G271435


Basic Information

Item Value
gene id G271435
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000066
NCBI id null
chromosome length 3719324
location 3256652 ~ 3264434 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU308041
ACGGTACTAAATATTTACCTGTAATACCATAGTGTAACCACTAGTTGGCTGTATAGCCCTATATATAAATATGTAAACAGGGCTGTGTATTCCCTAGTTGCTGGAAACACTGTTTTCAGACATAATTACTTAAAGACTGTTTACTTGACACCATTTTCAACTAAAAACAGAAAACTTTTTATGCGTTTTGGTCGCTCATTTACATGACAACACCGTATTGGGGGCCTGAAAATGCAAAATTTTGAAAACAGGTTTCATAGTGCATGTTTTTGAACACAATACCGTTATCGTCTCTGTGTAAACTACAAAAACGAGAATTTGTGAAAATGGTGACGTCATGCACATGCGTATTACGTGTTTTTTTATAAAGTGACATCGCCATCTACTGGCCTGGCAGCAGATTACAGCATTTTTAGTTGTTTTCGCGGATCCGTGTGAATGGGGATTGGTTTGACAACGTTGTTGTCTAAATGTGAAAAACGTGAAGAAAAAACTTCCGTTTTTAGTACATAGTTTTCATGTAAATGTACCCTTACTTATATAAGGTTTTGCATTTGGATATATATTTAGACATTATTAAAGACTACTTTCATTACTGTCATGCGCATGCGTTTTTACGTGTTTTTCCAAAAAGTGACATCGCCATCTACTGGCCTGGCAAAAGAATACAGCGTTTTTAGTTGTTTTCACAGATCCGTGTGAACGGGGATCGTTTTGACAATGTTGTCGTCTGTACGCGAAAAACGCGAAGGAAAACGTTTCTGTTTTTTAGTACATGTGTAAATGTACCCTTACTTGTATAAGGTTTTGCATTTAGATATATATTTAGACATTATTAAAGACTACTTTATTATTGTCATGTGCATGCATTTTTACATGTTTTTTTTATTATTTTTTTTACAAAGGGACATCGCCATCTACTGGCCTGGCAGCAGAATACAGCGTTTTTAGTCATTTTCGTGGATTTTGACGTTTGTGTACACAAAAAACGCAAAGGAATTTTTTTCCATTTTTTAGTACATAGTTGTCGTATAAATGTACCCTTGTATAAGGTTTTGCATTTGGATATCTATTTAGACATCAATAAAGACTACTTTATTGTCAAAGTTTTTTAATTTGAAGTTTCAGGTTTTGCATTATTATTACAGTCAAATCTGGAAACAAAAAAGACAAAAAAGGCATTTTGTTACTCATACTAGCTTCATCGGTCACGCGAAATTAATCAGAATAAACATTGACTCAAGTGAGACCAGGGTGATATTTTAAAATATATAAATGAGTGTTAACATGCCATGAACAGAGACGTTATATCTCTCCTCCTGTTTGCAAATTAATCAGCAATTGACAAGTTCTGATTCAAGTAGCATTGACATGGTAAAAACGCTTAAAATTGCCAAAGCATTGACAGCGCTCTGAACCAATGGTGTTGAGCGTTATCAAATTTACCGGCAGCAATGGGTAGCGTATCACGCAGTGATTGACAGGTGGTGCCACCCCTCTAGACACACCCCTGATTGCAGGACTGGAATGTTATTTCTTTGCATTTCCTGTGATGTTGCCATATAAGGGCAAAGGGTGGCACTGGTTGACCCAAATTGACAACTCGTTTATCCAATCAGATCTGCTGGAATATATTAATAGGGTGCTGCAGGGATGATGTTTTTGTATGCCAAAACCCAAAAAAAGAGCATTTTAACATTTCCAGTTTCATTGTCCTGAAGTAAATGAGTTTTTGAAATAACATCTGTAGTGAAGCTTAAGATATTTTCATGTTTTATTCTGACATAAAATAGAGCAGTATTTTTTTTATTTATTTTTTTATTTATTTATTTTTTTACTTGTCTTGAAAAAGGCGAGGTTGTCTTTACACGTCATCAGCCGAACAGGTAAACTCGTCTACTTACTAGTCCGCTTTTCCTGTTTATAATCGTGCTCTTGCAAACTATTCTAACTGGAAAATGTTTTTTAAATAAAGACTGAAAGAGTTGTGGAAGCTTAATGATGGTGACGTTTAAGTCATGTGACCGTTGCGTAGTTTATTTATAGCCTACGTTTAGCTTTTTACTTCTGCCGATTGAATTTAGGATTCAATATTCGAGGGAACATAGTTGAATAGTCGAGGGGGCTGAACTTCTGGTTAGGCTTACAGAAATACATCATTACGGCAGCACTATATAATTTAGAAATAAAAAGAAACTGCATTTTTAAGGGCAGCAGCTGGACAGACACAGAAATGCAGCGAGTTTAATCAATGCACACTCCTTTCCCATCAGACGGGAGAAGCCTCGTATTTGGCTCTGTAATTAGAGCTCTGATGGCTCTGGAAGACTCTCGTCTACTAGTTTTAATTAGAGTTTACTTCCACATGGGTCAGGAGGTTGTTTGAGGTGCTGCTGGCAGCTAATGAGCGACGGAGTATAGTTGTGGTGAATGGGTGAAGCACACTGACTTTGCGTATGTAATTAGCAGCATATGAAAAAACATTTTTGTCTTAATATCACTTAGAAGTTATGTTTATTAAGCTAAAAGAGCTAGTGGAACTGAGTTTGGGAGTAGCTAACTAAAATTAGACATGCCACTAGCTTCAGTAGCATAGCTGTTTTACAATTACCGTAGCTTTCCAGTAACGAACAGCCTATTTTTTTCCAAACAAGGAAATGTTCAAACATTGCTTTTTTTGCATTGTACTTTGTATATAATATTTCTCAAATTGTATTGTAACTGAACAAGCTTAGGCTGTAATCGCATGCTAGCTTTGTAAAGTCATTTTAGCGAATCACTTTGTTCAAACAGTTCATTTCAATGTACCAAACGATAAAAATTCAAGTTAGTGTAGCAGAGGAAATATTTAGCTAGCTGTTTATCTCTATATTTTTGTTTTGGTTATATAAACTGGTATTTTTGCTAAGGGAAGCATTACTAATTATTCGTACTTGATTTATACAAATCCCTAACATTTAAAGAAGAAAATTACCCATTTTTAATTTACTTTTGTTAGCATTTGGATTGTAATGCTGTCTCTCAAAATGAGTCATTGTTTTTATGCCATACACAGTAAATACATGCTATAATTCATATTTGTTTACATTTTTTGGTAACTTTTTCAAAAGAGTCCCATATATAAGCGAAGGGTGAACCAACTAAGGCTAAAACACATTTAAAAAGATTTCCATGAAATAGTTTCAAGTTACGTGTCGCAGCACAACCTGCACATCCCAGCATAAACATTCCTGATGAATTATCTATTAAAGCGTATAGGTTCACAAACCACTGTTAAGCACAGGCTATTACATGCGTGATTTGGCATGAGAGAAAGCGCCCTTTATAATCACTAAAAAGCTGTCACTCATTTTAGTTCATCGCAATCTCACAAAGTTCTGTTATAATCAATGAATCTGACTGCACTATGAATTTCTCATAATGTCTACAATTTGTTTTATTTAGAGGATTTGCGAGCGTGCAGAACTCAGCACCTAACAAAAACTGAGTGGATTCTAACTTAAACACATCTGATTGGTCACTGAGTTCAAGAAATCAACAGATAGGTTTGTGATTGGCTGCATTGGTCAACGCTGCAAAAACATGTTGTAAATAGAAACCTTTGATGCTCTCCAGAGCACAAACACAGACACGCACTGGATCGCTTGCCAAATCTGTTTAGCCAATATGCTATTATTACAAAGAAAACTGATCCTAGACCAACAATTTTGAGCAGATTTTACCTCTAAAAGCAATCAAAAGCAGCAGTTTAAGTGGTTTAAGTGAGAAATGCTGCGTTCACACCATGTTGTAATTACCGTAGTTTCGAGATGACGTTTTCTTTAGAGCTGTTCACGTCCTAAATTTCTGCGCTAGTCTCAAGTCTGTGGCCAGGGAGAGGCTAAGGGGCTGTTTACACGACACAATTTTCAACTAAACTTTTTATGCATTTTGGCAGTTCATTTACACGACAATGGCTTTTTGGGGTCCTGAAAATGCAAACTTTTGAAAACGAGACCGTTATAGTTTCCGTGTAAGCTACAAAAACACAAATTTGTGAAAACGGTGACGTCATGTGCATGCGTATTACGTGTTCGGTCTATAGGCATGTAATTTTTCTTTACAAAGTGACATCGCCATCTACTGGCCTGGCATCAGAATACAGCGATTTCCTGTTTCCTTTGTTCCTTGATTCCACTTGTTCCCACTTTCCGTGGTTATTCATTATTTCATTGATTAAGTCACACCTGTCCTGTTTTATGCATCATTAGTTTGTATATATCCAGCCTTCAGTTTGTTCTTGAGTTTGTCCATTAGTCATTGTAAATGTGGTTGTTATCTTCACGGTTTTCAAGACTGCCAAGTAGCCTGAGAGTTTTTGTTATTTTTGTTTTTGTTATAAATAAATCTGCTGCTTTTCATCCTTTGCTGCAACCTCAACCGCATGTGAGACACTATTATTGCTTCATTGTTTCTCTTTCAGATATTGTAGCTAATAACATGCATGCAGACCATGTGCGAGTCTCGTTCTCGCTCCCAATGAATCTCAATTTTCCACAGTGGCACTTCATGATAAAATTCCCTTTACTAAGAGACCTCTCCCTGTCATATATAATTAACTACAAGCCATTTTTCACCAGCCTCTGCTCTATTAGAAATTTGTTTAGCCGAGAAGTCAAGTGTCCATAAATCAAGCCGTGCCACGCTGAGAAGTAAATAGACACCTGTGATTGTTCTCGGCCTCTGCTGTTGGCTCTAGATGGCTTTGTATGTTTGCTAATTGACCTTATTAATTTGGTATGATGACCACCAGCTCTATCCAAGTGTAATATACAATCCCATCAGACTCACTAATGAAACAGCACCAGGTACAATTTCTATTAAATGCTGGGTTAAAAACAACCCAAGTTGGGTTGAAAATGGAAAAACCCAGCTATTGGGTTGTTTTAACCAGCGAATGGGTTGTTTTGACCCAGCAGTTGGGTTAAATGTTTGCCCAACATGCTGGGTAGTTTTATTTA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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU308041 True 7578 lncRNA 0.37 2 3256652 3264434

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000066_03241522_03246506 GRM8 coding upstream 9850 3241522 ~ 3246802 (+)
CI01000066_03231699_03235207 NA coding upstream 19599 3231699 ~ 3237053 (+)
CI01000066_03211701_03215444 NA coding upstream 41208 3211701 ~ 3215446 (+)
CI01000066_03195286_03201328 SYPL1 coding upstream 54980 3195286 ~ 3201672 (+)
CI01000066_03174704_03185343 NAMPT, NAMPT.S, NAMPTA coding upstream 71309 3174704 ~ 3185343 (+)
CI01000066_03303268_03342257 GRM7 coding downstream 38519 3298872 ~ 3342605 (+)
CI01000066_03354136_03429399 GRM8A, GRM6, GRM8, GRM8B coding downstream 89666 3353662 ~ 3429516 (+)
CI01000066_03460752_03462377 NA coding downstream 196265 3460460 ~ 3462937 (+)
CI01000066_03569446_03579757 GPR37B, GPR37 coding downstream 305012 3569446 ~ 3580789 (+)
CI01000066_03613544_03614533 NA coding downstream 348287 3612721 ~ 3614554 (+)
G271485 NA non-coding upstream 52480 3203396 ~ 3204172 (+)
G271461 NA non-coding upstream 135751 3120666 ~ 3120901 (+)
G271458 NA non-coding upstream 142654 3113755 ~ 3113998 (+)
G271396 NA non-coding upstream 210681 3045334 ~ 3045971 (+)
G271395 NA non-coding upstream 211666 2999812 ~ 3044986 (+)
G271479 NA non-coding downstream 316974 3581408 ~ 3586319 (+)
G271478 NA non-coding downstream 350527 3614961 ~ 3617633 (+)
G271486 NA non-coding downstream 391743 3656177 ~ 3657351 (+)
G271105 NA other upstream 817483 2430710 ~ 2439169 (+)
CI01000066_02296138_02305439 CMAH other upstream 949632 2296071 ~ 2305637 (+)
CI01000066_02274624_02277624 NA other upstream 977092 2274557 ~ 2278119 (+)

Expression


Co-expression Network