XLOC_010598


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010598
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 18472943 ~ 18501141 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00022140
ATGCTTTAACACACAGGTGTGCCACTTCCATGAACATAATGCTGTTTGATCTACTTGCTGTCTTagggATGTTGTCCCTCACAGGGGACTCTTCTCAGGGATGTTGTTCCTCTAGTCAAATATCTCAACAATATCACTTCATAAATATAACAAAGAACTGGACTGAGGCTCAGAGGTTTTGCCGTGAGAAGTACACTGGCCTGGTGACTGTGAAAAATGGAGATGAGACAAAGACCATAACTGatgttttaaatgatgtttacATTGGACTTTACAGACAGGAGAGATTTAGTTGGCATTGGTGTATGCCAGACACTTTCTACAATGCAAAAACACTCCAAAATTGGAAAAAGGAACAACCAGATGAAAATAATAAAGGATTTGAAACTGGAACAAATAACTCTAATTCAGAAAGACAATTTGTTTGCTATACTGCAAGAAACAACACGCAAATCCAGATTGAGAAGAGGGAATTCAAGAGAGGTGCTCAACAAAGTTGCAAAAactttacagatttaaaaaattCCTCAATCAGCTTAGAAAACTCCATTTTAATTGTTCTGAAAAACTACAACTGGGGTTTTATAACAAATGATGTGTGGATTGGACTGTTTAAAGATGACTGCTTGTGGTTGGATCAGAACAACTCTTGCTTCTGTGCCTGTAGTTTGAGTCcagaaaaacacaacaacagcagttcaaacaaatgtaaatggaTTGTAAATGAAAAAAGTATAAGGAATGAAGCTCAATGCAACGAAAATTTACCCTTCATCTGTTATGATGATCTAAAACGAACTGCTACGCCAGATCCATTGCCAACACCAACTGCTGGAGAGAATATAACCACTTCTGGAACAACAACACAGCAgcacaaaccaaaccaaaacgcAATCGAGAGGGAACATGCAAACAGTCAAACAACCCAAATACTCCCAACAGGTCAAGAACAAGATAACCTGATTCTGGTGAATGATAATCTGACATGGACTGAAGCTGTGAGTTACTGCAGAAAGAACCATGTGGATCTGATCTCCATTCACAGCGAGAAGCTTCAGAACAGGGCAGCGAGAAAAGCAATCCAGGCCTCCTCTTCACATGTGTGGATAGGTCTCCGTTACACCTGCAACTTCAGCTTTTGGTTCTGGATAAACAATAGAGAAGCAGGCTGCTACCAGAACTGGGTATCTGGTCATGGGCCACATGGTTTTGTGGAATGTGGGCTGTCAGGAGCTATGGAGTCCAATGGGTGGCACCGATGGATTGGTAGGCCTGAGAGTGACAGGCTCAATTTCATCTGCCACACTTATACAGGCTGA
>TCONS_00020762
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>TCONS_00021795
CTGAGAACTGTAATATGCTTTAACACACAGGTGTGCCACTTCCATGAACATAATGCTGTTTGATCTACTTGCTGTCTTagggATGTTGTCCCTCACAGGGGACTCTTCTCAGGGATGTTGTTCCTCTAGTCAAATATCTCAACAATATCACTTCATAAATATAACAAAGAACTGGACTGAGGCTCAGAGGTTTTGCCGTGAGAAGTACACTGGCCTGGTGACTGTGAAAAATGGAGATGAGACAAAGACCATAACTGatgttttaaatgatgtttacATTGGACTTTACAGACAGGAGAGATTTAGTTGGCATTGGTGTATGCCAGACACTTTCTACAATGCAAAAACACTCCAAAATTGGAAAAAGGAACAACCAGATGAAAATAATAAAGGATTTGAAACTGGAACAAATAACTCTAATTCAGAAAGACAATTTGTTTGCTATACTGCAAGAAACAACACGCAAATCCAGATTGAGAAGAGGGAATTCAAGAGAGGTGCTCAACAAAGTTGCAAAAactttacagatttaaaaaattCCTCAATCAGCTTAGAAAACTCCATTTTAATTGTTCTGAAAAACTACAACTGGGGTTTTATAACAAATGATGTGTGGATTGGACTGTTTAAAGATGACTGCTTGTGGTTGGATCAGAACAACTCTTGCTTCTGTGCCTGTAGTTTGAGTCcagaaaaacacaacaacagcagttcaaacaaatgtaaatggaTTGTAAATGAAAAAAGTATAAGGAATGAAGCTCAATGCAACGAAAATTTACCCTTCATCTGTTATGATGATCTAAAACGAACTGCTACGCCAGATCCATTGCCAACACCAACTGCTGGAGAGAATATAACCACTTCTGGAACAACAACACAGCAgcacaaaccaaaccaaaacgcAATCGAGAGGGAACATGCAAACAGTCAAACAACCCAAATACTCCCAACAGGTCAAGAACAAGCCCTTTAAAAATCAGTTCAACTTTATGATTGGTCTCATACAAAATCTTGTGCCTCCTACTCATGTATGTTGCCATTTTTGCTTGtcctaaaataaaatttaacagacgcccttttcttttttctttatttccatatttaaaaccaaacacaaacacagtttttGTAAACGTCTCATCAACGGAAAGCAAAATAACCTccaataaattgaataaaaaccCAGTCTTTCACAAtgcataaaacaatgaaaaattgtCTCTCTTTCATCACAAAAAGGACATTTATCATGCACAGTTGGATtcagtattgaaataaaagtaTTGACTGCAATAATACACTTTAACATCCGGCACTGAAGATCTCCAACATTTTTAGTCAACGGTGGCTTGTAAACTGAACTCCAAACAGGCATAACATCACTATCAACATTTAAATGCTCTCTCCATGGTGTATCGACACATTGTAATTTTTCTTGGTTTGTAACTTTTATACAAATCTTATACAAAATCTTTCCTCccaatgaattaaaaacaatgtCTTTTGAAATCTTTAAACTCTCCATTCCTGAAGGATTTTGTTGTATGACCAAACTTGGAAACGAATCCATTATATTTGGCACTGTTTGTAATGATAAAAAGTTCCAGTCTTTTTGACTCAGTGTTTCTCTTAGTTTTTTTGAGCAATAAATGAACTTTTCTTGTTGATCTCCTATTTAGTCTTTGAGCGACTGTATCGGCATTGTCTAAATTTTCCC
>TCONS_00020763
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>TCONS_00020764
ATGCTTTAACACACAGGTGTGCCACTTCCATGAACATAATGCTGTTTGATCTACTTGCTGTCTTagggATGTTGTCCCTCACAGGGGACTCTTCTCAGGGATGTTGTTCCTCTAGTCAAATATCTCAACAATATCACTTCATAAATATAACAAAGAACTGGACTGAGGCTCAGAGGTTTTGCCGTGAGAAGTACACTGGCCTGGTGACTGTGAAAAATGGAGATGAGACAAAGACCATAACTGatgttttaaatgatgtttacATTGGACTTTACAGACAGGAGAGATTTAGTTGGCATTGGTGTATGCCAGACACTTTCTACAATGCAAAAACACTCCAAAATTGGAAAAAGGAACAACCAGATGAAAATAATAAAGGATTTGAAACTGGAACAAATAACTCTAATTCAGAAAGACAATTTGTTTGCTATACTGCAAGAAACAACACGCAAATCCAGATTGAGAAGAGGGAATTCAAGAGAGGTGCTCAACAAAGTTGCAAAAactttacagatttaaaaaattCCTCAATCAGCTTAGAAAACTCCATTTTAATTGTTCTGAAAAACTACAACTGGGGTTTTATAACAAATGATGTGTGGATTGGACTGTTTAAAGATGACTGCTTGTGGTTGGATCAGAACAACTCTTGCTTCTGTGCCTGTAGTTTGAGTCcagaaaaacacaacaacagcagttcaaacaaatgtaaatggaTTGTAAATGAAAAAAGTATAAGGAATGAAGCTCAATGC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000091775

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00022140 False 1319 lncRNA 0.41 6 18472943 18501117
TCONS_00020762 False 2891 processed_transcript 0.31 2 18495540 18501141
TCONS_00021795 False 1720 lncRNA 0.36 6 18495694 18501131
TCONS_00020763 False 1021 processed_transcript 0.35 3 18497295 18501141
TCONS_00020764 True 755 processed_transcript 0.37 3 18497554 18501117

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010597 AL929304.1 coding downstream 100403 18368914 ~ 18372540 (-)
XLOC_010596 NA coding downstream 322937 18145417 ~ 18150006 (-)
XLOC_010595 NA coding downstream 332875 18137642 ~ 18140068 (-)
XLOC_010594 NA coding downstream 648095 17823447 ~ 17824848 (-)
XLOC_010593 zgc:174935 coding downstream 759084 17711215 ~ 17713859 (-)
XLOC_010599 FP067425.1 coding upstream 79583 18580724 ~ 18583338 (-)
XLOC_010600 fhod3b coding upstream 107837 18608978 ~ 18652646 (-)
XLOC_010601 fhod3b coding upstream 188789 18689930 ~ 18960613 (-)
XLOC_010602 CR848057.1 coding upstream 363129 18864270 ~ 18864386 (-)
XLOC_010603 pimr98 coding upstream 523882 19025023 ~ 19026733 (-)
XLOC_010626 CR392024.2 misc upstream 2393971 20895112 ~ 20895175 (-)
XLOC_010592 NA non-coding downstream 766179 17704830 ~ 17706764 (-)
XLOC_010604 CR936240.2 non-coding upstream 644006 19145147 ~ 19150743 (-)
XLOC_010606 CR936240.1 non-coding upstream 689373 19190514 ~ 19190631 (-)
XLOC_010607 BX005032.1 non-coding upstream 921154 19422295 ~ 19424133 (-)

Expression


Co-expression Network