XLOC_010809 (CR855311.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010809
gene name CR855311.1
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 31623975 ~ 31628687 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00021159
ACAAGTTTGTTGCTTGTGTATTTATATTCTATGTAGTAAAACTCTATGAATTTCTTTAACCCTTATGCTGTTAACCAAGATAGCAGAAAGGACGTGCTGTAAATTCAGTTTACTGAATGATCATTTATATGTTGATACTTCTGCATATAACACATATATCATAACACCTAATAACTTTAGCAATATAACGAAGACTAACTAAAATCCTCTTTAACTGTCTCTTTTTAAACATAGTACTGTTTATGTGTCtttgtttttaagttttaaagtttaGTTTAATTGTGCAATTCAGGCTTTTCCCGCTTTCCATTTGCAAGCAGAACAACATGACCTCTGGAGGACATTCAAAACTTCAGCATAGTTCAACCCACAGCCATTAAATTGAAATTGTGCAATCCTGCTCTTTCCCAAAACACTGCTTGGGCTTGTCATGTTTGCTATGATGACATCAGCAGTGAAGCAAGCTTTGGGTTAAAGGGAGGATCAGAAGGTCAGGAAAGTATAAAGCTTGCTCTAGCTACAAACTTTCAGACACAGTTTGCTGCAGTGATCATGATGTCCTTCAAGACTGCACTGGCTCTGCTTCTTCTAGCCATGTTCAGCATGGTTGCCGAATCATCATGGGGCAACGGGAAAGGAAATTCTTACAATTATGACCTTTCCAAAATGTCTGATCTGAGGAAACTATACAACTCCAAAGTTTTCAAGGCAGAGAGAATGACCAGGCCTCTGGAGGGCATGTCTTTCCAAGTCGGCGTACTCAGTCACTCCGGAGTTAGAGTGACTATAGAAGACGGCACTATATGGCTGGTTCATAAAGGAGATGGCTATGGTATCTCATCACAGACCGTTGTGGTGGCTGCCCGTCATATGAGCAGTAACTGGAAGATTGTCGAGACTAAAAATTTCGGTGGAAGCAAGACGGTATCTGATTTTGTGAAGGCTGGAGGAACAGACTACAAACTTTTGTTTGATAACTGCCATGATGCCGCAAACCGGATGATGGGTGGttaaatatactataaaaaaacTACACTGAAGCCTAAATGGTTTTCTTGTGAAGAGAACATTACttttacaaaaaacattttgttaatgtacctttttattgaatgtttttcaAATGTATGATTGTGTATAGATGTGTGTTGAATATTAGTATCTTTTGACGTTTTAAAAATGTCCGACTCAATAATAATGGACTTGATATTAAAACATACCTGCAGGTGGCGACAGAGGTTCATGTGTCCATTTGCTTATCCAGAAGGTAAACAGATTTTAGTGATTGATTGTTGTATGAATATTGCACATGTACACAATAAAATAAGCACCTAGTTATAAAAAGCAAAAGACACCTCGAGGCAATTGCTtttactacagttttttttttttttttacctctatgTACATGCATGCCATGTTTGTTTTGAGTATGGTATAACAAGAAATGTCAGATTAATTATGGGTGTCAGTTGTAACAGTACAAACATCAACCTCTTTGGCAAATATATGAACTAACTTCCTCCACCCAACCAGTGCTTTCCATGAGAGTTTAAAACATATGCATCGCATGTTTGTTTTGATTAAGCACAGTTAAGTTTAGCTTTAGGTAACAGGGATGTAAAAATATAGCTCTGGTAACAAAATCTCATCAGACACTCACAAGCTTGAGTTTGCTGTGAGCATGACGCCCTATAAGACTGCACTGGTTTTGCTACTCCTGGCCATAAGGCTTAGTGTCTGAATACTCATGGGGCAAAGTAGCTACATTTACAAATCTATGTCCGATTCGTTTACAACTACATTGTTATCATCACCCAagtcaataaatacaattaatcaacaTGTTGTTTGATCTACGGTTTGTATTTCTGTCTCAAATGGCTAAAATTTAATGATACATATTGATGTAATAATCTGATTTCTGTCACTTTTTGACTTTAGAGAAGGGTTTTATATCCTACATACAAATCAGAAATATGGcagtatatgcaaattacatatatgaaaTACAATTTCATATTTAGATTTCATGTCCCACGGCTTAGTCCATTACTtggggttgccactgcggaataaactgccaactattccgtaatgttttacacagcagttgcccttccagctgcatcccagtattgggaaatatttggatttcacattcattcattcattcattcattcattcattcattcattcattcattttctattggcctagtccatttattcatcaggggtctccacaacGGACTGAACTGCCatcttatccaacatatgttctACATagcaaatgctcttccagctgcaatccagcactgggaaacatccatacactctcaatcacacacatacactttggccaatttaatttactgaattctcctatagcgcatgtctttaaagtgtgggggaaacccatgtgaacacaaggagaacatgcaaactccacacagaaatgtcaactgacctagttgggactcgaaccagtaagcttcttgctgttaggtgatagtgctaaccactgtgccaccgtgtcacccatggatttcacattaataatataaatgtcaTACACGGAACatatttaaaagtatattttaaagtattctgAAGTTTGCATATTTCTACATACAACAACTATAAAACTGCACGCCAGATCTTTGAAAGGGATGCCCTTACACAATGGCAATTTACTAAGTTACCCCAGAGTCAGGTAAAATTTGTATAACGCCTAATTATGTAACTTTATCTTGAGTTGTGAACCACAGAGAACCAAATGCTCAAAACACCTACAGTACAGTACACTGTATGAATATCTTCTACTTGTTTTAAAAGTGATTCTAGAAAATGGCACAAAAAAAGGTTCATAAAGGAACTGACTGGTAAATCATTCCAAACTGTTGTTGTTGGTGGCTGTCATACGAAGtgtaaattatgttattattgATATCAGTAAATTAATAGCATTGGTCACTCAGAAATGAAAATATGCTTATTGGTTAACCCCTAAGTGATTTTAATCTAAATAACTAAACAGATATATGACATGCAAGGGAAAAATACTGTGTAAATCAACGACTATCGTATTAGCGTTCTTAAAAAGAAATcccttttgtgttcatcagaaatcAAAAATTAGAAATAGGTTACCGGGCAATTTTTGGAACTAGTCCAGAAAATATTGTGCTGAAAGAAGAAATATGTAGAGTGATTGCTTTTAATACGCTACTGGCAAGGCGTTTAATGATTCTGTATTGAAAAAAAACTGAGATCCCAACACATAGTAGATGGATTAAAGACGTTATGTATTTTATTCAGCttgaaaaaatctaatttactCTCAGAggttcaaaaaatattttttttaaaacatggtCTCCCTTTCTTACATACGTTGACAATTTAGAATTGTTAGAGCAGGAGGATATATAAAATCTCATATGATCCCAAAAGACACCCCCcgtccttttttttaatttatttaaattaatttattttatttttattttttattcctttcaTGTCCCTGTAACCGTGTAATGCCTTTCACAATGGCAGTGCTTGTAAGAAAAGTATACAGAACCTTTCTTTTATTACACACTGAACTGTTCACTTTTTATGTGTATCGTATATCTTTTTGCATTTTGTCATTACTGTATTGAAGTTGTGTATGCACTCTATATGTACACTTGCTGTGCATTTGTGTAACGCTCGAGGACTTTATGTTTGCACACTGTTAGCTATTTAAATCTTCTGTTAGAGCCACAAAAGGGAAAGTAGTGTTGggtatatttgtttatatattttgttttgttgttgttgactgtttgtctttttctgttttgtgcaaatgtatatgtacata
>TCONS_00021160
AAAGCTTGCTCTAGCTACAAACTTTCAGACACAGTTTGCTGCAGTGATCATGATGTCCTTCAAGACTGCACTGGCTCTGCTTCTTCTAGCCATGTTCAGCATGGTTGCCGAATCATCATGGGGCAACGGGAAAGGAAATTCTTACAATTATGACCTTTCCAAAATGTCTGATCTGAGGAAACTATACAACTCCAAAGTTTTCAAGGCAGAGAGAATGACCAGGCCTCTGGAGGGCATGTCTTTCCAAGTCGGCGTACTCAGTCACTCCGGAAGTGACTATAGAAGACGGCACTATATGGCTGGTTCATAAAGGAGATGGCTATGGTATCTCATCACAGACCGTTGTGGTGGCTGCCCGTCATATGAGCAGTAACTGGAAGATTGTCGAGACTAAAAATTTCGGTGGAAGCAAGACGGTATCTGATTTTGTGAAGGCTGGAGGAACAGACTACAAACTTTTGTTTGATAACTGCCATGATGCCGCAAACCGGATGATGGGTGGttaaatatactataaaaaaacTACACTGAAGCCTAAATGGTTTTCTTGTGAAGAGAACATTACttttacaaaaaacattttgttaatgtacctttttattgaatgtttttcaAATGTATGATTGTGTATAGATGTGTGTTGAATATTAGTATCTTTTGACGTTTTAAAAATGTCCGACTCAATAATAATGGACTTGATATTAAAACATACCTGCAGGTGGCGACAGAGGTTCATGTGTCCATTTGCTTATCCAGAAGGTAAACAGATTTTAGTGATTGATTGTTGTATGAATATTGCACATGTACACAATAAAATAAGCACCTAGTTATAAAAAGCAAAAGACACCTCGAGGCAATTGCTtttactacagttttttttttttttttacctctatgTACATGCATGCCATGTTTGTTTTGAGTATGGTATAACAAGAAATGTCAGATTAATTATGGGTGTCAGTTGTAACAGTACAAACATCAACCTCTTTGGCAAATATATGAACTAACTTCCTCCACCCAACCAGTGCTTTCCATGAGAGTTTAAAACATATGCATCGCATGTTTGTTTTGATTAAGCACAGTTAAGTTTAGCTTTAGGTAACAGGGATGTAAAAATATAGCTCTGGTAACAAAATCTCATCAGACACTCACAAGCTTGAGTTTGCTGTGAGCATGACGCCCTATAAGACTGCACTGGTTTTGCTACTCCTGGCCATAAGGCTTAGTGTCTGAATACTCATGGGGCAAAGTAGCTACATTTACAAATCTATGTCCGATTCGTTTACAACTACATTGTTATCATCACCCAagtcaataaatacaattaatc
>TCONS_00021161
GACACAGTTTGCTGCAGTGATCATGATGTCCTTCAAGACTGCACTGGCTCTGCTTCTTCTAGCCATGTTCAGCATGGTTGCCGAATCATCATGGGGCAACGGGAAAGGAAATTCTTACAATTATGACCTTTCCAAAATGTCTGATCTGAGGAAACTATACAACTCCAAAGTTTTCAAGGCAGAGAGAATGACCAGGCCTCTGGAGGGCATGTCTTTCCAAGTCGGCGTACTCAGTCACTCCGGAGTTAGGCAAGTGATCAGTTTTGTAACTGTATTTTATGCGTGGTGAATAAAACATATTGAGTAGATTGAGAATGCCTTGATTGTCTTGCATGTTTTCTGTTGGTCCTGCTTTTAGAGTGACTATAGAAGACGGCACTATATGGCTGGTTCATAAAGGAGATGGCTATGGTATCTCATCACAGACCGTTGTGGTGGCTGCCCGTCATATGAGCAGTAACTGGAAGATTGTCGAGACTAAAAATTTCGGTGGAAGCAAGACGGTATCTGATTTTGTGAAGGCTGGAGGAACAGACTACAAACTTTTGTTTGATAACTGCCATGATGCCGCAAACCGGATGATGGGTGGttaaatatactataaaaaaacTACACTGAAGCCTAAATGGTTTTCTTGTGAAGAGAACATTACttttacaaaaaacattttgttaatgtacctttttattgaatgtttttcaAATGTATGATTGTGTATAGATGTGTGTTGAATATTAGTATCTTTTGACGTTTTAAAAATGTCCGACTCAATAATAATGGACTTGATATTAAAACATACCTGCAGGTGGCGACAGAGGTTCATGTGTCCATTTGCTTATCCAGAAGGTAAACAGATTTTAGTGATTGATTGTTGTATGAATATTGCACATGTACACAATAAAATAAGCACCTAGTTATAAAAAGCAAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000090352

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00021159 False 3868 processed_transcript 0.35 4 31623975 31628687
TCONS_00021160 False 1333 processed_transcript 0.38 4 31626002 31628184
TCONS_00021161 True 928 lncRNA 0.39 3 31626494 31628157

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010808 phf20l1 coding downstream 1170 31601181 ~ 31622805 (-)
XLOC_010807 tg coding downstream 25204 31530762 ~ 31598771 (-)
XLOC_010806 ccn4b coding downstream 98685 31518873 ~ 31525290 (-)
XLOC_010805 CR855311.2 coding downstream 112268 31508827 ~ 31511707 (-)
XLOC_010804 ptp4a3b coding downstream 118173 31453980 ~ 31505802 (-)
XLOC_010810 CR855311.6 coding upstream 10423 31639110 ~ 31644545 (-)
XLOC_010811 CR855311.4 coding upstream 17703 31646390 ~ 31651183 (-)
XLOC_010812 wu:fd46c06 coding upstream 29509 31658196 ~ 31661536 (-)
XLOC_010813 c1r coding upstream 33569 31662256 ~ 31675736 (-)
XLOC_010814 c1s coding upstream 47594 31676281 ~ 31686602 (-)
XLOC_010626 CR392024.2 misc downstream 10728800 20895112 ~ 20895175 (-)
XLOC_010802 NA non-coding downstream 216289 31385083 ~ 31407686 (-)
XLOC_010800 NA non-coding downstream 379294 31243780 ~ 31244681 (-)
XLOC_010798 NA non-coding downstream 454593 31166986 ~ 31169382 (-)
XLOC_010791 BX005347.1 non-coding downstream 975471 30648387 ~ 30648504 (-)
XLOC_010817 NA non-coding upstream 131426 31760113 ~ 31761131 (-)
XLOC_010820 NA non-coding upstream 249998 31878685 ~ 31881623 (-)
XLOC_010821 NA non-coding upstream 253461 31882148 ~ 31892032 (-)
XLOC_010828 CR854927.1 non-coding upstream 399392 32028079 ~ 32039063 (-)

Expression


Co-expression Network