XLOC_010545 (BX324006.2)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010545
gene name BX324006.2
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 14421800 ~ 14443389 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00020676
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>TCONS_00021789
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>TCONS_00020677
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>TCONS_00021790
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>TCONS_00020678
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>TCONS_00020679
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>TCONS_00020680
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>TCONS_00021791
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Function

GO:

id name namespace
GO:0007049 cell cycle biological_process
GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis biological_process
GO:0061028 establishment of endothelial barrier biological_process
GO:1903047 mitotic cell cycle process biological_process
GO:0044391 ribosomal subunit cellular_component
GO:1990904 ribonucleoprotein complex cellular_component
GO:0022625 cytosolic large ribosomal subunit cellular_component
GO:0022626 cytosolic ribosome cellular_component
GO:0005840 ribosome cellular_component
GO:0015934 large ribosomal subunit cellular_component
GO:0005198 structural molecule activity molecular_function
GO:0003735 structural constituent of ribosome molecular_function

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000117224 ENSDARG00000117331

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00020676 False 1464 lncRNA 0.34 2 14421800 14428968
TCONS_00021789 False 1129 lncRNA 0.36 2 14422154 14424198
TCONS_00020677 False 1602 lncRNA 0.34 2 14426449 14428968
TCONS_00021790 False 1146 lncRNA 0.36 2 14426860 14433656
TCONS_00020678 False 1224 lncRNA 0.34 2 14431515 14433657
TCONS_00020679 False 1686 lncRNA 0.31 2 14431515 14438884
TCONS_00020680 False 1404 lncRNA 0.34 2 14431515 14443389
TCONS_00021791 True 1221 lncRNA 0.35 2 14436274 14443197

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010544 NA coding downstream 4393 14416346 ~ 14417407 (-)
XLOC_010543 crabp2a coding downstream 24797 14383479 ~ 14397003 (-)
XLOC_010542 itga10 coding downstream 68233 14276364 ~ 14353567 (-)
XLOC_010541 rnf115 coding downstream 172908 14231406 ~ 14248892 (-)
XLOC_010540 BX322530.1 coding downstream 254127 14093781 ~ 14167673 (-)
XLOC_010546 si:dkey-237j11.3 coding upstream 84985 14528374 ~ 14552199 (-)
XLOC_010547 dscc1 coding upstream 128619 14572008 ~ 14587332 (-)
XLOC_010548 mrpl13 coding upstream 609124 15052513 ~ 15097513 (-)
XLOC_010549 sntb1 coding upstream 721594 15164983 ~ 15263099 (-)
XLOC_010550 has2 coding upstream 926245 15369634 ~ 15387459 (-)
XLOC_010626 CR392024.2 misc upstream 6451723 20895112 ~ 20895175 (-)
XLOC_010539 NA non-coding downstream 331098 14088331 ~ 14090702 (-)
XLOC_010536 NA non-coding downstream 416191 13976380 ~ 14005609 (-)
XLOC_010535 BX005429.1 non-coding downstream 462915 13957756 ~ 13958885 (-)
XLOC_010551 CT573793.2 non-coding upstream 1264815 15708204 ~ 15709144 (-)
XLOC_010552 CT573793.3 non-coding upstream 1335770 15779159 ~ 15780407 (-)
XLOC_010553 NA non-coding upstream 1342848 15786237 ~ 15786804 (-)
XLOC_010554 CT573799.2 non-coding upstream 1370117 15813506 ~ 15814501 (-)
XLOC_010562 NA non-coding upstream 1823167 16266556 ~ 16270435 (-)

Expression


Co-expression Network