XLOC_000106


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000106
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 8967479 ~ 8976422 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00003031
GCAAATACTTTCAAATGTAACCTGCAGATGAGAATAAAATTTGTGTATCACTCTAAAATGCTAAATTTCCAGCTAAtttgggtcaaatgtggacaaatCCAATCATTTGGttacatttaaacaattttaaataaaactttaacccAGTATTTGGGTTTCCACCAAATTTGGGTGGAATCAACCAAGGATCTCTTACAGAGTTTATCATTTAGTGTAAAAGAGTTTTGAAGAAATTGGATTGTTAAAGGAAATGGGTAGTCGACAGTCATGTGTTGATTGGCATAATAATGGAGACTGGTGGACACTTCTAAATAATTGCTCTAATTCAACATTCACTTTCAGAATGATGCGATCGTGATAAACTAATCAGCCCGAAACAAAAAGCAGAATAACATATTACAACAGCACCATTATTTCTGAAATCATTTCTGAGCATTTCCATTTACAGGAAAGCTTCCCATCTGCACTGCTATAGTTTCACTAACCTAAAACCCACAGCTGTTAAAAGAACCACCTAATTTGCCTTATAAAACAAAGCTCTTCCAAGAAATGGACTTCACACTAAGCTCACACTGCACTCTACTGGCTAATCTCTACAAGGAGTTAAAACAACAACCATTCAAAACAATAAATCCTCTAAAAAAATATGCTGTTTATAAATCTTTATCCATttgcatttcatattttaaaagtgacatCATGATTTTTAATCACAATGTCAAAACTGGACCTTCTAGTTGATTCATCCACAATCTTATCTCAACATACAATCAACAATGATGTGCAGTTAACGCCAACATGTTGCTGTTTCATCACAgcttttggttacactttattttgatggtgatTTCATGATATTTAAGCAGAATGTCAAAACTGGACCTTCTAGTTTGTCATTCTGTTCATCCACaatcacactgtaaaacccataaagttaaggtaactcaaaccgtttgaggaaactgattgcaacaaaccattatagctaaaaaaaaactgttaacttaaTCCACTTGAGTAAGCAAAGCAATTTAAGCACAATAAAACCCAAtacatgaagagaactcaaaccaactgagtactgtaaaatgagttaaggcaactcaaaccatttaaagaaaaccaattgcaacaaaccatttgagtaaaaaaaacaatctatatgggtactgtgaacttactccatttaagttaaattaatgaggtatttaattaactcttcAATACTgagttcaaatgagtagaattaacttttagtcaattttgagttaacaacactcatttcatttgataaagctgactgttgggttttacagtggatATCTCAACATACAATCAACAATAATGTGCAGTTAACGCCAACATGTTGATACTGTTTTACACGgcttttggttacactttattttgatggtgatTTCATGATATTTAAGCAGAATGCCATTCTGTTCATCCACAATCATATCACAACACAATCAACAATGATGTCCAGTTAACAGCAACATTTTGCTACAGTTTCATCACAAGATTTGGttccactttattttgatggtgatTTAATGACATTTAAGCAGAATGTCAAAACTGGACCTTCTAGTtggtgcactctcagaaataaaggtacacgagctgtcactggggtagtatCGTTTCCAAAGGTACAagtttgtaccttaaaggtccatattaattcTTCAAGGGTACCTAAAAactacaaaagtgttcctcttaaatgttttaggtactaatttatacttttaaggtaccaatatcgACCCTTCAGGTAAAAATGTGTACCTTATAAAGAGGTACCACCCCAttgacagctcacatacctttatttctgagagtgtaattcTGTTCATCCACAACCATATTTCATCAATCAACAATATTGTGCAGTTTACAACAATCTTTTGCTACTGTTTCATCATGacttttggttacactttattttgatggtgatTTCATAATATTAAACAGAATGACAAAACTGGACCTtctacacacacaccaaaaaaaataaaatattcaaagacgattccttggatttacaaatttttttcactttaagtggttgtaaacaatttgttttgggctgaatttaaacaaacaaattaagttgaacattattcaatttaattcttttgtttaaattcaacacaaataaatagtttgcaacagttctgcatgcaacacttttttttttgtcattctatTCATCCACAACCATATCTTCAtttttctatgtgaagctgctttgacacaatctacattgtaatagcactatacaaataaaggtgaatttaatATCTTAACCGCATAATCAACAATAATGTGAAGTTTACTGCAATATTTTTCTACTACTGTTTCATCCTGACTTTTGGttccactttattttgatggtcccctttAGAAAGGTAATTTCATGAAAGTTAAACAGAAAGTCAAAACTGGATCTTGCATTGAAAGACTAcaaattttaaaactacttatttaaaatgaaatgaatcaacacaattcttgagtcttttggtgggacaacttaattgttttatgttcaatccacttaaatttgtttaaaaaaattaagttaacttaatttgtgttgggactacatgaagaaattgtgtggaacccatcagTCTTTACAGTGTATGTTCACAGTCTGTGTTGGTTCACACCCATAtcacaacatccaatcaaaaCCAGTGCGTATTTCTTGCTCAGCTGTTGCTACTACTCTTTCATCACAGCTTGTTTCATTTGGTAACACTGCATTCTGAAGGTCACCTTTAGAGTTTCTATTATGTAAAATCTGCAATCACAAGTGAAGTAGCAGTCATGAGAGAATTAATGGATTTTctacttaatatttaaaaaagttttatcaATATAGTCCCACAGCAGACACTCTCTGCTGACTATAAGTGGTGTTCAAGTACATTAGTGAATTTTAGTGACATTTCACAAGCAAAAAGGCCCATTTTTCAAATAAGTCAAATTTACAAAGAGCAGCTCTTATAAATCAACTTATTTGTACAACTAACTTCAATTCAGGCAAAATATAAGGTGAATTTGTGAATTAactatttaaattgtaaaattgcACAGAGCAGTAATTACAACTATCCCTTGAAGCAgtatttctcaaccacgttcctgaggAACACTAACACTATATTTTAggtgtctgtcacacccattacaggtctttcagtctctgctaatgagctgatgatccgAATCAGGTGTTTTTGGTTAAGGCGAcaaggaaaatgtgcagagctggtagtcctccaggaacgtggtcgAGAAACACTCCCTTAAAGGAATGGTTCACcaaaaattttttaaactgttatattttacttacccttcacttgttccaaatctatttgagtttctttcttctgtcaaacacaaaatgtTATAATGACTTCCAAATGAATGGCTAATATTTACCAACAATCTTTaactcttttgtgttcaatagaaaaaaagaattttataaaggtttgaaaccacttgagggtgagtaaaaagtgagtaatgGTGAGCAATATCCATTTAATCCTAACTTTTAATGTCAACTAATCCTCCACTAATACTCTAATGAGAGTTAGTTGACAGATTGAGCACATGTGAAATTTCTGTATTGAACTTTTGACCCTCATGTGAAACTCCAGATCACACAAGTGTGTGTTGAAATGTCAGGATTTCACTCTCATAATTGCACAGACCAACCGTAAACGTGACCACACTTTAACCCCAACCTTAAAACTCTAAAGAGTTATGACATGCTCGCAAATTTGCATGTCGGAAGTAAACAATAAGGAAACATGTCTGGTGAACTTCTGATTACACaaatttatatttgaaaatgtttGCACATTCTCCAGAATATAATGTCATACATAAAGTGccctgttttaaaacaaaaccaaaacaagttataaccaatgcaatctcacagccGCTTGTAACTCTTTCAAATTCATATTAacaataggcatgggacgataaccgttttcaaagtttaccatggtttggaaaagccaaggttttaaaaccgcaaaaaaaaaatctgttatactGTTTCTAAGGTGTAGgtaatcatttttttgttttgtttttacgtgTTTTTAACAActgctttatttagttttttaaggcAACGGTATCTCCCGTAGAAAAGGACCCTTCACATAAAAAGATACTGGTCAGCACATGATTTAGCAAACATTTGAGAAACAAATCGcttataaaccaacatcctatGCTGCTATGTGCATCCTGTGTGCAATGCACGTGAACGGTGCAGCGGCTTacttactttatatccaaagaaaagaaagatatccaaagatgccttttcaaggtcaatgatttaattatttagcctgacatgtttactactccaaattattttaaatgttttttacaatataatatctTGTGTTCAACACCCAGAACCCTGAAGAACATATTTGAGagaagtaatcacaataccgtcataccgtgatatttttatccaaggttttcataccaACAGAATCTTTTATTGGCCAGACTTTGTCGcaattttacagatatttactgcaaaaacagccagttcagttcagtacagttcagcactgtaatatgcactgcattgtgggtcattttaaacttttacagtaacttactgcatattaggaatttggggtattctactgtaatcaaaaTAATCAAGTACTGCTACTGTAGTTTAAGACAAAACTGGCCACTTGGTTTGTACTGctagagtaaaaaaaataaaaaataacagtaaaatactctaaaaaaaaaatttaaatttctaattttattgcaaaaaaaatcattaaaatggcattttaccATAAAAAGAAGTTGCAGttaggctattttactgtaaaatgtaattgcGGTAGAGCAACgccactgtaaaacacatttacaggtaagttacAATACagtgaatttgtacaatctcattggta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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00003031 True 6912 lncRNA 0.33 2 8967479 8976422

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_000105 NA coding upstream 1540 8950874 ~ 8965939 (+)
XLOC_000104 NA coding upstream 264795 8694196 ~ 8702684 (+)
XLOC_000103 fscn1b coding upstream 296993 8662530 ~ 8670486 (+)
XLOC_000102 SLC29A4 coding upstream 356915 8601935 ~ 8610564 (+)
XLOC_000101 si:ch211-160d14.15 coding upstream 370464 8593560 ~ 8597015 (+)
XLOC_000107 tlr2 coding downstream 7646 8984068 ~ 8988504 (+)
XLOC_000108 prkcba coding downstream 28297 9004719 ~ 9064912 (+)
XLOC_000109 BX004779.3 coding downstream 94902 9071324 ~ 9074479 (+)
XLOC_000110 cacng3a coding downstream 105995 9082417 ~ 9091935 (+)
XLOC_000111 NA coding downstream 152964 9129386 ~ 9132490 (+)
XLOC_000100 NA non-coding upstream 376843 8587230 ~ 8590636 (+)
XLOC_000098 AL928650.2 non-coding upstream 390205 8575307 ~ 8577274 (+)
XLOC_000097 NA non-coding upstream 392422 8573777 ~ 8575057 (+)
XLOC_000087 NA non-coding upstream 1293250 7672121 ~ 7674229 (+)
XLOC_000116 BX323038.1 non-coding downstream 301424 9277846 ~ 9285351 (+)
XLOC_000120 NA non-coding downstream 910533 9886955 ~ 9914630 (+)
XLOC_000121 NA non-coding downstream 970242 9946664 ~ 9951873 (+)
XLOC_000133 AL935188.1 non-coding downstream 1387298 10363720 ~ 10363851 (+)

Expression


Co-expression Network