XLOC_010411


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010411
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 5636286 ~ 5643738 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00022086
CGTTAGTTCCTTATTTTGTTAGTTCGTTCATTTGTtcctttttacatttattcatttgttctttcttttgttctcttTCCTTCATTCCTTCTTTTGTTCCCTTCTTTCGTTAGTTTCTTATTTTGTTAGTTTCTTCCTTCATTCTCTTtcctttgtaaataaaaaatacaacaaactaCTTTCTAAAGCAACAGCCTcattcataaaaacacacacaacgagaacattattattttatcttgttGTTTATTAGAGTCGAACGGCACCAGTGTACCATAACTGAGATTTCATTTTGCTACATGAATTTTTCCAACAATCAGTACCATTCTGAGGCCAAGCaggaagaaaaagaggaagaagaagaggaagaaacgCTTTCATGTGTCCTACAGAAAGGCTTTGGCACCTTCGCACATTCCATCAAGAATGGCCAGTCTCCAAAACAGATTCAAGTCAATAGAGTCATTCTACCGTCTTCATCAGACCACATCATGCCCAAACTAATCATTTAAACACATAGCTTATATATATTGAGGAATGTAGTTCTGCAGTTAGCGGTTGACACGCTTTAACACTTGGAGTCTCTCAGTCATACATATATAGACAAAGTTATTGATACGGCCTGTGTATGTGTTCGCATACAATACAGTCTGAAGCAAATCGGCATCAAATGATTGAAAATGGATGCTGTATATCAGTATCCTTTACATGTGCGGCCAAGCTTAAACCAGTTAAGATCTGCAGTACTAGTTACATACTCATAGAGGGCGCTACAGAGCCCGCCGTTTAGTCGAAACTGTGCTGAACTCTATTAAAGTGCCGTAAACATGGATCCTAACTCCAAACTATTAAATAATGTCTCAAAGTCCAAGACGTCGGTTACTATAGCCAAGCTTTATATTAATCGGGAAAAATCACAAACGTCAAGCAAAAATGCACCGCTAAACGATTCTCAGTAATTAGCATTTCATAATTAGTATCTTTAAATAGAGTGGTTATTACTCCAGACGCTATTAGTGTTCCGTATAATtggttatttaaaagaaaattattcaatATTGATTTGTTTTGATCAAGTACGTGTTTTAAGCGTTTGTCATCTGCTAGGCTAATTTGCTGACTTTTGTGTGAGTTTTTCGGAAATACAGAACGCTAATAGTCGCCCAAAACACTGGTGTCAGATTCATCCTTTATAAAAGATGCTTCGATTCAGTACAACATGCAACCCTGATCCTATAGAAGCCAGTTCCACCACgggattacaaaaacaaaaagatgcaactgttttttttatttttattttttctctcgcAATACGGAGACATTTAcataataacagtttttttttcttgaatttcTAAATGTATTTCTCACAATAAAAATGGTTACAAGAAGACTATTTTTCTTGCGTTGATGAGTAATAAGATCGAAATTCAGAAAAGTAAACATGTAATTGTGAGATTAAAAcgtattttgtgtttttgctttGACAGTAACTactgtaataaaaaagaaaagaaaattaaaaagtcagaattgaaAAATTTTAACTTGGAAAACAGAAATCGAAATTCTAGGCCAAAATTGATCATTCTGGATGCActtggatgaaaaaaaaattgctattttattagattaaaaggtaattttgtaaaatttaaatcaaattattgCCATTTACTCctgctgaaaaaacaacaactttgagaataagaataaattttcagaattgaaatttttaacattgtttttgCAATTCCAAGAGTATATTGAATTCTGTGTTTATATCTTGCGATTCCAAATTGTTAAAGTCAGAAATCCAagaaataaatttacaattggaaaaaaaaaaaaaaaagtttgaggtcTAAGTTCATAAATCAGTATTTCATCATTTGGCATATAGCAATcacctttatatatatagtttgagaTAGAAAGTTGCAATTCTGAAACATCatcaaatttgtttgtttgtttTGTTTCAGACAAGCAACAAAACAGGCCACCTTTGCACACATTTGAGGCACAAAAACTGCTCTCATTTCAGAGGATAAACTGCAGACATCACTTTCTGCCTTCGCAAATATAAATCATTGACAGTGGCACAGAAAAAAAAGCTGAGCGAATTGCACCAAATCAGTCCAATTTCATCACAAATGATGAAGAAATAGAGGGCTTATTCTAAGATCTCATTTGTTAACATCTGTTAAGTGCATTAGTTAACAACAAACAATACTTCTGTGGCACTGATCGATCCTAATTTCAACATTTACGAAACATTACTAAAGTCAAAAGTTGTAtctgttattattaaataatttgctGTTTTTAAGTTAACATTAGAACGCATAGCTTTTATTGTTAACTCATGTTGGTTAGTGCAATATTACTAACCCTGTTTCTgcaggcacaccaacagtacacattttcaacctcttcctaatcaaacacacctgaaagaACTCAGAAGACAAGAAAAGACTCCAAAACCTaaagttaatgggtcagataagggagacatccaacaaaatttgtactgttggtgtgtctttaagaacagggttgggaaacacttcAACAAATGCTGACAAATGAGATCTGTTTGTAAACGGTTCCATATATTAGATTTCTTTCTGCCAAACTAGACGCATATGGAGGGAAATTTGATTAAACTGTTCAATtgctttcattttttctttcaaaatagcattataatcatattttatgacaatgttttgtttaaaaggcATCATTAAGGCAATCATTTACTCATTACTCGAGTGGTACAAAACTTTtggctttctttcttctgttgaacacaaagcaagatattctgaagaatgttagggggaaaaacagccattaacttccatagtagtaaTAAACAAAAGTCAACGGCTcggtatatcttcctttgtgtgcAACGGAAGAAAGAAAGGGAGGACGAGGCAATGATGAGCTGTTCTGCAAAGATTAAATCAATGatgcataaaaacacatttttaatgttagctcatgttagttaatgcagtgttttcccaacactgttcctgaaggcacaccagcaGTGCACATTTTCAACcactccctaatcaaacacacctgaatcaactcatcagaacattagaagagacgcCAATGCTTAAGTTAAAGGGtgagataagggagacatccaaaatatgtagtCTGTGTGCCTCTAGGAACAGAGAAGGGAAACACTGAGTTAACACAAATGCTACCAAATGAGATCTTTTTGTAAACGATTCCATAAATTAGATTTCTTTCTGCCAAAGTAGACGCATATGAAGGAAAATTTGATTAAACGGTtcaatttctttcattttttcttttaaacatagcaatataatcatatttttatgacaatgttttgtttaaaaggcATCATTaaggccatcatttactcataacTCAAaactttgagtttatttcttctgttgaacacaaaacaagatactcTGATGAATGTTGTGGGGCTGGGGGGCATTGACTTTAATtgtagtaataaacaaaatacaactgAAGTCAATAGCtcagtatatcttcttttgtgttcaacagggaaAAAGAACAGGAGGATGAGGCAGAATTTTCAGCTTTTGGGTGAACAGTCCCTTTAAGGTTATCCATCCAAACCTAGTTTGTTTAGTTGAAACACTAGTACGAACATTCAGAAACAGGGCTGCGGGAAACTTTAAGGCTCTTTTCTCAATAATGAAGGAGCTTTGTGTGGAATGACATCATGAGATGCGTTTCTACAGATGCTTTGATGGGCTGGTGAAGTTCATCAACATGTTTATCATGTTTATCACATCTAAACCAATATTACACAGGTGATTTTCAAATGATATGTagctaattaattaattgaataagctacagttcatccaaaaaagaaaattgtaataACTTcatcatcctccacttgttttaaaccttctcttgaacacaaaggaagatattctgaagaatgctggacaaaacagccattgacttctatagaaaTTGTTGCTCCTGTcaatttttccagcattcttcaaaatatctacctTTGTCTTCAACGGAAagaaatatgtgaaaaaataatgaggagattttcatttttgggtgaactctttaaCTCAAAAGTCTCTTGATATGTGGTTTAAACAGCAATGACCTTCATTTACATCTTCATTTACAGCATGTAAATAAACTCAAATGTAGAAGAGATAAATAGTGTCAGTTAAGATTAAATAACTCCGAATAGACGCAGTAAATCAGCAGCGACTGAATAAACAAAAGGCTTCATTGTGAACGAGACTTTCTGCTCATTTCCactaaaggctcagttatatccGTCCCTGATGACGATGGTGATGGTGATGAAGAAACATCAGGCTGTTTGGTCGTCTACCCTGTTTGTGTAAGAACTTCACAGTAAATGCTGTAAATAGCAGGAGCGGCGGTCGGTCAATGAGTGaaaagaggaggaagaagaaggaAATGTGATGCACATTTTGAGCTGTGCTGAAAAATCCTTTCAGAGATTTCAGTTCTGTCTTGACCCCTATTCTGAGACTCCTATTtaagctctaggctagtttttaacagctgacTGCGCCCTAGGCTCGTGTTTGAAAcgagatggcactctaggctagtttttaacaacatatggcgctataggctagtttttaacagcatatggcgctctaggctagtttttttttttttttttacagctgacgacgctctaggctagttatttAACAGCtggcggtgctctaggctagtttttaacagcagatggcactctaggctaatttttaacctgctaatggtgctctaggctagtttttaacagcaaaagctgttttaggctagttcttaacagcacacgatgctctaggctagtttttttaacagcaggtgacGCTCCAGGCTATAGTGTTAAACAGCAAATAAACCTAAAATGTGTTGTTAATACTAGCGTACCGCATGGTCTGCAGTTAAAGACTAGCAAATAgcacagttttcttttaaaagctagcctagaacTGTTAAAAGATAGCCAAGAACCCTATCTGATGTTAAAAAATAGCCAAAAGCACcacctgctgttcaaaactagcctagaactgTTAAAAAGACTACCCAAAAGagccatctactgtttaaaacttaGCCTCGAGCAGTGAAAACACTAGCccagagtgctgtctgctgttgaAACTAGCCTaaagttgttaaaaactagcctagtgcaTTGTCAgcagttaaaactagcctagaactgttaaaaactagcctagagcgccgctTGCTGTTAAAAACACGCCTAgagcagttaaaaactagcctagagtgctgtctgctgttaaaaactagcctagagctgttaaaaactagcctaaagcgccgtctgctgttgaaAACAAGCCTAGACCACTGTCAGCAGttaaaaaattagcctagagctgttaaaaactagcctagagcgccgcttgatgttaaaaactagcctagagcagttaaaaactagcctagtgcaccatctgctgttaaaaactagcctagagtgctgtctgcttttaaaaactagcctagtgcaccatctgctgttaaaaactagcctagagggctgtctgcttttaaaaactagcctagacctgttaaaaactagcctaaagcgccgtctgctgttgaaAACAAGCCTAGACCACTGTCAGCagttaaaaaaactagcctagagctgttaaaaactagcctagagctcttGAAAATTAACCAAAAGCACtgtctgctgtcaaaaactagtcTAAGCTAACAGCAGATAGGctttagactagtttttaacagcaaaccgtgcttttggctagtttttaacagctctaggctagtttttaacagctctaagctagtttttaacagcaagtgGCGATCTAGAACTCAGTCTGCTCTTAAAATCTAACcaaaagcgccacctgctgttaaaaactagataGGAACTGTTCAAGACGAGCCTAGAgcacaatctgctgttaaaaactagccaagagcgcaatctactgttaaaaattaaCCTCAGAATTGGTTCACGAGAGACCAgtgatacattttgaaatctaGAAAGACTTTTACGCCTCAGCTCTGCACACATTAACACCTGAATGTTAGGTTTCTCAGTGAAGTCTTATGGAATGTACGCATAATACAGTGTGGAAGTGACTATAGTGTGATAGTGAATAACACTGTGTAGTGTGAATATAAGAAAACTGTGCAGTCCAGACCACCTGAATGCAAAGCACAGGTGACGTTCAGGTTCGGGAAAGACATCCAACATCATGATTCTTCTGATGAGAGGATGAGAGCTACCTTAATGAACGATCATTGGTTTGATGGAGAATGAAGGAAGTGGATGGAATGATAAAGGAGGAATAGAGGAGTTTTTAGGGTTGCTCTTCCTTTTTCTTTAGGGAAATGCGCTTCTTTCTGGCAGCTAGCATCTCGTAGAAAGGATCAACACTCACAGCAGATCTG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00022086 True 6543 lncRNA 0.36 2 5636286 5643738

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010410 CR848788.1 coding downstream 23806 5607138 ~ 5612480 (-)
XLOC_010409 NA coding downstream 47666 5453180 ~ 5588620 (-)
XLOC_010408 NA coding downstream 462843 5169775 ~ 5173443 (-)
XLOC_010407 dctn3 coding downstream 482254 5145132 ~ 5154032 (-)
XLOC_010406 ttk coding downstream 493110 5110455 ~ 5143176 (-)
XLOC_010412 si:dkey-283b15.2 coding upstream 6757 5650495 ~ 5671862 (-)
XLOC_010413 ndufa3 coding upstream 74022 5717760 ~ 5721386 (-)
XLOC_010414 NA coding upstream 102570 5746308 ~ 5786042 (-)
XLOC_010415 trak1a coding upstream 143032 5786770 ~ 5873866 (-)
XLOC_010416 BX957314.1 coding upstream 226835 5870573 ~ 5870689 (-)
XLOC_010626 CR392024.2 misc upstream 15251374 20895112 ~ 20895175 (-)
XLOC_010405 CU694364.1 non-coding downstream 528869 5107298 ~ 5107417 (-)
XLOC_010404 LO018201.1 non-coding downstream 574657 5061499 ~ 5061629 (-)
XLOC_010399 NA non-coding downstream 940663 4685663 ~ 4695623 (-)
XLOC_010418 NA non-coding upstream 604285 6248023 ~ 6249246 (-)
XLOC_010419 NA non-coding upstream 647435 6291173 ~ 6351690 (-)
XLOC_010421 NA non-coding upstream 739792 6383530 ~ 6386642 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G270366 NA non-coding CI01000065 null 4868741 ~ 4870260 (-)
bowfin (Amia calva) G129736 NA non-coding CM030137.1 CM030137.1 20518444 ~ 20518930 (-)
tiger barb (Puntius tetrazona) G110093 NA non-coding NC_056714.1 CM032083.1 5778754 ~ 5808349 (-)