XLOC_010477


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010477
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 10849706 ~ 10859614 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00022122
AGCCGACTCATGCTCCGAATACTCCGCTCGCACCCGCAGTCGGATATCTGAGAGCCAAGAGCATGAAGGACACAGAGAGACAGAGGAGGTGGGAAGAAGGGTGGCATGCAGAGAAAATCGAGAAGATGTGGAGATTTTCAGGAGGGATAGAGAGAAACAAGAGATAGTGGTGGAGAAAAAGGGGAGAATAGTGACGCAGATCAGTGGGGGAGTCAAGAGGAGGGCAAAAAAGTACAGTGATAATGAGACTTATTGGTTTAAACCGAACATTTTggtataaaaaataactaaaggaTAGCAATGATTCACAGATTTGCTCCTAATATTAATTTCGTGTATTAAACCAGTATGCGCTCTTTTTGGTACGGCATCAGCTCTGAGATCTACTGGATATCTGAGGCCTCAATAATCTTTAACAGTGAGTCGATTGAGCGGGATTCTTCACTGGTAGTCAGTGAGGTTCTGAGTGAAACTTGCAGGCTAGTTCAGGTTTAGGAGTGAACTGATCTTCCGAATTGTTTGCAGGCACATGGGAACACATTGGTAAAGTTCAACATGTCTACTGATCGTAGCACTTGTAAATCACAGGTCACAAGGGTGTTGGGGAGATTTGGCCTTTCGGTAGGTTCAGGTGGACTGAAAGAACCTCAAGCTAAATTCCGGAGATGGCTCACATTGGAAGGTTCTACTTTCATATGTGCATCCCAATTCCAAAGAGGTCTTATTAATAGACGCATATATGCTGGTTGGCTTTACCAAACAGTGCAGGTAGAACTGATGTCATGCAACAGCACAGGGAACAGAGACGGCAAAATACGATTGGAGTATACATACTGAACCAGAGCTTCGCAGTGATGTCATTTCCTTTCATGTCATTAGCTCAGAGGAGGAAGTGGACCCATCAATCTTCCGAACATTGCTGCAACACAAATCCAACCTTTCTACAACCAAAGCTCCATCACAAACTCCACCGTTTTTGAAAGTTGGGAAGTTGACATGGTAggttattatgaaaataaaaaccaaTCGGTCAGGTAGGTGACTAACTAAGACTCAGCTCCTTTATAAGGGGAAATAATATTACATTGCTTAAATGACTGAATAGTCTATGGACGGACAAGCTCGGCCCTGGAGGGCTGCTGTACTCTAGAGTTTGGCCACAACACTAACCAAACACAGCTTAGGCTAATCAGAATCGTCAAGAAAGCTACAAGCAAGTGTGATTGAttattggagctaaactctgcaggacaccagccctccatgGCCGAGCTTGCCCATCTTTAGAACAGACTGTATTTATGAAGTATTTGTGAACAGTAGCGctttagggtaacactttattttaaggtgcccCTGTTACACACCTTCCTTGTACTTCTGAATTAATTTTGCATAATTATTTGCAATGAATCCTAAACCTAACCTGCATTCTAACACTATAACTTTTGCAAGTACATGCAGATAATTAATGTTACTTGGTATTAAAATGAGTAGTTACTGTAACAAggacactgtaaaataaagtttaacctAAAGTTATTAGTAAATTGACTGGAACTAAATACCTGACCATGAATATTCCCTTTGTTCTAGAATCAATAATGAATGTCTACAGTTCATATAAGAAATTAGCAAGTAAACATTGTCAATAATTACAAATACACCACCAAAGACTACGACtaagtttttttaaattgtttgtttgtatCAATAATCAATACATGTATCAACaagataataaaaacaaaatgtaaacatttgttcaCTAAATTAGATTACTGAACTTATCTCCATTGAATAAGTAACAATGCCCCTATTGAAAAATTCTGGCGCaattataaattacaatttattttaagctggaataaacaatcaaataaatgcagttttgatgaaataaaaaaactcagttttttttatttattctagtgcatgtaaaatgtaatgtgagtCCATAAAGTTATACTAATGCTTTAcctatgtaattttttttactaaagtcttattaaactgcactgtaaaaatgccttaacatttttgttaaataaaacgaTCTTCTCTAGTGATGTgaacttacatcagtcaaactgactaaaaattaatttagtcaaacttaaaacaattagttgaaaCTCAATTGACTTATAAAATAGTTAAACCAACATAAAAGCTTTTGTTGTGATGGCTTTCAGTcataatatgttttacagtgtagactcaATTTGGTGCATCTCAATCAGGTCCCTTGTTCAGTAGTCAGGGTACTAATCAATTTACAAGTCAATCATATTAAGGGCTGTCTCAATTCCATAATTCTTCCAGTGCACTGAAACATTTGCCCCCTTAAAAAAAGTCCTACAATGCACCATGAAAATCAGAAACCTTAACAGAAGTTCTGAAGCGGGAAACAGGAATAAACtcgtcgtttttttttttttttttttaaagaaacggcttttcatttatatttaaacaaacaaacaaataaggtaCAGAACAATCTAGTAAGCATTTATACTTAATTAATGATTGCTGGCATATGAACAActgatttaaaaatgtgctgaaaatgttttttttaattcacaatcAGTACCTCCAATGTGTAGTGAACCAACATCGGCCTTTTCCATTGTATTCATAACTGATTGAGAAGCACACTATGACTGTATTTTAGATCCACAATAAGCAAAGTTGTAGTTCACCCTCAAAGTAAAGATGTGCTATTATTTAAAGCACCTTATGGTGATTTATCTATCATAATGCTAATTATAATCCAAGCCAATGACTACCAAAAAATTTTGcctagatgatttttttttttttgattttgcattttaaaatgacagttgCCATTGAATATAGTTTTAACAAAAGAATCCTCGTTAATGTTGTACCATAGAAAAGACCCTTTCATTTTGGCTGTCGAAATGGTAAATTAAATAGACGATTCATTATTGGTGGGAAGCTAGCCCATGATGTGATATCTAACACGTTTAAGGGTAATACTGACACAACTAGcatgtttaaataaatgatttgtaaatttttaaagatttgtgGCCAAAACCTTATAAGAACATATTAATATTGTATAGTTTTGAAAAGTTTCAAAGATCTTGGTGTGATCTTCTCCTGAACGTGCTCCCCAAAATAATCATCTGTAATGTAGGTGGTTGAAAGCAGACTCCAAACACAAAGCTTCTTCATTGTTCTTTTAAACAGCACACATTTACAGAACACTTTAGGTTTCATTGCACAGACATTGTCAGAGCTCCTCACGTACACTAATACAGGGCATTGGTTTCACTGATCGTAGCTTCAGAACACAGAAAGTATccaatattaaaaatacagtggctttttttttttttgtgcgaaTGTGTAATGCTCtctttgttagcatgttttttttttttgatcatttgttgcaTCCCAGAGAACTTTCAAAAAGTAGCATGTATTCACAAATATTTCAGAATTTTGTAAATATGCTGCAAATACATGTTtcctcaaaataaacaaacaataaatcagtatttttatGAAACTCAAACAAATACGTTCTGCATCATTTTATGGGGTGTTGCTCCATGCGAAGAGCTTCCATTTTTATTTCGATCCCTCTTTTCTGCTGAACAAACCAAGATGGAGGGAGAGAAACGCGGGCAAAAAGCTGACCGACTGTACACATGGGTCAGAGTCGAGCTtttcttttgacttttttttttctttcattctctcCCTCTCTTAGTATGTGAGGATGGCCAACTTGTTTTTGTTCCTGACACTTGTGTCAGTCTGTTTTTCAACTGTGGACATGGACCAGGCGTGCGTGActtaaagcacacacacatgtcTTGACTGTGCGCGATCGGACAGAGCGGACAGCATACACTTGTTACTGTTGTGAGCTCTGTCTTTTTCACTCTATCCATTCTCCTGCTTTTTCTATTGAATCTTGAGCCAACCTGCCAAGATCAAATGCGGAGTCAACACAGCAAACAGCATGTTCAGCTACTTCAGGAGTAAAACAAAGGTGAAAGGTCAACAAGGTCAATCATGGCACAGCAGGACTGTAATGTTGAAAGTGGACTGAGAGAATCAGATAGCTCAAAGGACAGTGTTCAAATATACATGTAACCATTTGAGATTTATGGGAAGCTCACAATGCAGTGTTACCTCATGTTCGAGGGACAGGAAGTAAGTTATGGCACAAGGGAGTTTCATCTCACAAACAAAAGGTCAATGCAGAGAGTAGATTAGCTTTGGCTGCATCAAAGCTCAGTTACAGAGGGAAAAGGATCAATGCTTTAAATAAGAAGCCGAGAGACAATAATCAGTGTTTTACTGGATATGAGACTCAGTGCCCCGATATTCAATAATCGTTTTAAAGACATTTCATTCAGACACACCACAGGAGTTAATCACACAGAAAACTGCTTATCCAAAGAATAATGAAAGGAATGGAAATAGGGACAGAGAAGTTGATGGAAAATGTGAGCAAAGAATGTGAGTGTATTTTCCAAAAATCGAACCATGAAGGAAGCAGGGGATTTGAAGCAATTCTAAAGCACACTTGAAACACCTATGCACATACATGatgaacaaaattaaaatacacttttgtCAGGTTAGATGCCATATTAAATTGAGCGTGGTTGAACAGGAGGCTGTGAGGGATGTATTACAGTCTTAACCGTGGCACTCACAAAGTACAAGCTTCTCAGTATAATCGATTGAACTTCTTGCCCTTACAGCCTTATTTTCATTCctgtcaacaaaataaatatgccAACCACTCTGACTAACATGATGTCCTAACCAGACGTGACATTATAAGCAGTCTTTTCCACGTTTATAAGTGTTTTTGTTACACTAGCAGCCAGAAACTTACagttgaaagtaatgcattataatattgagttactctcACCAAAAAGGTATGCAAGTTACTTAGTTACTCTTTATGGCAAGTAATGTCTTACCTTACTTTCGCATTACTTTTTCTTACCTGAATGAGGCTTGATTCTTTCCTtttttcaatttatgtttatttctattgcgctttcacaatgtagattgtgtcaaagcagcttaacataaaagttctagtaaactgaaactgtgtcagtccagttttcagagtcaaagttcagtttagttcatttcatAGTGGTTtatttttcactgctgaaagtccgaACACTAATGAAACTCCCATTCTGCCCAATTATCCCTTCTTCCAGAGTCGTTAATGTCTTTAAAACATCGTTTAATGCTTTGCACAAATCTGTTTACATGTATACTTCAATTCGAGCGGCCAAGCGGTTCACAATTTGATCTCCTTCAGAACTTTCAGGGTTTATTTCTTTGTTTggtaactttattttgatggtccatttgagtattagtagactgtctgcttcatATCCATTGATACTGCTccctaaacagacatttaactgactataagaaactttgcaagtacatgtcaacttacactaaccctaacgtcaaaccccaacctaacagtctacttataatctaatgaattaGTTTTAATGAATTAGAatcagttggcatgtagatgcaatgtaacttaattcaacaaatggaccatcaaaatgaagtgagaccctttgttttttttataataaatgagaATATTATTACTTacagggcgacatggtggcacagtgggtagcacgattgcctcacagcaaaaaggtttatgtgtgaagtttgcatgttctctttatgtttgtgttggtttcctccgggtgctccggtttcccccacagtccaaagacatgcgggacagatgaattgaatgagctaaattggccgtggggGTGTGGTGTATGCGTGAATgtcagtgtatgggtgtttcccagtgttgcgtTGTGActaataaaaacatatgctgtggcaccccttgatgaataaagggactaagccgaaaagaaaatgaatgaatgaatgaatgaaaaagtttgtaatttcatattatgctctgttgttcattttaaagcatcgcaaaataaatagtttacagtaatacttttttttacatttttttaatttttacatggTGAGAGAGACACTACAATGTTtaccttttgtattttatttgccaTTATTTTATCTGTAAACATTAGATTTCGAGAAGTTAGATATCtaaattttttatcaaatatttccagtaaatttaaaaataaagtgagggaaaaaaaatcacatttaaatgagTACATTTAAGTACTCTGAAAAGaatgtactttaaaaataaatggttCTTATATAAGGACCttttttaaagtataattttatataatttattgaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00022122 True 6349 lncRNA 0.36 2 10849706 10859614

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010476 rabac1 coding downstream 12461 10828787 ~ 10837245 (-)
XLOC_010475 g6fl coding downstream 301925 10522596 ~ 10547781 (-)
XLOC_010474 abhd16a coding downstream 332736 10477533 ~ 10516970 (-)
XLOC_010472 NA coding downstream 419813 10421170 ~ 10429893 (-)
XLOC_010473 NA coding downstream 421166 10425747 ~ 10428540 (-)
XLOC_010478 CU468227.1 coding upstream 56676 10916290 ~ 10916404 (-)
XLOC_010479 NA coding upstream 57970 10917584 ~ 10919434 (-)
XLOC_010480 NA coding upstream 120438 10980052 ~ 11011652 (-)
XLOC_010481 znf526 coding upstream 367632 11227246 ~ 11241424 (-)
XLOC_010482 BX005242.1 coding upstream 578255 11437869 ~ 11538821 (-)
XLOC_010626 CR392024.2 misc upstream 10035498 20895112 ~ 20895175 (-)
XLOC_010466 NA non-coding downstream 836101 10012985 ~ 10013605 (-)
XLOC_010461 NA non-coding downstream 1087953 9759176 ~ 9761753 (-)
XLOC_010458 FO704756.1 non-coding downstream 1283335 9564503 ~ 9566371 (-)
XLOC_010483 NA non-coding upstream 737770 11597384 ~ 11639472 (-)

Expression


Co-expression Network