XLOC_010426


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010426
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 6588022 ~ 6591170 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00020485
aacgtactccagagacgcactaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgttttctggaagctccatttgagggcatcaaggacatactgatggcctaaaccagtgtcagcctagacagacagacatctattgcagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtacggtgttctctaaaggtataactggagcaaagcaacagcatccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagtgatatatgtgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgcctctgccacaacaggtcatggtGTGTGCTTACTGCTCGTAGTAAACGCACACGCTGATCTGATGCGGGAGAGATATATGCAAACatatttgtatttactgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactgaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtgccttatctggacaatgaccatcttgggaccattgctgtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaggtctctgggatgacacaagtaattaataacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaatagtgaaatagtggtcctacattcacaaatgtgagccattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatactagtaataatggaataacaaattgctattactgttgtgtttgtgagagagaatcaaaccatatattctacacattttcttgatgatttactgaaatatttgtctacatgttccactgtcacaggtgctcagttttgctgcagtaatgctaaacacaatagatgtactttatgcaaaaaaaaaaaagaaaa
>TCONS_00020486
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>TCONS_00020484
taacttacacattctgattaaagagcaacgaatgaacccagccggcacacgaccgaccttcaacgttgaaatatggttgaaataaggtcagatgtgttttgaacgttgaaataatgttgatagaacgtttaatgttgaacggttgaaaaacagcctgcatatgacaaggcttcaacgttgaaatgtggttgaaaatacgtcagttgttgctttaatgttgaaacaatgttgaatgataaatggttgaaaaaagttacagaaatccttgtacaaatcaacgttgacatttttttttatcatgatctgtatgttgaattaacgtcatggcttcacccaatattcaacatgtttggttaccatggtatcgGAGGACTCTGCGCACGCGGCCGCGCGCagcgcttcacttcacttaattacgaacacctgacctgcagtgcagcagaattcagagacatgtaacttaacgtactccagagacgcactaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtccagttgagggCATCAAGAACACGCAGATAGCCTATACCTGTGTCTGCCTggacagactgcagttctgctactccacgccaaggcttttgtatggatgcCTGACTACTAcagtgttctctaaaggttttctggaagctccatttgagggcatcaaggacatactgatggcctaaaccagtgtcagcctagacagacagacatctattgcagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtacggtgttctctaaaggtataactggagcaaagcaacagcatccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagtgatatatgtgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgcctctgccacaacaggtcatggtGTGTGCTTACTGCTCGTAGTAAACGCACACGCTGATCTGATGCGGGAGAGATATATGCAAACatatttgtatttactgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactgaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtgccttatctggacaatgaccatcttgggaccattgctgtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaggtctctgggatgacacaagtaattaataacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaatagtgaaatagtggtcctacattcacaaatgtgagccattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatactagtaataatggaataacaaattgctattactgttgtgtttgtgagagagaatcaaaccatatattctacacattttcttgatgatttactgaaatatttgtctacatgttccactgtcacaggtgctcagttttgctgcagtaatgctaaacacaatagatgtactttatgcaaaaaaaaaaaagaaaa
>TCONS_00020487
ataattattgttattattacaaagtgaactgctttcgtttcactgttgttgttgtttttgcttttagacatgtaacttaacgtactccagagacgcactaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtccagttgagggCATCAAGAACACGCAGATAGCCTATACCTGTGTCTGCCTggacagactgcagttctgctactccacgccaaggcttttgtatggatgcCTGACTACTAcagtgttctctaaaggtattactggagcaaaacaacagcacctgttacagtgaaatttgtattcataaaaatagtgatacatgtgtagcaggtccagtacatgtgatgtcattgagaagttgtttttattaaatgtcattaaaacaaataaataaacatgctatttaaataaatctaaatattaaaaacttgaggattaagaagaaattaaatgcatcatctgtcttgcgaaaagggtctacttaagaattctggtgtttcccaactgaaagggatagttcacccaagaatgaaaatttactcacatttta
>TCONS_00022100
tgatctgtatgttgaattaacgtcatggcttcacccaatattcaacatgtttggttaccatggtatcgGAGGACTCTGCGCACGCGGCCGCGCGCagcgcttcacttcacttaattacgaacacctgacctgcagtgcagcagaattcagaggtaagcgtgtttttagatgctttaatgttttatttaccccccgattttgttttacacacagtgtatcttaaatgtgacttagtgtagtgtttcgaattttgaagcatttaaaactttccagtttggtttagtttgcgctccggtgacgcgcagctaacctcgaggtaatgtcacatgtttaacgttagtctaaatgagcgtttttatggcaaattcaaagcgataaactccaaacgcagtttatagttactgagcaacgttataaaacaatatcatttttatacgctgtataattattgttattattacaaagtgaactgctttcgtttcactgttgttgttgtttttgcttttagacatgtaacttaacgtactccagagacgcactaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtaagtttactttacctttaactaAGCTAGCctatctgttaaatcttcttggtgctttggttggtgatattctctttctaatctttttgtttattgattgttaggctatgttgtgatattatattgttatattgatattattattgtgaaatcatgttgtgatgttactttgtgacagtattggggagcaaatattaatgtttaaattacactttgtatagtagcagataagaggtgtaatgggttttaactttctgggttttctggaaggtccagttgagggCATCAAGAACACGCAGATAGCCTATACCTGTGTCTGCCTggacagactgcagttctgctactccacgccaaggcttttgtatggatgcCTGACTACTAcagtgttctctaaaggtattactggagcaaaacaacagcacctgttacagtgaaatttgtattcataaaaatagtgatacatgtgtagcaggtccagtacatgtgatgtcattgagaagttgtttttattaaatgtcattaaaacaaataaataaacatgctatttaaataaatctaaatattaaaaacttgaggattaagaagaaattaaatgcatcatctgtcttgcgaaaagggtctacttaagaattctggtgtttcccaactgaaagggatagttcacccaagaatgaaaatttactcacatttta

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko03070 Bacterial secretion system
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000095808

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00020485 False 975 lncRNA 0.37 2 6588022 6590352
TCONS_00020486 False 1512 lncRNA 0.38 3 6588022 6590763
TCONS_00020484 False 1563 lncRNA 0.39 4 6588022 6591170
TCONS_00020487 False 558 lncRNA 0.36 2 6589603 6590430
TCONS_00022100 True 1269 lncRNA 0.36 1 6589603 6590871

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010425 NA coding downstream 31521 6512346 ~ 6556501 (-)
XLOC_010424 NA coding downstream 103795 6476016 ~ 6484227 (-)
XLOC_010423 mboat1 coding downstream 163204 6395311 ~ 6424818 (-)
XLOC_010422 ndufb9 coding downstream 196743 6386941 ~ 6391279 (-)
XLOC_010421 NA coding downstream 201380 6383530 ~ 6386642 (-)
XLOC_010427 NA coding upstream 14215 6605385 ~ 6635296 (-)
XLOC_010428 NA coding upstream 56860 6648030 ~ 6651719 (-)
XLOC_010429 mbpb coding upstream 212300 6803470 ~ 6849781 (-)
XLOC_010430 AL845419.1 coding upstream 237382 6828552 ~ 6829635 (-)
XLOC_010431 pmvk coding upstream 346016 6937186 ~ 6944927 (-)
XLOC_010626 CR392024.2 misc upstream 14303942 20895112 ~ 20895175 (-)
XLOC_010419 NA non-coding downstream 236332 6291173 ~ 6351690 (-)
XLOC_010418 NA non-coding downstream 338776 6248023 ~ 6249246 (-)
XLOC_010436 NA non-coding upstream 916931 7508101 ~ 7621115 (-)
XLOC_010438 BX511173.1 non-coding upstream 1102711 7693881 ~ 7696216 (-)

Expression


Co-expression Network