G299478


Basic Information

Item Value
gene id G299478
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000086
NCBI id null
chromosome length 2920448
location 1806086 ~ 1841270 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU339976
CCAAAGCTGAACCACTGTACTCACATAAACTGATTTAAATATGTTTTTAGTACATTAAAGGATCTTGAGAGAGGAAATGTCATTGCTGGCTATGGAGGCCTCACTGAGTCATCAGATTTCAACAAAAATATCTTAATTTGCATTCCGAAAATTAACGAAGGTCTTACGGGTGTGGAACGACATGAGGGTGAGTAATAAAATGACATTATTTTTATTTTTGGGTGAACTAACCCTTTAATAGAAGAGTTATATTGTGACAGTTTAAACCAAAGAATGTGAAAACCATGGTGAAAACATACCACCACAATGCATTAATGCCAACGTGTGTTCAATGAATTATATTGTCTATTTCTGTACAATAACACTGGGAATTATAAGAGTAGTTTTATATTAGACTTTAAGGTTGGTTTCCCAAAACCTACAGTCAACAGAGTAAAAAAAAAAAATCCCATTCCTGGAACTGTGTTATTGAAAGCTGGTTTTATTAAAAAGATTTATGTTTTTGTGAATGATGCAATGTACCAAAACACAACAAACTCACACTATTATGATAAATCAGAGCTTTATTTAAATCAAAATCTTCAGATCTTTTTGCTCTTCCTGATCATGGTGGTTCCTCCTATTGTCAGGGCTCAACCATCTCTCCTCCCTTGAGCTCCTGAATGTGAGAGAATCGATCCGTCTGACAGACCAGCTTCCCTCCCTCCAGTTTGACAATGCACTGGAAGAAAGAAAGAAACACTTGAGCTTCTTGCCGTCCATGGTGGTGATTTCAGCTTCCTTGCCGATGGTGAAGGAGTTAGTGATGGTTTTCCCAGGGGTCTTGGATGTGATGATGAAGTCGTTGCCGTTTTGTTGGATTTCTGTCACTGGTTTAACATCCTTGGCCAGTTTAATAATGTCTTCTGGCAGAGAATAGCTCTAAGAAACTCCTCGTAGTTCTCCTGAACGTACACCTGCCATGTTCCGCTGAAGGCCATGTCTGCTGCTGATCTGATCTGATTGGGCAAGAGCCTTAGACCGCTTTGAGAAGCTCAACACAATGCCAACAAAACATACATGCAGACTCCAATCAAACACTACATATTTGGCATAACGGCTCCAATGCGGCATTTCATTTACACAGAAACACAGACTAAAAAACTAAACTTGCCTAAAACTTTTTTGCTGACTTGCAAGCAAGGCAACTTCATTCAGGAAATTTAAGTCTAGTTTATT
>TU339978
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>TU339971
TCTTATTATAAATAATTCCCTGGTGCAGGTTAATCTTTTTACTTTTTTAGTTGAAAATTAAGAAAATACCTTGATCTCTCGAGAAACTGAGCTCCTGCACACGATATCAACTCTCCCTGAACAGTTCGACATCATAAAAGGCGTAAATTGTAGGCTACATATTCTACCTTGAGCTTCTTGCCGTCCATGGTGGTGATTTCAGCTTCCTTGCCGATGGTGAAGGAGTTAGTGATGGTTTTCCCAGGGGTCTTGGATGTGATGATGAAGTCGTTGCCGTTTTGTTGGATTTCTGTCACTGGTTTAACATCCTTGGCCAGTTTAATAATGTCTTCTGGCAGGAATAGCTCTAAGAAACTCCTCGTAGTTCTCCTGAACGTACACCTGCCATGTTCCGCTGAAGGCCATGTCTGCTGCTGATCTGATCTGATTGGGCAAGAGCCTTAGACCGCTTTGAGAAGCTCAACACAATGTGAGGAGGGCGTTCATTCCAGT
>TU339973
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>TU339974
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>TU339979
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>TU339980
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>TU339981
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>TU339982
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>TU339983
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>TU339984
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>TU339985
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU339976 False 1218 lncRNA 0.39 5 1806086 1841270
TU339978 False 899 lncRNA 0.40 4 1806086 1840808
TU339971 False 492 lncRNA 0.44 2 1838285 1839221
TU339973 False 1046 lncRNA 0.40 4 1838285 1841270
TU339974 False 584 lncRNA 0.44 4 1838285 1840808
TU339979 False 1028 lncRNA 0.40 3 1838285 1840808
TU339980 False 705 lncRNA 0.41 3 1838285 1840808
TU339981 False 1056 lncRNA 0.40 4 1838285 1841270
TU339982 False 579 lncRNA 0.44 4 1838285 1840808
TU339983 False 509 lncRNA 0.43 4 1838285 1840808
TU339984 False 703 lncRNA 0.41 3 1838285 1840808
TU339985 True 727 lncRNA 0.42 3 1838285 1840808

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000086_01670242_01672517 NA coding downstream 131590 1669788 ~ 1674496 (-)
CI01000086_01313364_01320865 NA coding downstream 484072 1313022 ~ 1322014 (-)
CI01000086_01296658_01297947 NA coding downstream 508027 1295830 ~ 1298059 (-)
CI01000086_01257926_01260025 SERPINB1L4, SERPINB14 coding downstream 546061 1257926 ~ 1260025 (-)
CI01000086_01237966_01253245 NA coding downstream 552798 1237911 ~ 1253288 (-)
CI01000086_01852638_01897719 UBR5 coding upstream 10876 1852146 ~ 1897719 (-)
CI01000086_01915013_01921794 AZIN1A coding upstream 73743 1915013 ~ 1921794 (-)
CI01000086_01948087_01983560 SPIRE1 coding upstream 106737 1948007 ~ 1983560 (-)
CI01000086_01994840_02008387 TPPP coding upstream 153325 1994595 ~ 2008387 (-)
CI01000086_02018950_02030464 NA coding upstream 177550 2018820 ~ 2030525 (-)
G299560 NA non-coding downstream 2194 1802861 ~ 1803892 (-)
G299529 NA non-coding downstream 111177 1668012 ~ 1694909 (-)
G299527 NA non-coding downstream 138490 1667350 ~ 1667596 (-)
G299522 NA non-coding downstream 152486 1653336 ~ 1653600 (-)
G299519 NA non-coding downstream 155758 1650101 ~ 1650328 (-)
G299571 NA non-coding upstream 51737 1893007 ~ 1893710 (-)
G299493 NA non-coding upstream 70408 1911678 ~ 1912740 (-)
G299489 NA non-coding upstream 85398 1926668 ~ 1975954 (-)
G299494 NA non-coding upstream 147756 1989026 ~ 2004100 (-)
G299581 NA non-coding upstream 170590 2011860 ~ 2076479 (-)
G299528 NA other downstream 110909 1668206 ~ 1695177 (-)
G299107 NA other downstream 679288 1126738 ~ 1126798 (-)
G299173 NA other downstream 1038207 765617 ~ 767879 (-)
CI01000086_00587995_00596565 BRAFLDRAFT_115002, ETFB, ETFB.L other downstream 1209457 587765 ~ 596739 (-)
CI01000086_02366362_02373059 SLC6A20 other upstream 523061 2364331 ~ 2373059 (-)
G299598 NA other upstream 1024412 2865682 ~ 2868103 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) G242021 LOC106582922 misc NC_048567.1 CM023221.2 28205275 ~ 28256509 (-)