATGTTTTCTTCATTCGATGactctcagacaaacacaaatgcGGTAATCCTTAACCCTCAAAACCCATTTCAGCTGATAGAAAATAAGAGAACCGAACTGCATAcgcacaaaaaataaaacacacacatatctgaTATGTATTGGAATCAAATGCTACATCCATAACACTTGGTACAGTGACATAAGAAGAAAAATCACCCAACAACGACAATCGCAGACAGCTTTAAGGCAAACGATGGAAACAGCAGATTTGCCCTGAGcggcacacactgtaaaaaaaaaagcagatcaCATCAATGCGCTTCTGATTTTGGCTCAAACAAAAGTGATCAAAAGAGCTTCTGTGTGACGTCAGCTAATCTCATTGAGACCTACACTTTCATATCCTCAAAGGAAGTTATTACAACCGGTGGATTTTTGATGACTGCTCAAAAATCAAgagaataaaaaatgaaagaaatactTTATATGTGACTCTACACTGGACATTACGCTATATTGTACATTTTACACACAGTAGGATGTAGTTGATACAGTAAACACGAACACTAAAGAACATTCTAAACTGTAAACCATCTCACAACGGAAGAATTCAAGTATTTAAAGACCCCATGAAAATAAAATGCCTTTTCTTATGTGCACCTCAGGTTGTGCTGGAATGATTGTATTCTACATCTCTGAATTTAGGGCTGCAATTCACAACACTTAtcagtttattaatatataatacacagCTCTGTGGATGTGGAATACATGGTATTCTCAAATTTAAACcaattaaacaaatgaaacagACTCGTCTGGGTTAGTCAATTCACTAACAGTCAAGATGATTAATAGAACCAGAGCTGTAGTAATcagtctggaatacttgattctgattggtcaggaacaacattccaaggtatgttattcccagataacaaccgctgaagATAATAACACAGGCTTCTCCGGGAAAAATCTTAACCATCAGTAAATACGTTCATGCCTATATTTCTATGTTTATctactgtttggcgccatcttgtgactgaataatgtgcaggttagtgtatgctccattcagccgtttttgtttctgtcagctttttgcatttaattaaaaaattgatacatttttacggctcagaacaatgttttgtgtcgaTTTGTTTTCGTGTTGTGACAACTGGCCATGAAaaagtgggataaagtacatccaggcggttgttttcacagaataaagcccttcgtCTTATACAACAGCTGCCGATAAACCTGTTGGACTTCATTCTGCAAAAATAACTGCTTTAATTCGCACTCTAATTCAAACATTGTGGTTTTccaaataaaaaccattataaACTGGTTTAATGTGGCCTAATGCACCTTAAAACCACCTTCAGGACACACTACGCACAGGCAAGCACATAAAGCCACAGTATAAATGCAACGTGTTTCTTTTAGGAAAACACCTATTCAATTTATACAAGTGCATTAATATTGTCAGCTCATTTGGATGACTTTAAGGGGgccctattatgcccctttttacaagaggTAAAATAAGTccctagtgtgtgtatgtgaagtttcagctcaaaataccacagaaATAATGTTTATAACTCTTTTAAATGACGCATTAtgatcctaattgtgtcattttggtgactgtcactttaaattcaaatgagattgtgcccCCAGCTCTCTTTTGAAAAAAAGGGTGGGGCTATAAATGCCTATGTCTCATtaagatcatcactaatgggcggggcttccccctctgatgacgcatataaaggaagaatgtcaatcaaagtgtttccgcAGACTGCTTTTATCAGactctgcttttattttagactCTTGCTTTCTCTCATATATTTGTGTTTCTTCTTCTCAGAGATGAtctaaacacactgtaaaaatgctgggttctacacaatcgatttgtgttgggacaacatgaaggaattaagttaacttactagtttttgctaatttaattggatttaaaatagaattattaAGTCGCACTCTCAAAAATCTCAAGAAatgtattgtttcagctcattttaaaaaactaCTTTGAACAAACATCATTTTTGATTGCATATCTGGCTAGAAACAGATGGTAAATTGACAGATCTGTGGATGTTTTGCCCTCCAAGACTAAAACCAATGAAGTAACTTCATTCACCGTCTTTAATCAACACGTACTACTTTCATGTGGTCTTTAAATTCATACTTAAAGGtgtagttcacttaaaaatgaacatttattcatcTTTACTATTGCTGCCAAACATTTACAAgttattttattctgttgaacacaaaaaataagatattttgaagaatgttggagacttgtaaccattgactttcatatttcctattttttaaagtttatttactgttataaattgcattatgggatgttgacctctgctctgtcgacgtttaatgttgaaaattccgctctgcagtttaacaaagtgactttttattgacatttaagtagtttgaaacaatttaCTGCATAGCAAGTAATCTTATTTCCAGGTTTTTAAACCATGAGGACATCAAATcacattaaactatttaaaaaatgtgaacatCAAAGGTTATTGTAGaaaaatcaaggtcccataatgcaaatcaaaaGCATACATAAGTGAATCGCAAAATATATAtcttgttaaaggggtggtccactactaTATCATATTTTAATCCAGGAGACATTGGcttgtacagagttagcttagtaaagcctacagtgaacaaagtttggggactacaaaaaatacatgtcataaacccttcaggttacgcacatacaccctgcgcagcaaaagggcgtggccagaggcgctgtaatttTAAAACAGAGATGCTTCTTGGTGATGTGGAGCTGACCTGTCACTgtacattatgttagctgaccaatcagagcctcttcaGAATGGGTCTTcggtagtggtgggcaaagcgaggcttcatgaaacactgaaacagtcgaagcaaatgtgttgaAGCTTCAAAACATTTCGAAACccgtctctacagtgacacctagtgatcattttttatgtattgcaatGGAACAGCTTCAGCATAGAACCAGtagagcaaattgaggtattgaACTCCACTTTGTAGAGTTGAACCTTAAGTTTTTATTAGAcaagaaacgccaattgacccagccaaggctcaaaccagtgacctttttgctatgaggcgacagcactacctactgcgccaacgtGTCGCCTCATCAtagtactgtaaaatataaatttttgttttacagtgttacaaaaatgctatattgatggcgtatccgcagctgtatcctatctagaacacaccataaaacagtaacattattaaaatacataaaatcacgGTTTCTGAATATTTGTACAAgtctggattcgaacccaaaagccATTTGAAGCACAGTAACAACATGCATACGCACGGTCCACTAGGCTATATGAGACAGAAGGTTTTTCTGGCCCTGTCAGTCAAACGCAGATTTGCCAAGTCTCAAAACGCTTCTGAAATGgccgatgctttgaatcgctttagtcacttgccctggtgtttcgaaacactttagtcatgtgacctgggtgtttcggatcatgcttcggtgcagtgttccGAAACATTTGCGCTTCAAGATCTCGACACTGTtttgaaacgtcagtttcacgtcagctaTTCCTAATCTTCGaagaaactaggaaatatgactgtCGTTTTTATGTTAGCAgcgtagctgtatataatcaaaataggatatatgaaaaaataagatGATTTtcaacaaatgaagcatgagcacacattgcttttcaCCTTGTAAATACAacaaagccttaaaaatacacttcgGACCACCCCTTAAATATAATAAAGTCTAATAAAGCCAAATCCTAAGAAAGTCAagggcaaagaaaaaaaaactcaaacaggatgaataaaattgtcatttatgggtgaactgtccctttaataccCTGATATACAGTATTCTAGCACTTCGAACCTGAGGATATAATAACCAGAGTCACgcagaacaataaaaacagacCCCCAAAGCAATTCTCATAAAGCCTAAACCATAAGACAACACACATCTGAAGATGTTTTTGGCTTGTATAGTATCTCGCATCACTATCAGTGGGGTGAAACTTATAAGAAGGCAGTGTCAGATTAAAAGTGTGCATCCATAGCGAAtaatatgcatatgtatatattgAGTAAAGCACTAAATAATCTATTGCTGTTGTAATCTACAGGCGTCGTGCGGCTCAAACCCATGCAGGACATCCAGCGCTCTCAAATGTACACTCAAAGCAGGACTCAAATCCAGTCGGTTCTGTACAAACAACATCTGTGGAGAGGGCTGCTGGGAGCTGAAGCGCTGCTGTATAAACTCAGGCTGGAGTTTGATCTGCTGACCGTCAGTCCTTTAGCGCTGCCTCTGCGACCCGACGTCTCGAAGGCGTCTCTCGAGAGATACTTCTCCTTGATCTTCAGGGGTCGTTCTTCACCAGAAACTCATCTAATGCAGTCCATCCCCCACCGACCCGAACCATCAGAGTGCTTCTGAGTATCCGGACCATCCGCAACTGCTGAGAGTCTCCAAACTGAAGACAAACACAGAAATAATGGGTTCATATCGTGTATAAGCAGCATTATTTGTGTTGTACATATATCAGCTATAGTATATGTGCACTCACCCGGTAGCGGTTTGCGCTTATTTGCTCAACTTGAAACCTCTTTGGACAGTTGCACTGAGAGACCTGACGACTCACCTGCAGAATCAGC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00022084 False 3000 lncRNA 0.34 2 5453180 5588566
TCONS_00022085 True 5608 lncRNA 0.37 3 5580715 5588620

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010408 NA coding downstream 279737 5169775 ~ 5173443 (-)
XLOC_010407 dctn3 coding downstream 299148 5145132 ~ 5154032 (-)
XLOC_010406 ttk coding downstream 310004 5110455 ~ 5143176 (-)
XLOC_010405 CU694364.1 coding downstream 345763 5107298 ~ 5107417 (-)
XLOC_010403 bckdhb coding downstream 347858 5013868 ~ 5105322 (-)
XLOC_010410 CR848788.1 coding upstream 18518 5607138 ~ 5612480 (-)
XLOC_010411 NA coding upstream 47666 5636286 ~ 5643738 (-)
XLOC_010412 si:dkey-283b15.2 coding upstream 61875 5650495 ~ 5671862 (-)
XLOC_010413 ndufa3 coding upstream 129140 5717760 ~ 5721386 (-)
XLOC_010414 NA coding upstream 157688 5746308 ~ 5786042 (-)
XLOC_010626 CR392024.2 misc upstream 15306492 20895112 ~ 20895175 (-)
XLOC_010404 LO018201.1 non-coding downstream 391551 5061499 ~ 5061629 (-)
XLOC_010399 NA non-coding downstream 757557 4685663 ~ 4695623 (-)
XLOC_010396 NA non-coding downstream 894683 4554071 ~ 4558497 (-)
XLOC_010416 BX957314.1 non-coding upstream 281953 5870573 ~ 5870689 (-)
XLOC_010418 NA non-coding upstream 659403 6248023 ~ 6249246 (-)
XLOC_010419 NA non-coding upstream 702553 6291173 ~ 6351690 (-)

Expression


Co-expression Network